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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | The complex of the immature 30S ribosomal subunit with RimP from S. aureus (composite map) | |||||||||
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![]() | Staphylococcus aureus / Ribosome / TRANSLATION / RimP | |||||||||
機能・相同性 | ![]() ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation ...ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.23 Å | |||||||||
![]() | Garaeva N / Fatkhullin B / Jenner L / Soufari H / Yusupov M / Usachev K | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Ribosome maturation factor P (RimP) from Staphylococcus aureus 著者: Garaeva N / Usachev K | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 105.5 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 34.1 KB 34.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 51.3 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 8.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 474.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 473.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 8.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8bh7MC ![]() 8bdvC ![]() 8bh6C C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
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試料の構成要素
+全体 : Immature 30S ribosomal subunit with RimP
+超分子 #1: Immature 30S ribosomal subunit with RimP
+分子 #1: 16S ribosomal RNA
+分子 #2: Ribosome maturation factor RimP
+分子 #3: 30S ribosomal protein S2
+分子 #4: 30S ribosomal protein S4
+分子 #5: 30S ribosomal protein S3
+分子 #6: 30S ribosomal protein S5
+分子 #7: 30S ribosomal protein S6
+分子 #8: 30S ribosomal protein S7
+分子 #9: 30S ribosomal protein S8
+分子 #10: 30S ribosomal protein S11
+分子 #11: 30S ribosomal protein S12
+分子 #12: 30S ribosomal protein S9
+分子 #13: 30S ribosomal protein S10
+分子 #14: 30S ribosomal protein S13
+分子 #15: 30S ribosomal protein S14 type Z
+分子 #16: 30S ribosomal protein S19
+分子 #17: 30S ribosomal protein S15
+分子 #18: 30S ribosomal protein S16
+分子 #19: 30S ribosomal protein S17
+分子 #20: 30S ribosomal protein S18
+分子 #21: 30S ribosomal protein S20
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: C-flat-2/2 / 材質: COPPER | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK II |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS GLACIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均電子線量: 3.7 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
+
画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT |
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得られたモデル | ![]() PDB-8bh7: |