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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-15345 | |||||||||||||||
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タイトル | CryoEM structure of sweet potato feathery mottle virus VLP | |||||||||||||||
マップデータ | Sharpened map. | |||||||||||||||
試料 |
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キーワード | plant virus / coat protein / VIRUS LIKE PARTICLE | |||||||||||||||
機能・相同性 | Potyvirus coat protein / Potyvirus coat protein / viral capsid / Genome polyprotein 機能・相同性情報 | |||||||||||||||
生物種 | Sweet potato feathery mottle virus (ウイルス) / Ipomoea batatas (サツマイモ) | |||||||||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Javed A / Byrne JM / Ranson N / Lomonosoff G | |||||||||||||||
資金援助 | スペイン, 英国, 4件
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引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2023 タイトル: CryoEM and stability analysis of virus-like particles of potyvirus and ipomovirus infecting a common host. 著者: Ornela Chase / Abid Javed / Matthew J Byrne / Eva C Thuenemann / George P Lomonossoff / Neil A Ranson / Juan José López-Moya / 要旨: Sweet potato feathery mottle virus (SPFMV) and Sweet potato mild mottle virus (SPMMV) are members of the genera Potyvirus and Ipomovirus, family Potyviridae, sharing Ipomoea batatas as common host, ...Sweet potato feathery mottle virus (SPFMV) and Sweet potato mild mottle virus (SPMMV) are members of the genera Potyvirus and Ipomovirus, family Potyviridae, sharing Ipomoea batatas as common host, but transmitted, respectively, by aphids and whiteflies. Virions of family members consist of flexuous rods with multiple copies of a single coat protein (CP) surrounding the RNA genome. Here we report the generation of virus-like particles (VLPs) by transient expression of the CPs of SPFMV and SPMMV in the presence of a replicating RNA in Nicotiana benthamiana. Analysis of the purified VLPs by cryo-electron microscopy, gave structures with resolutions of 2.6 and 3.0 Å, respectively, showing a similar left-handed helical arrangement of 8.8 CP subunits per turn with the C-terminus at the inner surface and a binding pocket for the encapsidated ssRNA. Despite their similar architecture, thermal stability studies reveal that SPMMV VLPs are more stable than those of SPFMV. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_15345.map.gz | 11.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-15345-v30.xml emd-15345.xml | 18.1 KB 18.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_15345_fsc.xml | 7.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_15345.png | 140.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-15345.cif.gz | 6.3 KB | ||
その他 | emd_15345_half_map_1.map.gz emd_15345_half_map_2.map.gz | 26.2 MB 26.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15345 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15345 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_15345_validation.pdf.gz | 940 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_15345_full_validation.pdf.gz | 939.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_15345_validation.xml.gz | 13 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_15345_validation.cif.gz | 18 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-15345 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-15345 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8acbMC 8accC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_15345.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 34.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Sharpened map. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.065 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half 1 map.
ファイル | emd_15345_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half 1 map. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half 2 map
ファイル | emd_15345_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half 2 map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Sweet potato feathery mottle virus
全体 | 名称: Sweet potato feathery mottle virus (ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Sweet potato feathery mottle virus
超分子 | 名称: Sweet potato feathery mottle virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 12844 / 生物種: Sweet potato feathery mottle virus / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Ipomoea batatas (サツマイモ) |
分子量 | 理論値: 380 KDa |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 直径: 130.0 Å |
-分子 #1: Genome polyprotein
分子 | 名称: Genome polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Sweet potato feathery mottle virus (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 25.209426 KDa |
組換発現 | 生物種: Nicotiana benthamiana (ナス科) |
配列 | 文字列: VPRVKMNANK KRQPMVNGRA IINFQHLSTY EPEQFEVANT RSTQEQFQAW YEGVKGDYGV DDTGMGILLN GLMVWCIENG TSPNINGVW TMMDGDEQVT YPIKPLLDHA VPTFRQIMTH FSDVAEAYIE MRNRTKAYMP RYGLQRNLTD MSLARYAFDF Y ELHSTTPA ...文字列: VPRVKMNANK KRQPMVNGRA IINFQHLSTY EPEQFEVANT RSTQEQFQAW YEGVKGDYGV DDTGMGILLN GLMVWCIENG TSPNINGVW TMMDGDEQVT YPIKPLLDHA VPTFRQIMTH FSDVAEAYIE MRNRTKAYMP RYGLQRNLTD MSLARYAFDF Y ELHSTTPA RAKEAHLQMK AAALKNARNR LFGLDGNVST QEEDTERHTT TDVTRNIHNL LG UniProtKB: Genome polyprotein |
-分子 #2: Single-stranded RNA
分子 | 名称: Single-stranded RNA / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Ipomoea batatas (サツマイモ) |
分子量 | 理論値: 1.485872 KDa |
配列 | 文字列: UUUUU |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 / 構成要素 - 濃度: 50.0 mM / 構成要素 - 式: NaPO4 / 構成要素 - 名称: Sodium Phosphate |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3276 / 平均電子線量: 1.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 140.9 / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient |
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得られたモデル | PDB-8acb: |