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万見
- EMDB-15849: Cryo-EM structure of the Neurospora crassa TOM core complex at 3.... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15849
タイトルCryo-EM structure of the Neurospora crassa TOM core complex at 3.3 angstrom
マップデータSharpened cryoEM map used for model building.
試料
  • 複合体: Translocase of the outer mitochondrial membrane core complex of Neurospora Crassa
    • 複合体: Mitochondrial import receptor subunit Tom22
      • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import receptor subunit Tom22
    • 複合体: Translocase of the outer mitochondrial membrane core complex of Neurospora Crassa
      • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import receptor subunit Tom40
      • タンパク質・ペプチド: Translocase of outer mitochondrial membrane subunit 5
      • タンパク質・ペプチド: TOM6
      • タンパク質・ペプチド: TOM7
  • リガンド: 2-[2-[(1~{S},2~{S},4~{S},5'~{R},6~{R},7~{S},8~{R},9~{S},12~{S},13~{R},16~{S})-5',7,9,13-tetramethylspiro[5-oxapentacyclo[10.8.0.0^{2,9}.0^{4,8}.0^{13,18}]icos-18-ene-6,2'-oxane]-16-yl]oxyethyl]propane-1,3-diol
  • リガンド: DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE
キーワードComplex / outer membrane / mitochondria / membrane protein / TOM / translocase / neurospora crassa
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial outer membrane translocase complex / protein import into mitochondrial matrix / protein targeting to mitochondrion / porin activity / pore complex / protein transmembrane transporter activity / mitochondrial outer membrane
類似検索 - 分子機能
Mitochondrial import receptor subunit Tom22, fungi / Mitochondrial import receptor subunit Tom40, fungi / Mitochondrial import receptor subunit Tom22 / Mitochondrial import receptor subunit TOM7 / Mitochondrial import receptor subunit Tom22 / TOM7 family / Mitochondrial outer membrane translocase complex, subunit Tom5 / Mitochondrial import receptor subunit or translocase / Tom40 / Eukaryotic porin/Tom40 ...Mitochondrial import receptor subunit Tom22, fungi / Mitochondrial import receptor subunit Tom40, fungi / Mitochondrial import receptor subunit Tom22 / Mitochondrial import receptor subunit TOM7 / Mitochondrial import receptor subunit Tom22 / TOM7 family / Mitochondrial outer membrane translocase complex, subunit Tom5 / Mitochondrial import receptor subunit or translocase / Tom40 / Eukaryotic porin/Tom40 / Eukaryotic porin / Porin domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitochondrial import receptor subunit TOM40 / Mitochondrial import receptor subunit tom22 / Translocase of outer mitochondrial membrane subunit 5 / TOM7 / TOM6
類似検索 - 構成要素
生物種Neurospora crassa (菌類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.32 Å
データ登録者Ornelas P / Kuehlbrandt W
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2023
タイトル: Two conformations of the Tom20 preprotein receptor in the TOM holo complex.
著者: Pamela Ornelas / Thomas Bausewein / Janosch Martin / Nina Morgner / Stephan Nussberger / Werner Kühlbrandt /
要旨: The TOM complex is the main entry point for precursor proteins (preproteins) into mitochondria. Preproteins containing targeting sequences are recognized by the TOM complex and imported into ...The TOM complex is the main entry point for precursor proteins (preproteins) into mitochondria. Preproteins containing targeting sequences are recognized by the TOM complex and imported into mitochondria. We have determined the structure of the TOM core complex from by single-particle electron cryomicroscopy at 3.3 Å resolution, showing its interaction with a bound preprotein at 4 Å resolution, and of the TOM holo complex including the Tom20 receptor at 6 to 7 Å resolution. TOM is a transmembrane complex consisting of two β-barrels, three receptor subunits, and three short transmembrane subunits. Tom20 has a transmembrane helix and a receptor domain on the cytoplasmic side. We propose that Tom20 acts as a dynamic gatekeeper, guiding preproteins into the pores of the TOM complex. We analyze the interactions of Tom20 with other TOM subunits, present insights into the structure of the TOM holo complex, and suggest a translocation mechanism.
履歴
登録2022年9月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年8月9日-
マップ公開2023年8月9日-
更新2023年8月30日-
現状2023年8月30日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15849.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15849.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened cryoEM map used for model building.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.837 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.167
最小 - 最大-0.45550093 - 0.8340952
平均 (標準偏差)0.00092189317 (±0.016739497)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 321.40802 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_15849_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Refinement map without postprocessing.

ファイルemd_15849_additional_1.map
注釈Refinement map without postprocessing.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_15849_half_map_1.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_15849_half_map_2.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Translocase of the outer mitochondrial membrane core complex of N...

全体名称: Translocase of the outer mitochondrial membrane core complex of Neurospora Crassa
要素
  • 複合体: Translocase of the outer mitochondrial membrane core complex of Neurospora Crassa
    • 複合体: Mitochondrial import receptor subunit Tom22
      • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import receptor subunit Tom22
    • 複合体: Translocase of the outer mitochondrial membrane core complex of Neurospora Crassa
      • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import receptor subunit Tom40
      • タンパク質・ペプチド: Translocase of outer mitochondrial membrane subunit 5
      • タンパク質・ペプチド: TOM6
      • タンパク質・ペプチド: TOM7
  • リガンド: 2-[2-[(1~{S},2~{S},4~{S},5'~{R},6~{R},7~{S},8~{R},9~{S},12~{S},13~{R},16~{S})-5',7,9,13-tetramethylspiro[5-oxapentacyclo[10.8.0.0^{2,9}.0^{4,8}.0^{13,18}]icos-18-ene-6,2'-oxane]-16-yl]oxyethyl]propane-1,3-diol
  • リガンド: DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE

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超分子 #1: Translocase of the outer mitochondrial membrane core complex of N...

