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- EMDB-16521: Cryo-EM structure of the Cibeles-Demetra 3:3 heterocomplex from G... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16521
タイトルCryo-EM structure of the Cibeles-Demetra 3:3 heterocomplex from Galleria mellonella saliva
マップデータ
試料
  • 複合体: Cibeles-Demetra heterocomplex
    • タンパク質・ペプチド: Arylphorin
    • タンパク質・ペプチド: Demetra
  • リガンド: COPPER (II) ION
  • リガンド: water
キーワードGalleria mellonella / Wax worm saliva / Plastic degradation / Polyethylene degradation / PEases / Hexamerin / Hemocyanin/phenoloxidase superfamily / Metal binding / Arylphorin / UNKNOWN FUNCTION
機能・相同性
機能・相同性情報


nutrient reservoir activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Arthropod hemocyanins / insect LSPs signature 1. / Arthropod hemocyanins / insect LSPs signature 2. / Hemocyanin, N-terminal / Hemocyanin, N-terminal domain superfamily / Hemocyanin, all-alpha domain / Hemocyanin/hexamerin middle domain / Hemocyanin, C-terminal / Hemocyanin, C-terminal domain superfamily / Hemocyanin, copper containing domain / Hemocyanin, ig-like domain ...Arthropod hemocyanins / insect LSPs signature 1. / Arthropod hemocyanins / insect LSPs signature 2. / Hemocyanin, N-terminal / Hemocyanin, N-terminal domain superfamily / Hemocyanin, all-alpha domain / Hemocyanin/hexamerin middle domain / Hemocyanin, C-terminal / Hemocyanin, C-terminal domain superfamily / Hemocyanin, copper containing domain / Hemocyanin, ig-like domain / Hemocyanin/hexamerin / Di-copper centre-containing domain superfamily / Immunoglobulin E-set
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Galleria mellonella (ハチノスツヅリガ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.29 Å
データ登録者Spinola-Amilibia M / Arias-Palomo E / Araujo-Bazan L / Berger JM
資金援助 ドイツ, ベルギー, スペイン, 7件
OrganizationGrant number国
Roechling Stiftung ドイツ
NATO Science for Peace and Security ProgramSPS G5536 ベルギー
Junta de Castilla y Leon, Consejeria de Educacion y Cultura y Fondo Social EuropeoBU263P18 スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesPID2019-111215RB-100 スペイン
Generalitat de Catalunya2017 SGR 1192 スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesPID2020-120275GB-I00 スペイン
Spanish National Research Council スペイン
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023
タイトル: Plastic degradation by insect hexamerins: Near-atomic resolution structures of the polyethylene-degrading proteins from the wax worm saliva.
著者: Mercedes Spínola-Amilibia / Ramiro Illanes-Vicioso / Elena Ruiz-López / Pere Colomer-Vidal / Francisco Rodriguez-Ventura / Rosa Peces Pérez / Clemente F Arias / Tomas Torroba / Maria Solà ...著者: Mercedes Spínola-Amilibia / Ramiro Illanes-Vicioso / Elena Ruiz-López / Pere Colomer-Vidal / Francisco Rodriguez-Ventura / Rosa Peces Pérez / Clemente F Arias / Tomas Torroba / Maria Solà / Ernesto Arias-Palomo / Federica Bertocchini /
要旨: Plastic waste management is a pressing ecological, social, and economic challenge. The saliva of the lepidopteran larvae is capable of oxidizing and depolymerizing polyethylene in hours at room ...Plastic waste management is a pressing ecological, social, and economic challenge. The saliva of the lepidopteran larvae is capable of oxidizing and depolymerizing polyethylene in hours at room temperature. Here, we analyze by cryo-electron microscopy (cryo-EM) 's saliva directly from the native source. The three-dimensional reconstructions reveal that the buccal secretion is mainly composed of four hexamerins belonging to the hemocyanin/phenoloxidase family, renamed Demetra, Cibeles, Ceres, and a previously unidentified factor termed Cora. Functional assays show that this factor, as its counterparts Demetra and Ceres, is also able to oxidize and degrade polyethylene. The cryo-EM data and the x-ray analysis from purified fractions show that they self-assemble primarily into three macromolecular complexes with striking structural differences that likely modulate their activity. Overall, these results establish the ground to further explore the hexamerins' functionalities, their role in vivo, and their eventual biotechnological application.
履歴
登録2023年1月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年10月4日-
マップ公開2023年10月4日-
更新2023年10月4日-
現状2023年10月4日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16521.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16521.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 199.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 374 pix.
= 305.165 Å		0.82 Å/pix.
x 374 pix.
= 305.165 Å		0.82 Å/pix.
x 374 pix.
= 305.165 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.81595 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.032
最小 - 最大-0.09567714 - 0.19876005
平均 (標準偏差)0.000106571584 (±0.00783634)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ374374374
Spacing374374374
セルA=B=C: 305.16528 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_16521_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #1

ファイルemd_16521_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_16521_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_16521_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cibeles-Demetra heterocomplex

全体名称: Cibeles-Demetra heterocomplex
要素
  • 複合体: Cibeles-Demetra heterocomplex
    • タンパク質・ペプチド: Arylphorin
    • タンパク質・ペプチド: Demetra
  • リガンド: COPPER (II) ION
  • リガンド: water

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超分子 #1: Cibeles-Demetra heterocomplex

超分子名称: Cibeles-Demetra heterocomplex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
詳細: Complex of two trimeric rings of Cibeles and Demetra
由来(天然)生物種: Galleria mellonella (ハチノスツヅリガ)

