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基本情報
登録情報 | ![]() | ||||||||||||||||||
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タイトル | Structure of the Ancestral Scaffold Antigen-6 of Coronavirus Spike protein | ||||||||||||||||||
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![]() | Ancestor / Spike / Coronavirus / Scaffold / S-protein / Protein Engineering / BIOSYNTHETIC PROTEIN | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() virion component / Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion ...virion component / Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.77 Å | ||||||||||||||||||
![]() | Hueting D / Schriever K / Wallden K / Andrell J / Syren PO | ||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Design, structure and plasma binding of ancestral β-CoV scaffold antigens. 著者: David Hueting / Karen Schriever / Rui Sun / Stelios Vlachiotis / Fanglei Zuo / Likun Du / Helena Persson / Camilla Hofström / Mats Ohlin / Karin Walldén / Marcus Buggert / Lennart ...著者: David Hueting / Karen Schriever / Rui Sun / Stelios Vlachiotis / Fanglei Zuo / Likun Du / Helena Persson / Camilla Hofström / Mats Ohlin / Karin Walldén / Marcus Buggert / Lennart Hammarström / Harold Marcotte / Qiang Pan-Hammarström / Juni Andréll / Per-Olof Syrén / ![]() 要旨: We report the application of ancestral sequence reconstruction on coronavirus spike protein, resulting in stable and highly soluble ancestral scaffold antigens (AnSAs). The AnSAs interact with plasma ...We report the application of ancestral sequence reconstruction on coronavirus spike protein, resulting in stable and highly soluble ancestral scaffold antigens (AnSAs). The AnSAs interact with plasma of patients recovered from COVID-19 but do not bind to the human angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) receptor. Cryo-EM analysis of the AnSAs yield high resolution structures (2.6-2.8 Å) indicating a closed pre-fusion conformation in which all three receptor-binding domains (RBDs) are facing downwards. The structures reveal an intricate hydrogen-bonding network mediated by well-resolved loops, both within and across monomers, tethering the N-terminal domain and RBD together. We show that AnSA-5 can induce and boost a broad-spectrum immune response against the wild-type RBD as well as circulating variants of concern in an immune organoid model derived from tonsils. Finally, we highlight how AnSAs are potent scaffolds by replacing the ancestral RBD with the wild-type sequence, which restores ACE2 binding and increases the interaction with convalescent plasma. #1: ![]() タイトル: Design, structure and plasma binding of ancestral beta-CoV scaffold antigens 著者: Hueting D / Schriever K / Zuo F / Du L / Persson H / Hofstrom C / Ohlin M / Wallden K / Hammarstrom L / Marcotte H / Pan-Hammarstrom Q / Andrell J / Syren PO | ||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 204.1 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 20.8 KB 20.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 12.6 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 27 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 216 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 7.3 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 200.2 MB 200.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 27.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8ajlMC ![]() 8ajaC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_15482_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_15482_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Ancestral S-protein of coronaviruses related to SARS-CoV-2
全体 | 名称: Ancestral S-protein of coronaviruses related to SARS-CoV-2 |
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要素 |
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-超分子 #1: Ancestral S-protein of coronaviruses related to SARS-CoV-2
超分子 | 名称: Ancestral S-protein of coronaviruses related to SARS-CoV-2 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 詳細: Ancestral coronavirus generated by Ancestral sequence reconstruction expressed in human cells. |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Spike glycoprotein,Fibritin
分子 | 名称: Spike glycoprotein,Fibritin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 詳細: AnSA-6 full sequence 1-19 WT SARS-CoV-2 S protein signaling peptide 672-679 No density. 1139 onwards, No density. Expression tags.,AnSA-6 full sequence 1-19 WT SARS-CoV-2 S protein signaling ...詳細: AnSA-6 full sequence 1-19 WT SARS-CoV-2 S protein signaling peptide 672-679 No density. 1139 onwards, No density. Expression tags.,AnSA-6 full sequence 1-19 WT SARS-CoV-2 S protein signaling peptide 672-679 No density. 1139 onwards, No density. Expression tags. コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 138.993469 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: TCGTLSNKSP PNMTQFSSSR RGVYYPDDIF RSDVLHLTQD YFLPFNSNVT RYLSLNSDSD RIVRFDNPII PFGDGVYFAA TEKSNVIRG WIFGSTLDNT SQSAIIMNNS THIVIRVCNF QLCDDPMFAV SRPTGQHYKT WIYTNARNCT YEYVSKSFQL D VSEKPGNF ...文字列: TCGTLSNKSP PNMTQFSSSR RGVYYPDDIF RSDVLHLTQD YFLPFNSNVT RYLSLNSDSD RIVRFDNPII PFGDGVYFAA TEKSNVIRG WIFGSTLDNT SQSAIIMNNS THIVIRVCNF QLCDDPMFAV SRPTGQHYKT WIYTNARNCT YEYVSKSFQL D VSEKPGNF KHLREFVFKN VDGFLHVYSG YEPIDVARGL PSGFSVLKPI FKLPLGINIT NFRVIMTMFS PTTSNWGAEA AA YFVGYLK PTTFMLKFDE NGTITDAVDC SQDPLSELKC TVKSFNVEKG IYQTSNFRVS PTKEVVRFPN ITNLCPFGEV FNA TTFPSV YAWERTRISD CVADYSVLYN STSFSTFKCY GVSPTKLNDL CFSSVYADSF VVKGDDVRQI APGQTGVIAD YNYK LPDDF TGCVIAWNTA NLDATSTGNY NYYYRSLRHG KLKPFERDIS NVPFSPEGKP CTPPAFNCYR PLNTYGFNPT VGIGY QPYR VVVLSFELLN APATVCGPKL STELVKNQCV NFNFNGLTGT GVLTDSSKRF QPFQQFGRDV SDFTDSVRDP KTLEIL DIS PCSFGGVSVI TPGTNTSSEV AVLYQDVNCT DVPTAIHADQ LTPAWRVYST GVNVFQTQAG CLIGAEHVNA SYECDIP IG AGICASYHTA STLRSTGQKS IVAYTMSLGA ENSIAYSNNT IAIPTNFSIS VTTEVMPVSM AKTSVDCTMY ICGDSTEC S NLLLQYGSFC TQLNRALSGI AVEQDKNTRE VFAQVKQMYK TPAIKDFGGF NFSQILPDPS KPTKRSFIED LLFNKVTLA DAGFMKQYGE CLGDISARDL ICAQKFNGLT VLPPLLTDEM IAAYTAALVS GTATAGWTFG AGAALQIPFA MQMAYRFNGI GVTQNVLYE NQKQIANQFN KAISQIQESL TTTSTALGKL QDVVNQNAQA LNTLVKQLSS NFGAISSVLN DILSRLDKVE A EVQIDRLI TGRLQSLQTY VTQQLIRAAE IRASANLAAT KMSECVLGQS KRVDFCGKGY HLMSFPQAAP HGVVFLHVTY VP SQERNFT TAPAICHEGK AYFPREGVFV SNGTSWFITQ RNFYSPQIIT TDNTFVSGNC DVVIGIINNT VYDPLQPELD SFK EELDKY FKNHTSPDVD LGDISGINAS VVNIQKEIDR LNEVAKNLNE SLIDLQELGK YEQGSGYIPE APRDGQAYVR KDGE WVLLS TFLGTSLEVL FQGPGHHHHH HHHSAWSHPQ FEKGGGSGGG GSGGSAWSHP QFEK UniProtKB: Spike glycoprotein, Fibritin |
-分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 45 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 1.5 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 1.11 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |