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- EMDB-16900: Cryo-EM reconstruction of the native 24-mer E2o core of the 2-oxo... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16900
タイトルCryo-EM reconstruction of the native 24-mer E2o core of the 2-oxoglutarate dehydrogenase complex of C. thermophilum at 3.35 A resolution
マップデータCryo-EM reconstruction of the native 24-mer E2o core of the 2-oxoglutarate dehydrogenase complex of C. thermophilum.
試料
  • 複合体: Native 24-mer core of Oxoglutarate Dehydrogenase Complex
    • タンパク質・ペプチド: Dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase
キーワードDihydrolipoyl Succinyltransferase / E2 / Oxoglutarate / a-Ketoglutarate / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


L-lysine catabolic process to acetyl-CoA via saccharopine / dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase / dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase activity / oxoglutarate dehydrogenase complex / tricarboxylic acid cycle / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dihydrolipoamide succinyltransferase / 2-oxo acid dehydrogenase, lipoyl-binding site / 2-oxo acid dehydrogenases acyltransferase component lipoyl binding site. / 2-oxoacid dehydrogenase acyltransferase, catalytic domain / 2-oxoacid dehydrogenases acyltransferase (catalytic domain) / Biotin-requiring enzyme / Biotinyl/lipoyl domain profile. / Biotin/lipoyl attachment / Single hybrid motif / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.35 Å
データ登録者Skalidis I / Tueting C / Kyrilis FL / Hamdi F / Kastritis PL
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2023
タイトル: Structural analysis of an endogenous 4-megadalton succinyl-CoA-generating metabolon.
著者: Ioannis Skalidis / Fotis L Kyrilis / Christian Tüting / Farzad Hamdi / Toni K Träger / Jaydeep Belapure / Gerd Hause / Marta Fratini / Francis J O'Reilly / Ingo Heilmann / Juri Rappsilber / ...著者: Ioannis Skalidis / Fotis L Kyrilis / Christian Tüting / Farzad Hamdi / Toni K Träger / Jaydeep Belapure / Gerd Hause / Marta Fratini / Francis J O'Reilly / Ingo Heilmann / Juri Rappsilber / Panagiotis L Kastritis /
要旨: The oxoglutarate dehydrogenase complex (OGDHc) participates in the tricarboxylic acid cycle and, in a multi-step reaction, decarboxylates α-ketoglutarate, transfers succinyl to CoA, and reduces NAD+. ...The oxoglutarate dehydrogenase complex (OGDHc) participates in the tricarboxylic acid cycle and, in a multi-step reaction, decarboxylates α-ketoglutarate, transfers succinyl to CoA, and reduces NAD+. Due to its pivotal role in metabolism, OGDHc enzymatic components have been studied in isolation; however, their interactions within the endogenous OGDHc remain elusive. Here, we discern the organization of a thermophilic, eukaryotic, native OGDHc in its active state. By combining biochemical, biophysical, and bioinformatic methods, we resolve its composition, 3D architecture, and molecular function at 3.35 Å resolution. We further report the high-resolution cryo-EM structure of the OGDHc core (E2o), which displays various structural adaptations. These include hydrogen bonding patterns confining interactions of OGDHc participating enzymes (E1o-E2o-E3), electrostatic tunneling that drives inter-subunit communication, and the presence of a flexible subunit (E3BPo), connecting E2o and E3. This multi-scale analysis of a succinyl-CoA-producing native cell extract provides a blueprint for structure-function studies of complex mixtures of medical and biotechnological value.
履歴
登録2023年3月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年5月31日-
マップ公開2023年5月31日-
更新2023年5月31日-
現状2023年5月31日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16900.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16900.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 34.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM reconstruction of the native 24-mer E2o core of the 2-oxoglutarate dehydrogenase complex of C. thermophilum.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.5678 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.8
最小 - 最大-2.3572903 - 5.9476595
平均 (標準偏差)-0.003834117 (±0.22103816)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ208208208
Spacing208208208
セルA=B=C: 326.10242 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_16900_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Cryo-EM reconstruction of the native asymmetric complex of...

ファイルemd_16900_additional_1.map
注釈Cryo-EM reconstruction of the native asymmetric complex of the 2-oxoglutarate dehydrogenase complex of C. thermophilum.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Cryo-EM reconstruction of the native 24-mer E2o core...

ファイルemd_16900_half_map_1.map
注釈Cryo-EM reconstruction of the native 24-mer E2o core of the 2-oxoglutarate dehydrogenase complex of C. thermophilum, Half-Map A.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Cryo-EM reconstruction of the native 24-mer E2o core...

ファイルemd_16900_half_map_2.map
注釈Cryo-EM reconstruction of the native 24-mer E2o core of the 2-oxoglutarate dehydrogenase complex of C. thermophilum, Half-Map B.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Native 24-mer core of Oxoglutarate Dehydrogenase Complex

全体名称: Native 24-mer core of Oxoglutarate Dehydrogenase Complex
要素
  • 複合体: Native 24-mer core of Oxoglutarate Dehydrogenase Complex
    • タンパク質・ペプチド: Dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase

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超分子 #1: Native 24-mer core of Oxoglutarate Dehydrogenase Complex

超分子名称: Native 24-mer core of Oxoglutarate Dehydrogenase Complex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 3 MDa

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分子 #1: Dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase

分子名称: Dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 45.987004 KDa
配列文字列: MLYRGLRMAA RAAPKFAVLN THAALRQLPL QFQHVRTYAD KIIKVPQMAE SITEGTLKQW NKAVGDYVEA DEEIATIETD KIDVAVNAP EAGVIKEFFV NEEDTVLVGQ DLVRLEVGGE KPAEAAKEQP KAAAPEPKVE EKKVPEAPAP EPSKTAAPAP A PPKQEAPA ...文字列:
MLYRGLRMAA RAAPKFAVLN THAALRQLPL QFQHVRTYAD KIIKVPQMAE SITEGTLKQW NKAVGDYVEA DEEIATIETD KIDVAVNAP EAGVIKEFFV NEEDTVLVGQ DLVRLEVGGE KPAEAAKEQP KAAAPEPKVE EKKVPEAPAP EPSKTAAPAP A PPKQEAPA SPKPASKPAE TPAVTLGNRE ERRVKMNRMR LRIAERLKQS QNTAASLTTF NEVDMSALIE FRNKYKDEVL KK TGVKLGF MSAFSRAVVL AIRDLPVVNA SIEGPNGGDT IVYRDYVDIS VAVATEKGLV TPVVRNAETM DLITIEKTIA ELG KKARDG KLTIEDMAGG TFTISNGGVF GSLMGTPIIN LPQSAVLGLH AIKERPVAVN GKVEIRPMMY LALTYDHRLL DGRE AVQFL VKVKEYIEDP RKMLL

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 構成要素 - 濃度: 200.0 mM / 構成要素 - 式: NH4CH2COOH / 構成要素 - 名称: Ammonium acetate
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 25 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: For plunging, blot force 0 and blotting time of 4 sec were applied..

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
温度最低: 77.15 K / 最高: 103.15 K
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 実像数: 21381 / 平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 92000
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER / ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1300 / 詳細: Template picking was directly applied
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

13844

最終 再構成使用したクラス数: 50 / 想定した対称性 - 点群: O (正8面体型対称) / アルゴリズム: SIMULTANEOUS ITERATIVE (SIRT) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.35 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1) / ソフトウェア - 詳細: Local refinement (NEW)
詳細: Particles were symmetry expanded for the final reconstruction, then local reconstruction was performed without symmetry application.
使用した粒子像数: 69028
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1) / ソフトウェア - 詳細: Ab-initio reconstruction
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1) / ソフトウェア - 詳細: Local refinement (NEW)
最終 3次元分類クラス数: 200 / 平均メンバー数/クラス: 2133 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1) / ソフトウェア - 詳細: 2D classification
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
詳細Initial fitting was performed in ChimeraX v1.2, then real-space refined in PHENIX v1.19
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8oiu:
Cryo-EM reconstruction of the native 24-mer E2o core of the 2-oxoglutarate dehydrogenase complex of C. thermophilum at 3.35 A resolution

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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