[日本語] English
万見
- EMDB-15346: CryoEM structure of sweet potato mild mottle virus VLP -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15346
タイトルCryoEM structure of sweet potato mild mottle virus VLP
マップデータSharpened map.
試料
  • ウイルス: Sweet potato mild mottle virus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Polyprotein
    • RNA: Single-stranded RNA
キーワードPlant virus / coat protein / VLP / VIRUS LIKE PARTICLE
機能・相同性
機能・相同性情報


viral capsid / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Potyvirus coat protein / Potyvirus coat protein / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Sweet potato mild mottle virus (ウイルス) / Nicotiana tabacum (タバコ)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Javed A / Byrne BM / Ranson N / Lomonosoff G
資金援助 スペイン, 英国, 4件
OrganizationGrant number国
Ministerio de Ciencia e Innovacion (MCIN)PID2019-105692RB-100 スペイン
Ministerio de Ciencia e Innovacion (MCIN)CEX2019-000902-S スペイン
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/R001669/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/T004703/1 英国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2023
タイトル: CryoEM and stability analysis of virus-like particles of potyvirus and ipomovirus infecting a common host.
著者: Ornela Chase / Abid Javed / Matthew J Byrne / Eva C Thuenemann / George P Lomonossoff / Neil A Ranson / Juan José López-Moya /
要旨: Sweet potato feathery mottle virus (SPFMV) and Sweet potato mild mottle virus (SPMMV) are members of the genera Potyvirus and Ipomovirus, family Potyviridae, sharing Ipomoea batatas as common host, ...Sweet potato feathery mottle virus (SPFMV) and Sweet potato mild mottle virus (SPMMV) are members of the genera Potyvirus and Ipomovirus, family Potyviridae, sharing Ipomoea batatas as common host, but transmitted, respectively, by aphids and whiteflies. Virions of family members consist of flexuous rods with multiple copies of a single coat protein (CP) surrounding the RNA genome. Here we report the generation of virus-like particles (VLPs) by transient expression of the CPs of SPFMV and SPMMV in the presence of a replicating RNA in Nicotiana benthamiana. Analysis of the purified VLPs by cryo-electron microscopy, gave structures with resolutions of 2.6 and 3.0 Å, respectively, showing a similar left-handed helical arrangement of 8.8 CP subunits per turn with the C-terminus at the inner surface and a binding pocket for the encapsidated ssRNA. Despite their similar architecture, thermal stability studies reveal that SPMMV VLPs are more stable than those of SPFMV.
履歴
登録2022年7月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年5月17日-
マップ公開2023年5月17日-
更新2023年10月25日-
現状2023年10月25日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_15346.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15346.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 34.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.065 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.02
最小 - 最大-0.0810315 - 0.14286922
平均 (標準偏差)0.0004678518 (±0.0121175535)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ208208208
Spacing208208208
セルA=B=C: 221.52002 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: Half 1 map.

ファイルemd_15346_half_map_1.map
注釈Half 1 map.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half 2 map.

ファイルemd_15346_half_map_2.map
注釈Half 2 map.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Sweet potato mild mottle virus

全体名称: Sweet potato mild mottle virus (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Sweet potato mild mottle virus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Polyprotein
    • RNA: Single-stranded RNA

-
超分子 #1: Sweet potato mild mottle virus

超分子名称: Sweet potato mild mottle virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 41459 / 生物種: Sweet potato mild mottle virus / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Ipomoea batatas (サツマイモ)
分子量理論値: 38 kDa/nm
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 130.0 Å

-
分子 #1: Polyprotein

分子名称: Polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sweet potato mild mottle virus (ウイルス)
分子量理論値: 34.28284 KDa
組換発現生物種: Nicotiana benthamiana (ナス科)
配列文字列: ASTSKTIEEL QQEMEDLDAD TTITVVQRET QKARIREQIE TLRAQQMVRP SEAQLQPDVT PTQIVTFEPP RVTGFGALWI PRQQRNYMT TAYIEKIKAY VPHSNLIESG LASEAQLTSW IENTCRDYQV SMDVFMTTVL PAWIVNCIIN GTSQERTNEH T WRAVIMAN ...文字列:
ASTSKTIEEL QQEMEDLDAD TTITVVQRET QKARIREQIE TLRAQQMVRP SEAQLQPDVT PTQIVTFEPP RVTGFGALWI PRQQRNYMT TAYIEKIKAY VPHSNLIESG LASEAQLTSW IENTCRDYQV SMDVFMTTVL PAWIVNCIIN GTSQERTNEH T WRAVIMAN MEDQEVLYYP IKPIIVNAQP TLRQVMRHFG EQAVAQYMNS LQAGKPFTVK GAVTAGYANV QDAWLGIDFL RD TMQLTTK QMEVKHQIIA ANVTRRKIRV FALAAPGDGD ELDTERHVVD DVARGRHSLR GAQLD

UniProtKB: Polyprotein

-
分子 #2: Single-stranded RNA

分子名称: Single-stranded RNA / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 1.485872 KDa
配列文字列:
UUUUU

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

-
試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7 / 構成要素 - 濃度: 50.0 mM / 構成要素 - 式: NaPO4 / 構成要素 - 名称: Sodium phosphate
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 3ul of sample applied to each grid..

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2260 / 平均電子線量: 1.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

最終 再構成使用したクラス数: 1
想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 3.97 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 41.29 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 38705
Segment selection選択した数: 329573 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Cylinder with the diameter of the helical virus.
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 123.7 / 当てはまり具合の基準: Correlation Coefficient
得られたモデル

PDB-8acc:
CryoEM structure of sweet potato mild mottle virus VLP

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る