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- EMDB-16491: Cytochrome c oxidase from Schizosaccharomyces pombe -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16491
タイトルCytochrome c oxidase from Schizosaccharomyces pombe
マップデータ
試料
  • 複合体: Cytochrome c oxidase
    • タンパク質・ペプチド: x 13種
  • リガンド: x 7種
機能・相同性
機能・相同性情報


Mitochondrial protein degradation / mitochondrial cytochrome c oxidase assembly / mitochondrial respiratory chain complex IV / cytochrome-c oxidase / mitochondrial respirasome / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / cytochrome-c oxidase activity / electron transport coupled proton transport / ATP synthesis coupled electron transport / enzyme regulator activity ...Mitochondrial protein degradation / mitochondrial cytochrome c oxidase assembly / mitochondrial respiratory chain complex IV / cytochrome-c oxidase / mitochondrial respirasome / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / cytochrome-c oxidase activity / electron transport coupled proton transport / ATP synthesis coupled electron transport / enzyme regulator activity / proton transmembrane transport / mitochondrial membrane / mitochondrial inner membrane / oxidoreductase activity / copper ion binding / heme binding / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Predicted cytochrome c oxidase subunit VII / Respiratory supercomplex factor 2, mitochondrial / Hypoxia induced protein, domain / Hypoxia induced protein conserved region / HIG1 domain profile. / Cytochrome c oxidase, subunit VIIa, fungal / : / Cytochrome c oxidase, subunit VIa, conserved site / Cytochrome c oxidase subunit VIa signature. / Cytochrome c oxidase subunit VIIc ...Predicted cytochrome c oxidase subunit VII / Respiratory supercomplex factor 2, mitochondrial / Hypoxia induced protein, domain / Hypoxia induced protein conserved region / HIG1 domain profile. / Cytochrome c oxidase, subunit VIIa, fungal / : / Cytochrome c oxidase, subunit VIa, conserved site / Cytochrome c oxidase subunit VIa signature. / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV family / Cytochrome c oxidase subunit VIIc superfamily / Cytochrome c oxidase subunit IV superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome c oxidase, subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI / Cytochrome c oxidase, subunit VIa superfamily / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIa / Cytochrome c oxidase subunit Va / Cytochrome c oxidase, subunit VIb / Cytochrome c oxidase, subunit VIb superfamily / Cytochrome oxidase c subunit VIb / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase subunit 2, C-terminal / Cytochrome c oxidase subunit III domain / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding region signature. / Cytochrome c oxidase, subunit Vb / Cytochrome c oxidase, subunit Vb superfamily / Cytochrome c oxidase subunit Vb / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding domain profile. / Cytochrome c oxidase subunit I domain / Cytochrome c oxidase, subunit II / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome c oxidase subunit III / Cytochrome c oxidase subunit III-like / Cytochrome c oxidase, subunit III, 4-helical bundle / Cytochrome c oxidase subunit III / Heme-copper oxidase subunit III family profile. / Cytochrome c oxidase subunit III-like superfamily / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome oxidase subunit II transmembrane region profile. / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / Coiled coil-helix-coiled coil-helix (CHCH) domain profile. / Cupredoxin
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytochrome c oxidase subunit 7 / Cytochrome c oxidase subunit 13, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide 5, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 12, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 9, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome c oxidase subunit 2 / Cytochrome c oxidase subunit 4, mitochondrial / Respiratory supercomplex factor 2 homolog C1565.01 ...Cytochrome c oxidase subunit 7 / Cytochrome c oxidase subunit 13, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide 5, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 12, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 9, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome c oxidase subunit 2 / Cytochrome c oxidase subunit 4, mitochondrial / Respiratory supercomplex factor 2 homolog C1565.01 / Cytochrome c oxidase polypeptide VIII, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / fission yeast (分裂酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.36 Å
データ登録者Moe A / Adelroth P / Brzezinski P / Nasvik Ojemyr L
資金援助 スウェーデン, 1件
OrganizationGrant number国
Swedish Research Council スウェーデン
引用ジャーナル: Commun Chem / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structure and function of S. pombe complex IV with bound respiratory supercomplex factor.
著者: Agnes Moe / Pia Ädelroth / Peter Brzezinski / Linda Näsvik Öjemyr /
要旨: Fission yeast Schizosaccharomyces pombe serves as model organism for studying higher eukaryotes. We combined the use of cryo-EM and spectroscopy to investigate the structure and function of affinity ...Fission yeast Schizosaccharomyces pombe serves as model organism for studying higher eukaryotes. We combined the use of cryo-EM and spectroscopy to investigate the structure and function of affinity purified respiratory complex IV (CIV) from S. pombe. The reaction sequence of the reduced enzyme with O proceeds over a time scale of µs-ms, similar to that of the mammalian CIV. The cryo-EM structure of CIV revealed eleven subunits as well as a bound hypoxia-induced gene 1 (Hig1) domain of respiratory supercomplex factor 2 (Rcf2). These results suggest that binding of Rcf2 does not require the presence of a CIII-CIV supercomplex, i.e. Rcf2 is a component of CIV. An AlphaFold-Multimer model suggests that the Hig1 domains of both Rcf1 and Rcf2 bind at the same site of CIV suggesting that their binding is mutually exclusive. Furthermore, the differential functional effect of Rcf1 or Rcf2 is presumably caused by interactions of CIV with their different non-Hig1 domain parts.
履歴
登録2023年1月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年3月1日-
マップ公開2023年3月1日-
更新2023年3月1日-
現状2023年3月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16491.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16491.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 256 pix.
= 220.595 Å		0.86 Å/pix.
x 256 pix.
= 220.595 Å		0.86 Å/pix.
x 256 pix.
= 220.595 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8617 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.3
最小 - 最大-1.3698189 - 2.105153
平均 (標準偏差)0.007634901 (±0.084462985)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 220.5952 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_16491_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_16491_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cytochrome c oxidase

