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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-16473 | |||||||||
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タイトル | SARS-CoV-2 spike in complex with the 17T2 neutralizing antibody Fab fragment (local refinement of RBD and Fab) | |||||||||
マップデータ | Post processing (DeepEMhancer) of the local refinement done in cryosparc (cut). | |||||||||
試料 |
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キーワード | Complex SARS-CoV-2 Spike S 17T2 / VIRAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS コロナウイルス) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.41 Å | |||||||||
データ登録者 | Modrego A / Carlero D / Bueno-Carrasco MT / Santiago C / Carolis C / Arranz R / Blanco J / Magri G | |||||||||
資金援助 | スペイン, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: A monoclonal antibody targeting a large surface of the receptor binding motif shows pan-neutralizing SARS-CoV-2 activity. 著者: Leire de Campos-Mata / Benjamin Trinité / Andrea Modrego / Sonia Tejedor Vaquero / Edwards Pradenas / Anna Pons-Grífols / Natalia Rodrigo Melero / Diego Carlero / Silvia Marfil / César ...著者: Leire de Campos-Mata / Benjamin Trinité / Andrea Modrego / Sonia Tejedor Vaquero / Edwards Pradenas / Anna Pons-Grífols / Natalia Rodrigo Melero / Diego Carlero / Silvia Marfil / César Santiago / Dàlia Raïch-Regué / María Teresa Bueno-Carrasco / Ferran Tarrés-Freixas / Ferran Abancó / Victor Urrea / Nuria Izquierdo-Useros / Eva Riveira-Muñoz / Ester Ballana / Mónica Pérez / Júlia Vergara-Alert / Joaquim Segalés / Carlo Carolis / Rocío Arranz / Julià Blanco / Giuliana Magri / 要旨: Here we report the characterization of 17T2, a SARS-CoV-2 pan-neutralizing human monoclonal antibody isolated from a COVID-19 convalescent individual infected during the first pandemic wave. 17T2 is ...Here we report the characterization of 17T2, a SARS-CoV-2 pan-neutralizing human monoclonal antibody isolated from a COVID-19 convalescent individual infected during the first pandemic wave. 17T2 is a class 1 VH1-58/κ3-20 antibody, derived from a receptor binding domain (RBD)-specific IgA memory B cell, with a broad neutralizing activity against former and new SARS-CoV-2 variants, including XBB.1.16 and BA.2.86 Omicron subvariants. Consistently, 17T2 demonstrates in vivo prophylactic and therapeutic activity against Omicron BA.1.1 infection in K18-hACE2 mice. Cryo-electron microscopy reconstruction shows that 17T2 binds the BA.1 spike with the RBD in "up" position and blocks the receptor binding motif, as other structurally similar antibodies do, including S2E12. Yet, unlike S2E12, 17T2 retains its neutralizing activity against all variants tested, probably due to a larger RBD contact area. These results highlight the impact of small structural antibody changes on neutralizing performance and identify 17T2 as a potential candidate for future clinical interventions. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_16473.map.gz | 228.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-16473-v30.xml emd-16473.xml | 18.8 KB 18.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_16473_fsc.xml | 13.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_16473.png | 27.2 KB | ||
Filedesc metadata | emd-16473.cif.gz | 6.4 KB | ||
その他 | emd_16473_half_map_1.map.gz emd_16473_half_map_2.map.gz | 422 MB 422 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16473 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16473 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_16473_validation.pdf.gz | 576.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_16473_full_validation.pdf.gz | 576.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_16473_validation.xml.gz | 25.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_16473_validation.cif.gz | 33.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16473 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16473 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8c89MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_16473.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 454.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Post processing (DeepEMhancer) of the local refinement done in cryosparc (cut). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.855 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half map A of the local refinement done in cryosparc.
ファイル | emd_16473_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map A of the local refinement done in cryosparc. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B of the local refinement done in cryosparc.
ファイル | emd_16473_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map B of the local refinement done in cryosparc. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : SARS-CoV-2 Omicron Variant Spike Trimer in complex with three 17T...
全体 | 名称: SARS-CoV-2 Omicron Variant Spike Trimer in complex with three 17T2 Fabs |
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要素 |
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-超分子 #1: SARS-CoV-2 Omicron Variant Spike Trimer in complex with three 17T...
超分子 | 名称: SARS-CoV-2 Omicron Variant Spike Trimer in complex with three 17T2 Fabs タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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-超分子 #2: Spike glycoprotein RBD
超分子 | 名称: Spike glycoprotein RBD / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS コロナウイルス) |
-超分子 #3: 17T2 Fab
超分子 | 名称: 17T2 Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Spike protein S2'
分子 | 名称: Spike protein S2' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS コロナウイルス) |
分子量 | 理論値: 23.898064 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: ESIVRFPNIT NLCPFDEVFN ATRFASVYAW NRKRISNCVA DYSVLYNLAP FFTFKCYGVS PTKLNDLCFT NVYADSFVIR GDEVRQIAP GQTGNIADYN YKLPDDFTGC VIAWNSNKLD SKVSGNYNYL YRLFRKSNLK PFERDISTEI YQAGNKPCNG V AGFNCYFP ...文字列: ESIVRFPNIT NLCPFDEVFN ATRFASVYAW NRKRISNCVA DYSVLYNLAP FFTFKCYGVS PTKLNDLCFT NVYADSFVIR GDEVRQIAP GQTGNIADYN YKLPDDFTGC VIAWNSNKLD SKVSGNYNYL YRLFRKSNLK PFERDISTEI YQAGNKPCNG V AGFNCYFP LRSYSFRPTY GVGHQPYRVV VLSFELLHAP ATVCGPKKST NL UniProtKB: Spike glycoprotein |
-分子 #2: 17T2 Fab heavy chain
分子 | 名称: 17T2 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 24.231311 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QVQLVQSGPE VKKPGTSVKV SCKAPVFTFS ISAVQWVRQA RGQRLEWIGW IVVGSGNTNY AQNFQERVTI TTDMSTGTVY MELSGLRSE DTAMYYCAAP YCNRTTCYDG FDLWGQGTMV TVSSASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP V TVSWNSGA ...文字列: QVQLVQSGPE VKKPGTSVKV SCKAPVFTFS ISAVQWVRQA RGQRLEWIGW IVVGSGNTNY AQNFQERVTI TTDMSTGTVY MELSGLRSE DTAMYYCAAP YCNRTTCYDG FDLWGQGTMV TVSSASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP V TVSWNSGA LTSGVHTFPA VLQSSGLYSL SSVVTVPSSS LGTQTYICNV NHKPSNTKVD KRVEPKSC |
-分子 #3: 17T2 Fab light chain
分子 | 名称: 17T2 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 23.686299 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: EIVLTQSPGT LSLSPGERAT LSCRASQSIS SNYLAWYQQK PGQAPRLLIY GASSRATGIP DRFSGSGSGT DFTLSINRLE PEDFAMYYC QHYGGLSRWT FGQGTKVEIK RTVAAPSVFI FPPSDEQLKS GTASVVCLLN NFYPREAKVQ WKVDNALQSG N SQESVTEQ ...文字列: EIVLTQSPGT LSLSPGERAT LSCRASQSIS SNYLAWYQQK PGQAPRLLIY GASSRATGIP DRFSGSGSGT DFTLSINRLE PEDFAMYYC QHYGGLSRWT FGQGTKVEIK RTVAAPSVFI FPPSDEQLKS GTASVVCLLN NFYPREAKVQ WKVDNALQSG N SQESVTEQ DSKDSTYSLS STLTLSKADY EKHKVYACEV THQGLSSPVT KSFNRGEC |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.6 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS TALOS F200C |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均電子線量: 32.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |