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- EMDB-15210: Human 4F2hc-LAT2 heterodimeric amino acid transporter in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15210
タイトルHuman 4F2hc-LAT2 heterodimeric amino acid transporter in complex with anticalin D11vs
マップデータhuman 4F2hc-LAT2 in complex to anticalin D11vs
試料
  • 複合体: Heterodimeric amino acid transporter 4F2hc-LAT2 in complex with anticalin D11vs
    • タンパク質・ペプチド: 4F2hc cell-surface antigen heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Large neutral amino acids transporter small subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: Anticalin D11vs
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: water
機能・相同性
機能・相同性情報


proline transmembrane transport / glycine transmembrane transporter activity / organic cation transmembrane transporter activity / thyroid hormone transmembrane transporter activity / glycine transport / amino acid import across plasma membrane / L-amino acid transmembrane transporter activity / : / L-leucine import across plasma membrane / L-alanine transmembrane transporter activity ...proline transmembrane transport / glycine transmembrane transporter activity / organic cation transmembrane transporter activity / thyroid hormone transmembrane transporter activity / glycine transport / amino acid import across plasma membrane / L-amino acid transmembrane transporter activity / : / L-leucine import across plasma membrane / L-alanine transmembrane transporter activity / L-alanine import across plasma membrane / valine transport / L-leucine transmembrane transporter activity / amino acid transmembrane transport / L-leucine transport / thyroid hormone transport / neutral amino acid transport / toxin transmembrane transporter activity / amino acid transmembrane transporter activity / Amino acid transport across the plasma membrane / neutral L-amino acid transmembrane transporter activity / antiporter activity / Basigin interactions / microvillus membrane / amino acid transport / tryptophan transport / transport across blood-brain barrier / basal plasma membrane / peptide antigen binding / basolateral plasma membrane / apical plasma membrane / protein heterodimerization activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
L-type amino acid transporter / Amino acid/polyamine transporter I / Amino acid permease
類似検索 - ドメイン・相同性
Large neutral amino acids transporter small subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.18 Å
データ登録者Jeckelmann JM / Fotiadis D
資金援助 スイス, 1件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science FoundationNCCR Transcure スイス
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2022
タイトル: Structure of the human heterodimeric transporter 4F2hc-LAT2 in complex with Anticalin, an alternative binding protein for applications in single-particle cryo-EM.
著者: Jean-Marc Jeckelmann / Thomas Lemmin / Martin Schlapschy / Arne Skerra / Dimitrios Fotiadis /
要旨: Cryo-EM structure determination of relatively small and flexible membrane proteins at high resolution is challenging. Increasing the size and structural features by binding of high affinity proteins ...Cryo-EM structure determination of relatively small and flexible membrane proteins at high resolution is challenging. Increasing the size and structural features by binding of high affinity proteins to the biomolecular target allows for better particle alignment and may result in structural models of higher resolution and quality. Anticalins are alternative binding proteins to antibodies, which are based on the lipocalin scaffold and show potential for theranostic applications. The human heterodimeric amino acid transporter 4F2hc-LAT2 is a membrane protein complex that mediates transport of certain amino acids and derivatives thereof across the plasma membrane. Here, we present and discuss the cryo-EM structure of human 4F2hc-LAT2 in complex with the anticalin D11vs at 3.2 Å resolution. Relative high local map resolution (2.8-3.0 Å) in the LAT2 substrate binding site together with molecular dynamics simulations indicated the presence of fixed water molecules potentially involved in shaping and stabilizing this region. Finally, the presented work expands the application portfolio of anticalins and widens the toolset of binding proteins to promote high-resolution structure solution by single-particle cryo-EM.
履歴
登録2022年6月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月9日-
マップ公開2022年11月9日-
更新2022年11月9日-
現状2022年11月9日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15210.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15210.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈human 4F2hc-LAT2 in complex to anticalin D11vs
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 256 pix.
= 210.432 Å		0.82 Å/pix.
x 256 pix.
= 210.432 Å		0.82 Å/pix.
x 256 pix.
= 210.432 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.822 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-1.1042461 - 1.7155521
平均 (標準偏差)0.0032358086 (±0.038179364)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 210.432 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Halve map B

ファイルemd_15210_half_map_1.map
注釈Halve map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Halve map A

ファイルemd_15210_half_map_2.map
注釈Halve map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Heterodimeric amino acid transporter 4F2hc-LAT2 in complex with a...

全体名称: Heterodimeric amino acid transporter 4F2hc-LAT2 in complex with anticalin D11vs
要素
  • 複合体: Heterodimeric amino acid transporter 4F2hc-LAT2 in complex with anticalin D11vs
    • タンパク質・ペプチド: 4F2hc cell-surface antigen heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Large neutral amino acids transporter small subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: Anticalin D11vs
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: water

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超分子 #1: Heterodimeric amino acid transporter 4F2hc-LAT2 in complex with a...

超分子名称: Heterodimeric amino acid transporter 4F2hc-LAT2 in complex with anticalin D11vs
タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Komagataella pastoris (菌類) / 組換株: KM71H
分子量理論値: 150 KDa

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分子 #1: 4F2hc cell-surface antigen heavy chain

分子名称: 4F2hc cell-surface antigen heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 60.063934 KDa
組換発現生物種: Komagataella pastoris (菌類)
配列文字列: TMAHHHHHHH HHGIEGRMSQ DTEVDMKEVE LNELEPEKQP MNAASGAAMS LAGAEKNGLV KIKVAEDEAE AAAAAKFTGL SKEELLKVA GSPGWVRTRW ALLLLFWLGW LGMLAGAVVI IVRAPRCREL PAQKWWHTGA LYRIGDLQAF QGHGAGNLAG L KGRLDYLS ...文字列:
TMAHHHHHHH HHGIEGRMSQ DTEVDMKEVE LNELEPEKQP MNAASGAAMS LAGAEKNGLV KIKVAEDEAE AAAAAKFTGL SKEELLKVA GSPGWVRTRW ALLLLFWLGW LGMLAGAVVI IVRAPRCREL PAQKWWHTGA LYRIGDLQAF QGHGAGNLAG L KGRLDYLS SLKVKGLVLG PIHKNQKDDV AQTDLLQIDP NFGSKEDFDS LLQSAKKKSI RVILDLTPNY RGENSWFSTQ VD TVATKVK DALEFWLQAG VDGFQVRDIE NLKDASSFLA EWQNITKGFS EDRLLIAGTN SSDLQQILSL LESNKDLLLT SSY LSDSGS TGEHTKSLVT QYLNATGNRW CSWSLSQARL LTSFLPAQLL RLYQLMLFTL PGTPVFSYGD EIGLDAAALP GQPM EAPVM LWDESSFPDI PGAVSANMTV KGQSEDPGSL LSLFRRLSDQ RSKERSLLHG DFHAFSAGPG LFSYIRHWDQ NERFL VVLN FGDVGLSAGL QASDLPASAS LPAKADLLLS TQPGREEGSP LELERLKLEP HEGLLLRFPY AA

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分子 #2: Large neutral amino acids transporter small subunit 2

分子名称: Large neutral amino acids transporter small subunit 2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 60.121078 KDa
組換発現生物種: Komagataella pastoris (菌類)
配列文字列: MAWSHPQFEK IEGRMEEGAR HRNNTEKKHP GGGESDASPE AGSGGGGVAL KKEIGLVSAC GIIVGNIIGS GIFVSPKGVL ENAGSVGLA LIVWIVTGFI TVVGALCYAE LGVTIPKSGG DYSYVKDIFG GLAGFLRLWI AVLVIYPTNQ AVIALTFSNY V LQPLFPTC ...文字列:
MAWSHPQFEK IEGRMEEGAR HRNNTEKKHP GGGESDASPE AGSGGGGVAL KKEIGLVSAC GIIVGNIIGS GIFVSPKGVL ENAGSVGLA LIVWIVTGFI TVVGALCYAE LGVTIPKSGG DYSYVKDIFG GLAGFLRLWI AVLVIYPTNQ AVIALTFSNY V LQPLFPTC FPPESGLRLL AAICLLLLTW VNCSSVRWAT RVQDIFTAGK LLALALIIIM GIVQICKGEY FWLEPKNAFE NF QEPDIGL VALAFLQGSF AYGGWNFLNY VTEELVDPYK NLPRAIFISI PLVTFVYVFA NVAYVTAMSP QELLASNAVA VTF GEKLLG VMAWIMPISV ALSTFGGVNG SLFTSSRLFF AGAREGHLPS VLAMIHVKRC TPIPALLFTC ISTLLMLVTS DMYT LINYV GFINYLFYGV TVAGQIVLRW KKPDIPRPIK INLLFPIIYL LFWAFLLVFS LWSEPVVCGI GLAIMLTGVP VYFLG VYWQ HKPKCFSDFI ELLTLVSQKM CVVVYPEVER GSGTEEANED MEEQQQPMYQ PTPTKDKDVA GQPQP

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分子 #3: Anticalin D11vs

分子名称: Anticalin D11vs / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 21.327084 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
QDSTSDLIPA PPLSKVPLQQ NFQDNQFHGK WYVVGRAGNT GLREDKDPGK MFATIYELKE DKSYNVTYVW SGQKKCMYSI VTFVPGSQP GEFTLGNIKS APGRTSWLVR VVSTNYNQHA MVFFKSVTQN REGFAITLYG RTKELTSELK ENFIRFSKSL G LPENHIVF PVPIDQCIDG SAWSHPQFEK

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #5: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 3 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称
20.0 mMBis-Tris-propane
150.0 mMNaCl
0.02 %GDN
1.0 %glycerol
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.023 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.1.14)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.18 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3) / 使用した粒子像数: 552926
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8a6l:
Human 4F2hc-LAT2 heterodimeric amino acid transporter in complex with anticalin D11vs

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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