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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-16914 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the DnaD-NTD tetramer | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Replication helicase loading / small cryo-EM structure / DNA BINDING PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) / Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.47 Å | |||||||||
データ登録者 | Winterhalter C / Pelliciari S / Cronin N / Costa TRD / Murray H / Ilangovan A | |||||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2023 タイトル: The DNA replication initiation protein DnaD recognises a specific strand of the Bacillus subtilis chromosome origin. 著者: Charles Winterhalter / Simone Pelliciari / Daniel Stevens / Stepan Fenyk / Elie Marchand / Nora B Cronin / Panos Soultanas / Tiago R D Costa / Aravindan Ilangovan / Heath Murray / 要旨: Genome replication is a fundamental biological activity shared by all organisms. Chromosomal replication proceeds bidirectionally from origins, requiring the loading of two helicases, one for each ...Genome replication is a fundamental biological activity shared by all organisms. Chromosomal replication proceeds bidirectionally from origins, requiring the loading of two helicases, one for each replisome. However, the molecular mechanisms underpinning helicase loading at bacterial chromosome origins (oriC) are unclear. Here we investigated the essential DNA replication initiation protein DnaD in the model organism Bacillus subtilis. A set of DnaD residues required for ssDNA binding was identified, and photo-crosslinking revealed that this ssDNA binding region interacts preferentially with one strand of oriC. Biochemical and genetic data support the model that DnaD recognizes a new single-stranded DNA (ssDNA) motif located in oriC, the DnaD Recognition Element (DRE). Considered with single particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) imaging of DnaD, we propose that the location of the DRE within oriC orchestrates strand-specific recruitment of helicase during DNA replication initiation. These findings significantly advance our mechanistic understanding of bidirectional replication from a bacterial chromosome origin. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_16914.map.gz | 59.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-16914-v30.xml emd-16914.xml | 13.7 KB 13.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_16914_fsc.xml | 8.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_16914.png | 33.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-16914.cif.gz | 5.2 KB | ||
その他 | emd_16914_half_map_1.map.gz emd_16914_half_map_2.map.gz | 59.5 MB 59.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16914 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16914 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_16914_validation.pdf.gz | 727 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_16914_full_validation.pdf.gz | 726.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_16914_validation.xml.gz | 16.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_16914_validation.cif.gz | 21 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16914 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16914 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8ojjMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_16914.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.831 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_16914_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_16914_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Homo Tetrameric complex of DnaD N-terminal domain
全体 | 名称: Homo Tetrameric complex of DnaD N-terminal domain |
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要素 |
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-超分子 #1: Homo Tetrameric complex of DnaD N-terminal domain
超分子 | 名称: Homo Tetrameric complex of DnaD N-terminal domain / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Bacillus subtilis (枯草菌) |
-分子 #1: DNA replication protein DnaD
分子 | 名称: DNA replication protein DnaD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) 株: 168 |
分子量 | 理論値: 27.675715 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MKKQQFIDMQ EQGTSTIPNL LLTHYKQLGL NETELILLLK IKMHLEKGSY FPTPNQLQEG MSISVEECTN RLRMFIQKGF LFIEECEDQ NGIKFEKYSL QPLWGKLYEY IQLAQNQTQE RKAEGEQKSL YTIFEEEFAR PLSPLECETL AIWQDQDQHD A QLIKHALK ...文字列: MKKQQFIDMQ EQGTSTIPNL LLTHYKQLGL NETELILLLK IKMHLEKGSY FPTPNQLQEG MSISVEECTN RLRMFIQKGF LFIEECEDQ NGIKFEKYSL QPLWGKLYEY IQLAQNQTQE RKAEGEQKSL YTIFEEEFAR PLSPLECETL AIWQDQDQHD A QLIKHALK EAVLSGKLSF RYIDRILFEW KKNGLKTVEQ AKIHSQKFRR VQAKQNEPQK EYKRQVPFYN WLEQ UniProtKB: DNA replication protein DnaD |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.7 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.7000000000000001 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT |
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得られたモデル | PDB-8ojj: |