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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Subtomogram average of membrane-bound Atg18 oligomers | |||||||||
![]() | sharp map from Relion Software | |||||||||
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![]() | autophagy / membrane remodeling / PIP binding / PI3P / PI(3 / 5)P2 / lipid binding protein / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of phosphatidylinositol biosynthetic process / PAS complex / 1-phosphatidyl-1D-myo-inositol 3,5-bisphosphate metabolic process / phagophore / positive regulation of vacuole organization / vacuolar protein processing / glycophagy / Macroautophagy / cytoplasm to vacuole targeting by the Cvt pathway / nucleophagy ...regulation of phosphatidylinositol biosynthetic process / PAS complex / 1-phosphatidyl-1D-myo-inositol 3,5-bisphosphate metabolic process / phagophore / positive regulation of vacuole organization / vacuolar protein processing / glycophagy / Macroautophagy / cytoplasm to vacuole targeting by the Cvt pathway / nucleophagy / pexophagy / protein localization to phagophore assembly site / phagophore assembly site membrane / late endosome to vacuole transport / piecemeal microautophagy of the nucleus / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / phagophore assembly site / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding / fungal-type vacuole membrane / vacuolar membrane / extrinsic component of membrane / autophagosome assembly / ubiquitin binding / cell periphery / macroautophagy / endosome membrane / endosome / protein-containing complex / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 26.0 Å | |||||||||
![]() | Mann D / Fromm S / Martinez-Sanchez A / Gopaldass N / Mayer A / Sachse C | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Atg18 oligomer organization in assembled tubes and on lipid membrane scaffolds. 著者: Daniel Mann / Simon A Fromm / Antonio Martinez-Sanchez / Navin Gopaldass / Ramona Choy / Andreas Mayer / Carsten Sachse / ![]() ![]() ![]() 要旨: Autophagy-related protein 18 (Atg18) participates in the elongation of early autophagosomal structures in concert with Atg2 and Atg9 complexes. How Atg18 contributes to the structural coordination of ...Autophagy-related protein 18 (Atg18) participates in the elongation of early autophagosomal structures in concert with Atg2 and Atg9 complexes. How Atg18 contributes to the structural coordination of Atg2 and Atg9 at the isolation membrane remains to be understood. Here, we determined the cryo-EM structures of Atg18 organized in helical tubes, Atg18 oligomers in solution as well as on lipid membrane scaffolds. The helical assembly is composed of Atg18 tetramers forming a lozenge cylindrical lattice with remarkable structural similarity to the COPII outer coat. When reconstituted with lipid membranes, using subtomogram averaging we determined tilted Atg18 dimer structures bridging two juxtaposed lipid membranes spaced apart by 80 Å. Moreover, lipid reconstitution experiments further delineate the contributions of Atg18's FRRG motif and the amphipathic helical extension in membrane interaction. The observed structural plasticity of Atg18's oligomeric organization and membrane binding properties provide a molecular framework for the positioning of downstream components of the autophagy machinery. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 22 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 15.7 KB 15.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 30.4 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.7 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 22 MB 22 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 824.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 824.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | sharp map from Relion Software | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.129 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: half map B
ファイル | emd_15412_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map A
ファイル | emd_15412_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Subtomogram average of membrane-bound Atg18
全体 | 名称: Subtomogram average of membrane-bound Atg18 |
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要素 |
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-超分子 #1: Subtomogram average of membrane-bound Atg18
超分子 | 名称: Subtomogram average of membrane-bound Atg18 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Autophagy-related protein 18
分子 | 名称: Autophagy-related protein 18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 55.045777 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MSDSSPTINF INFNQTGTCI SLGTSKGFKI FNCEPFGKFY SEDSGGYAIV EMLFSTSLLA LVGIGDQPAL SAARLRIINT KKHSIICEV TFPTSILSVK MNKSRLVVLL QEQIYIYDIN TMRLLHTIET NPNPRGLMAM SPSVANSYLV YPSPPKVINS E IKAHATTN ...文字列: MSDSSPTINF INFNQTGTCI SLGTSKGFKI FNCEPFGKFY SEDSGGYAIV EMLFSTSLLA LVGIGDQPAL SAARLRIINT KKHSIICEV TFPTSILSVK MNKSRLVVLL QEQIYIYDIN TMRLLHTIET NPNPRGLMAM SPSVANSYLV YPSPPKVINS E IKAHATTN NITLSVGGNT ETSFKRDQQD AGHSDISDLD QYSSFTKRDD ADPTSSNGGN SSIIKNGDVI VFNLETLQPT MV IEAHKGE IAAMAISFDG TLMATASDKG TIIRVFDIET GDKIYQFRRG TYATRIYSIS FSEDSQYLAV TGSSKTVHIF KLG HSMSNN KLDSDDSNME EAAADDSSLD TTSIDALSDE ENPTRLAREP YVDASRKTMG RMIRYSSQKL SRRAARTLGQ IFPI KVTSL LESSRHFASL KLPVETNSHV MTISSIGSPI DIDTSEYPEL FETGNSASTE SYHEPVMKMV PIRVVSSDGY LYNFV MDPE RGGDCLILSQ YSILMD UniProtKB: Autophagy-related protein 18 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.2 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 99 % / チャンバー内温度: 291 K / 装置: LEICA EM GP |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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特殊光学系 | 位相板: VOLTA PHASE PLATE |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 3.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 0.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.0 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 26.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION / 詳細: Mask-less FDR-FSC at 1% FDR / 使用したサブトモグラム数: 8300 |
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抽出 | トモグラム数: 16 / 使用した粒子像数: 8300 |
最終 3次元分類 | ソフトウェア - 名称: RELION |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: RELION |
-原子モデル構築 1
詳細 | Fitted 4x dimer "T" from Atg18 filament structure to interpret the density as a tetramer of dimers |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
得られたモデル | ![]() PDB-8afy: |