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万見
- EMDB-15691: Cryo-EM structure of heme A synthase trimer from Aquifex aeolicus -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15691
タイトルCryo-EM structure of heme A synthase trimer from Aquifex aeolicus
マップデータ
試料
  • 複合体: Heme A synthase with cofactor Heme B
    • タンパク質・ペプチド: Heme O oxygenase
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
キーワードHeme A synthase / Oligomerization / Function / Heme A / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性: / COX15/CtaA family / Cytochrome oxidase assembly protein / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, heme protein as acceptor / heme A biosynthetic process / membrane / Heme O oxygenase
機能・相同性情報
生物種Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Hui Z / Guoliang Z
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
Max Planck Society
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of heme A synthase trimer from Aquifex aeolicus
著者: Hui Z / Guoliang Z
履歴
登録2022年8月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年9月6日-
マップ公開2023年9月6日-
更新2023年9月6日-
現状2023年9月6日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15691.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15691.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.23 Å/pix.
x 256 pix.
= 314.88 Å		1.23 Å/pix.
x 256 pix.
= 314.88 Å		1.23 Å/pix.
x 256 pix.
= 314.88 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.23 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0488
最小 - 最大-0.14577729 - 0.30360663
平均 (標準偏差)0.00014899936 (±0.004071076)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 314.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_15691_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_15691_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_15691_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Heme A synthase with cofactor Heme B

全体名称: Heme A synthase with cofactor Heme B
要素
  • 複合体: Heme A synthase with cofactor Heme B
    • タンパク質・ペプチド: Heme O oxygenase
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate

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超分子 #1: Heme A synthase with cofactor Heme B

超分子名称: Heme A synthase with cofactor Heme B / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア)

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分子 #1: Heme O oxygenase

分子名称: Heme O oxygenase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア) / 株: VF5
分子量理論値: 34.984523 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GMNTNLKSSP LKTLVLASVV LTYVLMVFGG IVTSTGSGLG CPDWPLCHGQ LLPFQLKEQI PTPPAPVVAP TPLQPWIEQT HRILGGITG IVLLATLFYA FKRGTSFVKK ALVFIFIALI LEALLGMRVV ITEAPLLREL LHYVYTSAHL ILSVFILSTI T ITYYYVKF ...文字列:
GMNTNLKSSP LKTLVLASVV LTYVLMVFGG IVTSTGSGLG CPDWPLCHGQ LLPFQLKEQI PTPPAPVVAP TPLQPWIEQT HRILGGITG IVLLATLFYA FKRGTSFVKK ALVFIFIALI LEALLGMRVV ITEAPLLREL LHYVYTSAHL ILSVFILSTI T ITYYYVKF FGERPKEYIP YADALYVATM FQILLGIFVR YVKALEYNQF VYYLHITYAG FLVILSLFIM FKEFNKYSLI TF LLMTAQI LAGVATVISG FFLPYLFLHI AIGFFIVLWV SYLVAPSVLK TYTEFRGELA RNSSAWSHPQ FEK

UniProtKB: Heme O oxygenase

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分子 #2: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 3 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

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分子 #3: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(tri...

分子名称: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 9 / 式: POV
分子量理論値: 760.076 Da
Chemical component information

ChemComp-POV:
(2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / リン脂質*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態3D array

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試料調製

濃度3.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaclsodium chloride
20.0 mMTris-HClTris hydrochloride
グリッドモデル: Homemade / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 70.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: OTHER
電子光学系最小 デフォーカス（補正後）: 1.2 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.1 µm / 倍率（公称値）: 165000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 462000
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6a2j

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 72435
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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