+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-16425 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | F-actin decorated by SipA426-685 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | Salmonella invasion / CELL INVASION | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Striated Muscle Contraction / skeletal muscle thin filament assembly / striated muscle thin filament / skeletal muscle fiber development / stress fiber / actin filament / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / actin binding / hydrolase activity / extracellular region / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Salmonella (サルモネラ菌) / Gallus gallus (ニワトリ) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Yuan B / Wald J / Marlovits TC | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023 タイトル: Structural basis for subversion of host cell actin cytoskeleton during infection. 著者: Biao Yuan / Jonas Scholz / Jiri Wald / Roland Thuenauer / Rory Hennell James / Irina Ellenberg / Sabine Windhorst / Jan Faix / Thomas C Marlovits / 要旨: Secreted bacterial type III secretion system (T3SS) proteins are essential for successful infection by many human pathogens. Both T3SS translocator SipC and effector SipA are critical for infection ...Secreted bacterial type III secretion system (T3SS) proteins are essential for successful infection by many human pathogens. Both T3SS translocator SipC and effector SipA are critical for infection by subversion of the host cell cytoskeleton, but the precise molecular interplay between them remains unknown. Here, using cryo-electron microscopy, we show that SipA binds along the F-actin grooves with a unique binding pattern. SipA stabilizes F-actin through charged interface residues and appears to prevent inorganic phosphate release through closure of the "back door" of adenosine 5'-triphosphate pocket. We also show that SipC enhances the binding of SipA to F-actin, thus demonstrating that a sequential presence of T3SS proteins in host cells is associated with a sequence of infection events-starting with actin nucleation, filament growth, and stabilization. Together, our data explain the coordinated interplay of a precisely tuned and highly effective mechanism during infection and provide a blueprint for interfering with effectors acting on actin. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_16425.map.gz | 38.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-16425-v30.xml emd-16425.xml | 17.9 KB 17.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_16425_fsc.xml | 18.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_16425.png | 56.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-16425.cif.gz | 6.3 KB | ||
その他 | emd_16425_half_map_1.map.gz emd_16425_half_map_2.map.gz | 410.6 MB 409.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16425 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16425 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_16425_validation.pdf.gz | 830.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_16425_full_validation.pdf.gz | 830.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_16425_validation.xml.gz | 25.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_16425_validation.cif.gz | 34.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16425 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16425 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8c4eMC 8c4cC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_16425.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.826 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_16425_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_16425_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : F-actin polymerized by SipA497-669 under low-salt conditions
全体 | 名称: F-actin polymerized by SipA497-669 under low-salt conditions |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: F-actin polymerized by SipA497-669 under low-salt conditions
超分子 | 名称: F-actin polymerized by SipA497-669 under low-salt conditions タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
---|
-超分子 #2: actin binding domain SipA-C
超分子 | 名称: actin binding domain SipA-C / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 / 詳細: SipA426-685 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Salmonella (サルモネラ菌) / 株: LT2 |
-超分子 #3: F-actin
超分子 | 名称: F-actin / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Gallus gallus (ニワトリ) |
-分子 #1: Actin, alpha skeletal muscle
分子 | 名称: Actin, alpha skeletal muscle / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Gallus gallus (ニワトリ) |
分子量 | 理論値: 42.109973 KDa |
配列 | 文字列: MCDEDETTAL VCDNGSGLVK AGFAGDDAPR AVFPSIVGRP RHQGVMVGMG QKDSYVGDEA QSKRGILTLK YPIE(HIC)G IIT NWDDMEKIWH HTFYNELRVA PEEHPTLLTE APLNPKANRE KMTQIMFETF NVPAMYVAIQ AVLSLYASGR TTGIVLD SG ...文字列: MCDEDETTAL VCDNGSGLVK AGFAGDDAPR AVFPSIVGRP RHQGVMVGMG QKDSYVGDEA QSKRGILTLK YPIE(HIC)G IIT NWDDMEKIWH HTFYNELRVA PEEHPTLLTE APLNPKANRE KMTQIMFETF NVPAMYVAIQ AVLSLYASGR TTGIVLD SG DGVTHNVPIY EGYALPHAIM RLDLAGRDLT DYLMKILTER GYSFVTTAER EIVRDIKEKL CYVALDFENE MATAASSS S LEKSYELPDG QVITIGNERF RCPETLFQPS FIGMESAGIH ETTYNSIMKC DIDIRKDLYA NNVMSGGTTM YPGIADRMQ KEITALAPST MKIKIIAPPE RKYSVWIGGS ILASLSTFQQ MWITKQEYDE AGPSIVHRKC F UniProtKB: Actin, alpha skeletal muscle |
-分子 #2: Cell invasion protein SipA
分子 | 名称: Cell invasion protein SipA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Salmonella (サルモネラ菌) |
分子量 | 理論値: 28.413857 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: TGETTSFDEV DGVTSKSIIG KPVQATVHGV DDNKQQSQTA EIVNVKPLAS QLAGVENVKT DTLQSDTTVI TGNKAGTTDN DNSQTDKTG PFSGLKFKQN SFLSTVPSVT NMHSMHFDAR ETFLGVIRKA LEPDTSTPFP VRRAFDGLRA EILPNDTIKS A ALKAQCSD ...文字列: TGETTSFDEV DGVTSKSIIG KPVQATVHGV DDNKQQSQTA EIVNVKPLAS QLAGVENVKT DTLQSDTTVI TGNKAGTTDN DNSQTDKTG PFSGLKFKQN SFLSTVPSVT NMHSMHFDAR ETFLGVIRKA LEPDTSTPFP VRRAFDGLRA EILPNDTIKS A ALKAQCSD IDKHPELKAK METLKEVITH HPQKEKLAEI ALQFAREAGL TRLKGETDYV LSNVLDGLIG DGSWRAGPAY ES YLNKPGV DRVITTVDGL HMQR UniProtKB: Cell invasion protein SipA |
-分子 #3: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 8 / 式: ADP |
---|---|
分子量 | 理論値: 427.201 Da |
Chemical component information | ChemComp-ADP: |
-分子 #4: PHOSPHATE ION
分子 | 名称: PHOSPHATE ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 8 / 式: PO4 |
---|---|
分子量 | 理論値: 94.971 Da |
Chemical component information | ChemComp-PO4: |
-分子 #5: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 8 / 式: MG |
---|---|
分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 8 詳細: 5 mM Tris buffer, pH 7.5, 0.1 mM DTT, 0.2 mM ATP, 0.2 mM EGTA and 0.05 mM MgCl2 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 70.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: OTHER |
---|---|
得られたモデル | PDB-8c4e: |