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万見- EMDB-16874: Structure of Candida albicans 80S ribosome in complex with mefloquine -
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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-16874 | |||||||||||||||
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タイトル | Structure of Candida albicans 80S ribosome in complex with mefloquine | |||||||||||||||
マップデータ | Unfocused map | |||||||||||||||
試料 |
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キーワード | Candida albicans / ribosome / mefloquine | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 filamentous growth of a population of unicellular organisms in response to neutral pH / cellular response to neutral pH / negative regulation of cell integrity MAPK cascade / positive regulation of conjugation with cellular fusion / filamentous growth of a population of unicellular organisms in response to biotic stimulus / filamentous growth of a population of unicellular organisms in response to starvation / yeast-form cell wall / GCN2-mediated signaling / regulation of cytoplasmic translation / hyphal cell wall ...filamentous growth of a population of unicellular organisms in response to neutral pH / cellular response to neutral pH / negative regulation of cell integrity MAPK cascade / positive regulation of conjugation with cellular fusion / filamentous growth of a population of unicellular organisms in response to biotic stimulus / filamentous growth of a population of unicellular organisms in response to starvation / yeast-form cell wall / GCN2-mediated signaling / regulation of cytoplasmic translation / hyphal cell wall / invasive growth in response to glucose limitation / negative regulation of p38MAPK cascade / filamentous growth / negative regulation of glucose mediated signaling pathway / negative regulation of translational frameshifting / ribosome-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / GDP-dissociation inhibitor activity / pre-mRNA 5'-splice site binding / mRNA destabilization / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / G-protein alpha-subunit binding / protein-RNA complex assembly / ribosomal subunit export from nucleus / positive regulation of autophagy / translation regulator activity / cytosolic ribosome / maturation of LSU-rRNA / cellular response to starvation / rescue of stalled ribosome / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / small-subunit processome / protein kinase C binding / maintenance of translational fidelity / modification-dependent protein catabolic process / rRNA processing / protein tag activity / large ribosomal subunit / extracellular vesicle / ribosome biogenesis / ribosome binding / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / cell adhesion / rRNA binding / ribosome / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / positive regulation of protein phosphorylation / G protein-coupled receptor signaling pathway / ubiquitin protein ligase binding / cell surface / RNA binding / zinc ion binding / extracellular region / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Candida albicans (酵母) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Kolosova O / Zgadzay Y / Stetsenko A / Guskov A / Yusupov M | |||||||||||||||
資金援助 | フランス, ロシア, 4件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Drug-induced rotational movement of the ribosome is a key factor for read-through enhancement 著者: Kolosova O / Zgadzay Y / Yusupov M | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_16874.map.gz | 242.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-16874-v30.xml emd-16874.xml | 98.1 KB 98.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_16874_fsc.xml | 13.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_16874.png | 149.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-16874.cif.gz | 18.6 KB | ||
その他 | emd_16874_half_map_1.map.gz emd_16874_half_map_2.map.gz | 261.8 MB 261.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16874 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16874 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_16874_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_16874_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_16874_validation.xml.gz | 23 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_16874_validation.cif.gz | 29.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16874 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16874 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8ogjMC 8cq7C 8cqwC 8creC 8oeqC 8oh6C 8oi5C 8oj3C C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_16874.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Unfocused map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.02 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half map A
ファイル | emd_16874_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B
ファイル | emd_16874_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Candida albicans 80S ribosome in complex with mefloquine
+超分子 #1: Candida albicans 80S ribosome in complex with mefloquine
+分子 #1: 25S ribosomal RNA
+分子 #2: 5S ribosomal RNA
+分子 #3: 5.8S ribosomal RNA
+分子 #4: Mixture of endogenous E-tRNAs
+分子 #46: 18S ribosomal RNA
+分子 #5: 60S ribosomal protein L2-B
+分子 #6: 60S ribosomal protein L3
+分子 #7: 60S ribosomal protein L4-B
+分子 #8: 60S ribosomal protein L5
+分子 #9: 60S ribosomal protein L6
+分子 #10: 60S ribosomal protein L7-A
+分子 #11: 60S ribosomal protein L8
+分子 #12: 60S ribosomal protein L9-B
+分子 #13: 60S ribosomal protein L10
+分子 #14: 60S ribosomal protein L11-B
+分子 #15: 60S ribosomal protein L13
+分子 #16: 60S ribosomal protein L14-B
+分子 #17: 60S ribosomal protein L15-A
+分子 #18: Ribosomal protein L13
+分子 #19: Ribosomal protein L22
+分子 #20: 60S ribosomal protein L18-A
+分子 #21: 60S ribosomal protein L19-A
+分子 #22: 60S ribosomal protein L20
+分子 #23: 60S ribosomal protein L21-A
+分子 #24: 60S ribosomal protein L22-B
+分子 #25: 60S ribosomal protein L23-A
+分子 #26: 60S ribosomal protein L24-A
+分子 #27: 60S ribosomal protein L25
+分子 #28: Ribosomal protein L24
+分子 #29: 60S ribosomal protein L27
+分子 #30: 60S ribosomal protein L28
+分子 #31: 60S ribosomal protein L29
+分子 #32: 60S ribosomal protein L30
+分子 #33: 60S ribosomal protein L31-B
+分子 #34: 60S ribosomal protein L32
+分子 #35: 60S ribosomal protein L33-A
+分子 #36: 60S ribosomal protein L34-B
+分子 #37: Ribosomal protein L29
+分子 #38: 60S ribosomal protein L36
+分子 #39: 60S ribosomal protein L37-B
+分子 #40: 60S ribosomal protein L38
+分子 #41: 60S ribosomal protein L39
+分子 #42: 60S ribosomal protein L40-B
+分子 #43: 60S ribosomal protein L41
+分子 #44: 60S ribosomal protein L42-B
+分子 #45: 60S ribosomal protein L43-A
+分子 #47: 40S ribosomal protein S0
+分子 #48: 40S ribosomal protein S1
+分子 #49: Ribosomal protein S5
+分子 #50: Ribosomal protein S3
+分子 #51: 40S ribosomal protein S4
+分子 #52: Ribosomal protein S7
+分子 #53: 40S ribosomal protein S6
+分子 #54: 40S ribosomal protein S7
+分子 #55: 40S ribosomal protein S8
+分子 #56: Ribosomal protein S4
+分子 #57: 40S ribosomal protein S10-A
+分子 #58: 40S ribosomal protein S11A
+分子 #59: 40S ribosomal protein S12
+分子 #60: 40S ribosomal protein S13
+分子 #61: 40S ribosomal protein S14-A
+分子 #62: 40S ribosomal protein S15
+分子 #63: 40S ribosomal protein S16
+分子 #64: 40S ribosomal protein S17-B
+分子 #65: 40S ribosomal protein S18-B
+分子 #66: 40S ribosomal protein S19-A
+分子 #67: Ribosomal protein S10
+分子 #68: 40S ribosomal protein S21
+分子 #69: 40S ribosomal protein S22-A
+分子 #70: Ribosomal protein S23 (S12)
+分子 #71: 40S ribosomal protein S24
+分子 #72: 40S ribosomal protein S25
+分子 #73: 40S ribosomal protein S26
+分子 #74: 40S ribosomal protein S27
+分子 #75: 40S ribosomal protein S28-B
+分子 #76: 40S ribosomal protein S29A
+分子 #77: 40S ribosomal protein S30
+分子 #78: Ubiquitin-40S ribosomal protein S31 fusion protein
+分子 #79: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein
+分子 #80: Mefloquine
+分子 #81: SPERMINE (FULLY PROTONATED FORM)
+分子 #82: MAGNESIUM ION
+分子 #83: ZINC ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 47.3 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 16.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 5.0 µm |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL |
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得られたモデル | PDB-8ogj: |