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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-16496 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM captures early ribosome assembly in action | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | ribosome / ribosome assembly / ribosome biogenesis / total reconstitution / RNA / ribosomal protein. | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / translation repressor activity / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / ribosome assembly / assembly of large subunit precursor of preribosome / cytosolic ribosome assembly ...transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / translation repressor activity / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / ribosome assembly / assembly of large subunit precursor of preribosome / cytosolic ribosome assembly / response to reactive oxygen species / regulation of cell growth / DNA-templated transcription termination / response to radiation / mRNA 5'-UTR binding / large ribosomal subunit / ribosome binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.12 Å | |||||||||
データ登録者 | Lauer S / Nikolay R / Qin B | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Cryo-EM captures early ribosome assembly in action. 著者: Bo Qin / Simon M Lauer / Annika Balke / Carlos H Vieira-Vieira / Jörg Bürger / Thorsten Mielke / Matthias Selbach / Patrick Scheerer / Christian M T Spahn / Rainer Nikolay / 要旨: Ribosome biogenesis is a fundamental multi-step cellular process in all domains of life that involves the production, processing, folding, and modification of ribosomal RNAs (rRNAs) and ribosomal ...Ribosome biogenesis is a fundamental multi-step cellular process in all domains of life that involves the production, processing, folding, and modification of ribosomal RNAs (rRNAs) and ribosomal proteins. To obtain insights into the still unexplored early assembly phase of the bacterial 50S subunit, we exploited a minimal in vitro reconstitution system using purified ribosomal components and scalable reaction conditions. Time-limited assembly assays combined with cryo-EM analysis visualizes the structurally complex assembly pathway starting with a particle consisting of ordered density for only ~500 nucleotides of 23S rRNA domain I and three ribosomal proteins. In addition, our structural analysis reveals that early 50S assembly occurs in a domain-wise fashion, while late 50S assembly proceeds incrementally. Furthermore, we find that both ribosomal proteins and folded rRNA helices, occupying surface exposed regions on pre-50S particles, induce, or stabilize rRNA folds within adjacent regions, thereby creating cooperativity. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_16496.map.gz | 97.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-16496-v30.xml emd-16496.xml | 42 KB 42 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_16496_fsc.xml | 9.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_16496.png | 111.8 KB | ||
マスクデータ | emd_16496_msk_1.map | 103 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-16496.cif.gz | 9.5 KB | ||
その他 | emd_16496_half_map_1.map.gz emd_16496_half_map_2.map.gz | 95.7 MB 95.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16496 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16496 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_16496_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_16496_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_16496_validation.xml.gz | 17 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_16496_validation.cif.gz | 22.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16496 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16496 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8c8zMC 8c8xC 8c8yC 8c90C 8c91C 8c92C 8c93C 8c94C 8c95C 8c96C 8c97C 8c98C 8c99C 8c9aC 8c9bC 8c9cC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_16496.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.25 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_16496_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_16496_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_16496_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : large ribosomal subunit precursor C-CP_L28
+超分子 #1: large ribosomal subunit precursor C-CP_L28
+分子 #1: 50S ribosomal protein L25
+分子 #3: 50S ribosomal protein L3
+分子 #4: 50S ribosomal protein L4
+分子 #5: 50S ribosomal protein L13
+分子 #6: 50S ribosomal protein L14
+分子 #7: 50S ribosomal protein L15
+分子 #8: 50S ribosomal protein L17
+分子 #9: 50S ribosomal protein L19
+分子 #10: 50S ribosomal protein L20
+分子 #11: 50S ribosomal protein L21
+分子 #12: 50S ribosomal protein L22
+分子 #13: 50S ribosomal protein L23
+分子 #14: 50S ribosomal protein L24
+分子 #15: 50S ribosomal protein L28
+分子 #16: 50S ribosomal protein L29
+分子 #17: 50S ribosomal protein L32
+分子 #18: 50S ribosomal protein L34
+分子 #19: 50S ribosomal protein L18
+分子 #20: 50S ribosomal protein L5
+分子 #22: 50S ribosomal protein L30
+分子 #23: 50S ribosomal protein L9
+分子 #24: 50S ribosomal protein L27
+分子 #2: 23S rRNA
+分子 #21: 5S rRNA
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.6 |
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グリッド | モデル: Quantifoil / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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温度 | 最低: 82.0 K / 最高: 83.0 K |
ソフトウェア | 名称: Leginon |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 62.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 31000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
ソフトウェア | 名称: Coot (ver. 0.9.6.2) |
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精密化 | 空間: REAL |
得られたモデル | PDB-8c8z: |