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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-15610 | ||||||||||||
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タイトル | Structure of the SFTSV L protein stalled at early elongation with the endonuclease domain in a raised conformation [EARLY-ELONGATION-ENDO] | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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キーワード | SFTSV RNA-DEPENDENT RNA POLYMERASE / VIRAL RNA / VIRAL PROTEIN | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell endoplasmic reticulum / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell Golgi apparatus / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | SFTS virus AH12 (ウイルス) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Williams HM / Thorkelsson SR / Vogel D / Milewski M / Busch C / Cusack S / Grunewald K / Quemin ERJ / Rosenthal M | ||||||||||||
資金援助 | ドイツ, 3件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2023 タイトル: Structural insights into viral genome replication by the severe fever with thrombocytopenia syndrome virus L protein. 著者: Harry M Williams / Sigurdur R Thorkelsson / Dominik Vogel / Morlin Milewski / Carola Busch / Stephen Cusack / Kay Grünewald / Emmanuelle R J Quemin / Maria Rosenthal / 要旨: Severe fever with thrombocytopenia syndrome virus (SFTSV) is a phenuivirus that has rapidly become endemic in several East Asian countries. The large (L) protein of SFTSV, which includes the RNA- ...Severe fever with thrombocytopenia syndrome virus (SFTSV) is a phenuivirus that has rapidly become endemic in several East Asian countries. The large (L) protein of SFTSV, which includes the RNA-dependent RNA polymerase (RdRp), is responsible for catalysing viral genome replication and transcription. Here, we present 5 cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of the L protein in several states of the genome replication process, from pre-initiation to late-stage elongation, at a resolution of up to 2.6 Å. We identify how the L protein binds the 5' viral RNA in a hook-like conformation and show how the distal 5' and 3' RNA ends form a duplex positioning the 3' RNA terminus in the RdRp active site ready for initiation. We also observe the L protein stalled in the early and late stages of elongation with the RdRp core accommodating a 10-bp product-template duplex. This duplex ultimately splits with the template binding to a designated 3' secondary binding site. The structural data and observations are complemented by in vitro biochemical and cell-based mini-replicon assays. Altogether, our data provide novel key insights into the mechanism of viral genome replication by the SFTSV L protein and will aid drug development against segmented negative-strand RNA viruses. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_15610.map.gz | 111.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-15610-v30.xml emd-15610.xml | 21.7 KB 21.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_15610_fsc.xml | 11.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_15610.png | 53.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-15610.cif.gz | 7.5 KB | ||
その他 | emd_15610_half_map_1.map.gz emd_15610_half_map_2.map.gz | 98.6 MB 98.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15610 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15610 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_15610_validation.pdf.gz | 859.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_15610_full_validation.pdf.gz | 859.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_15610_validation.xml.gz | 18.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_15610_validation.cif.gz | 24.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-15610 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-15610 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_15610.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.85 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_15610_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_15610_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Structure of the SFTSV L protein stalled at early elongation with...
+超分子 #1: Structure of the SFTSV L protein stalled at early elongation with...
+超分子 #2: RNA-dependent RNA-polymerase L protein
+超分子 #3: RNA (5'-R(*AP*CP*AP*CP*AP*GP*AP*GP*AP*CP*GP*CP*CP*CP*AP*GP*A)-3')
+超分子 #4: RNA (5'-R(P*UP*CP*UP*GP*GP*GP*CP*GP*GP*UP*CP*UP*UP*UP*GP*UP*GP*U)-3')
+超分子 #5: RNA (5'-R(P*AP*CP*A)-3')
+分子 #1: RNA-dependent RNA-polymerase L protein
+分子 #2: RNA (5'-R(*AP*CP*AP*CP*AP*GP*AP*GP*AP*CP*GP*CP*CP*CP*AP*GP*A)-3')
+分子 #3: RNA (5'-R(P*UP*CP*UP*GP*GP*GP*CP*GP*GP*UP*CP*UP*UP*UP*GP*UP*GP*U)-3')
+分子 #4: RNA (5'-R(P*AP*CP*A)-3')
+分子 #5: MAGNESIUM ION
+分子 #6: 5'-O-[(S)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phos...
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 53.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |