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- EMDB-16676: Delta-RBD complex with BA.2-07 fab, SARS1-34 fab and C1 nanobody -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16676
タイトルDelta-RBD complex with BA.2-07 fab, SARS1-34 fab and C1 nanobody
マップデータ
試料
  • 複合体: Delta-RBD complex with BA.2-07 fab, SARS1-34 fab and C1 nanobody
    • 複合体: SARS1-34 fab
      • タンパク質・ペプチド: SARS1-34 fab Heavy Chain
      • タンパク質・ペプチド: SARS1-34 fab Light Chain
    • 複合体: BA.2-07 fab
      • タンパク質・ペプチド: BA.2-07 fab Heavy Chain
      • タンパク質・ペプチド: BA.2-07 fab Light Chain
    • 複合体: C1 nanobody
      • タンパク質・ペプチド: C1 nanobody
    • 複合体: Delta-RBD
      • タンパク質・ペプチド: Spike protein S2'
キーワードSARS-CoV2 / spike / glycoprotein / cornovavirus / antibody / fab / BA.4 / BA.5 / BA.2 / Delta variant / cross-protective / omicron variant / vaccine / therapeutic / complex / neutralising / convalescent sera / viral protein / immune system / C1 nanobody / SARS1-34 fab / BA.2-07 fab / VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト) / Lama glama (ラマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Duyvesteyn HME / Ren J / Stuart DI / Fry EE
資金援助 英国, 中国, 4件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust203141/A/16/Z 英国
Wellcome Trust101122/Z/13/Z 英国
Chinese Academy of Sciences2018-I2M-2-002 中国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/N00065X/1 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Potent cross-reactive mAbs from BA.4/5 breakthrough infection
著者: Duyvesteyn HME / Screaton G / Ren J / Stuart DI / Fry EE
履歴
登録2023年2月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年2月21日-
マップ公開2024年2月21日-
更新2024年2月21日-
現状2024年2月21日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16676.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16676.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.7303 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0992
最小 - 最大-0.17540833 - 0.3850543
平均 (標準偏差)0.00003099344 (±0.0069553736)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 292.12 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_16676_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_16676_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Delta-RBD complex with BA.2-07 fab, SARS1-34 fab and C1 nanobody

全体名称: Delta-RBD complex with BA.2-07 fab, SARS1-34 fab and C1 nanobody
要素
  • 複合体: Delta-RBD complex with BA.2-07 fab, SARS1-34 fab and C1 nanobody
    • 複合体: SARS1-34 fab
      • タンパク質・ペプチド: SARS1-34 fab Heavy Chain
      • タンパク質・ペプチド: SARS1-34 fab Light Chain
    • 複合体: BA.2-07 fab
      • タンパク質・ペプチド: BA.2-07 fab Heavy Chain
      • タンパク質・ペプチド: BA.2-07 fab Light Chain
    • 複合体: C1 nanobody
      • タンパク質・ペプチド: C1 nanobody
    • 複合体: Delta-RBD
      • タンパク質・ペプチド: Spike protein S2'

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超分子 #1: Delta-RBD complex with BA.2-07 fab, SARS1-34 fab and C1 nanobody

超分子名称: Delta-RBD complex with BA.2-07 fab, SARS1-34 fab and C1 nanobody
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

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超分子 #2: SARS1-34 fab

超分子名称: SARS1-34 fab / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #3: BA.2-07 fab

超分子名称: BA.2-07 fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4-#5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #4: C1 nanobody

超分子名称: C1 nanobody / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #6
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)

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超分子 #5: Delta-RBD

超分子名称: Delta-RBD / タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

+
分子 #1: Spike protein S2'

分子名称: Spike protein S2' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.935734 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: HHHHHHTNLC PFGEVFNATR FASVYAWNRK RISNCVADYS VLYNSASFST FKCYGVSPTK LNDLCFTNVY ADSFVIRGDE VRQIAPGQT GKIADYNYKL PDDFTGCVIA WNSNNLDSKV GGNYNYRYRL FRKSNLKPFE RDISTEIYQA GSKPCNGVEG F NCYFPLQS ...文字列:
HHHHHHTNLC PFGEVFNATR FASVYAWNRK RISNCVADYS VLYNSASFST FKCYGVSPTK LNDLCFTNVY ADSFVIRGDE VRQIAPGQT GKIADYNYKL PDDFTGCVIA WNSNNLDSKV GGNYNYRYRL FRKSNLKPFE RDISTEIYQA GSKPCNGVEG F NCYFPLQS YGFQPTNGVG YQPYRVVVLS FELLHAPATV CGKK

UniProtKB: Spike glycoprotein

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分子 #2: SARS1-34 fab Heavy Chain

分子名称: SARS1-34 fab Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.447453 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: QVQLVESGPG LVKPSETLSL TCTVSGDSVT SYHWSWIRQP PGKGLEWIGY IYYSGFTTYN PSLKSRVTMS LDTSKNQFSL RLSSVTAAD TAVYYCVRLL SGSLYWNHWF DPWGQGTLVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC LVKDYFPEPV T VSWNSGAL ...文字列:
QVQLVESGPG LVKPSETLSL TCTVSGDSVT SYHWSWIRQP PGKGLEWIGY IYYSGFTTYN PSLKSRVTMS LDTSKNQFSL RLSSVTAAD TAVYYCVRLL SGSLYWNHWF DPWGQGTLVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC LVKDYFPEPV T VSWNSGAL TSGVHTFPAV LQSSGLYSLS SVVTVPSSSL GTQTYICNVN HKPSNTKVDK RVEPKSCDK

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分子 #3: SARS1-34 fab Light Chain

分子名称: SARS1-34 fab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.334879 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: AIQLTQSPST LSASVGDRVT ITCRASQSID NWLAWYQQKP GKAPKLLIYD GSSLQSGVPS RFSGSGSGTE FTLTISSLQP DDFATYYCQ QYNSLFLTFG GGTKVEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列:
AIQLTQSPST LSASVGDRVT ITCRASQSID NWLAWYQQKP GKAPKLLIYD GSSLQSGVPS RFSGSGSGTE FTLTISSLQP DDFATYYCQ QYNSLFLTFG GGTKVEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC

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分子 #4: BA.2-07 fab Heavy Chain

分子名称: BA.2-07 fab Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.33509 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EVQLVQSGAE VKEPGSSVKV SCKASGGSFS TSGISWVRQA PGQGLEWMGV IIPIQGTGNY AQKFQGRVTI TADESTTTVY MELSSLRSD DTALYYCARD QHIYDSSGHG GLWFDPWGQG TLVTVSSAST KGPSVFPLAP SSKSTSGGTA ALGCLVKDYF P EPVTVSWN ...文字列:
EVQLVQSGAE VKEPGSSVKV SCKASGGSFS TSGISWVRQA PGQGLEWMGV IIPIQGTGNY AQKFQGRVTI TADESTTTVY MELSSLRSD DTALYYCARD QHIYDSSGHG GLWFDPWGQG TLVTVSSAST KGPSVFPLAP SSKSTSGGTA ALGCLVKDYF P EPVTVSWN SGALTSGVHT FPAVLQSSGL YSLSSVVTVP SSSLGTQTYI CNVNHKPSNT KVDKRVEPKS CDK

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分子 #5: BA.2-07 fab Light Chain

分子名称: BA.2-07 fab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.256824 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: AIRMTQSPSS LSASVGDRVT ITCRASQSIS SYLNWYQQKP GKAPKVLIYG ASSLHSGVPS RFSGSGSGTD FTLTISRLQP EDFATYYCQ QSHSSPRSFG GGTKVEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列:
AIRMTQSPSS LSASVGDRVT ITCRASQSIS SYLNWYQQKP GKAPKVLIYG ASSLHSGVPS RFSGSGSGTD FTLTISRLQP EDFATYYCQ QSHSSPRSFG GGTKVEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC

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分子 #6: C1 nanobody

分子名称: C1 nanobody / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
分子量理論値: 14.659114 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
QVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFTND FYSIAWFRQA PGKEREGVSW LSVSDNTPTY VDSVKDRFTI SRHNANNTVY LQMNMLKPE DTAIYYCAAG RFAGRDTWPS SYDYWGQGTQ VTVSSKHHHH HH

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.5 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 165000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / 詳細: Ab initio model determined in cryoSPARC
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 1207910
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 72
得られたモデル

PDB-8cii:
Delta-RBD complex with BA.2-07 fab, SARS1-34 fab and C1 nanobody

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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