+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | ![]() | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | FMRFa-bound Malacoceros FaNaC1 in lipid nanodiscs | ||||||||||||
![]() | deepEMhancer postprocessed FMRFa-bound FaNaC1 map, used in model building and figure preparation | ||||||||||||
![]() |
| ||||||||||||
![]() | Neuropeptide / ion channel / DEG/ENaC / MEMBRANE PROTEIN | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å | ||||||||||||
![]() | Kalienkova V / Dandamudi M / Paulino C / Lynagh T | ||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]() ![]()
| ||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis for excitatory neuropeptide signaling. 著者: Valeria Kalienkova / Mowgli Dandamudi / Cristina Paulino / Timothy Lynagh / ![]() ![]() ![]() 要旨: Rapid signaling between neurons is mediated by ligand-gated ion channels, cell-surface proteins with an extracellular ligand-binding domain and a membrane-spanning ion channel domain. The ...Rapid signaling between neurons is mediated by ligand-gated ion channels, cell-surface proteins with an extracellular ligand-binding domain and a membrane-spanning ion channel domain. The degenerin/epithelial sodium channel (DEG/ENaC) superfamily is diverse in terms of its gating stimuli, with some DEG/ENaCs gated by neuropeptides, and others gated by pH, mechanical force or enzymatic activity. The mechanism by which ligands bind to and activate DEG/ENaCs is poorly understood. Here we dissected the structural basis for neuropeptide-gated activity of a neuropeptide-gated DEG/ENaC, FMRFamide-gated sodium channel 1 (FaNaC1) from the annelid worm Malacoceros fuliginosus, using cryo-electron microscopy. Structures of FaNaC1 in the ligand-free resting state and in several ligand-bound states reveal the ligand-binding site and capture the ligand-induced conformational changes of channel gating, which we verified with complementary mutagenesis experiments. Our results illuminate channel gating in DEG/ENaCs and offer a structural template for experimental dissection of channel pharmacology and ion conduction. | ||||||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
添付画像 |
---|
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 36.1 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 23.1 KB 23.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 99 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 40.6 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 7.2 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 30.9 MB 31.1 MB 31.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | deepEMhancer postprocessed FMRFa-bound FaNaC1 map, used in model building and figure preparation | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.022 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: refined FMRFa-bound FaNaC1 map, used in model refinement
ファイル | emd_16981_additional_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | refined FMRFa-bound FaNaC1 map, used in model refinement | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: FMRFa-bound FaNaC1 refined halfmap1
ファイル | emd_16981_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | FMRFa-bound FaNaC1 refined halfmap1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: FMRFa-bound FaNaC1 refined halfmap2
ファイル | emd_16981_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | FMRFa-bound FaNaC1 refined halfmap2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-
試料の構成要素
-全体 : FMRFamide-gated sodium channel 1 (FaNaC1)
全体 | 名称: FMRFamide-gated sodium channel 1 (FaNaC1) |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: FMRFamide-gated sodium channel 1 (FaNaC1)
超分子 | 名称: FMRFamide-gated sodium channel 1 (FaNaC1) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 205 KDa |
-分子 #1: FMRFamide-gated sodium channel 1 (FaNaC1)
分子 | 名称: FMRFamide-gated sodium channel 1 (FaNaC1) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 68.605836 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MSAIRDVMTK FAEQTTMHGV PKVINAKSSM GRLFWSLVCL AAGAMFCLQM SEVLQRYFSY PKKVTVEVVP TPVPFPSISI CNMRNLDVH ILNTLNRMFI EDDRPFSNIN KSEHEFIRAY MKKVAKYAPL FWNYQDEYPE VFQEIFSRTT FSANIDPEVI A LAAVQLEG ...文字列: MSAIRDVMTK FAEQTTMHGV PKVINAKSSM GRLFWSLVCL AAGAMFCLQM SEVLQRYFSY PKKVTVEVVP TPVPFPSISI CNMRNLDVH ILNTLNRMFI EDDRPFSNIN KSEHEFIRAY MKKVAKYAPL FWNYQDEYPE VFQEIFSRTT FSANIDPEVI A LAAVQLEG FVVNCHYAGH RCNKTRDFYR FFDPYYFNCF TYKAHEPTDI EDNLSEGIEN GWSSILLSGS GMLDKNDEIR ML PGLHEWR SAVSASEGVR VVIHPPSTTP YPFTEGYDVP PGFSASFGIH PRRNIRIGPP HGNCSDKNPF GDGTERYRLM ACQ KMCMQH YIVETCGCAD VGLPKLPLQA NISWCRDDDN FPDECMFTAS EECLQLLMQL HNRIKCARSI KSKITKNTTA MEAC NCFPP CDEVSYDVSY SLSKWPSAGY EGDAAYFDVF GIEKFNERFN KTGTQGKYEL FTKYFNVSNR EESMKDFARL NVYIA DSNV VKTQESEDYT RNQLVSDIGG QLGLWVGISL ITLAEVLELI IDLFRLFSKH TYRSVPVIRQ SIKYKDKRNG AEMNYD TRY SQSNGGPHAR YLHHGHSIPK HPPELPDTSL ALEVLFQ |
-分子 #2: FMRFamide, neuropeptide
分子 | 名称: FMRFamide, neuropeptide / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 598.76 Da |
配列 | 文字列: FMRF(NH2) |
-分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 9 / 式: NAG |
---|---|
分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
濃度 | 1.44 mg/mL | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
緩衝液 | pH: 7.6 構成要素:
| ||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 詳細: at 5 mA | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 288.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | ||||||||||||
詳細 | nanodisc-reconstituted Malacoceros FaNaC1 bound to the full agonist (FMRFamide) |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
---|---|
温度 | 最低: 90.0 K / 最高: 105.0 K |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-60 / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 4479 / 平均露光時間: 9.0 sec. / 平均電子線量: 50.11 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.3 µm / 倍率(補正後): 49407 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.3 µm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
+
画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | Chain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model |
---|---|
精密化 | 空間: REAL |
得られたモデル | ![]() PDB-8on7: |