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- EMDB-16778: Type six secretion system exported effector 5 (Tse5) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16778
タイトルType six secretion system exported effector 5 (Tse5)
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Tse5
    • タンパク質・ペプチド: Toxin protein Tse5
    • タンパク質・ペプチド: Toxin protein Tse5
    • タンパク質・ペプチド: Toxin protein Tse5
キーワードPore-forming protein / P.aeruginosa / effector / Bacterial Rearrangement hot spot protein / ion channel / type VI secretion system / TOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion by the type VI secretion system / toxin sequestering activity
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function DUF6531 / Domain of unknown function (DUF6531) / RHS protein / RHS protein / RHS repeat / RHS Repeat / YD repeat / Rhs repeat-associated core
類似検索 - ドメイン・相同性
Toxin protein Tse5
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas (バクテリア) / Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Gonzalez-Magana A / Tascon I / Ubarretxena-Belandia I / Albesa-Jove D
資金援助 スペイン, 2件
OrganizationGrant number
Other governmentIT1745-22
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesPID2021-127816NB-I00 スペイン
引用ジャーナル: Nat Commun / : 2023
タイトル: Structural and functional insights into the delivery of a bacterial Rhs pore-forming toxin to the membrane.
著者: Amaia González-Magaña / Igor Tascón / Jon Altuna-Alvarez / María Queralt-Martín / Jake Colautti / Carmen Velázquez / Maialen Zabala / Jessica Rojas-Palomino / Marité Cárdenas / ...著者: Amaia González-Magaña / Igor Tascón / Jon Altuna-Alvarez / María Queralt-Martín / Jake Colautti / Carmen Velázquez / Maialen Zabala / Jessica Rojas-Palomino / Marité Cárdenas / Antonio Alcaraz / John C Whitney / Iban Ubarretxena-Belandia / David Albesa-Jové /
要旨: Bacterial competition is a significant driver of toxin polymorphism, which allows continual compensatory evolution between toxins and the resistance developed to overcome their activity. Bacterial ...Bacterial competition is a significant driver of toxin polymorphism, which allows continual compensatory evolution between toxins and the resistance developed to overcome their activity. Bacterial Rearrangement hot spot (Rhs) proteins represent a widespread example of toxin polymorphism. Here, we present the 2.45 Å cryo-electron microscopy structure of Tse5, an Rhs protein central to Pseudomonas aeruginosa type VI secretion system-mediated bacterial competition. This structural insight, coupled with an extensive array of biophysical and genetic investigations, unravels the multifaceted functional mechanisms of Tse5. The data suggest that interfacial Tse5-membrane binding delivers its encapsulated pore-forming toxin fragment to the target bacterial membrane, where it assembles pores that cause cell depolarisation and, ultimately, bacterial death.
履歴
登録2023年3月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年12月6日-
マップ公開2023年12月6日-
更新2023年12月6日-
現状2023年12月6日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16778.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.92 Å/pix.
x 240 pix.
= 221.04 Å
0.92 Å/pix.
x 240 pix.
= 221.04 Å
0.92 Å/pix.
x 240 pix.
= 221.04 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.921 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.177
最小 - 最大-0.34572968 - 0.808894
平均 (標準偏差)0.00196805 (±0.023979845)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 221.04001 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_16778_msk_1.map
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_16778_half_map_1.map
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_16778_half_map_2.map
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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試料の構成要素

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全体 : Tse5

全体名称: Tse5
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Tse5
    • タンパク質・ペプチド: Toxin protein Tse5
    • タンパク質・ペプチド: Toxin protein Tse5
    • タンパク質・ペプチド: Toxin protein Tse5

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超分子 #1: Tse5

超分子名称: Tse5 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Pseudomonas aeruginosa type VI secretion system (T6SS) exported effector Tse5. The three chains result from the auto-cleavage of Tse5
由来(天然)生物種: Pseudomonas (バクテリア)
分子量理論値: 146 KDa

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分子 #1: Toxin protein Tse5

分子名称: Toxin protein Tse5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 7.456322 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MMGSSHHHHH HHHHSSGENL YFQGGSMSGL PVSHVGEKVS GGVISTGSPT VHVGSSAVGL ADRVSACVPL VGK

UniProtKB: Toxin protein Tse5

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分子 #2: Toxin protein Tse5

分子名称: Toxin protein Tse5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 125.970461 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: PVNPMLGSKL LPEEVDFALA APDTFTFARG YLSSNPRIGR LGRGWWLPGE SMHLELSEDA CVLVDAQGRR IGFPALAPGA QHYSGSEEL WLRRGGSSGG EAQAWRGRWA AVPAELQTQE GSVLVLSGHS YLHFQRCPDG IWRLQASFGR AGYRTEFRWS G RGLLTGVR ...文字列:
PVNPMLGSKL LPEEVDFALA APDTFTFARG YLSSNPRIGR LGRGWWLPGE SMHLELSEDA CVLVDAQGRR IGFPALAPGA QHYSGSEEL WLRRGGSSGG EAQAWRGRWA AVPAELQTQE GSVLVLSGHS YLHFQRCPDG IWRLQASFGR AGYRTEFRWS G RGLLTGVR DSAGRSYALV YQQACEPSEG DDGLRLFGVI LASHDGPPPD YIDPQSPGLD WLVRYQFSDS GDLIAVRDRL GQ VVRVFAW REHMLVAHGE PGGLEVRYEW DVHAPHGRVV KQIEAGGLTR TFRYLRDATE VSDSLGRVER YEFAGEGGQR RWT ALVRAD GSRSEFDYDL FGRLVAMRDP LGRETRRRRD GQGRMLEEES PGKARYRKRV DEETGLLVEL EDAMQRRWTF ERDE RGNAT TVRGPAGSTR YAYEDPRLPD RPTRIVDPRG GERRLEWNRF GLLAALTDCS GQVWRYDYDN EGRLVASSDP LGQLT RRRY DPLGQLIGLE LADGSALSYE YDALGRQTRI ADAEGHATLF SWGHGDLLAR VSDAGGGELS YLHDEAGRLV ALTNEN GVQ AQFRYDLLDR LVEETGFDGR RQRYRYNAAD ELIAREDADG RETTYAYDRD GRLASIRVPA TEHAPALVER YRWLADG RL ASAGGADCEV RYTYDEVGNL RLESQVHADG WVYSVEHSHD ALGVRQTSRY GDAPPVAWLT YGPGHLHGAL VGAVELAF E RDALHREVRR DARRDGQDDA LFTQERQHAP LGRLQRSRLR LAGGFDWQRG YRYDGLGQLV GIDDNQYPSV RYEYDLGGR LLASRRAGAA ASTYRYDAAG NRLEGVGEHA REDARQAFAE NELYRSGFSR SETRASQAGE GPARWAGNRV ERIAGNRYRF DALGNLVER IGADGERLRL AYDGAQRLVH LTRDYADGTR LEARYRYDAL SRRIAKVVLR DGVEQQVRFG WDGDRQCAEA F ARELRTTV HEPGGFVPLL RLEQACEPDP PELLQLRQAF AAEGQPLPAQ CVPALGEARI AFFHTDHLGT PLQLSDERGQ LR WQGVPDD WRAVAPERQP GAQPIRFQGQ YHDEESGLYY NRYRYYLPEA GRYASQDPLG LGGGPNPYAY ALNAPTLAYD PTG L

UniProtKB: Toxin protein Tse5

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分子 #3: Toxin protein Tse5

分子名称: Toxin protein Tse5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 15.592012 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
IIPLVVIGAF AARAAIGAAL GAGIELGMQT GKQVLGQMKD NWDSDRDLTD IKWKCIDINW KHVGASAAIG TVAPGMLSTG KTVVQSAKA IRTLSGQAAN TANRAAKLAA RKAAHADTIK KAVATQAAWQ TGKQIVKCPL KDEEEECPPQ

UniProtKB: Toxin protein Tse5

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称
20.0 mMC4H11NO3Tris HCl
150.0 mMNaClNaCl
2.0 mMC4H10O2S2DTT
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 120 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 3.6 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 94 % / チャンバー内温度: 289 K / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10244 / 平均露光時間: 10.84 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 4866119
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: Ab initio model
最終 再構成使用したクラス数: 3 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.45 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4) / 使用した粒子像数: 323963
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4)
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: Other / Chain - Initial model type: in silico model / 詳細: Buccanner
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8cp6:
Type six secretion system exported effector 5 (Tse5)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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