+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-15575 | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Vaccinia virus DNA helicase D5 residues 323-785 hexamer with bound DNA processed in C1 | ||||||||||||||||||
マップデータ | Masked map in C1 from Relion PostProcess | ||||||||||||||||||
試料 |
| ||||||||||||||||||
キーワード | DNA helicase / D5_N domain / DUF5906 domain / Pox_D5 domain / SF3 helicase / VIRAL PROTEIN | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 helicase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / host cell cytoplasm / hydrolase activity / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Vaccinia virus Copenhagen (ウイルス) / Synthetic construct (人工物) / synthetic construct (人工物) | ||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.6 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Burmeister WP / Hutin S / Ling WL / Grimm C / Schoehn G | ||||||||||||||||||
資金援助 | フランス, 5件
| ||||||||||||||||||
引用 | ジャーナル: Viruses / 年: 2022 タイトル: The Vaccinia Virus DNA Helicase Structure from Combined Single-Particle Cryo-Electron Microscopy and AlphaFold2 Prediction. 著者: Stephanie Hutin / Wai Li Ling / Nicolas Tarbouriech / Guy Schoehn / Clemens Grimm / Utz Fischer / Wim P Burmeister / 要旨: Poxviruses are large DNA viruses with a linear double-stranded DNA genome circularized at the extremities. The helicase-primase D5, composed of six identical 90 kDa subunits, is required for DNA ...Poxviruses are large DNA viruses with a linear double-stranded DNA genome circularized at the extremities. The helicase-primase D5, composed of six identical 90 kDa subunits, is required for DNA replication. D5 consists of a primase fragment flexibly attached to the hexameric C-terminal polypeptide (res. 323-785) with confirmed nucleotide hydrolase and DNA-binding activity but an elusive helicase activity. We determined its structure by single-particle cryo-electron microscopy. It displays an AAA+ helicase core flanked by N- and C-terminal domains. Model building was greatly helped by the predicted structure of D5 using AlphaFold2. The 3.9 Å structure of the N-terminal domain forms a well-defined tight ring while the resolution decreases towards the C-terminus, still allowing the fit of the predicted structure. The N-terminal domain is partially present in papillomavirus E1 and polyomavirus LTA helicases, as well as in a bacteriophage NrS-1 helicase domain, which is also closely related to the AAA+ helicase domain of D5. Using the Pfam domain database, a D5_N domain followed by DUF5906 and Pox_D5 domains could be assigned to the cryo-EM structure, providing the first 3D structures for D5_N and Pox_D5 domains. The same domain organization has been identified in a family of putative helicases from large DNA viruses, bacteriophages, and selfish DNA elements. | ||||||||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_15575.map.gz | 5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-15575-v30.xml emd-15575.xml | 23.4 KB 23.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_15575_fsc.xml | 9.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_15575.png | 161.2 KB | ||
その他 | emd_15575_half_map_1.map.gz emd_15575_half_map_2.map.gz | 49.6 MB 49.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15575 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15575 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8apmMC 8aplC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_15575.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Masked map in C1 from Relion PostProcess | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.21 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-ハーフマップ: Half map from Relion Refine3D in C1
ファイル | emd_15575_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Half map from Relion Refine3D in C1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map from Relion Refine3D in C1
ファイル | emd_15575_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Half map from Relion Refine3D in C1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Primase D5 C-terminal fragment res. 323 - res. 785
全体 | 名称: Primase D5 C-terminal fragment res. 323 - res. 785 |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Primase D5 C-terminal fragment res. 323 - res. 785
超分子 | 名称: Primase D5 C-terminal fragment res. 323 - res. 785 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: construct |
---|---|
分子量 | 理論値: 325 KDa |
-超分子 #2: Primase-helicase D5 fragment residues 323-785
超分子 | 名称: Primase-helicase D5 fragment residues 323-785 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 詳細: Obtained after TEV (tobacco etch virus) cleavage of a construct |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Vaccinia virus Copenhagen (ウイルス) |
-超分子 #3: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*AP*AP*TP*CP*A)-3')
超分子 | 名称: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*AP*AP*TP*CP*A)-3') / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Synthetic construct (人工物) / Synthetically produced: Yes |
-超分子 #4: DNA (5'-D(P*TP*GP*AP*TP*TP*CP*GP*G)-3')
超分子 | 名称: DNA (5'-D(P*TP*GP*AP*TP*TP*CP*GP*G)-3') / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Synthetic construct (人工物) / Synthetically produced: Yes |
-分子 #1: Primase D5
分子 | 名称: Primase D5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 詳細: obtained after tobacco etch virus protease cleavage with 2 additional N-terminal residues from the cleavage site. コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Vaccinia virus Copenhagen (ウイルス) / 株: Copenhagen |
分子量 | 理論値: 53.495285 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: AMGNKLFNIA QRILDTNSVL LTERGDYIVW INNSWKFNSE EPLITKLILS IRHQLPKEYS SELLCPRKRK TVEANIRDML VDSVETDTY PDKLPFKNGV LDLVDGMFYS GDDAKKYTCT VSTGFKFDDT KFVEDSPEME ELMNIINDIQ PLTDENKKNR E LYEKTLSS ...文字列: AMGNKLFNIA QRILDTNSVL LTERGDYIVW INNSWKFNSE EPLITKLILS IRHQLPKEYS SELLCPRKRK TVEANIRDML VDSVETDTY PDKLPFKNGV LDLVDGMFYS GDDAKKYTCT VSTGFKFDDT KFVEDSPEME ELMNIINDIQ PLTDENKKNR E LYEKTLSS CLCGATKGCL TFFFGETATG KSTTKRLLKS AIGDLFVETG QTILTDVLDK GPNPFIANMH LKRSVFCSEL PD FACSGSK KIRSDNIKKL TEPCVIGRPC FSNKINNRNH ATIIIDTNYK PVFDRIDNAL MRRIAVVRFR THFSQPSGRE AAE NNDAYD KVKLLDEGLD GKIQNNRYRF AFLYLLVKWY KKYHVPIMKL YPTPEEIPDF AFYLKIGTLL VSSSVKHIPL MTDL SKKGY ILYDNVVTLP LTTFQQKISK YFNSRLFGHD IESFINRHKK FANVSDEYLQ YIFIEDISSP UniProtKB: Uncoating factor OPG117 |
-分子 #2: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*AP*AP*TP*CP*A)-3')
分子 | 名称: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*AP*AP*TP*CP*A)-3') / タイプ: dna / ID: 2 詳細: synthetic, at the current resolution the sequence does not matter, the DNA oligomer was end-labelled: biotin-ccgaatcaggaagataacagcggtttagcc3-digoxigenin コピー数: 1 / 分類: DNA |
---|---|
由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 9.265994 KDa |
配列 | 文字列: (DC)(DC)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DA)(DG)(DG) (DA)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DA)(DC)(DA)(DG) (DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DG)(DC) (DC) |
-分子 #3: DNA (5'-D(P*TP*GP*AP*TP*TP*CP*GP*G)-3')
分子 | 名称: DNA (5'-D(P*TP*GP*AP*TP*TP*CP*GP*G)-3') / タイプ: dna / ID: 3 詳細: At the current resolution, the base mismatch does not have any impact as it is located in an unpaired part of the DNA. コピー数: 1 / 分類: DNA |
---|---|
由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 9.21191 KDa |
配列 | 文字列: (DG)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC)(DC) (DT)(DT)(DC)(DT)(DA)(DT)(DT)(DG)(DT)(DC) (DG)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DT)(DC)(DG) (DG) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.24 mg/mL | |||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
緩衝液 | pH: 7 構成要素:
| |||||||||||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY | |||||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | |||||||||||||||||||||
詳細 | The sample contained also a dsDNA oligomer in slight stoechiometric excess over hexamers. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 830 / 平均電子線量: 1.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 最大 デフォーカス(補正後): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 1.5 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 152 |
---|---|
得られたモデル | PDB-8apm: |