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分子 #1: Arylphorin

分子名称: Arylphorin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Galleria mellonella (ハチノスツヅリガ)
分子量理論値: 83.778 KDa
配列文字列: MQTVLFLAAL VSLAAAGYPQ YHYDVETRKL DPSLLNIQTK VLSLLENWKQ VNPDDEYYKI GKEYNVEANM ESYTNREVVT EFLSLYKAG FIPKNEVFSI FYENQALEVI ALYRLFYYAK DFETFYKTAA FARVWLNEGQ FVYAFYLAVI HRADTRGIVL P APYEIWPE ...文字列:
MQTVLFLAAL VSLAAAGYPQ YHYDVETRKL DPSLLNIQTK VLSLLENWKQ VNPDDEYYKI GKEYNVEANM ESYTNREVVT EFLSLYKAG FIPKNEVFSI FYENQALEVI ALYRLFYYAK DFETFYKTAA FARVWLNEGQ FVYAFYLAVI HRADTRGIVL P APYEIWPE YFMNSDVLSK IYRIQMQKGL IIPEQGPYYG ILSKDNAYYF YANYSGPLTY EDNENLLSYF IEDIGWNSYY YY FHNRFPF WENGEQLIGP LKERRGEIYY YVYQKILARY YLERLANGLG EIPRFNWLDK YQTSYYPLLS SYQLPFAQRN DDY YLASGD NINDIQFIDT YEKTFLQLLQ KGQFKAYKQE VDLYNSKSIN FVGNYWQSNA DLYEKVPKRN YWRSYEATAR RVLG AAPRS SINYENMNIP TALDFYQTSL RDPAFYQLYA KILDYINEYK EYLEPYSQDV LHYVGVKIND VKVDKLVTYF EYFDW NATN AVYLSEQQLD TVSPSYIVRQ PRLNNKPFTV NIDIKSDVES EVVVKIFLGP KYDGNGLPIS LEDNWINFIE LDWFTH KLT SGQNKIARKS EEFFFFKDDS VSLFKIYELL SNGQVPSYMV DRYIYLPRRL ILPRGTQRGF PLQLFVVVYP YQAPVKE WE SMRQYIVDNK PFGYPFDRPV TLPYYFNQPN MYFKDVYVYQ EGEQYPYYNS YWSQNQVSNH

UniProtKB: Arylphorin

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分子 #2: Demetra

分子名称: Demetra / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Galleria mellonella (ハチノスツヅリガ)
分子量理論値: 83.310484 KDa
配列文字列: MKTVLVLAAL IGLVAAGYPL FNNNVKTKTL DPNLVNIQKK VLLLLENWKQ VDPDDEYYKI GKEYNIEANI ESYTNREVVT EFLSLYKTG FTAKNQIFSI YYENQALEVR ALYRLFYYAK DFETFYKTAA FARVWLNEGQ FIYAFYIAVI HRADTRGIVL P APYEIWPE ...文字列:
MKTVLVLAAL IGLVAAGYPL FNNNVKTKTL DPNLVNIQKK VLLLLENWKQ VDPDDEYYKI GKEYNIEANI ESYTNREVVT EFLSLYKTG FTAKNQIFSI YYENQALEVR ALYRLFYYAK DFETFYKTAA FARVWLNEGQ FIYAFYIAVI HRADTRGIVL P APYEIWPE YFVNSDVLAK INRIQMQKGL ILPETAQYYG VLAKDNAYYF YANYSGPWTY ENNENLLSYF IEDVAWNSYY YY FHSKLQF WEKGENAIGP FKERRGEIYY FIYQQILARY YLERLSNGLG EIPRFNWNDR LQAGYYPLLT THQIPFAQRN GDY YLANDD NIEDIQFVDS YEKTFLQFLQ KGQFKAYKQE VDLYNSKSVN FVGNYWQANV DLYEKVPQRN YLRSYEDAAR RILG AAPRN SYENLNVPTA LDFYQTSLRD PAFYQLYAKI LDFINQYKEY LEPYTQDVLH FVGVKINDVK VDKLVTYFEY FDWNA TNAV YLSEQQLDTG SPSYIVRQPR LNNQPFTVTI DIKSDVESEA VIKIFIGPKY DGNGYPIDLE NNWVNLVEID WFTHKL TSG QNKIERKSEN FFWFKEDSVS VSKIYELLNN GQVPRYMIEK FLLLPRRLLL PRGTEGGVPF QFFVFVYPYQ APYKEWE PM KEFVVDNKPF GYPFDRPVTE SYYFTQPNMY FKDVYIYQEG EEYPYYTSYW SQNQVPKH

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分子 #7: COPPER (II) ION

分子名称: COPPER (II) ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 3 / 式: CU
分子量理論値: 63.546 Da
Chemical component information

ChemComp-CU:
COPPER (II) ION

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分子 #8: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 2107 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMHEPESHEPES
50.0 mMNaClSodium chloride
0.5 %GlycerolGlycerol
0.015 %NP-40Nonidet P-40
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 2 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: 25 mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
実像数: 6386 / 平均露光時間: 5.5 sec. / 平均電子線量: 58.3 e/Å2
詳細: Images were collected in super-resolution mode (pixel size of 0.543 angstrom)
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.1 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Super-resolution counting mode
粒子像選択選択した数: 1826686 / 詳細: Autopicking from relion_3.1 with two templates
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

3wjm

最終 再構成使用したクラス数: 3 / 想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.29 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 152240
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類クラス数: 6 / 平均メンバー数/クラス: 47500 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 45.533
得られたモデル

PDB-8ca9:
Cryo-EM structure of the Cibeles-Demetra 3:3 heterocomplex from Galleria mellonella saliva

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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