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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Early transcription elongation state of influenza A/H7N9 backtracked polymerase with singly incoporated T1106 at the U +1 position | |||||||||
![]() | Loc-Scale filtered | |||||||||
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![]() | Influenza / viral RNA-dependent RNA polymerase / antiviral drug / nucleoside analogue / T705 (favipiravir) / T1106 / cap-dependent transcription / backtracking / VIRAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() cap snatching / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / host cell mitochondrion / 7-methylguanosine mRNA capping / virion component / endonuclease activity / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA-directed RNA polymerase ...cap snatching / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / host cell mitochondrion / 7-methylguanosine mRNA capping / virion component / endonuclease activity / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.86 Å | |||||||||
![]() | Cusack S / Kouba T | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Direct observation of backtracking by influenza A and B polymerases upon consecutive incorporation of the nucleoside analog T1106. 著者: Tomas Kouba / Anna Dubankova / Petra Drncova / Elisa Donati / Pietro Vidossich / Valentina Speranzini / Alex Pflug / Johanna Huchting / Chris Meier / Marco De Vivo / Stephen Cusack / ![]() ![]() ![]() 要旨: The antiviral pseudo-base T705 and its de-fluoro analog T1106 mimic adenine or guanine and can be competitively incorporated into nascent RNA by viral RNA-dependent RNA polymerases. Although ...The antiviral pseudo-base T705 and its de-fluoro analog T1106 mimic adenine or guanine and can be competitively incorporated into nascent RNA by viral RNA-dependent RNA polymerases. Although dispersed, single pseudo-base incorporation is mutagenic, consecutive incorporation causes polymerase stalling and chain termination. Using a template encoding single and then consecutive T1106 incorporation four nucleotides later, we obtained a cryogenic electron microscopy structure of stalled influenza A/H7N9 polymerase. This shows that the entire product-template duplex backtracks by 5 nt, bringing the singly incorporated T1106 to the +1 position, where it forms an unexpected T1106:U wobble base pair. Similar structures show that influenza B polymerase also backtracks after consecutive T1106 incorporation, regardless of whether prior single incorporation has occurred. These results give insight into the unusual mechanism of chain termination by pyrazinecarboxamide base analogs. Consecutive incorporation destabilizes the proximal end of the product-template duplex, promoting irreversible backtracking to a more energetically favorable overall configuration. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 87.5 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 23.4 KB 23.4 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 12.7 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 125.6 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 7.8 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 165.6 MB 141 MB 140.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8bekMC ![]() 7qtlC ![]() 7r0eC ![]() 7r1fC ![]() 7zplC ![]() 7zpmC ![]() 8bdrC ![]() 8be0C ![]() 8bf5C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
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注釈 | Loc-Scale filtered | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.8336 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: Relion post-processed
ファイル | emd_16006_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Relion post-processed | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-map
ファイル | emd_16006_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-map
ファイル | emd_16006_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
+全体 : A/H7N9-Backtracked-T/U+1 complex with only single incorporation
+超分子 #1: A/H7N9-Backtracked-T/U+1 complex with only single incorporation
+分子 #1: Polymerase acidic protein
+分子 #2: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
+分子 #3: Polymerase basic protein 2
+分子 #4: mRNA
+分子 #5: 3' vRNA
+分子 #6: 5' vRNA
+分子 #7: MAGNESIUM ION
+分子 #8: P1-7-METHYLGUANOSINE-P3-ADENOSINE-5',5'-TRIPHOSPHATE
+分子 #9: water
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |