[日本語] English
万見
- EMDB-16680: BA.4/5-5 FAB IN COMPLEX WITH SARS-COV-2 BA.4 SPIKE GLYCOPROTEIN -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16680
タイトルBA.4/5-5 FAB IN COMPLEX WITH SARS-COV-2 BA.4 SPIKE GLYCOPROTEIN
マップデータSharpened map BA4/5 fab with BA4 Spike.
試料
  • 複合体: SARS-Coronavirus-2 BA.4 Spike Glycoprotein in complex with BA.4/5-5 fab
    • 複合体: BA.4/5-5 fab heavy and light chains.
      • タンパク質・ペプチド: BA.4/5-5 fab HEAVY CHAIN
      • タンパク質・ペプチド: BA.4/5-5 fab LIGHT CHAIN
    • 複合体: SARS-Coronavirus-2 BA.4 Spike Glycoprotein
      • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードSARS-CoV2 / spike / glycoprotein / coronavirus / antibody / fab / BA.4 / BA.5 / BA.4/5-5 / cross-protective / omicron variant / vaccine / therapeutic / complex / neutralising / convalescent sera / viral protein / immune system
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / endocytosis involved in viral entry into host cell / receptor ligand activity / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Duyvesteyn HME / Ren J / Stuart DI / Fry EE
資金援助 中国, 英国, 3件
OrganizationGrant number国
Chinese Academy of Sciences 中国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom) 英国
Wellcome Trust 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: The SARS-CoV-2 neutralizing antibody response to SD1 and its evasion by BA.2.86.
著者: Daming Zhou / Piyada Supasa / Chang Liu / Aiste Dijokaite-Guraliuc / Helen M E Duyvesteyn / Muneeswaran Selvaraj / Alexander J Mentzer / Raksha Das / Wanwisa Dejnirattisai / Nigel Temperton / ...著者: Daming Zhou / Piyada Supasa / Chang Liu / Aiste Dijokaite-Guraliuc / Helen M E Duyvesteyn / Muneeswaran Selvaraj / Alexander J Mentzer / Raksha Das / Wanwisa Dejnirattisai / Nigel Temperton / Paul Klenerman / Susanna J Dunachie / Elizabeth E Fry / Juthathip Mongkolsapaya / Jingshan Ren / David I Stuart / Gavin R Screaton /
要旨: Under pressure from neutralising antibodies induced by vaccination or infection the SARS-CoV-2 spike gene has become a hotspot for evolutionary change, leading to the failure of all mAbs developed ...Under pressure from neutralising antibodies induced by vaccination or infection the SARS-CoV-2 spike gene has become a hotspot for evolutionary change, leading to the failure of all mAbs developed for clinical use. Most potent antibodies bind to the receptor binding domain which has become heavily mutated. Here we study responses to a conserved epitope in sub-domain-1 (SD1) of spike which have become more prominent because of mutational escape from antibodies directed to the receptor binding domain. Some SD1 reactive mAbs show potent and broad neutralization of SARS-CoV-2 variants. We structurally map the dominant SD1 epitope and provide a mechanism of action by blocking interaction with ACE2. Mutations in SD1 have not been sustained to date, but one, E554K, leads to escape from mAbs. This mutation has now emerged in several sublineages including BA.2.86, reflecting selection pressure on the virus exerted by the increasing prominence of the anti-SD1 response.
履歴
登録2023年2月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年2月21日-
マップ公開2024年2月21日-
更新2024年11月20日-
現状2024年11月20日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_16680.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16680.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 347.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map BA4/5 fab with BA4 Spike.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.73 Å/pix.
x 450 pix.
= 328.635 Å		0.73 Å/pix.
x 450 pix.
= 328.635 Å		0.73 Å/pix.
x 450 pix.
= 328.635 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.7303 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0646
最小 - 最大-0.15558796 - 0.40766332
平均 (標準偏差)0.00065437565 (±0.012944784)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ450450450
Spacing450450450
セルA=B=C: 328.635 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: Half map BA4/5 fab with BA4 Spike.

ファイルemd_16680_half_map_1.map
注釈Half map BA4/5 fab with BA4 Spike.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map BA4/5 fab with BA4 Spike.

ファイルemd_16680_half_map_2.map
注釈Half map BA4/5 fab with BA4 Spike.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : SARS-Coronavirus-2 BA.4 Spike Glycoprotein in complex with BA.4/5...

全体名称: SARS-Coronavirus-2 BA.4 Spike Glycoprotein in complex with BA.4/5-5 fab
要素
  • 複合体: SARS-Coronavirus-2 BA.4 Spike Glycoprotein in complex with BA.4/5-5 fab
    • 複合体: BA.4/5-5 fab heavy and light chains.
      • タンパク質・ペプチド: BA.4/5-5 fab HEAVY CHAIN
      • タンパク質・ペプチド: BA.4/5-5 fab LIGHT CHAIN
    • 複合体: SARS-Coronavirus-2 BA.4 Spike Glycoprotein
      • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

-
超分子 #1: SARS-Coronavirus-2 BA.4 Spike Glycoprotein in complex with BA.4/5...

超分子名称: SARS-Coronavirus-2 BA.4 Spike Glycoprotein in complex with BA.4/5-5 fab
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

-
超分子 #2: BA.4/5-5 fab heavy and light chains.