超分子名称: Translocase of the outer mitochondrial membrane core complex of Neurospora Crassa
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5

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超分子 #2: Mitochondrial import receptor subunit Tom22

超分子名称: Mitochondrial import receptor subunit Tom22 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Neurospora crassa (菌類)

+
超分子 #3: Translocase of the outer mitochondrial membrane core complex of N...

超分子名称: Translocase of the outer mitochondrial membrane core complex of Neurospora Crassa
タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1, #3-#5
由来(天然)生物種: Neurospora crassa (菌類) / 株: GR-107 / Organelle: Mitochondria

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分子 #1: Mitochondrial import receptor subunit Tom40

分子名称: Mitochondrial import receptor subunit Tom40 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Neurospora crassa (菌類)
分子量理論値: 38.184797 KDa
配列文字列: MASFSTESPL AMLRDNAIYS SLSDAFNAFQ ERRKQFGLSN PGTIETIARE VQRDTLLTNY MFSGLRADVT KAFSLAPLFQ VSHQFAMGE RLNPYAFAAL YGTNQIFAQG NLDNEGALST RFNYRWGDRT ITKTQFSIGG GQDMAQFEHE HLGDDFSASL K AINPSFLD ...文字列:
MASFSTESPL AMLRDNAIYS SLSDAFNAFQ ERRKQFGLSN PGTIETIARE VQRDTLLTNY MFSGLRADVT KAFSLAPLFQ VSHQFAMGE RLNPYAFAAL YGTNQIFAQG NLDNEGALST RFNYRWGDRT ITKTQFSIGG GQDMAQFEHE HLGDDFSASL K AINPSFLD GGLTGIFVGD YLQAVTPRLG LGLQAVWQRQ GLTQGPDTAI SYFARYKAGD WVASAQLQAQ GALNTSFWKK LT DRVQAGV DMTLSVAPSQ SMMGGLTKEG ITTFGAKYDF RMSTFRAQID SKGKLSCLLE KRLGAAPVTL TFAADVDHVT QQA KLGMSV SIEASDVDLQ EQQEGAQSLN IPF

UniProtKB: Mitochondrial import receptor subunit TOM40

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分子 #2: Mitochondrial import receptor subunit Tom22

分子名称: Mitochondrial import receptor subunit Tom22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Neurospora crassa (菌類)
分子量理論値: 17.657141 KDa
組換発現生物種: Neurospora crassa (菌類)
配列文字列:
MVQLTEVEDE HFQQPQVGPE EDDEDFTDTD SEISVDSDYE SQETFTDRLY ALRDMVSPTT RGWFYHKYST TTNFVKSTLS FAGRAAWAV SVSGLLIGVP FAIAFAEDQN YAAMEQEARM RELGSDVLTA GGEGQAGTAE KTLAAIGGEG ARPALHHHHH H

UniProtKB: Mitochondrial import receptor subunit tom22

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分子 #3: Translocase of outer mitochondrial membrane subunit 5

分子名称: Translocase of outer mitochondrial membrane subunit 5
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Neurospora crassa (菌類)
分子量理論値: 5.4052 KDa
配列文字列:
MFGGFQPPAL SREELQAAEA EATFTIQRAV FTAVALYLSP FVIDAVSKVL

UniProtKB: Translocase of outer mitochondrial membrane subunit 5

+
分子 #4: TOM6

分子名称: TOM6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Neurospora crassa (菌類)
分子量理論値: 6.470329 KDa
配列文字列:
MPSAKYIERP GGSRKSKGFI RSTYDSLTSS ENASVVRSIA FFGAAVAFLS SSWGEMLVVQ

UniProtKB: TOM6

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分子 #5: TOM7

分子名称: TOM7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Neurospora crassa (菌類)
分子量理論値: 6.069213 KDa
配列文字列:
MFALSEESKE RIGKLIDISR VVVHYGYLPL ILYLGYTRSV PRPSIIRLLS PLS

UniProtKB: TOM7

+
分子 #6: 2-[2-[(1~{S},2~{S},4~{S},5'~{R},6~{R},7~{S},8~{R},9~{S},12~{S},13...

分子名称: 2-[2-[(1~{S},2~{S},4~{S},5'~{R},6~{R},7~{S},8~{R},9~{S},12~{S},13~{R},16~{S})-5',7,9,13-tetramethylspiro[5-oxapentacyclo[10.8.0.0^{2,9}.0^{4,8}.0^{13,18}]icos-18-ene-6,2'-oxane]-16-yl]oxyethyl]propane-1,3-diol
タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 8 / 式: DU0
分子量理論値: 516.752 Da
Chemical component information

ChemComp-DU0:
2-[2-[(1~{S},2~{S},4~{S},5'~{R},6~{R},7~{S},8~{R},9~{S},12~{S},13~{R},16~{S})-5',7,9,13-tetramethylspiro[5-oxapentacyclo[10.8.0.0^{2,9}.0^{4,8}.0^{13,18}]icos-18-ene-6,2'-oxane]-16-yl]oxyethyl]propane-1,3-diol

+
分子 #7: DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE

分子名称: DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: PLC
分子量理論値: 622.834 Da
Chemical component information

ChemComp-PLC:
DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / O-(1-O,2-O-ジドデカノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン / リン脂質*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッド材質: COPPER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.32 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 306000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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