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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-16916 | |||||||||
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タイトル | Bipartite interaction of TOPBP1 with the GINS complex | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Scaffold / Replisome / Recruitment / REPLICATION | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Unwinding of DNA / GINS complex / DNA strand elongation involved in mitotic DNA replication / CMG complex / mitotic DNA replication initiation / double-strand break repair via break-induced replication / inner cell mass cell proliferation / DNA unwinding involved in DNA replication / isomerase activity / nucleoplasm ...Unwinding of DNA / GINS complex / DNA strand elongation involved in mitotic DNA replication / CMG complex / mitotic DNA replication initiation / double-strand break repair via break-induced replication / inner cell mass cell proliferation / DNA unwinding involved in DNA replication / isomerase activity / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Day M / Oliver AW / Pearl LH | |||||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: TopBP1 utilises a bipartite GINS binding mode to support genome replication. 著者: Matthew Day / Bilal Tetik / Milena Parlak / Yasser Almeida-Hernández / Markus Räschle / Farnusch Kaschani / Heike Siegert / Anika Marko / Elsa Sanchez-Garcia / Markus Kaiser / Isabel A ...著者: Matthew Day / Bilal Tetik / Milena Parlak / Yasser Almeida-Hernández / Markus Räschle / Farnusch Kaschani / Heike Siegert / Anika Marko / Elsa Sanchez-Garcia / Markus Kaiser / Isabel A Barker / Laurence H Pearl / Antony W Oliver / Dominik Boos / 要旨: Activation of the replicative Mcm2-7 helicase by loading GINS and Cdc45 is crucial for replication origin firing, and as such for faithful genetic inheritance. Our biochemical and structural studies ...Activation of the replicative Mcm2-7 helicase by loading GINS and Cdc45 is crucial for replication origin firing, and as such for faithful genetic inheritance. Our biochemical and structural studies demonstrate that the helicase activator GINS interacts with TopBP1 through two separate binding surfaces, the first involving a stretch of highly conserved amino acids in the TopBP1-GINI region, the second a surface on TopBP1-BRCT4. The two surfaces bind to opposite ends of the A domain of the GINS subunit Psf1. Mutation analysis reveals that either surface is individually able to support TopBP1-GINS interaction, albeit with reduced affinity. Consistently, either surface is sufficient for replication origin firing in Xenopus egg extracts and becomes essential in the absence of the other. The TopBP1-GINS interaction appears sterically incompatible with simultaneous binding of DNA polymerase epsilon (Polε) to GINS when bound to Mcm2-7-Cdc45, although TopBP1-BRCT4 and the Polε subunit PolE2 show only partial competitivity in binding to Psf1. Our TopBP1-GINS model improves the understanding of the recently characterised metazoan pre-loading complex. It further predicts the coordination of three molecular origin firing processes, DNA polymerase epsilon arrival, TopBP1 ejection and GINS integration into Mcm2-7-Cdc45. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_16916.map.gz | 78.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-16916-v30.xml emd-16916.xml | 22.8 KB 22.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_16916.png | 75.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-16916.cif.gz | 6.5 KB | ||
その他 | emd_16916_additional_1.map.gz emd_16916_additional_2.map.gz emd_16916_half_map_1.map.gz emd_16916_half_map_2.map.gz | 49.4 MB 65.4 MB 65.4 MB 65.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16916 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16916 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_16916_validation.pdf.gz | 765.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_16916_full_validation.pdf.gz | 765.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_16916_validation.xml.gz | 12.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_16916_validation.cif.gz | 14.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16916 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16916 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8ok2MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_16916.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.74 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: #2