超分子名称: BA.4/5-5 fab heavy and light chains. / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
詳細: Fab fragment, recombinantely expressed (sequence from convalescent sera).
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
超分子 #3: SARS-Coronavirus-2 BA.4 Spike Glycoprotein

超分子名称: SARS-Coronavirus-2 BA.4 Spike Glycoprotein / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

-
分子 #1: Spike glycoprotein

分子名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 124.616305 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: TQSYTNSFTR GVYYPDKVFR SSVLHSTQDL FLPFFSNVTW FHAIHVSGTN GTKRFDNPVL PFNDGVYFAS TEKSNIIRGW IFGTTLDSK TQSLLIVNNA TNVVIKVCEF QFCNDPFLDV YYHKNNKSWM ESEFRVYSSA NNCTFEYVSQ PFLMDLEGKQ G NFKNLREF ...文字列:
TQSYTNSFTR GVYYPDKVFR SSVLHSTQDL FLPFFSNVTW FHAIHVSGTN GTKRFDNPVL PFNDGVYFAS TEKSNIIRGW IFGTTLDSK TQSLLIVNNA TNVVIKVCEF QFCNDPFLDV YYHKNNKSWM ESEFRVYSSA NNCTFEYVSQ PFLMDLEGKQ G NFKNLREF VFKNIDGYFK IYSKHTPINL VRDLPQGFSA LEPLVDLPIG INITRFQTLL ALHRSYLTPG DSSSGWTAGA AA YYVGYLQ PRTFLLKYNE NGTITDAVDC ALDPLSETKC TLKSFTVEKG IYQTSNFRVQ PTESIVRFPN ITNLCPFDEV FNA TRFASV YAWNRKRISN CVADYSVLYN FAPFFAFKCY GVSPTKLNDL CFTNVYADSF VIRGNEVSQI APGQTGNIAD YNYK LPDDF TGCVIAWNSN KLDSKVGGNY NYRYRLFRKS NLKPFERDIS TEIYQAGNKP CNGVAGVNCY FPLQSYGFRP TYGVG HQPY RVVVLSFELL HAPATVCGPK KSTNLVKNKC VNFNFNGLTG TGVLTESNKK FLPFQQFGRD IADTTDAVRD PQTLEI LDI TPCSFGGVSV ITPGTNTSNQ VAVLYQGVNC TEVPVAIHAD QLTPTWRVYS TGSNVFQTRA GCLIGAEYVN NSYECDI PI GAGICASYQT QTNSPRRARS VASQSIIAYT MSLGAENSVA YSNNSIAIPT NFTISVTTEI LPVSMTKTSV DCTMYICG D STECSNLLLQ YGSFCTQLKR ALTGIAVEQD KNTQEVFAQV KQIYKTPPIK YFGGFNFSQI LPDPSKPSKR SFIEDLLFN KVTLADAGFI KQYGDCLGDI AARDLICAQK FNGLTVLPPL LTDEMIAQYT SALLAGTITS GWTFGAGAAL QIPFAMQMAY RFNGIGVTQ NVLYENQKLI ANQFNSAIGK IQDSLSSTAS ALGKLQDVVN HNAQALNTLV KQLSSKFGAI SSVLNDILSR L DPPEAEVQ IDRLITGRLQ SLQTYVTQQL IRAAEIRASA NLAATKMSEC VLGQSKRVDF CGKGYHLMSF PQSAPHGVVF LH VTYVPAQ EKNFTTAPAI CHDGKAHFPR EGVFVSNGTH WFVTQRNFYE PQIITTDNTF VSGNCDVVIG IVNNTVYDPL QPE LDS

UniProtKB: Spike glycoprotein

-
分子 #2: BA.4/5-5 fab HEAVY CHAIN

分子名称: BA.4/5-5 fab HEAVY CHAIN / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.612451 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLVESGPG LVKPSETLSL TCSVSGGSID NFYWSWIRQP PGKGLEWIGN IYYGGSGNYN PSLKSRVTIS VDTSKNQVSL KLRSVTAAD TAVYYCARDS VWYTGSYGLI YWGPGTLVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGALT ...文字列:
QVQLVESGPG LVKPSETLSL TCSVSGGSID NFYWSWIRQP PGKGLEWIGN IYYGGSGNYN PSLKSRVTIS VDTSKNQVSL KLRSVTAAD TAVYYCARDS VWYTGSYGLI YWGPGTLVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGALT SGVHTFPAVL QSSGLYSLSS VVTVPSSSLG TQTYICNVNH KPSNTKVDKR VEPKS

-
分子 #3: BA.4/5-5 fab LIGHT CHAIN

分子名称: BA.4/5-5 fab LIGHT CHAIN / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.616102 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: SVVTQPASVS GSPGQSITIS CTGTSSDVGS YNLVSWFQQH PGKAPKLMIY EVTKRPSGIS NRFSGSKSGN TASLTISRLQ AEDEADYYC CSYAGSSTVV FGGGTKLTVL GQPKANPTVT LFPPSSEELQ ANKATLVCLI SDFYPGAVTV AWKADSSPVK A GVETTTPS ...文字列:
SVVTQPASVS GSPGQSITIS CTGTSSDVGS YNLVSWFQQH PGKAPKLMIY EVTKRPSGIS NRFSGSKSGN TASLTISRLQ AEDEADYYC CSYAGSSTVV FGGGTKLTVL GQPKANPTVT LFPPSSEELQ ANKATLVCLI SDFYPGAVTV AWKADSSPVK A GVETTTPS KQSNNKYAAS SYLSLTPEQW KSHRSYSCQV THEGSTVEKT VAPTEC

-
分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 27 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.7 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: C-flat-2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.5 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / 詳細: Ab initio model generation.
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 108365
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類クラス数: 5 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

-
原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 65.6
得られたモデル

PDB-8cin:
BA.4/5-5 FAB IN COMPLEX WITH SARS-COV-2 BA.4 SPIKE GLYCOPROTEIN

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る