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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-16564 | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Human heparan sulfate N-deacetylase-N-sulfotransferase 1 in complex with calcium and 3'-phosphoadenosine-5'-phosphosulfate | |||||||||||||||||||||
マップデータ | ||||||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | Deacetylase / Sulfotransferase / Heparan Sulfate / Carbohydrate / Glycosaminoglycan | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 [heparan sulfate]-glucosamine N-sulfotransferase / [heparan sulfate]-glucosamine N-sulfotransferase activity / heparan sulfate N-deacetylase activity / N-acetylglucosamine deacetylase activity / heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process, enzymatic modification / heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process, polysaccharide chain biosynthetic process / heparin biosynthetic process / embryonic viscerocranium morphogenesis / embryonic neurocranium morphogenesis / HS-GAG biosynthesis ...[heparan sulfate]-glucosamine N-sulfotransferase / [heparan sulfate]-glucosamine N-sulfotransferase activity / heparan sulfate N-deacetylase activity / N-acetylglucosamine deacetylase activity / heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process, enzymatic modification / heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process, polysaccharide chain biosynthetic process / heparin biosynthetic process / embryonic viscerocranium morphogenesis / embryonic neurocranium morphogenesis / HS-GAG biosynthesis / deacetylase activity / cardiac septum development / respiratory gaseous exchange by respiratory system / coronary vasculature development / positive regulation of smoothened signaling pathway / aorta development / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / midbrain development / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / trans-Golgi network membrane / forebrain development / cell population proliferation / positive regulation of MAPK cascade / inflammatory response / Golgi membrane / Golgi apparatus 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Mycroft-West CJ / Wu L | |||||||||||||||||||||
資金援助 | 英国, 6件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Structural and mechanistic characterization of bifunctional heparan sulfate N-deacetylase-N-sulfotransferase 1. 著者: Courtney J Mycroft-West / Sahar Abdelkarim / Helen M E Duyvesteyn / Neha S Gandhi / Mark A Skidmore / Raymond J Owens / Liang Wu / 要旨: Heparan sulfate (HS) polysaccharides are major constituents of the extracellular matrix, which are involved in myriad structural and signaling processes. Mature HS polysaccharides contain complex, ...Heparan sulfate (HS) polysaccharides are major constituents of the extracellular matrix, which are involved in myriad structural and signaling processes. Mature HS polysaccharides contain complex, non-templated patterns of sulfation and epimerization, which mediate interactions with diverse protein partners. Complex HS modifications form around initial clusters of glucosamine-N-sulfate (GlcNS) on nascent polysaccharide chains, but the mechanistic basis underpinning incorporation of GlcNS itself into HS remains unclear. Here, we determine cryo-electron microscopy structures of human N-deacetylase-N-sulfotransferase (NDST)1, the bifunctional enzyme primarily responsible for initial GlcNS modification of HS. Our structures reveal the architecture of both NDST1 deacetylase and sulfotransferase catalytic domains, alongside a non-catalytic N-terminal domain. The two catalytic domains of NDST1 adopt a distinct back-to-back topology that limits direct cooperativity. Binding analyses, aided by activity-modulating nanobodies, suggest that anchoring of the substrate at the sulfotransferase domain initiates the NDST1 catalytic cycle, providing a plausible mechanism for cooperativity despite spatial domain separation. Our data shed light on key determinants of NDST1 activity, and describe tools to probe NDST1 function in vitro and in vivo. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_16564.map.gz | 301.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-16564-v30.xml emd-16564.xml | 16.2 KB 16.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_16564_fsc.xml | 15.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_16564.png | 61.8 KB | ||
マスクデータ | emd_16564_msk_1.map | 325 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-16564.cif.gz | 6.3 KB | ||
その他 | emd_16564_half_map_1.map.gz emd_16564_half_map_2.map.gz | 301.4 MB 301.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16564 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16564 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_16564_validation.pdf.gz | 901.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_16564_full_validation.pdf.gz | 901.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_16564_validation.xml.gz | 23.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_16564_validation.cif.gz | 30.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16564 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16564 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8ccyMC 8cd0C 8chsC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_16564.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.73 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_16564_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_16564_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_16564_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Human heparan sulfate N-deacetylase-N-sulfotransferase 1
全体 | 名称: Human heparan sulfate N-deacetylase-N-sulfotransferase 1 |
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要素 |
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-超分子 #1: Human heparan sulfate N-deacetylase-N-sulfotransferase 1
超分子 | 名称: Human heparan sulfate N-deacetylase-N-sulfotransferase 1 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Bifunctional heparan sulfate N-deacetylase/N-sulfotransferase 1
分子 | 名称: Bifunctional heparan sulfate N-deacetylase/N-sulfotransferase 1 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO EC番号: 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 92.407461 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: SRTDPLVLVF VESLYSQLGQ EVVAILESSR FKYRTEIAPG KGDMPTLTDK GRGRFALIIY ENILKYVNLD AWNRELLDKY CVAYGVGII GFFKANENSL LSAQLKGFPL FLHSNLGLKD CSINPKSPLL YVTRPSEVEK GVLPGEDWTV FQSNHSTYEP V LLAKTRSS ...文字列: SRTDPLVLVF VESLYSQLGQ EVVAILESSR FKYRTEIAPG KGDMPTLTDK GRGRFALIIY ENILKYVNLD AWNRELLDKY CVAYGVGII GFFKANENSL LSAQLKGFPL FLHSNLGLKD CSINPKSPLL YVTRPSEVEK GVLPGEDWTV FQSNHSTYEP V LLAKTRSS ESIPHLGADA GLHAALHATV VQDLGLHDGI QRVLFGNNLN FWLHKLVFVD AVAFLTGKRL SLPLDRYILV DI DDIFVGK EGTRMKVEDV KALFDTQNEL RAHIPNFTFN LGYSGKFFHT GTNAEDAGDD LLLSYVKEFW WFPHMWSHMQ PHL FHNQSV LAEQMALNKK FAVEHGIPTD MGYAVAPHHS GVYPVHVQLY EAWKQVWSIR VTSTEEYPHL KPARYRRGFI HNGI MVLPR QTCGLFTHTI FYNEYPGGSS ELDKIINGGE LFLTVLLNPI SIFMTHLSNY GNDRLGLYTF KHLVRFLHSW TNLRL QTLP PVQLAQKYFQ IFSEEKDPLW QDPCEDKRHK DIWSKEKTCD RFPKLLIIGP QKTGTTALYL FLGMHPDLSS NYPSSE TFE EIQFFNGHNY HKGIDWYMEF FPIPSNTTSD FYFEKSANYF DSEVAPRRAA ALLPKAKVLT ILINPADRAY SWYQHQR AH DDPVALKYTF HEVITAGSDA SSKLRALQNR CLVPGWYATH IERWLSAYHA NQILVLDGKL LRTEPAKVMD MVQKFLGV T NTIDYHKTLA FDPKKGFWCQ LLEGGKTKCL GKSKGRKYPE MDLDSRAFLK DYYRDHNIEL SKLLYKMGQT LPTWLREDL QNTR UniProtKB: Bifunctional heparan sulfate N-deacetylase/N-sulfotransferase 1 |
-分子 #2: ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: A3P |
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分子量 | 理論値: 427.201 Da |
Chemical component information | ChemComp-A3P: |
-分子 #3: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: CA |
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分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-分子 #4: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 23 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.4 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 6.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
詳細 | Monodisperse sample from size exclusion |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.6 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 倍率(公称値): 165000 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |