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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-15691 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of heme A synthase trimer from Aquifex aeolicus | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Heme A synthase / Oligomerization / Function / Heme A / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | COX15/CtaA family / Cytochrome oxidase assembly protein / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, heme protein as acceptor / heme A biosynthetic process / membrane / Heme O oxygenase 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Hui Z / Guoliang Z | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM structure of heme A synthase trimer from Aquifex aeolicus 著者: Hui Z / Guoliang Z | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_15691.map.gz | 4.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-15691-v30.xml emd-15691.xml | 15.3 KB 15.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_15691_fsc.xml | 9.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_15691.png | 53.2 KB | ||
マスクデータ | emd_15691_msk_1.map | 64 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_15691_half_map_1.map.gz emd_15691_half_map_2.map.gz | 49.7 MB 49.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15691 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15691 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_15691_validation.pdf.gz | 677.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_15691_full_validation.pdf.gz | 676.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_15691_validation.xml.gz | 15.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_15691_validation.cif.gz | 21 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-15691 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-15691 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8aw5MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_15691.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.23 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_15691_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_15691_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_15691_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Heme A synthase with cofactor Heme B
全体 | 名称: Heme A synthase with cofactor Heme B |
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要素 |
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-超分子 #1: Heme A synthase with cofactor Heme B
超分子 | 名称: Heme A synthase with cofactor Heme B / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア) |
-分子 #1: Heme O oxygenase
分子 | 名称: Heme O oxygenase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア) / 株: VF5 |
分子量 | 理論値: 34.984523 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: GMNTNLKSSP LKTLVLASVV LTYVLMVFGG IVTSTGSGLG CPDWPLCHGQ LLPFQLKEQI PTPPAPVVAP TPLQPWIEQT HRILGGITG IVLLATLFYA FKRGTSFVKK ALVFIFIALI LEALLGMRVV ITEAPLLREL LHYVYTSAHL ILSVFILSTI T ITYYYVKF ...文字列: GMNTNLKSSP LKTLVLASVV LTYVLMVFGG IVTSTGSGLG CPDWPLCHGQ LLPFQLKEQI PTPPAPVVAP TPLQPWIEQT HRILGGITG IVLLATLFYA FKRGTSFVKK ALVFIFIALI LEALLGMRVV ITEAPLLREL LHYVYTSAHL ILSVFILSTI T ITYYYVKF FGERPKEYIP YADALYVATM FQILLGIFVR YVKALEYNQF VYYLHITYAG FLVILSLFIM FKEFNKYSLI TF LLMTAQI LAGVATVISG FFLPYLFLHI AIGFFIVLWV SYLVAPSVLK TYTEFRGELA RNSSAWSHPQ FEK UniProtKB: Heme O oxygenase |
-分子 #2: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子 | 名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 3 / 式: HEM |
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分子量 | 理論値: 616.487 Da |
Chemical component information | ChemComp-HEM: |
-分子 #3: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(tri...
分子 | 名称: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 9 / 式: POV |
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分子量 | 理論値: 760.076 Da |
Chemical component information | ChemComp-POV: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | 3D array |
-試料調製
濃度 | 3.5 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
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グリッド | モデル: Homemade / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 70.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: OTHER |
電子光学系 | 最小 デフォーカス(補正後): 1.2 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.1 µm / 倍率(公称値): 165000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |