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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-16244 | |||||||||
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タイトル | Single-stranded Paranemic Crossover RNA Triangle (PXT) | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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生物種 | synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.39 Å | |||||||||
データ登録者 | Sampedro N / McRae EKS / Andersen ES | |||||||||
資金援助 | デンマーク, 1件
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引用 | ジャーナル: Small / 年: 2023 タイトル: An RNA Paranemic Crossover Triangle as A 3D Module for Cotranscriptional Nanoassembly. 著者: Néstor Sampedro Vallina / Ewan K S McRae / Cody Geary / Ebbe Sloth Andersen / 要旨: RNA nanotechnology takes advantage of structural modularity to build self-assembling nano-architectures with applications in medicine and synthetic biology. The use of paranemic motifs, that form ...RNA nanotechnology takes advantage of structural modularity to build self-assembling nano-architectures with applications in medicine and synthetic biology. The use of paranemic motifs, that form without unfolding existing secondary structure, allows for the creation of RNA nanostructures that are compatible with cotranscriptional folding in vitro and in vivo. In previous work, kissing-loop (KL) motifs have been widely used to design RNA nanostructures that fold cotranscriptionally. However, the paranemic crossover (PX) motif has not yet been explored for cotranscriptional RNA origami architectures and information about the structural geometry of the motif is unknown. Here, a six base pair-wide paranemic RNA interaction that arranges double helices in a perpendicular manner is introduced, allowing for the generation of a new and versatile building block: the paranemic-crossover triangle (PXT). The PXT is self-assembled by cotranscriptional folding and characterized by cryogenic electron microscopy, revealing for the first time an RNA PX interaction in high structural detail. The PXT is used as a building block for the construction of multimers that form filaments and rings and a duplicated PXT motif is used as a building block to self-assemble cubic structures, demonstrating the PXT as a rigid self-folding domain for the development of wireframe RNA origami architectures. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_16244.map.gz | 7.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-16244-v30.xml emd-16244.xml | 15.7 KB 15.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_16244.png | 26.7 KB | ||
その他 | emd_16244_half_map_1.map.gz emd_16244_half_map_2.map.gz | 7.4 MB 7.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16244 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16244 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_16244_validation.pdf.gz | 664.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_16244_full_validation.pdf.gz | 664.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_16244_validation.xml.gz | 8.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_16244_validation.cif.gz | 10 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16244 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16244 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_16244.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.41 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half map A
ファイル | emd_16244_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half_map_A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B
ファイル | emd_16244_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half_map_B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Enzymatically synthesized and isothermally folded single stranded...
全体 | 名称: Enzymatically synthesized and isothermally folded single stranded RNA origami |
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要素 |
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-超分子 #1: Enzymatically synthesized and isothermally folded single stranded...
超分子 | 名称: Enzymatically synthesized and isothermally folded single stranded RNA origami タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: In vitro transcribed RNA purified by SEC. |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 76.38 kDa/nm |
-分子 #1: RNA Paranemic croosover triangle (PXT)
分子 | 名称: RNA Paranemic croosover triangle (PXT) / タイプ: rna / ID: 1 / 詳細: In vitro transcribed RNA / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 76.393867 KDa |
配列 | 文字列: GGAAUAUCGU CAUGGUGAUU CGUCACCAUG AGGCUAGAUC UCAUAUCUAG CGCUUUCGAG CGCUAGAGUC CUUAUCUAGC CGGUUUAUA CUUUCGAGUG UGAACCCGAU AUUCCGCGGA UCACUAUGAG UCGUUCGCGG CUCAUAGUCC GGCUCAAAGG A CAUCAUGG ...文字列: GGAAUAUCGU CAUGGUGAUU CGUCACCAUG AGGCUAGAUC UCAUAUCUAG CGCUUUCGAG CGCUAGAGUC CUUAUCUAGC CGGUUUAUA CUUUCGAGUG UGAACCCGAU AUUCCGCGGA UCACUAUGAG UCGUUCGCGG CUCAUAGUCC GGCUCAAAGG A CAUCAUGG CCUGUUCGCA GGUUGUGAUU AUGAGUGAGC CGGGUAAGGC AUACCGUUCG CGGUAUGUCU UACGAUCCGC |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 3 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.8 構成要素:
詳細: Filtered through 0.22 micron filter | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 99 % / チャンバー内温度: 294 K / 装置: LEICA EM GP 詳細: 3 microliter droplet, 4 second delay before blotting, 6 second blot, 0 second delay before plunging.. | ||||||||||||
詳細 | Sample was purified by size exclusion chromatography and concentrated in an Amicon spin concentrator. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率(補正後): 130000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.75 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.39 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0) / 使用した粒子像数: 437831 |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: FLEXIBLE FIT |
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得られたモデル | PDB-8btz: |