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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-16844 | |||||||||
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タイトル | Vimentin intermediate filament structure | |||||||||
マップデータ | VIF 3D structure | |||||||||
試料 |
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キーワード | vimentin / intermediate filament / cytoskeleton / STRUCTURAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 lens fiber cell development / keratin filament binding / intermediate filament organization / cellular response to muramyl dipeptide / structural constituent of eye lens / astrocyte development / Striated Muscle Contraction / RHOBTB1 GTPase cycle / intermediate filament cytoskeleton / microtubule organizing center ...lens fiber cell development / keratin filament binding / intermediate filament organization / cellular response to muramyl dipeptide / structural constituent of eye lens / astrocyte development / Striated Muscle Contraction / RHOBTB1 GTPase cycle / intermediate filament cytoskeleton / microtubule organizing center / intermediate filament / cell leading edge / Bergmann glial cell differentiation / positive regulation of collagen biosynthetic process / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / regulation of mRNA stability / phagocytic vesicle / Late endosomal microautophagy / structural constituent of cytoskeleton / nuclear matrix / cellular response to type II interferon / Aggrephagy / Chaperone Mediated Autophagy / peroxisome / neuron projection development / double-stranded RNA binding / negative regulation of neuron projection development / scaffold protein binding / cellular response to lipopolysaccharide / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / molecular adaptor activity / cytoskeleton / protein domain specific binding / axon / focal adhesion / positive regulation of gene expression / extracellular exosome / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Eibauer M / Medalia O | |||||||||
資金援助 | スイス, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024 タイトル: Vimentin filaments integrate low-complexity domains in a complex helical structure. 著者: Matthias Eibauer / Miriam S Weber / Rafael Kronenberg-Tenga / Charlie T Beales / Rajaa Boujemaa-Paterski / Yagmur Turgay / Suganya Sivagurunathan / Julia Kraxner / Sarah Köster / Robert D ...著者: Matthias Eibauer / Miriam S Weber / Rafael Kronenberg-Tenga / Charlie T Beales / Rajaa Boujemaa-Paterski / Yagmur Turgay / Suganya Sivagurunathan / Julia Kraxner / Sarah Köster / Robert D Goldman / Ohad Medalia / 要旨: Intermediate filaments (IFs) are integral components of the cytoskeleton. They provide cells with tissue-specific mechanical properties and are involved in numerous cellular processes. Due to their ...Intermediate filaments (IFs) are integral components of the cytoskeleton. They provide cells with tissue-specific mechanical properties and are involved in numerous cellular processes. Due to their intricate architecture, a 3D structure of IFs has remained elusive. Here we use cryo-focused ion-beam milling, cryo-electron microscopy and tomography to obtain a 3D structure of vimentin IFs (VIFs). VIFs assemble into a modular, intertwined and flexible helical structure of 40 α-helices in cross-section, organized into five protofibrils. Surprisingly, the intrinsically disordered head domains form a fiber in the lumen of VIFs, while the intrinsically disordered tails form lateral connections between the protofibrils. Our findings demonstrate how protein domains of low sequence complexity can complement well-folded protein domains to construct a biopolymer with striking mechanical strength and stretchability. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_16844.map.gz | 195.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-16844-v30.xml emd-16844.xml | 15.6 KB 15.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_16844_fsc.xml | 13.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_16844.png | 117.2 KB | ||
マスクデータ | emd_16844_msk_1.map | 209.3 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-16844.cif.gz | 4.5 KB | ||
その他 | emd_16844_additional_1.map.gz emd_16844_half_map_1.map.gz emd_16844_half_map_2.map.gz | 3.8 GB 164 MB 164.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16844 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16844 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_16844_validation.pdf.gz | 731.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_16844_full_validation.pdf.gz | 731.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_16844_validation.xml.gz | 20.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_16844_validation.cif.gz | 27.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16844 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16844 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8rveMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_16844.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 209.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | VIF 3D structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.0021 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_16844_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: VIF helical symmetry applied to the VIF 3D structure
ファイル | emd_16844_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | VIF helical symmetry applied to the VIF 3D structure | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: VIF 3D structure / half map 1
ファイル | emd_16844_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | VIF 3D structure / half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: VIF 3D structure / half map 2
ファイル | emd_16844_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | VIF 3D structure / half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Vimentin intermediate filament
全体 | 名称: Vimentin intermediate filament |
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要素 |
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-超分子 #1: Vimentin intermediate filament
超分子 | 名称: Vimentin intermediate filament / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 56 kDa/nm |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 62.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD 最大 デフォーカス(公称値): 2.8000000000000003 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |