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- EMDB-16389: Cryo-EM structure of photosystem II C2S2 supercomplex from Norway... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16389
タイトルCryo-EM structure of photosystem II C2S2 supercomplex from Norway spruce (Picea babies) at 2.8 Angstrom resolution
マップデータ
試料
  • 複合体: The C2S2-type PSII-LHCII supercomplex
    • 複合体: Photosystem II core complex (C2)
      • タンパク質・ペプチド: x 18種
    • 複合体: Photosystem II light-harvesting complex
      • タンパク質・ペプチド: x 3種
  • リガンド: x 22種
キーワードMembrane protein complex / Photosynthesis / Photosystem / Gymnosperm / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


photosynthesis, light harvesting / photosystem II oxygen evolving complex / photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II / photosystem II reaction center / photosystem I / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain ...photosynthesis, light harvesting / photosystem II oxygen evolving complex / photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II / photosystem II reaction center / photosystem I / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / photosystem II / chlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / phosphate ion binding / chloroplast thylakoid membrane / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem II 5kDa protein, chloroplastic / Photosystem II PsbW, class 2 / Photosystem II reaction centre W protein (PsbW) / Photosystem II PsbO, manganese-stabilising / Manganese-stabilising protein / photosystem II polypeptide / Photosystem II reaction centre protein Ycf12 / Photosystem II complex subunit Ycf12 / Photosystem II reaction centre M protein (PsbM) / Photosystem II PsbM superfamily / Photosystem II PsbM ...Photosystem II 5kDa protein, chloroplastic / Photosystem II PsbW, class 2 / Photosystem II reaction centre W protein (PsbW) / Photosystem II PsbO, manganese-stabilising / Manganese-stabilising protein / photosystem II polypeptide / Photosystem II reaction centre protein Ycf12 / Photosystem II complex subunit Ycf12 / Photosystem II reaction centre M protein (PsbM) / Photosystem II PsbM superfamily / Photosystem II PsbM / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II PsbZ superfamily / YCF9 / Photosystem II PsbX / Photosystem II reaction centre X protein (PsbX) / Photosystem II CP43 reaction centre protein superfamily / Photosystem II PsbT / Photosystem II PsbL / Photosystem II PsbL superfamily / Photosystem II PsbT superfamily / Photosystem II reaction centre T protein / PsbL protein / Photosystem II CP43 reaction centre protein / Photosystem II PsbK / Photosystem II PsbK superfamily / Photosystem II 4 kDa reaction centre component / Photosystem II CP47 reaction centre protein / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Photosystem II PsbI / Photosystem II PsbI superfamily / Photosystem II reaction centre I protein (PSII 4.8 kDa protein) / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem II reaction centre protein H / Photosystem II protein D1 / Photosystem II D2 protein / Photosystem II cytochrome b559, conserved site / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II cytochrome b559, beta subunit / Photosystem II cytochrome b559, N-terminal / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit, lumenal region / Photosystem II reaction centre protein H superfamily / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit superfamily / Cytochrome b559, alpha (gene psbE) and beta (gene psbF)subunits / Lumenal portion of Cytochrome b559, alpha (gene psbE) subunit / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein / Cytochrome b559 subunits heme-binding site signature. / Photosystem antenna protein-like / Photosystem antenna protein-like superfamily / Photosystem II protein / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Photosystem II reaction center protein M / Photosystem II 5 kDa protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / PSII 6.1 kDa protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Photosystem II protein D1 / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem II reaction center protein I ...Photosystem II reaction center protein M / Photosystem II 5 kDa protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / PSII 6.1 kDa protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Photosystem II protein D1 / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem II reaction center protein I / Photosystem II reaction center protein H / Photosystem II reaction center protein Z / Cytochrome b559 subunit beta / Photosystem II reaction center protein T / Photosystem II reaction center protein L / Cytochrome b559 subunit alpha / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II D2 protein / Photosystem II reaction center protein K / Photosystem II reaction center protein Ycf12 / Photosystem II CP43 reaction center protein
類似検索 - 構成要素
生物種Picea abies (ドイツトウヒ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.785 Å
データ登録者Kopecny D / Semchonok DA / Kouril R
資金援助 チェコ, ドイツ, 9件
OrganizationGrant number国
Grant Agency of the Czech Republic21-05497S チェコ
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech RepublicCZ.02.1.01/0.0/0.0/16_019/0000827 チェコ
German Federal Ministry for Education and Research03Z22HN23 ドイツ
German Federal Ministry for Education and Research03Z22HI2 ドイツ
German Federal Ministry for Education and Research03COV04 ドイツ
German Research Foundation (DFG)391498659 ドイツ
German Research Foundation (DFG)RTG 2467 ドイツ
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech RepublicNo. CZ.02.1.01/0.0/0.0/18_046/0015974 チェコ
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech RepublicLM2018127 チェコ
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structure of a plant photosystem II supercomplex with light-harvesting protein Lhcb8 and α-tocopherol.
著者: Monika Opatíková / Dmitry A Semchonok / David Kopečný / Petr Ilík / Pavel Pospíšil / Iva Ilíková / Pavel Roudnický / Sanja Ćavar Zeljković / Petr Tarkowski / Fotis L Kyrilis / ...著者: Monika Opatíková / Dmitry A Semchonok / David Kopečný / Petr Ilík / Pavel Pospíšil / Iva Ilíková / Pavel Roudnický / Sanja Ćavar Zeljković / Petr Tarkowski / Fotis L Kyrilis / Farzad Hamdi / Panagiotis L Kastritis / Roman Kouřil /
要旨: The heart of oxygenic photosynthesis is the water-splitting photosystem II (PSII), which forms supercomplexes with a variable amount of peripheral trimeric light-harvesting complexes (LHCII). Our ...The heart of oxygenic photosynthesis is the water-splitting photosystem II (PSII), which forms supercomplexes with a variable amount of peripheral trimeric light-harvesting complexes (LHCII). Our knowledge of the structure of green plant PSII supercomplex is based on findings obtained from several representatives of green algae and flowering plants; however, data from a non-flowering plant are currently missing. Here we report a cryo-electron microscopy structure of PSII supercomplex from spruce, a representative of non-flowering land plants, at 2.8 Å resolution. Compared with flowering plants, PSII supercomplex in spruce contains an additional Ycf12 subunit, Lhcb4 protein is replaced by Lhcb8, and trimeric LHCII is present as a homotrimer of Lhcb1. Unexpectedly, we have found α-tocopherol (α-Toc)/α-tocopherolquinone (α-TQ) at the boundary between the LHCII trimer and the inner antenna CP43. The molecule of α-Toc/α-TQ is located close to chlorophyll a614 of one of the Lhcb1 proteins and its chromanol/quinone head is exposed to the thylakoid lumen. The position of α-Toc in PSII supercomplex makes it an ideal candidate for the sensor of excessive light, as α-Toc can be oxidized to α-TQ by high-light-induced singlet oxygen at low lumenal pH. The molecule of α-TQ appears to shift slightly into the PSII supercomplex, which could trigger important structure-functional modifications in PSII supercomplex. Inspection of the previously reported cryo-electron microscopy maps of PSII supercomplexes indicates that α-Toc/α-TQ can be present at the same site also in PSII supercomplexes from flowering plants, but its identification in the previous studies has been hindered by insufficient resolution.
履歴
登録2022年12月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年7月26日-
マップ公開2023年7月26日-
更新2023年8月30日-
現状2023年8月30日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16389.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16389.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.96 Å/pix.
x 448 pix.
= 430.649 Å		0.96 Å/pix.
x 448 pix.
= 430.649 Å		0.96 Å/pix.
x 448 pix.
= 430.649 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.96127 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.886
最小 - 最大-3.770672 - 7.081017
平均 (標準偏差)0.0065747574 (±0.2099037)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ448448448
Spacing448448448
セルA=B=C: 430.64896 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_16389_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_16389_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_16389_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : The C2S2-type PSII-LHCII supercomplex

全体名称: The C2S2-type PSII-LHCII supercomplex
要素
  • 複合体: The C2S2-type PSII-LHCII supercomplex
    • 複合体: Photosystem II core complex (C2)
      • タンパク質・ペプチド: Photosystem II protein D1
      • タンパク質・ペプチド: Photosystem II CP47 reaction center protein
      • タンパク質・ペプチド: Photosystem II CP43 reaction center protein
      • タンパク質・ペプチド: Photosystem II D2 protein
      • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b559 subunit alpha
      • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b559 subunit beta
      • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein H
      • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein I
      • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein K
      • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein L
      • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein M
      • タンパク質・ペプチド: Oxygen-evolving enhancer protein 1, chloroplastic
      • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein T
      • タンパク質・ペプチド: Photosystem II 5 kDa protein, chloroplastic
      • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein Ycf12
      • タンパク質・ペプチド: PSII 6.1 kDa protein
      • タンパク質・ペプチド: Photosystem II PsbX
      • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein Z
    • 複合体: Photosystem II light-harvesting complex
      • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
      • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
      • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
  • リガンド: FE (II) ION
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: PHEOPHYTIN A
  • リガンド: BETA-CAROTENE
  • リガンド: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE
  • リガンド: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: ALPHA-LINOLENIC ACID
  • リガンド: PALMITOLEIC ACID
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: (2R)-2,5,7,8-TETRAMETHYL-2-[(4R,8R)-4,8,12-TRIMETHYLTRIDECYL]CHROMAN-6-OL
  • リガンド: BICARBONATE ION
  • リガンド: DIACYL GLYCEROL
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: CHLOROPHYLL B
  • リガンド: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
  • リガンド: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL
  • リガンド: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
  • リガンド: water

+
超分子 #1: The C2S2-type PSII-LHCII supercomplex

超分子名称: The C2S2-type PSII-LHCII supercomplex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#21
由来(天然)生物種: Picea abies (ドイツトウヒ)

+
超分子 #2: Photosystem II core complex (C2)

超分子名称: Photosystem II core complex (C2) / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#6, #8-#13, #16-#21
由来(天然)生物種: Picea abies (ドイツトウヒ)

+
超分子 #3: Photosystem II light-harvesting complex

超分子名称: Photosystem II light-harvesting complex / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #7, #14-#15
由来(天然)生物種: Picea abies (ドイツトウヒ)

+
分子 #1: Photosystem II protein D1

分子名称: Photosystem II protein D1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: PsbA / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem II
由来(天然)生物種: Picea abies (ドイツトウヒ)
分子量理論値: 38.803215 KDa
配列文字列: MTAIIERRES ANLWGRFCDW ITSTENRLYI GWFGVLMIPT LLTATSVFII AFIAAPPVDI DGIREPVSGS LLYGNNIISG AIIPTSAAI GLHFYPIWEA ASVDEWLYNG GPYELIVLHF LLGVACYMGR EWELSFRLGM RPWIAVAYSA PVAAATAVFL I YPIGQGSF ...文字列:
MTAIIERRES ANLWGRFCDW ITSTENRLYI GWFGVLMIPT LLTATSVFII AFIAAPPVDI DGIREPVSGS LLYGNNIISG AIIPTSAAI GLHFYPIWEA ASVDEWLYNG GPYELIVLHF LLGVACYMGR EWELSFRLGM RPWIAVAYSA PVAAATAVFL I YPIGQGSF SDGMPLGISG TFNFMIVFQA EHNILMHPFH MLGVAGVFGG SLFSAMHGSL VTSSLIRETT ENQSANAGYK FG QEEETYN IVAAHGYFGR LIFQYASFNN SRSLHFFLAA WPVAGIWFTA LGISTMAFNL NGFNFNQSVV DSQGRVINTW ADI INRANL GMEVMHERNA HNFPLDLAAV ESISIGG

