+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-16415 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | HB3VAR03 apo headstructure (PfEMP1 A) | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | Plasmodium falciparum / Cerebral Malaria / PfEMP1 / EPCR / Cell adhesion | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Plasmodium falciparum HB3 (マラリア病原虫) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Raghavan SSR / Lavstsen T / Wang KT | |||||||||
資金援助 | デンマーク, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2023 タイトル: Endothelial protein C receptor binding induces conformational changes to severe malaria-associated group A PfEMP1. 著者: Sai Sundar Rajan Raghavan / Louise Turner / Rasmus W Jensen / Nicolai Tidemand Johansen / Daniel Skjold Jensen / Pontus Gourdon / Jinqiu Zhang / Yong Wang / Thor Grundtvig Theander / Kaituo ...著者: Sai Sundar Rajan Raghavan / Louise Turner / Rasmus W Jensen / Nicolai Tidemand Johansen / Daniel Skjold Jensen / Pontus Gourdon / Jinqiu Zhang / Yong Wang / Thor Grundtvig Theander / Kaituo Wang / Thomas Lavstsen / 要旨: Severe Plasmodium falciparum malaria infections are caused by microvascular sequestration of parasites binding to the human endothelial protein C receptor (EPCR) via the multi-domain P. falciparum ...Severe Plasmodium falciparum malaria infections are caused by microvascular sequestration of parasites binding to the human endothelial protein C receptor (EPCR) via the multi-domain P. falciparum erythrocyte membrane protein 1 (PfEMP1) adhesion ligands. Using cryogenic electron microscopy (Cryo-EM) and PfEMP1 sequence diversity analysis, we found that group A PfEMP1 CIDRα1 domains interact with the adjacent DBLα1 domain through central, conserved residues of the EPCR-binding site to adopt a compact conformation. Upon EPCR binding, the DBLα1 domain is displaced, and the EPCR-binding helix of CIDRα1 is turned, kinked, and twisted to reach a rearranged, stable EPCR-bound conformation. The unbound conformation and the required transition to the EPCR-bound conformation may represent a conformational masking mechanism of immune evasion for the PfEMP1 family. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_16415.map.gz | 52.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-16415-v30.xml emd-16415.xml | 14.8 KB 14.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_16415_fsc.xml | 9.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_16415.png | 201.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-16415.cif.gz | 6 KB | ||
その他 | emd_16415_half_map_1.map.gz emd_16415_half_map_2.map.gz | 95.7 MB 95.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16415 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16415 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8c3yMC 8c44C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_16415.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.832 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_16415_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_16415_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Multidomain architecture of PfEMP1 A
全体 | 名称: Multidomain architecture of PfEMP1 A |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Multidomain architecture of PfEMP1 A
超分子 | 名称: Multidomain architecture of PfEMP1 A / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Plasmodium falciparum HB3 (マラリア病原虫) |
分子量 | 理論値: 145 KDa |
-分子 #1: PfEMP1
分子 | 名称: PfEMP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Plasmodium falciparum HB3 (マラリア病原虫) |
分子量 | 理論値: 145.128734 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MASSASKFSK IVVGNETHKS ARNVLEGFAK DIKGKASIDA EKHAYSLKGN LKDAKFNHDF FKIKSDMPGN PCYLDFAFHS NTPGNQREY RHPCARSMNK NLFNLEGAVC TNSKIKGNEE KINGAGACAP YRRRHICDLN LEHIDVHNVQ NIHDLLGNVL V TAKYEGES ...文字列: MASSASKFSK IVVGNETHKS ARNVLEGFAK DIKGKASIDA EKHAYSLKGN LKDAKFNHDF FKIKSDMPGN PCYLDFAFHS NTPGNQREY RHPCARSMNK NLFNLEGAVC TNSKIKGNEE KINGAGACAP YRRRHICDLN LEHIDVHNVQ NIHDLLGNVL V TAKYEGES IVEKHPNRGS SEVCTALARS FADIGDIIRG KDLYLGHEQG NNKLEARLKT IFQNIKNKNK SPLDKLSLEQ VR EYWWALN REDVWKALTC FADGSEEYFI QSSDKEHSFS SEYCGHEQGN VPTNLDYVPQ FLRWFDEWAD DFCRIKKIKL ENV KNACRD EKKRKYCSLN GFDCTQTIWK KGVLHRSNEC TGCLVKCNPY EIWLGNQREA FRKQKEKYEN EIKTYVHDTG ISNS NINNE YYKEFYKILK NNNYETANEF IKLLNEGRYC NKKEKIEEEE DIDFTNTNEK GTFYRSDYCQ VCPDCGVECK NETCT PKTV IYPDCGKNEK YEPPGDAKNT EINVINSGDK EGYIFEKLSE FCTNENNENG KNYEQWKCYY DNKKNNNKCK MEINIA NSK LKNKITSFDE FFDFWVRKLL IDTIKWETEL TYCINNTDVT DCNKCNKNCV CFDKWVKQKE DEWTNIMKLF TNKHDIP KK YYLNINDLFD SFFFQVIYKF NEGEAKWNEL KENLKKQIAS SKANNGTKDS EAAIKVLFNH IKEIATICKD NNTNEGCD P SVDSKTNSCG KNTKAGSDKV ISVKQIAQYY KRIAHKQLNE RGSRSALKGD ASKGTYKKNG TPSNLKEICE ITAKHSNDS RRDGEPCTGK DGGQVRVRTK IGTPWTKIVE INKTSYKEVF LPPRRQHMCT SNLEHLNTGN KGLKDGKLAI HSLLGDVLLA AKEQANFIK NKYKRQKASN GFKDKGTICR AIRYSYADLG DIIKGTDLWE ANPGEKNTQR RLKTVFGIIK KNMPGIKDNQ K YKDDEKNN PPYKLLREDW WEANRDQVWQ AMKCAMKNGI TCGSSDHTPL DDYIPQKLRW LTEWAEWYCK AQSKEYEKLK EK CKECKGN DQCTQDTPDC EKCKAACKKY GKNIKTWEDQ WKVISSKYKE LYKQAEIYAG NGGPGYYNTK VQEEDKPVVD FLY NLYLQN GGKKGPPPDT HPSKSVTAPL KQVATVDTPS TVYSTPEGYI HQEAAMDCKQ QHVFCDDNSG GKDDNKQYAF RHQP HDYDE ALRCDQRDKP PPESKKVEKA KKEKDENDDG GSHHHHHHGG GSAHIVMVDA YKPTK UniProtKB: PfEMP1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均電子線量: 48.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |