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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-16347 | |||||||||
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タイトル | Enp1TAP-S21_A population of yeast small ribosomal subunit precursors depleted of rpS21/eS21 | |||||||||
マップデータ | Enp1TAP-S21_A, multibody refinement | |||||||||
試料 |
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キーワード | ribosomal assembly state / RIBOSOME | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of RNA import into nucleus / endonucleolytic cleavage of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage to generate mature 5'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / rRNA primary transcript binding / mTORC1-mediated signalling / Protein hydroxylation / U3 snoRNA binding / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex ...positive regulation of RNA import into nucleus / endonucleolytic cleavage of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage to generate mature 5'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / rRNA primary transcript binding / mTORC1-mediated signalling / Protein hydroxylation / U3 snoRNA binding / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / poly(A)+ mRNA export from nucleus / Translation initiation complex formation / preribosome, small subunit precursor / Ribosomal scanning and start codon recognition / snoRNA binding / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Formation of a pool of free 40S subunits / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / proteasome assembly / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / 90S preribosome / Ub-specific processing proteases / regulation of translational fidelity / ribosomal subunit export from nucleus / ribonucleoprotein complex binding / ribosomal small subunit export from nucleus / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosome assembly / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / translational initiation / maintenance of translational fidelity / cytoplasmic stress granule / rRNA processing / unfolded protein binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosome biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / non-specific serine/threonine protein kinase / rRNA binding / protein kinase activity / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / nucleolus / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Milkereit P / Poell G | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: PLoS One / 年: 2023 タイトル: Impact of the yeast S0/uS2-cluster ribosomal protein rpS21/eS21 on rRNA folding and the architecture of small ribosomal subunit precursors. 著者: Gisela Pöll / Joachim Griesenbeck / Herbert Tschochner / Philipp Milkereit / 要旨: RpS0/uS2, rpS2/uS5, and rpS21/eS21 form a cluster of ribosomal proteins (S0-cluster) at the head-body junction near the central pseudoknot of eukaryotic small ribosomal subunits (SSU). Previous work ...RpS0/uS2, rpS2/uS5, and rpS21/eS21 form a cluster of ribosomal proteins (S0-cluster) at the head-body junction near the central pseudoknot of eukaryotic small ribosomal subunits (SSU). Previous work in yeast indicated that S0-cluster assembly is required for the stabilisation and maturation of SSU precursors at specific post-nucleolar stages. Here, we analysed the role of S0-cluster formation for rRNA folding. Structures of SSU precursors isolated from yeast S0-cluster expression mutants or control strains were analysed by cryogenic electron microscopy. The obtained resolution was sufficient to detect individual 2'-O-methyl RNA modifications using an unbiased scoring approach. The data show how S0-cluster formation enables the initial recruitment of the pre-rRNA processing factor Nob1 in yeast. Furthermore, they reveal hierarchical effects on the pre-rRNA folding pathway, including the final maturation of the central pseudoknot. Based on these structural insights we discuss how formation of the S0-cluster determines at this early cytoplasmic assembly checkpoint if SSU precursors further mature or are degraded. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_16347.map.gz | 14.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-16347-v30.xml emd-16347.xml | 41.6 KB 41.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_16347.png | 118.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-16347.cif.gz | 10.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16347 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16347 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_16347_validation.pdf.gz | 404.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_16347_full_validation.pdf.gz | 404.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_16347_validation.xml.gz | 7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_16347_validation.cif.gz | 8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16347 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16347 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8c00MC 8c01C C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_16347.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Enp1TAP-S21_A, multibody refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.968 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : Enp1-TAP associated immature ribosomal particles from S. cerevisi...
+超分子 #1: Enp1-TAP associated immature ribosomal particles from S. cerevisi...
+分子 #1: 18S rRNA precursor
+分子 #2: rpS5
+分子 #3: 40S ribosomal protein S15
+分子 #4: 40S ribosomal protein S16-A
+分子 #5: 40S ribosomal protein S18-A
+分子 #6: 40S ribosomal protein S19-A
+分子 #7: 40S ribosomal protein S25-A
+分子 #8: 40S ribosomal protein S28-A
+分子 #9: 40S ribosomal protein S1-A
+分子 #10: 40S ribosomal protein S4-A
+分子 #11: 40S ribosomal protein S6-A
+分子 #12: 40S ribosomal protein S7-A
+分子 #13: 40S ribosomal protein S8-A
+分子 #14: 40S ribosomal protein S9-A
+分子 #15: 40S ribosomal protein S11-A
+分子 #16: 40S ribosomal protein S13
+分子 #17: 40S ribosomal protein S14-A
+分子 #18: 40S ribosomal protein S22-A
+分子 #19: 40S ribosomal protein S23-A
+分子 #20: 40S ribosomal protein S24-A
+分子 #21: Essential nuclear protein 1
+分子 #22: 40S ribosomal protein S27-A
+分子 #23: 40S ribosomal protein S30-A
+分子 #24: Pre-rRNA-processing protein PNO1
+分子 #25: Serine/threonine-protein kinase RIO2
+分子 #26: Ribosome biogenesis protein TSR1
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 200 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.4 kPa | ||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL CRYO ARM 200 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8575 / 平均露光時間: 4.8 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: JEOL CRYOSPECPORTER / ホルダー冷却材: NITROGEN |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: FLEXIBLE FIT |
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得られたモデル | PDB-8c00: |