UniProtKB: Photosystem II protein D1

+
分子 #2: Photosystem II CP47 reaction center protein

分子名称: Photosystem II CP47 reaction center protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: PsbB / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Picea abies (ドイツトウヒ)
分子量理論値: 56.375496 KDa
配列文字列: MGLPWYRVHT VVLNDPGRLI SVHIMHTALV AGWAGSMTLY ELAVFDPSDP VLDPMWRQGM FVIPFMTRLG IKDSWTGWNI TGETVINPG IWSYEGVAGA HIMFSGLCFL AAIWHWVYWD LEIFCDERTG KLCLDLPKVF GIHLFLSGVA CFGFGAFHVT G LYGPGIWV ...文字列:
MGLPWYRVHT VVLNDPGRLI SVHIMHTALV AGWAGSMTLY ELAVFDPSDP VLDPMWRQGM FVIPFMTRLG IKDSWTGWNI TGETVINPG IWSYEGVAGA HIMFSGLCFL AAIWHWVYWD LEIFCDERTG KLCLDLPKVF GIHLFLSGVA CFGFGAFHVT G LYGPGIWV SDPYGLTGKI QPVDPAWGAE GFDPFVPGGI ASHHIAAGIL GILAGLFHLS VRPPQRLYVG LRMGNIETVL SS SIAAVFF AAFVVAGTMW YGSATTPVEL FGPTRYQWDQ GYFQQEIDRR VRAGLAENLS LSEAWSKIPE KLAFYDYIGN NPA KGGLFR AGAMDNGDGI AVGWLGHPIF KDKEGNELFV RRMPTFFETF PVVLVDKEGI VKADVPFRRA ESKYSVEQVG VTVE FYGGG LDRVSFGDPA IVKKYARRAQ LGEIFELDRA TLKSDGVFRS SPRGWFTFGH ATFALLFFFG HIWHGARTLF RDVFA GIDP DLDARIEFGA FQKLGDPTTK RQVV

UniProtKB: Photosystem II CP47 reaction center protein

+
分子 #3: Photosystem II CP43 reaction center protein

分子名称: Photosystem II CP43 reaction center protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: PsbC / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Picea abies (ドイツトウヒ)
分子量理論値: 51.78527 KDa
配列文字列: MKTLYSLRRS YPVETLFNGT IALAGRDQET TGFAWWAGNA RLINLSGKLL GAHVAHAGLI VFWAGAMNLF EVAHFVPEKP MYEQGLILL PHLATLGWGV GPGGEIVDTF PYFVSGVLHL ISSAVLGFGG IYHALIGPET LEESFPFFGY VWKDRNKMTT I LGIHLILL ...文字列:
MKTLYSLRRS YPVETLFNGT IALAGRDQET TGFAWWAGNA RLINLSGKLL GAHVAHAGLI VFWAGAMNLF EVAHFVPEKP MYEQGLILL PHLATLGWGV GPGGEIVDTF PYFVSGVLHL ISSAVLGFGG IYHALIGPET LEESFPFFGY VWKDRNKMTT I LGIHLILL GVGAFLLVLK ALYFGGVYDT WAPGGGDVRK ITNPTLNPSA IFGYLLKSPF GGEGWIVSVD NLEDVIGGHV WL GSICIFG GIWHILTKPF AWARRAFVWS GEAYLSYSLA ALSLFGFIAC CFVWFNNTAY PSEFYGPTGP EASQAQAFTF LVR DQRLGA SVGSAQGPTG LGKYLMRSPT GEIIFGGETM RFWDLRAPWL EPLRGPNGLD LSKLRKDIQP WQERRSAEYM THAP LGSSN SVGGVATEIN AVNYVSPRSW LATSHFVLGF FLFVGHLWHA GRARAAAAGF EKGIDRDFEP VLSMTPLN

UniProtKB: Photosystem II CP43 reaction center protein

+
分子 #4: Photosystem II D2 protein

分子名称: Photosystem II D2 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 詳細: PsbD / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem II
由来(天然)生物種: Picea abies (ドイツトウヒ)
分子量理論値: 39.483117 KDa
配列文字列: MTVALGKSSK EEKTLFDTVD DWLRRDRFVF VGWSGLLLFP CAYFALGGWF TGTTFVTSWY THGLASSYLE GCNFLTAAVS TPANSLAHS LLLLWGPEAQ GDFTRWCQLG GLWTFVALHG AFGLIGFMLR QFELARSVQL RPYNAIAFSA PIAVFVPVFL I YPLGQSGW ...文字列:
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UniProtKB: Photosystem II D2 protein

+
分子 #5: Cytochrome b559 subunit alpha

分子名称: Cytochrome b559 subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 詳細: PsbE / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Picea abies (ドイツトウヒ)
分子量理論値: 9.478562 KDa
配列文字列:
MSGNTGERSF ADIITSIRYW VIHSITIPSL FIAGWLFVST GLAYDVFGSP RPNEYFTESR QEVPLVTGRF DSLEQLDEFT RSF

UniProtKB: Cytochrome b559 subunit alpha

+
分子 #6: Cytochrome b559 subunit beta

分子名称: Cytochrome b559 subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 詳細: PsbF / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Picea abies (ドイツトウヒ)
分子量理論値: 4.476271 KDa
配列文字列:
MTIDRTYPIF TVRWLAIHGL AVPTVFFSGS ISAMQFIQR

UniProtKB: Cytochrome b559 subunit beta

+
分子 #7: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / 詳細: Lhcb1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Picea abies (ドイツトウヒ)
分子量理論値: 29.112004 KDa
配列文字列: MASCGIGSCA FAGGQISSLK PHNNQLLGVG AGVHGEARVT MRKSSTTKKV SASASPSPWY GPDRVLYLGP FSGEPPSYLT GEFPGDYGW DTAGLSADPE TFAKNRELEV IHSRWAMLGA LGCVFPELLA RNGVKFGEAV WFKAGAQIFS EGGLDYLGNP S LIHAQSIL ...文字列:
MASCGIGSCA FAGGQISSLK PHNNQLLGVG AGVHGEARVT MRKSSTTKKV SASASPSPWY GPDRVLYLGP FSGEPPSYLT GEFPGDYGW DTAGLSADPE TFAKNRELEV IHSRWAMLGA LGCVFPELLA RNGVKFGEAV WFKAGAQIFS EGGLDYLGNP S LIHAQSIL AIWACQVILM GAVEGYRIAG GPLGEITDPI YPGGSFDPLG LADDPDAFAE LKVKEIKNGR LAMFSMFGFF VQ AIVTGKG PLENLADHLA DPVNNNAWAY ATNFVPGK

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

+
分子 #8: Photosystem II reaction center protein H

分子名称: Photosystem II reaction center protein H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / 詳細: PsbH / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Picea abies (ドイツトウヒ)
分子量理論値: 7.941112 KDa
配列文字列:
MATQTIDDTS KTTPRATGVG TSLKPLNSEY GKVAPGWGTT PLMGFTMALF AVFLSIILEI YNSSVLLDGI PVSWG

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein H

+
分子 #9: Photosystem II reaction center protein I

分子名称: Photosystem II reaction center protein I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / 詳細: PsbI / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Picea abies (ドイツトウヒ)
分子量理論値: 4.184984 KDa
配列文字列:
MLTLKLFVYT VVIFFISLFI FGFLSNDPGR NPGRKE

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein I

+
分子 #10: Photosystem II reaction center protein K

分子名称: Photosystem II reaction center protein K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / 詳細: PsbK / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Picea abies (ドイツトウヒ)
分子量理論値: 6.804083 KDa
配列文字列:
MPVMLNIFLD DAFIYSNNIF FGKLPEAYAI FDPIVDVMPI IPVLFFLLAF VWQAAVSFR

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein K

+
分子 #11: Photosystem II reaction center protein L

分子名称: Photosystem II reaction center protein L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / 詳細: PsbL / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Picea abies (ドイツトウヒ)
分子量理論値: 4.475153 KDa
配列文字列:
MTQLNPNNQN VELNRTSLYW GLLLIFVLAV LFSNYLFN

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein L

+
分子 #12: Photosystem II reaction center protein M

分子名称: Photosystem II reaction center protein M / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / 詳細: PsbM / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Picea abies (ドイツトウヒ)
分子量理論値: 3.952636 KDa
配列文字列:
MEVNTLAFIA VLLFLAISTA FLFILYVKTA SASSGNN

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein M

+
分子 #13: Oxygen-evolving enhancer protein 1, chloroplastic

分子名称: Oxygen-evolving enhancer protein 1, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / 詳細: PsbO / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Picea abies (ドイツトウヒ)
分子量理論値: 36.089457 KDa
配列文字列: MAASLATGSA LQAAATLLQP TKLSVTRTSS SRLSSSSSNL SRAFGFEPAT SARVSCSLQD DVKEFAEKCA GATKIAALAL AASSLVASG AGAEGVPKRL TYDEIQSQTY LEVKGSGTAN QCPTIDGGVE AFPFKPGKYE MKKLCMEPTS FTVKAEGTNK N QPPDFQKT ...文字列:
MAASLATGSA LQAAATLLQP TKLSVTRTSS SRLSSSSSNL SRAFGFEPAT SARVSCSLQD DVKEFAEKCA GATKIAALAL AASSLVASG AGAEGVPKRL TYDEIQSQTY LEVKGSGTAN QCPTIDGGVE AFPFKPGKYE MKKLCMEPTS FTVKAEGTNK N QPPDFQKT RLMTRLTYTL DEIEGPLEVS QDGKLKFEEK DGIDYAAVTV QLPGGERVPF LFTVKQLVAS GTPDSFSGQF LV PAYRGSS FLDPKGRGGS TGYDNAVALP AGGRGDEEEL VKENIKDVSA SKGEITFSVS KSKPDTGEVI GVFESLQPSD TDL GSKAPK DVKIQGIWYA QIEKP

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #14: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / 詳細: Lhcb4.3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Picea abies (ドイツトウヒ)
分子量理論値: 32.767854 KDa
配列文字列: MASATAASSL ASASSSFFAG GQQLKAEKNV SRIYARFSFS GLKKKTKAVA KPKTKAVAKP KTKAVAKPKP KPRAPTGRPL WLPGAKAPE WLDGSLVGDY GFDPLGLGKP SEYLQYDVDS LDQNLDLNLP GDLLGDFVGD PDIKPSIQPY SEVFGLQRFR E CELIHGRW ...文字列:
MASATAASSL ASASSSFFAG GQQLKAEKNV SRIYARFSFS GLKKKTKAVA KPKTKAVAKP KTKAVAKPKP KPRAPTGRPL WLPGAKAPE WLDGSLVGDY GFDPLGLGKP SEYLQYDVDS LDQNLDLNLP GDLLGDFVGD PDIKPSIQPY SEVFGLQRFR E CELIHGRW AMLGVLGALA VEGFTGIYWQ DAGKVELVEG SSYFGFSLPF NMSTLILIEV LLLGYIEFQR NAEVDPETRL YP GGKYFDP FGLAVDEIKK DRLKLAEIKH ARLAMVAFLI FAIQAAVTSK GPLTLFVEFL GKK

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

+
分子 #15: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / 詳細: CP26 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Picea abies (ドイツトウヒ)
分子量理論値: 32.287926 KDa
配列文字列: MASIAALGST AALGRADQML GNPLNMNMLA ASTAASRSST RLTSPSLQVV SLFGFKKKAA APPPPSKPKA KAAAANPASE ELAKWYGPD RRIFLPEGLL DRADIPEYLN GEVPGDYGYD PFGLSKKPEN FDKYQAYELI HARWAMLGAA GFIIPEAFNK F GAYCGPEA ...文字列:
MASIAALGST AALGRADQML GNPLNMNMLA ASTAASRSST RLTSPSLQVV SLFGFKKKAA APPPPSKPKA KAAAANPASE ELAKWYGPD RRIFLPEGLL DRADIPEYLN GEVPGDYGYD PFGLSKKPEN FDKYQAYELI HARWAMLGAA GFIIPEAFNK F GAYCGPEA VWFKTGALLL DGGTLSYFGA SIPINLIAAV VAEVILVGGA EYYRLTNGLD FEDKLHPGGP FDPLGLAKDP DQ FALLKVK EIKNGRLAMF SMLGFFVQAY VTGEGPVENL AAHLSDPFGN NLLTVLGGSL ERAPTL

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

+
分子 #16: Photosystem II reaction center protein T

分子名称: Photosystem II reaction center protein T / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / 詳細: PsbTc / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Picea abies (ドイツトウヒ)
分子量理論値: 3.962781 KDa
配列文字列:
MEALVYTFLL VSTLGIIFFA IFFREPPKIP NKGGK

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein T

+
分子 #17: Photosystem II 5 kDa protein, chloroplastic

分子名称: Photosystem II 5 kDa protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / 詳細: PsbTn / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Picea abies (ドイツトウヒ)
分子量理論値: 14.189462 KDa
配列文字列:
MASLSLCAPC NISSASSLAA GYNKVPCKSV RGGAQVGQVF MVNKPFKASQ DWAVHDENVT MKKKEDDQER MQRRRMMFTA AAAAVSAAA SQGMMAMAAG EKPTGPEPKR GTPEAKKLYA RVCVTMPTAS VCHN

UniProtKB: Photosystem II 5 kDa protein, chloroplastic

+
分子 #18: Photosystem II reaction center protein Ycf12

分子名称: Photosystem II reaction center protein Ycf12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / 詳細: Psb30 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Picea abies (ドイツトウヒ)
分子量理論値: 3.49029 KDa
配列文字列:
MNLEVIAQLT VLTLTVVSGP LVIVLLAVRK GNL

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein Ycf12

+
分子 #19: PSII 6.1 kDa protein

分子名称: PSII 6.1 kDa protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / 詳細: PsbW / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Picea abies (ドイツトウヒ)
分子量理論値: 15.266507 KDa
配列文字列:
MAATAVFSTT TSVSAFLLNR SLGSAAASRP SSLSVVGLPA LDKRCTVCYA QKQEEIVRAK ENSQNCMVSL GGAAPLMAVA AALTVSTKE AFALVDERMS TEGTGLGLGL SNPLLGWILV GVFTLIWILY FTTYSGVKED EDSGLSL

UniProtKB: PSII 6.1 kDa protein

+
分子 #20: Photosystem II PsbX

分子名称: Photosystem II PsbX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / 詳細: PsbX / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Picea abies (ドイツトウヒ)
分子量理論値: 12.95694 KDa
配列文字列:
MASATAISLA LPMATASSVS QRDALKAKHA HGSSLFTTPN KLYSPKLASN RSRVVMHASQ GKKEQSLAGL TSLALAAAMA IPEIAEAAG SGVSPSLKNF LLSIAAGGVV ATAIAGAVIG VSNFDPVKRN

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #21: Photosystem II reaction center protein Z

分子名称: Photosystem II reaction center protein Z / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / 詳細: PsbZ / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Picea abies (ドイツトウヒ)
分子量理論値: 6.412558 KDa
配列文字列:
MTIAFQSAVF ALIAISLLLV IGVPVALASP DGWSSSKNVV FSGVSLWIGS VLFVGILNSF IS

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein Z

+
分子 #22: FE (II) ION

分子名称: FE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 2 / 式: FE2
分子量理論値: 55.845 Da

+
分子 #23: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 154 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #24: PHEOPHYTIN A

分子名称: PHEOPHYTIN A / タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 4 / 式: PHO
分子量理論値: 871.2 Da
Chemical component information

ChemComp-PHO:
PHEOPHYTIN A / 132α-(メトキシカルボニル)-31,32-ジデヒ(以下略)

+
分子 #25: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 20 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / β-カロチン

+
分子 #26: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

分子名称: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 4 / 式: SQD
分子量理論値: 795.116 Da
Chemical component information

ChemComp-SQD:
1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル

+
分子 #27: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 12 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #28: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE

分子名称: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 12 / 式: 3PH
分子量理論値: 704.998 Da
Chemical component information

ChemComp-3PH:
1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / ジステアロイルホスファチジン酸

+
分子 #29: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,...

分子名称: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE
タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 4 / 式: PL9
分子量理論値: 749.201 Da
Chemical component information

ChemComp-PL9:
2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE

+
分子 #30: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 18 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

+
分子 #31: ALPHA-LINOLENIC ACID

分子名称: ALPHA-LINOLENIC ACID / タイプ: ligand / ID: 31 / コピー数: 26 / 式: LNL
分子量理論値: 278.43 Da
Chemical component information

ChemComp-LNL:
ALPHA-LINOLENIC ACID / リノレン酸

+
分子 #32: PALMITOLEIC ACID

分子名称: PALMITOLEIC ACID / タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 2 / 式: PAM
分子量理論値: 254.408 Da
Chemical component information

ChemComp-PAM:
PALMITOLEIC ACID / パルミトレイン酸

+
分子 #33: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 4 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

+
分子 #34: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 34 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #35: (2R)-2,5,7,8-TETRAMETHYL-2-[(4R,8R)-4,8,12-TRIMETHYLTRIDECYL]CHRO...

分子名称: (2R)-2,5,7,8-TETRAMETHYL-2-[(4R,8R)-4,8,12-TRIMETHYLTRIDECYL]CHROMAN-6-OL
タイプ: ligand / ID: 35 / コピー数: 2 / 式: VIV
分子量理論値: 430.706 Da
Chemical component information

ChemComp-VIV:
(2R)-2,5,7,8-TETRAMETHYL-2-[(4R,8R)-4,8,12-TRIMETHYLTRIDECYL]CHROMAN-6-OL / α-トコフェロ-ル

+
分子 #36: BICARBONATE ION

分子名称: BICARBONATE ION / タイプ: ligand / ID: 36 / コピー数: 2 / 式: BCT
分子量理論値: 61.017 Da
Chemical component information

ChemComp-BCT:
BICARBONATE ION / 炭酸水素アニオン / pH緩衝剤*YM

+
分子 #37: DIACYL GLYCEROL

分子名称: DIACYL GLYCEROL / タイプ: ligand / ID: 37 / コピー数: 2 / 式: DGA
分子量理論値: 625.018 Da
Chemical component information

ChemComp-DGA:
DIACYL GLYCEROL / 1-O,2-O-ジステアロイル-L-グリセロ-ル

+
分子 #38: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 38 / コピー数: 2 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

+
分子 #39: CHLOROPHYLL B

分子名称: CHLOROPHYLL B / タイプ: ligand / ID: 39 / コピー数: 50 / 式: CHL
分子量理論値: 907.472 Da
Chemical component information

ChemComp-CHL:
CHLOROPHYLL B

+
分子 #40: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

分子名称: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
タイプ: ligand / ID: 40 / コピー数: 18 / 式: LUT
分子量理論値: 568.871 Da
Chemical component information

ChemComp-LUT:
(3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

+
分子 #41: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY...

分子名称: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5- ...名称: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL
タイプ: ligand / ID: 41 / コピー数: 10 / 式: NEX
分子量理論値: 600.87 Da
Chemical component information

ChemComp-NEX:
(1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL

+
分子 #42: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BE...

分子名称: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
タイプ: ligand / ID: 42 / コピー数: 8 / 式: XAT
分子量理論値: 600.87 Da
Chemical component information

ChemComp-XAT:
(3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / 13-cis-ビオラキサンチン

+
分子 #43: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 43 / コピー数: 280 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度3 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
10.0 mMC8H18N2O4SHEPES
0.008 %C24H46O11n-dodecyl alpha-D-maltoside
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 25 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: PELCO easiGlow, 15 mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細3 mg of chlorophylls/ml

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2392 / 平均電子線量: 120.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER / ホルダー冷却材: NITROGEN

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 202251
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.785 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 60956
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.0) / ソフトウェア - 詳細: ab-initio
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.0)
最終 3次元分類クラス数: 2 / 平均メンバー数/クラス: 55000 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-8c29:
Cryo-EM structure of photosystem II C2S2 supercomplex from Norway spruce (Picea abies) at 2.8 Angstrom resolution

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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