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- EMDB-16982: Apo Malacoceros FaNaC1 in lipid nanodiscs -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16982
タイトルApo Malacoceros FaNaC1 in lipid nanodiscs
マップデータdeepEMhancer postprocessed map of Malacoceros FaNaC1 in apo conformation used for model building and figure preparation
試料
  • 複合体: FMRFamide-gated sodium channel 1 (FaNaC1)
    • タンパク質・ペプチド: FMRFamide-gated sodium channel 1
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードNeuropeptide / ion channel / DEG/ENaC / MEMBRANE PROTEIN
生物種Malacoceros fuliginosus (無脊椎動物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Kalienkova V / Dandamudi M / Paulino C / Lynagh T
資金援助 オランダ, ノルウェー, スイス, 3件
OrganizationGrant number国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)722.017.001 オランダ
Norwegian Research Council234817 ノルウェー
Swiss National Science FoundationP500PB_203053 スイス
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Structural basis for excitatory neuropeptide signaling.
著者: Valeria Kalienkova / Mowgli Dandamudi / Cristina Paulino / Timothy Lynagh /
要旨: Rapid signaling between neurons is mediated by ligand-gated ion channels, cell-surface proteins with an extracellular ligand-binding domain and a membrane-spanning ion channel domain. The ...Rapid signaling between neurons is mediated by ligand-gated ion channels, cell-surface proteins with an extracellular ligand-binding domain and a membrane-spanning ion channel domain. The degenerin/epithelial sodium channel (DEG/ENaC) superfamily is diverse in terms of its gating stimuli, with some DEG/ENaCs gated by neuropeptides, and others gated by pH, mechanical force or enzymatic activity. The mechanism by which ligands bind to and activate DEG/ENaCs is poorly understood. Here we dissected the structural basis for neuropeptide-gated activity of a neuropeptide-gated DEG/ENaC, FMRFamide-gated sodium channel 1 (FaNaC1) from the annelid worm Malacoceros fuliginosus, using cryo-electron microscopy. Structures of FaNaC1 in the ligand-free resting state and in several ligand-bound states reveal the ligand-binding site and capture the ligand-induced conformational changes of channel gating, which we verified with complementary mutagenesis experiments. Our results illuminate channel gating in DEG/ENaCs and offer a structural template for experimental dissection of channel pharmacology and ion conduction.
履歴
登録2023年4月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年2月14日-
マップ公開2024年2月14日-
更新2024年5月1日-
現状2024年5月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16982.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16982.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈deepEMhancer postprocessed map of Malacoceros FaNaC1 in apo conformation used for model building and figure preparation
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.02 Å/pix.
x 220 pix.
= 224.84 Å		1.02 Å/pix.
x 220 pix.
= 224.84 Å		1.02 Å/pix.
x 220 pix.
= 224.84 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.022 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.115
最小 - 最大-0.0017784243 - 1.4740137
平均 (標準偏差)0.0022956862 (±0.03416896)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ220220220
Spacing220220220
セルA=B=C: 224.84 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_16982_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: refined map of Malacoceros FaNaC1 in apo conformation...

ファイルemd_16982_additional_1.map
注釈refined map of Malacoceros FaNaC1 in apo conformation used in model refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: halfmap1 of Malacoceros FaNaC1 in apo conformation

ファイルemd_16982_half_map_1.map
注釈halfmap1 of Malacoceros FaNaC1 in apo conformation
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: halfmap2 of Malacoceros FaNaC1 in apo conformation

ファイルemd_16982_half_map_2.map
注釈halfmap2 of Malacoceros FaNaC1 in apo conformation
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : FMRFamide-gated sodium channel 1 (FaNaC1)

全体名称: FMRFamide-gated sodium channel 1 (FaNaC1)
要素
  • 複合体: FMRFamide-gated sodium channel 1 (FaNaC1)
    • タンパク質・ペプチド: FMRFamide-gated sodium channel 1
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: FMRFamide-gated sodium channel 1 (FaNaC1)

超分子名称: FMRFamide-gated sodium channel 1 (FaNaC1) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Malacoceros fuliginosus (無脊椎動物)
分子量理論値: 205 KDa

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分子 #1: FMRFamide-gated sodium channel 1

分子名称: FMRFamide-gated sodium channel 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Malacoceros fuliginosus (無脊椎動物)
分子量理論値: 68.605836 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSAIRDVMTK FAEQTTMHGV PKVINAKSSM GRLFWSLVCL AAGAMFCLQM SEVLQRYFSY PKKVTVEVVP TPVPFPSISI CNMRNLDVH ILNTLNRMFI EDDRPFSNIN KSEHEFIRAY MKKVAKYAPL FWNYQDEYPE VFQEIFSRTT FSANIDPEVI A LAAVQLEG ...文字列:
MSAIRDVMTK FAEQTTMHGV PKVINAKSSM GRLFWSLVCL AAGAMFCLQM SEVLQRYFSY PKKVTVEVVP TPVPFPSISI CNMRNLDVH ILNTLNRMFI EDDRPFSNIN KSEHEFIRAY MKKVAKYAPL FWNYQDEYPE VFQEIFSRTT FSANIDPEVI A LAAVQLEG FVVNCHYAGH RCNKTRDFYR FFDPYYFNCF TYKAHEPTDI EDNLSEGIEN GWSSILLSGS GMLDKNDEIR ML PGLHEWR SAVSASEGVR VVIHPPSTTP YPFTEGYDVP PGFSASFGIH PRRNIRIGPP HGNCSDKNPF GDGTERYRLM ACQ KMCMQH YIVETCGCAD VGLPKLPLQA NISWCRDDDN FPDECMFTAS EECLQLLMQL HNRIKCARSI KSKITKNTTA MEAC NCFPP CDEVSYDVSY SLSKWPSAGY EGDAAYFDVF GIEKFNERFN KTGTQGKYEL FTKYFNVSNR EESMKDFARL NVYIA DSNV VKTQESEDYT RNQLVSDIGG QLGLWVGISL ITLAEVLELI IDLFRLFSKH TYRSVPVIRQ SIKYKDKRNG AEMNYD TRY SQSNGGPHAR YLHHGHSIPK HPPELPDTSL ALEVLFQ

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分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 9 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.44 mg/mL
緩衝液pH: 7.6
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClsodium chloride
20.0 mMHEPESHEPES
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 詳細: at 5 mA
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 288.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細nanodisc-reconstituted Malacoceros FaNaC1

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
温度最低: 90.0 K / 最高: 105.0 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-60 / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 5361 / 平均露光時間: 9.0 sec. / 平均電子線量: 48.81 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.3 µm / 倍率（補正後）: 49407 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.3 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2659492
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: Ab Initio reconstruction
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 376869
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.0)
最終 3次元分類クラス数: 5 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

8on7


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-8on8:
Apo Malacoceros FaNaC1 in lipid nanodiscs

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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