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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-16294 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of nanodisc-reconstituted wildtype human MRP4 (in complex with topotecan) | |||||||||
マップデータ | Cryo-EM map for nanodisc-reconstituted wildtype human MRP4 in complex with TPT | |||||||||
試料 |
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キーワード | ABC transporter / ABCC4 / MRP4 / Topotecan bound / TRANSLOCASE | |||||||||
機能・相同性 | : 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Raj I / Bloch M / Pape TH / Taylor NMI | |||||||||
資金援助 | デンマーク, 1件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2023 タイトル: Structural and mechanistic basis of substrate transport by the multidrug transporter MRP4. 著者: Magnus Bloch / Isha Raj / Tillmann Pape / Nicholas M I Taylor / 要旨: Multidrug resistance-associated protein 4 (MRP4) is an ATP-binding cassette (ABC) transporter expressed at multiple tissue barriers where it actively extrudes a wide variety of drug compounds. ...Multidrug resistance-associated protein 4 (MRP4) is an ATP-binding cassette (ABC) transporter expressed at multiple tissue barriers where it actively extrudes a wide variety of drug compounds. Overexpression of MRP4 provides resistance to clinically used antineoplastic agents, making it a highly attractive therapeutic target for countering multidrug resistance. Here, we report cryo-EM structures of multiple physiologically relevant states of lipid bilayer-embedded human MRP4, including complexes between MRP4 and two widely used chemotherapeutic agents and a complex between MRP4 and its native substrate. The structures display clear similarities and distinct differences in the coordination of these chemically diverse substrates and, in combination with functional and mutational analysis, reveal molecular details of the transport mechanism. Our study provides key insights into the unusually broad substrate specificity of MRP4 and constitutes an important contribution toward a general understanding of multidrug transporters. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_16294.map.gz | 204 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-16294-v30.xml emd-16294.xml | 18.2 KB 18.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_16294_fsc.xml | 12.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_16294.png | 89.4 KB | ||
マスクデータ | emd_16294_msk_1.map | 216 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-16294.cif.gz | 6.7 KB | ||
その他 | emd_16294_half_map_1.map.gz emd_16294_half_map_2.map.gz | 200.7 MB 200.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16294 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16294 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_16294_validation.pdf.gz | 951.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_16294_full_validation.pdf.gz | 951 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_16294_validation.xml.gz | 21.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_16294_validation.cif.gz | 28 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16294 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16294 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_16294.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM map for nanodisc-reconstituted wildtype human MRP4 in complex with TPT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.832 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_16294_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 1 for nanodisc-reconstituted wildtype human MRP4...
ファイル | emd_16294_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 1 for nanodisc-reconstituted wildtype human MRP4 in complex with TPT | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 2 for nanodisc-reconstituted wildtype human MRP4...
ファイル | emd_16294_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 2 for nanodisc-reconstituted wildtype human MRP4 in complex with TPT | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Cryo-EM structure of nanodisc-reconstituted wildtype human MRP4 (...
全体 | 名称: Cryo-EM structure of nanodisc-reconstituted wildtype human MRP4 (in complex with topotecan) |
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要素 |
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-超分子 #1: Cryo-EM structure of nanodisc-reconstituted wildtype human MRP4 (...
超分子 | 名称: Cryo-EM structure of nanodisc-reconstituted wildtype human MRP4 (in complex with topotecan) タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: ATP-binding cassette sub-family C member 4
分子 | 名称: ATP-binding cassette sub-family C member 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO EC番号: トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 149.693922 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MLPVYQEVKP NPLQDANLCS RVFFWWLNPL FKIGHKRRLE EDDMYSVLPE DRSQHLGEEL QGFWDKEVLR AENDAQKPSL TRAIIKCYW KSYLVLGIFT LIEESAKVIQ PIFLGKIINY FENYDPMDSV ALNTAYAYAT VLTFCTLILA ILHHLYFYHV Q CAGMRLRV ...文字列: MLPVYQEVKP NPLQDANLCS RVFFWWLNPL FKIGHKRRLE EDDMYSVLPE DRSQHLGEEL QGFWDKEVLR AENDAQKPSL TRAIIKCYW KSYLVLGIFT LIEESAKVIQ PIFLGKIINY FENYDPMDSV ALNTAYAYAT VLTFCTLILA ILHHLYFYHV Q CAGMRLRV AMCHMIYRKA LRLSNMAMGK TTTGQIVNLL SNDVNKFDQV TVFLHFLWAG PLQAIAVTAL LWMEIGISCL AG MAVLIIL LPLQSCFGKL FSSLRSKTAT FTDARIRTMN EVITGIRIIK MYAWEKSFSN LITNLRKKEI SKILRSSCLR GMN LASFFS ASKIIVFVTF TTYVLLGSVI TASRVFVAVT LYGAVRLTVT LFFPSAIERV SEAIVSIRRI QTFLLLDEIS QRNR QLPSD GKKMVHVQDF TAFWDKASET PTLQGLSFTV RPGELLAVVG PVGAGKSSLL SAVLGELAPS HGLVSVHGRI AYVSQ QPWV FSGTLRSNIL FGKKYEKERY EKVIKACALK KDLQLLEDGD LTVIGDRGTT LSGGQKARVN LARAVYQDAD IYLLDD PLS AVDAEVSRHL FELCICQILH EKITILVTHQ LQYLKAASQI LILKDGKMVQ KGTYTEFLKS GIDFGSLLKK DNEESEQ PP VPGTPTLRNR TFSESSVWSQ QSSRPSLKDG ALESQDTENV PVTLSEENRS EGKVGFQAYK NYFRAGAHWI VFIFLILL N TAAQVAYVLQ DWWLSYWANK QSMLNVTVNG GGNVTEKLDL NWYLGIYSGL TVATVLFGIA RSLLVFYVLV NSSQTLHNK MFESILKAPV LFFDRNPIGR ILNRFSKDIG HLDDLLPLTF LDFIQTLLQV VGVVSVAVAV IPWIAIPLVP LGIIFIFLRR YFLETSRDV KRLESTTRSP VFSHLSSSLQ GLWTIRAYKA EERCQELFDA HQDLHSEAWF LFLTTSRWFA VRLDAICAMF V IIVAFGSL ILAKTLDAGQ VGLALSYALT LMGMFQWCVR QSAEVENMMI SVERVIEYTD LEKEAPWEYQ KRPPPAWPHE GV IIFDNVN FMYSPGGPLV LKHLTALIKS QEKVGIVGRT GAGKSSLISA LFRLSEPEGK IWIDKILTTE IGLHDLRKKM SII PQEPVL FTGTMRKNLD PFNEHTDEEL WNALQEVQLK ETIEDLPGKM DTELAESGSN FSVGQRQLVC LARAILRKNQ ILII DEATA NVDPRTDELI QKKIREKFAH CTVLTIAHRL NTIIDSDKIM VLDSGRLKEY DEPYVLLQNK ESLFYKMVQQ LGKAE AAAL TETAKQVYFK RNYPHIGHTD HMVTNTSNGQ PSTLTIFETA L UniProtKB: UNIPROTKB: O15439 |
-分子 #2: (S)-10-[(DIMETHYLAMINO)METHYL]-4-ETHYL-4,9-DIHYDROXY-1H-PYRANO[3'...
分子 | 名称: (S)-10-[(DIMETHYLAMINO)METHYL]-4-ETHYL-4,9-DIHYDROXY-1H-PYRANO[3',4':6,7]INOLIZINO[1,2-B]-QUINOLINE-3,14(4H,12H)-DIONE タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: TTC |
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分子量 | 理論値: 421.446 Da |
Chemical component information | ChemComp-TTC: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
詳細 | This sample was monodisperse |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 実像数: 1449 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 96000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | PDB-8bwq: |