ファイル | emd_16916_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: #1
ファイル | emd_16916_additional_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_16916_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_16916_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : GINS complex bound to TOPBP1
全体 | 名称: GINS complex bound to TOPBP1 |
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要素 |
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-超分子 #1: GINS complex bound to TOPBP1
超分子 | 名称: GINS complex bound to TOPBP1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: DNA replication complex GINS protein PSF1
分子 | 名称: DNA replication complex GINS protein PSF1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 17.772438 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MFCEKAMELI RELHRAPEGQ LPAFNEDGLR QVLEEMKALY EQNQSDVNEA KSGGRSDLIP TIKFRHCSLL RNRRCTVAYL YDRLLRIRA LRWEYGSILP NALRFHMAAE EMEWFNNYKR SLATYMRSLG GDEGLDITQD MKPPKSLYIE VR UniProtKB: DNA replication complex GINS protein PSF1 |
-分子 #2: DNA replication complex GINS protein PSF2
分子 | 名称: DNA replication complex GINS protein PSF2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 21.453713 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MDAAEVEFLA EKELVTIIPN FSLDKIYLIG GDLGPFNPGL PVEVPLWLAI NLKQRQKCRL LPPEWMDVEK LEKMRDHERK EETFTPMPS PYYMELTKLL LNHASDNIPK ADEIRTLVKD MWDTRIAKLR VSADSFVRQQ EAHAKLDNLT LMEINTSGTF L TQALNHMY KLRTNLQPLE STQSQDF UniProtKB: DNA replication complex GINS protein PSF2 |
-分子 #3: DNA replication complex GINS protein PSF3
分子 | 名称: DNA replication complex GINS protein PSF3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 24.562611 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MSEAYFRVES GALGPEENFL SLDDILMSHE KLPVRTETAM PRLGAFFLER SAGAETDNAV PQGSKLELPL WLAKGLFDNK RRILSVELP KIYQEGWRTV FSADPNVVDL HKMGPHFYGF GSQLLHFDSP ENADISQSLL QTFIGRFRRI MDSSQNAYNE D TSALVARL ...文字列: MSEAYFRVES GALGPEENFL SLDDILMSHE KLPVRTETAM PRLGAFFLER SAGAETDNAV PQGSKLELPL WLAKGLFDNK RRILSVELP KIYQEGWRTV FSADPNVVDL HKMGPHFYGF GSQLLHFDSP ENADISQSLL QTFIGRFRRI MDSSQNAYNE D TSALVARL DEMERGLFQT GQKGLNDFQC WEKGQASQIT ASNLVQNYKK RKFTDMED UniProtKB: DNA replication complex GINS protein PSF3 |
-分子 #4: DNA replication complex GINS protein SLD5
分子 | 名称: DNA replication complex GINS protein SLD5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 30.831814 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MHHHHHHGRM DYKDDDDKAD YKDDDDKADY KDDDDKGRPM TEEVDFLGQD SDGGSEEVVL TPAELIERLE QAWMNEKFAP ELLESKPEI VECVMEQLEH MEENLRRAKR EDLKVSIHQM EMERIRYVLS SYLRCRLMKI EKFFPHVLEK EKTRPEGEPS S LSPEELAF ...文字列: MHHHHHHGRM DYKDDDDKAD YKDDDDKADY KDDDDKGRPM TEEVDFLGQD SDGGSEEVVL TPAELIERLE QAWMNEKFAP ELLESKPEI VECVMEQLEH MEENLRRAKR EDLKVSIHQM EMERIRYVLS SYLRCRLMKI EKFFPHVLEK EKTRPEGEPS S LSPEELAF AREFMANTES YLKNVALKHM PPNLQKVDLF RAVPKPDLDS YVFLRVRERQ ENILVEPDTD EQRDYVIDLE KG SQHLIRY KTIAPLVASG AVQLI UniProtKB: DNA replication complex GINS protein SLD5 |
-分子 #5: Topoisomerase (DNA) II binding protein 1
分子 | 名称: Topoisomerase (DNA) II binding protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 52.397535 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MGSHHHHHHG SLEVLFQGPH MASNSLNSKL EPTLENLENL DVSAFQAPED LLDGCRIYLC GFSGRKLDKL RRLINSGGGV RFNQLNEDV THVIVGDYDD ELKQFWNKSA HRPHVVGAKW LLECFSKGYM LSEEPYIHAN YQPVEIPVSH QPESKAALLK K KNSSFSKK ...文字列: MGSHHHHHHG SLEVLFQGPH MASNSLNSKL EPTLENLENL DVSAFQAPED LLDGCRIYLC GFSGRKLDKL RRLINSGGGV RFNQLNEDV THVIVGDYDD ELKQFWNKSA HRPHVVGAKW LLECFSKGYM LSEEPYIHAN YQPVEIPVSH QPESKAALLK K KNSSFSKK DFAPSEKHEQ ADEDLLSQYE NGSSTVVEAK TSEARPFNDS THAEPLNDST HISLQEENQS SVSHCVPDVS TI TEEGLFS QKSFLVLGFS NENESNIANI IKENAGKIMS LLSRTVADYA VVPLLGCEVE ATVGEVVTNT WLVTCIDYQT LFD PKSNPL FTPVPVMTGM TPLEDCVISF SQCAGAEKES LTFLANLLGA SVQEYFVRKS NAKKGMFAST HLILKERGGS KYEA AKKWN LPAVTIAWLL ETARTGKRAD ESHFLIENST KEERSLETEI TNGINLNSDT AEHPRRAWSH PQFEK UniProtKB: Topoisomerase (DNA) II binding protein 1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 39.69290657 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 154278 |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |