[日本語] English
万見
- EMDB-16916: Bipartite interaction of TOPBP1 with the GINS complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16916
タイトルBipartite interaction of TOPBP1 with the GINS complex
マップデータ
試料
  • 複合体: GINS complex bound to TOPBP1
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication complex GINS protein PSF1
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication complex GINS protein PSF2
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication complex GINS protein PSF3
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication complex GINS protein SLD5
    • タンパク質・ペプチド: Topoisomerase (DNA) II binding protein 1
キーワードScaffold / Replisome / Recruitment / REPLICATION
機能・相同性
機能・相同性情報


Unwinding of DNA / GINS complex / DNA strand elongation involved in mitotic DNA replication / CMG complex / mitotic DNA replication initiation / double-strand break repair via break-induced replication / inner cell mass cell proliferation / DNA unwinding involved in DNA replication / isomerase activity / nucleoplasm ...Unwinding of DNA / GINS complex / DNA strand elongation involved in mitotic DNA replication / CMG complex / mitotic DNA replication initiation / double-strand break repair via break-induced replication / inner cell mass cell proliferation / DNA unwinding involved in DNA replication / isomerase activity / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
TopBP1, first BRCT domain / Secretoglobin superfamily / DNA replication complex GINS protein Psf2 / GINS complex, subunit Psf1 / GINS complex, subunit Psf3 / GINS complex, subunit Psf3 superfamily / DNA replication complex GINS protein SLD5, C-terminal / GINS, helical bundle-like domain superfamily / GINS complex protein Sld5, alpha-helical domain / DNA replication complex GINS protein SLD5 C-terminus ...TopBP1, first BRCT domain / Secretoglobin superfamily / DNA replication complex GINS protein Psf2 / GINS complex, subunit Psf1 / GINS complex, subunit Psf3 / GINS complex, subunit Psf3 superfamily / DNA replication complex GINS protein SLD5, C-terminal / GINS, helical bundle-like domain superfamily / GINS complex protein Sld5, alpha-helical domain / DNA replication complex GINS protein SLD5 C-terminus / GINS complex subunit Sld5 / GINS subunit, domain A / GINS complex protein helical bundle domain / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / breast cancer carboxy-terminal domain / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Topoisomerase (DNA) II binding protein 1 / DNA replication complex GINS protein PSF1 / DNA replication complex GINS protein SLD5 / DNA replication complex GINS protein PSF3 / DNA replication complex GINS protein PSF2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Day M / Oliver AW / Pearl LH
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Cancer Research UK 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: TopBP1 utilises a bipartite GINS binding mode to support genome replication.
著者: Matthew Day / Bilal Tetik / Milena Parlak / Yasser Almeida-Hernández / Markus Räschle / Farnusch Kaschani / Heike Siegert / Anika Marko / Elsa Sanchez-Garcia / Markus Kaiser / Isabel A ...著者: Matthew Day / Bilal Tetik / Milena Parlak / Yasser Almeida-Hernández / Markus Räschle / Farnusch Kaschani / Heike Siegert / Anika Marko / Elsa Sanchez-Garcia / Markus Kaiser / Isabel A Barker / Laurence H Pearl / Antony W Oliver / Dominik Boos /
要旨: Activation of the replicative Mcm2-7 helicase by loading GINS and Cdc45 is crucial for replication origin firing, and as such for faithful genetic inheritance. Our biochemical and structural studies ...Activation of the replicative Mcm2-7 helicase by loading GINS and Cdc45 is crucial for replication origin firing, and as such for faithful genetic inheritance. Our biochemical and structural studies demonstrate that the helicase activator GINS interacts with TopBP1 through two separate binding surfaces, the first involving a stretch of highly conserved amino acids in the TopBP1-GINI region, the second a surface on TopBP1-BRCT4. The two surfaces bind to opposite ends of the A domain of the GINS subunit Psf1. Mutation analysis reveals that either surface is individually able to support TopBP1-GINS interaction, albeit with reduced affinity. Consistently, either surface is sufficient for replication origin firing in Xenopus egg extracts and becomes essential in the absence of the other. The TopBP1-GINS interaction appears sterically incompatible with simultaneous binding of DNA polymerase epsilon (Polε) to GINS when bound to Mcm2-7-Cdc45, although TopBP1-BRCT4 and the Polε subunit PolE2 show only partial competitivity in binding to Psf1. Our TopBP1-GINS model improves the understanding of the recently characterised metazoan pre-loading complex. It further predicts the coordination of three molecular origin firing processes, DNA polymerase epsilon arrival, TopBP1 ejection and GINS integration into Mcm2-7-Cdc45.
履歴
登録2023年3月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年3月13日-
マップ公開2024年3月13日-
更新2024年3月13日-
現状2024年3月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_16916.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16916.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.74 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.003
最小 - 最大-0.021244345 - 0.03759489
平均 (標準偏差)0.00003447198 (±0.0012448505)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 207.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
追加マップ: #2

ファイルemd_16916_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: #1

ファイルemd_16916_additional_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_16916_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_16916_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : GINS complex bound to TOPBP1

全体名称: GINS complex bound to TOPBP1
要素
  • 複合体: GINS complex bound to TOPBP1
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication complex GINS protein PSF1
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication complex GINS protein PSF2
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication complex GINS protein PSF3
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication complex GINS protein SLD5
    • タンパク質・ペプチド: Topoisomerase (DNA) II binding protein 1

-
超分子 #1: GINS complex bound to TOPBP1

超分子名称: GINS complex bound to TOPBP1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
分子 #1: DNA replication complex GINS protein PSF1

分子名称: DNA replication complex GINS protein PSF1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 17.772438 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
MFCEKAMELI RELHRAPEGQ LPAFNEDGLR QVLEEMKALY EQNQSDVNEA KSGGRSDLIP TIKFRHCSLL RNRRCTVAYL YDRLLRIRA LRWEYGSILP NALRFHMAAE EMEWFNNYKR SLATYMRSLG GDEGLDITQD MKPPKSLYIE VR

UniProtKB: DNA replication complex GINS protein PSF1

-
分子 #2: DNA replication complex GINS protein PSF2

分子名称: DNA replication complex GINS protein PSF2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 21.453713 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
MDAAEVEFLA EKELVTIIPN FSLDKIYLIG GDLGPFNPGL PVEVPLWLAI NLKQRQKCRL LPPEWMDVEK LEKMRDHERK EETFTPMPS PYYMELTKLL LNHASDNIPK ADEIRTLVKD MWDTRIAKLR VSADSFVRQQ EAHAKLDNLT LMEINTSGTF L TQALNHMY KLRTNLQPLE STQSQDF

UniProtKB: DNA replication complex GINS protein PSF2

-
分子 #3: DNA replication complex GINS protein PSF3

分子名称: DNA replication complex GINS protein PSF3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.562611 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSEAYFRVES GALGPEENFL SLDDILMSHE KLPVRTETAM PRLGAFFLER SAGAETDNAV PQGSKLELPL WLAKGLFDNK RRILSVELP KIYQEGWRTV FSADPNVVDL HKMGPHFYGF GSQLLHFDSP ENADISQSLL QTFIGRFRRI MDSSQNAYNE D TSALVARL ...文字列:
MSEAYFRVES GALGPEENFL SLDDILMSHE KLPVRTETAM PRLGAFFLER SAGAETDNAV PQGSKLELPL WLAKGLFDNK RRILSVELP KIYQEGWRTV FSADPNVVDL HKMGPHFYGF GSQLLHFDSP ENADISQSLL QTFIGRFRRI MDSSQNAYNE D TSALVARL DEMERGLFQT GQKGLNDFQC WEKGQASQIT ASNLVQNYKK RKFTDMED

UniProtKB: DNA replication complex GINS protein PSF3

-
分子 #4: DNA replication complex GINS protein SLD5

分子名称: DNA replication complex GINS protein SLD5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 30.831814 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MHHHHHHGRM DYKDDDDKAD YKDDDDKADY KDDDDKGRPM TEEVDFLGQD SDGGSEEVVL TPAELIERLE QAWMNEKFAP ELLESKPEI VECVMEQLEH MEENLRRAKR EDLKVSIHQM EMERIRYVLS SYLRCRLMKI EKFFPHVLEK EKTRPEGEPS S LSPEELAF ...文字列:
MHHHHHHGRM DYKDDDDKAD YKDDDDKADY KDDDDKGRPM TEEVDFLGQD SDGGSEEVVL TPAELIERLE QAWMNEKFAP ELLESKPEI VECVMEQLEH MEENLRRAKR EDLKVSIHQM EMERIRYVLS SYLRCRLMKI EKFFPHVLEK EKTRPEGEPS S LSPEELAF AREFMANTES YLKNVALKHM PPNLQKVDLF RAVPKPDLDS YVFLRVRERQ ENILVEPDTD EQRDYVIDLE KG SQHLIRY KTIAPLVASG AVQLI

UniProtKB: DNA replication complex GINS protein SLD5

-
分子 #5: Topoisomerase (DNA) II binding protein 1

分子名称: Topoisomerase (DNA) II binding protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 52.397535 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGSHHHHHHG SLEVLFQGPH MASNSLNSKL EPTLENLENL DVSAFQAPED LLDGCRIYLC GFSGRKLDKL RRLINSGGGV RFNQLNEDV THVIVGDYDD ELKQFWNKSA HRPHVVGAKW LLECFSKGYM LSEEPYIHAN YQPVEIPVSH QPESKAALLK K KNSSFSKK ...文字列:
MGSHHHHHHG SLEVLFQGPH MASNSLNSKL EPTLENLENL DVSAFQAPED LLDGCRIYLC GFSGRKLDKL RRLINSGGGV RFNQLNEDV THVIVGDYDD ELKQFWNKSA HRPHVVGAKW LLECFSKGYM LSEEPYIHAN YQPVEIPVSH QPESKAALLK K KNSSFSKK DFAPSEKHEQ ADEDLLSQYE NGSSTVVEAK TSEARPFNDS THAEPLNDST HISLQEENQS SVSHCVPDVS TI TEEGLFS QKSFLVLGFS NENESNIANI IKENAGKIMS LLSRTVADYA VVPLLGCEVE ATVGEVVTNT WLVTCIDYQT LFD PKSNPL FTPVPVMTGM TPLEDCVISF SQCAGAEKES LTFLANLLGA SVQEYFVRKS NAKKGMFAST HLILKERGGS KYEA AKKWN LPAVTIAWLL ETARTGKRAD ESHFLIENST KEERSLETEI TNGINLNSDT AEHPRRAWSH PQFEK

UniProtKB: Topoisomerase (DNA) II binding protein 1

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 39.69290657 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 154278
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る