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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-15240 | ||||||||||||
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タイトル | Mycobacterium tuberculosis ClpC1 hexamer structure | ||||||||||||
マップデータ | Sharpened map for Mycobacterium tuberculosis ClpC1 | ||||||||||||
試料 |
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キーワード | hexamer / tuberculosis / drug target / protein quality control / CHAPERONE | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein folding chaperone / peptidoglycan-based cell wall / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.62 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Felix J / Fraga H / Gragera M / Bueno T / Weinhaeupl K | ||||||||||||
資金援助 | European Union, 3件
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引用 | ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2022 タイトル: Structure of the drug target ClpC1 unfoldase in action provides insights on antibiotic mechanism of action. 著者: Katharina Weinhäupl / Marcos Gragera / M Teresa Bueno-Carrasco / Rocío Arranz / Olga Krandor / Tatos Akopian / Raquel Soares / Eric Rubin / Jan Felix / Hugo Fraga / 要旨: The unfoldase ClpC1 is one of the most exciting drug targets against tuberculosis. This AAA+ unfoldase works in cooperation with the ClpP1P2 protease and is the target of at least four natural ...The unfoldase ClpC1 is one of the most exciting drug targets against tuberculosis. This AAA+ unfoldase works in cooperation with the ClpP1P2 protease and is the target of at least four natural product antibiotics: cyclomarin, ecumicin, lassomycin, and rufomycin. Although these molecules are promising starting points for drug development, their mechanisms of action remain largely unknown. Taking advantage of a middle domain mutant, we determined the first structure of Mycobacterium tuberculosis ClpC1 in its apo, cyclomarin-, and ecumicin-bound states via cryo-EM. The obtained structure displays features observed in other members of the AAA+ family and provides a map for further drug development. While the apo and cyclomarin-bound structures are indistinguishable and have N-terminal domains that are invisible in their respective EM maps, around half of the ecumicin-bound ClpC1 particles display three of their six N-terminal domains in an extended conformation. Our structural observations suggest a mechanism where ecumicin functions by mimicking substrate binding, leading to ATPase activation and changes in protein degradation profile. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_15240.map.gz | 450.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-15240-v30.xml emd-15240.xml | 20.7 KB 20.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_15240_fsc.xml | 16.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_15240.png | 95.4 KB | ||
マスクデータ | emd_15240_msk_1.map | 476.8 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-15240.cif.gz | 6.4 KB | ||
その他 | emd_15240_additional_1.map.gz emd_15240_half_map_1.map.gz emd_15240_half_map_2.map.gz | 424.1 MB 442.2 MB 442.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15240 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15240 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_15240_validation.pdf.gz | 974.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_15240_full_validation.pdf.gz | 973.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_15240_validation.xml.gz | 25.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_15240_validation.cif.gz | 34.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-15240 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-15240 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8a8uMC 8a8vC 8a8wC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_15240.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 476.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Sharpened map for Mycobacterium tuberculosis ClpC1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.855 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_15240_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: DeepEMhancer sharpened map for Mycobacterium tuberculosis ClpC1
ファイル | emd_15240_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | DeepEMhancer sharpened map for Mycobacterium tuberculosis ClpC1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_15240_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_15240_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Apo form of Mycobacterium tuberculosis ClpC1
全体 | 名称: Apo form of Mycobacterium tuberculosis ClpC1 |
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要素 |
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-超分子 #1: Apo form of Mycobacterium tuberculosis ClpC1
超分子 | 名称: Apo form of Mycobacterium tuberculosis ClpC1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌) |
分子量 | 理論値: 567 KDa |
-分子 #1: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1
分子 | 名称: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO EC番号: 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 |
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由来(天然) | 生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 株: ATCC 25618 / H37Rv |
分子量 | 理論値: 94.758695 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MFERFTDRAR RVVVLAQEEA RMLNHNYIGT EHILLGLIHE GEGVAAKSLE SLGISLEGVR SQVEEIIGQG QQAPSGHIPF TPRAKKVLE LSLREALQLG HNYIGTEHIL LGLIREGEGV AAQVLVKLGA ELTRVRQQVI QLLSGYQGKE AAEAGTGGRG G ESGSPSTS ...文字列: MFERFTDRAR RVVVLAQEEA RMLNHNYIGT EHILLGLIHE GEGVAAKSLE SLGISLEGVR SQVEEIIGQG QQAPSGHIPF TPRAKKVLE LSLREALQLG HNYIGTEHIL LGLIREGEGV AAQVLVKLGA ELTRVRQQVI QLLSGYQGKE AAEAGTGGRG G ESGSPSTS LVLDQFGRNL TAAAMEGKLD PVIGREKEIE RVMQVLSRRT KNNPVLIGEP GVGKTAVVEG LAQAIVHGEV PE TLKDKQL YTLDLGSLVA GSRYRGDFEE RLKKVLKEIN TRGDIILFID ELHTLVGAGA AEGAIDAASI LKPKLARGEL QTI GATTLD EYRKYIEKDA ALERRFQPVQ VGEPTVEHTI EILKGLRDRY EAHHRVSITD AAMVAAATLA DRYINDRFLP DKAI DLIDE AGARMRIRRM TAPPDLREFD EKIAEARREK ESAIDAQDFE KAASLRDREK TLVAQRAERE KQWRSGDLDV VAEVD DEQI AEVLGNWTGI PVFKLTEAET TRLLRMEEEL HKRIIGQEDA VKAVSKAIRR TRAGLKDPKR PSGSFIFAGP SGVGKT ELS KALANFLFGD DDALIQIDMG EFHDRFTASR LFGAPPGYVG YEEGGQLTEK VRRKPFSVVL FDEIEKAHQE IYNSLLQ VL EDGRLTDGQG RTVDFKNTVL IFTSNLGTSD ISKPVGLGFS KGGGENDYER MKQKVNDELK KHFRPEFLNR IDDIIVFH Q LTREEIIRMV DLMISRVAGQ LKSKDMALVL TDAAKALLAK RGFDPVLGAR PLRRTIQREI EDQLSEKILF EEVGPGQVV TVDVDNWDGE GPGEDAVFTF TGTRKPPAEP DLAKAGAHSA GGPEPAARLE HHHHHH UniProtKB: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1 |
-分子 #2: Bound polypeptide
分子 | 名称: Bound polypeptide / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: The actual sequence of the peptide is unknown. / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌) |
分子量 | 理論値: 1.975426 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) |
-分子 #3: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 10 / 式: ADP |
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分子量 | 理論値: 427.201 Da |
Chemical component information | ChemComp-ADP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 詳細: Hepes pH 7.4 50 mM, NaCl 100 mM, 10 mM MgCl2, ATP 1mM |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均露光時間: 40.0 sec. / 平均電子線量: 34.3 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 3.1 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
詳細 | Initial model source is a trimmed AlphaFold model for Mycobacterium tuberculosis ClpC1 (https://alphafold.ebi.ac.uk/entry/P9WPC8). |
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得られたモデル | PDB-8a8u: |