全体名称: Cytochrome c oxidase
要素
  • 複合体: Cytochrome c oxidase
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 4, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase polypeptide 5, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 6, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 7
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase polypeptide VIII, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 9, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 12, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 13, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Respiratory supercomplex factor 2 homolog C1565.01
    • タンパク質・ペプチド: Unknown polypeptide
  • リガンド: HEME-A
  • リガンド: COPPER (II) ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
  • リガンド: DINUCLEAR COPPER ION
  • リガンド: ZINC ION

+
超分子 #1: Cytochrome c oxidase

超分子名称: Cytochrome c oxidase / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#13
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 246 KDa

+
分子 #1: Cytochrome c oxidase subunit 1

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cytochrome-c oxidase
由来(天然)生物種: fission yeast (分裂酵母)
分子量理論値: 59.60768 KDa
配列文字列: MNSWWTYVNR WIFSTNAKDI AILYLLFGLV SGIIGSVFSF IIRMELSAPG SQFLSGNGQL YNVAISAHGI LMIFFFIIPA LFGAFGNYL VPLMIGAPDV AYPRVNNFTF WLLPPALMLL LISALTEEGP GGGWTVYPPL SSITSHSGPA IDLAILSLQL T GISSTLGS ...文字列:
MNSWWTYVNR WIFSTNAKDI AILYLLFGLV SGIIGSVFSF IIRMELSAPG SQFLSGNGQL YNVAISAHGI LMIFFFIIPA LFGAFGNYL VPLMIGAPDV AYPRVNNFTF WLLPPALMLL LISALTEEGP GGGWTVYPPL SSITSHSGPA IDLAILSLQL T GISSTLGS VNLIATMINM RAPGLSLYQM PLFAWAIMIT SILLLLTLPV LAGGLFMLFS DRNLNTSFYA PEGGGDPVLY QH LFWFFGH PEVYILIMPA FGVVSHIIPS LAHKPIFGKE GMLWAMLSIA LLGLMVWSHH LFTVGLDVDT RAYFSAATMV IAI PTGIKI FSWLATLTGG AIQWSRVPML YAIGFLILFT IGGLTGVILS NSVLDIAFHD TYFVVAHFHY VLSMGALFGL CGAY YYWSP KMFGLMYNET LASIQFWILF IGVNIVFGPQ HFLGLNGMPR RIPDYPEAFV GWNFVSSIGS VISILSLFLF MYVMY DQFT SNRVVKTNPY LIPSYFDDNV IFVNEKLGVA QSIEWLLHSP VHEHAFNTLP TKSI

+
分子 #2: Cytochrome c oxidase subunit 2

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cytochrome-c oxidase
由来(天然)生物種: fission yeast (分裂酵母)
分子量理論値: 28.139258 KDa
配列文字列: MLFFNSILND APSSWALYFQ DGASPSYLGV THLNDYLMFY LTFIFIGVIY AICKAVIEYN YNSHPIAAKY TTHGSIVEFI WTLIPALIL ILVALPSFKL LYLLDEVQKP SMTVKAIGRQ WFWTYELNDF VTNENEPVSF DSYMVPEEDL EEGSLRQLEV D NRLVLPID ...文字列:
MLFFNSILND APSSWALYFQ DGASPSYLGV THLNDYLMFY LTFIFIGVIY AICKAVIEYN YNSHPIAAKY TTHGSIVEFI WTLIPALIL ILVALPSFKL LYLLDEVQKP SMTVKAIGRQ WFWTYELNDF VTNENEPVSF DSYMVPEEDL EEGSLRQLEV D NRLVLPID TRIRLILTSG DVIHSWAVPS LGIKCDCIPG RLNQVSLSID REGLFYGQCS ELCGVLHSSM PIVVQGVSLE DF LAWLEEN S

+
分子 #3: Cytochrome c oxidase subunit 3

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cytochrome-c oxidase
由来(天然)生物種: fission yeast (分裂酵母)
分子量理論値: 30.432148 KDa
配列文字列: MNLSTKFQGH PYHIVSASPW PFFLSVVLFF NCLAATLYLH GYKHSSVFFG ISFLGLLATM YLWFRDMSTE ANIHGAHTKA VTKGLKIGF MLFLISETFL FASIFWAFFH SSLSPTFELG AVWPPVGIAD KTIDPLEVPL LNTVILLTSG ASLTYAHYSL I ARNRENAL ...文字列:
MNLSTKFQGH PYHIVSASPW PFFLSVVLFF NCLAATLYLH GYKHSSVFFG ISFLGLLATM YLWFRDMSTE ANIHGAHTKA VTKGLKIGF MLFLISETFL FASIFWAFFH SSLSPTFELG AVWPPVGIAD KTIDPLEVPL LNTVILLTSG ASLTYAHYSL I ARNRENAL KGLYMTIALS FLFLGGQAYE YWNAPFTISD SVYGASFYFA TGLHGIHIIV GTILLLAATY NIYTYHLTNT HH NGFECGI YYWHFCDVVW LFLYLTIYIW GS

+
分子 #4: Cytochrome c oxidase subunit 4, mitochondrial

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 4, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: fission yeast (分裂酵母)
分子量理論値: 17.624094 KDa
配列文字列:
MFMNSMLRVS RQRAAVRSTV SLYRGFVSAS IRRNEQNVVK AAAQELANAK EPSDLIGPGG RDGEVPTDLE QATGLERYEL LSELSGRDA FDMKPLDASR KGTLTDPIMV TSLDPYRHIG CTGSPSGSHN LIWMTVYKDK LRRCPECGSV YKLKFMGDPN

+
分子 #5: Cytochrome c oxidase polypeptide 5, mitochondrial

分子名称: Cytochrome c oxidase polypeptide 5, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 24.933271 KDa
組換発現生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
配列文字列: MYLSKIICKK VPMKLLCTRN AATVSAAATN ALQKEQPSGE AMIARPRLVD LDKRWGIMSQ EEKDGLITDL YARQKQPWTT LSIEEKKAA YWIAFGEHGP RAFSHISQKT VFWGTVAGLT IGVVLFGLIR TQAAPSPRTM TREWQEKSNE YMKENKINPI S GEASEGFK ...文字列:
MYLSKIICKK VPMKLLCTRN AATVSAAATN ALQKEQPSGE AMIARPRLVD LDKRWGIMSQ EEKDGLITDL YARQKQPWTT LSIEEKKAA YWIAFGEHGP RAFSHISQKT VFWGTVAGLT IGVVLFGLIR TQAAPSPRTM TREWQEKSNE YMKENKINPI S GEASEGFK GRGQISGGIF SPSEKDKKEN LYFQGGGGGG SAWSHPQFEK GGGSGGGSGG SAWSHPQFEK

+
分子 #6: Cytochrome c oxidase subunit 6, mitochondrial

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 6, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: fission yeast (分裂酵母)
分子量理論値: 15.958173 KDa
配列文字列:
MKAVQRIFQT GRFSVAAGPS VRFQAGFLAA NRQVRFSSNH GVSLEEINTK YNDFFSNVQD QFELQRGLNN CFAYDIVPSS DVIEQALRA ARRVNDFPTA VRIFEGIKVK LPTKEQYQAY VKELKPVCNE LGIVLKEDLF K

+
分子 #7: Cytochrome c oxidase subunit 7

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: fission yeast (分裂酵母)
分子量理論値: 6.741878 KDa
配列文字列:
MKNTIVQQQR FLQSIHKPTY LQRPGSFALV YPYYAVMAGL GLYSLYASGR VIFGKKDAF

+
分子 #8: Cytochrome c oxidase polypeptide VIII, mitochondrial

分子名称: Cytochrome c oxidase polypeptide VIII, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: fission yeast (分裂酵母)
分子量理論値: 7.512846 KDa
配列文字列:
MLRYSLQARS ALRGVRFSSS HSAPKPGSTI PFYINKKPLP TLLYFGTFGV IFSIPFIVVK YHNRNL

+
分子 #9: Cytochrome c oxidase subunit 9, mitochondrial

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 9, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: fission yeast (分裂酵母)
分子量理論値: 6.652764 KDa
配列文字列:
MAVGPVTGMF KRRIVTDFSV TMILGTLGAC YWWFGYHKPA ARQREEFYVK LAAEKNAE

+
分子 #10: Cytochrome c oxidase subunit 12, mitochondrial

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 12, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: fission yeast (分裂酵母)
分子量理論値: 10.275406 KDa
配列文字列:
MSEQEDQEAP KQFTFGTVGF DARFPNTNQT KHCFQSYIDY FRCIKAKGED FVPCKQFWHA YQSLCPMEWV ERWDEQRENG TFPAPI

+
分子 #11: Cytochrome c oxidase subunit 13, mitochondrial

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 13, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: fission yeast (分裂酵母)
分子量理論値: 15.224184 KDa
配列文字列:
MSMMNRNIGF LSRTLKTSVP KRAGLLSFRA YSNEAKVNWL EEVQAEEEHA KRSSEFWKKV TYYIGGPALI LASANAYYIY CKHQEHAKH VEDTDPGYSF ENLRFKKYPW GDGSKTLFWN DKVNHLKKDD E

+
分子 #12: Respiratory supercomplex factor 2 homolog C1565.01

分子名称: Respiratory supercomplex factor 2 homolog C1565.01 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: fission yeast (分裂酵母)
分子量理論値: 27.084996 KDa
配列文字列: MKLSTPEEVK AFNRNTYSAL FKGALVGSSL GIAGWLIGNR YSAGFRRLPF SLKSWLVIGS GSGASIIFAD KAGLKFEAER YGKFDQIDY STKGLPWNQR ALYYFNEHKW PIILGTWAST MGLSLYAASR NRYDTAPQKL IQARMYAQGV TVVVLLGSVY L STLANRLE ...文字列:
MKLSTPEEVK AFNRNTYSAL FKGALVGSSL GIAGWLIGNR YSAGFRRLPF SLKSWLVIGS GSGASIIFAD KAGLKFEAER YGKFDQIDY STKGLPWNQR ALYYFNEHKW PIILGTWAST MGLSLYAASR NRYDTAPQKL IQARMYAQGV TVVVLLGSVY L STLANRLE PLEREVLVTD PSNPTKLVAF KQRKERYPGE LQWEVLVSQD EERLRKLNLP LREPHGSTGP MSTPTPALNS SR SA

+
分子 #13: Unknown polypeptide

分子名称: Unknown polypeptide / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 2.230741 KDa
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

+
分子 #14: HEME-A

分子名称: HEME-A / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 2 / 式: HEA
分子量理論値: 852.837 Da
Chemical component information

ChemComp-HEA:
HEME-A

+
分子 #15: COPPER (II) ION

分子名称: COPPER (II) ION / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 1 / 式: CU
分子量理論値: 63.546 Da
Chemical component information

ChemComp-CU:
COPPER (II) ION

+
分子 #16: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #17: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 1 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

+
分子 #18: DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE

分子名称: DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 4 / 式: PEF
分子量理論値: 691.959 Da
Chemical component information

ChemComp-PEF:
DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / DPPE / リン脂質*YM

+
分子 #19: DINUCLEAR COPPER ION

分子名称: DINUCLEAR COPPER ION / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 1 / 式: CUA
分子量理論値: 127.092 Da
Chemical component information

ChemComp-CUA:
DINUCLEAR COPPER ION

+
分子 #20: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度4 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッドモデル: C-flat-2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 49.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.36 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 127659
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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