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- EMDB-15127: Structure of mammalian Pol II-DSIF-SPT6-PAF1-TFIIS-hexasome elong... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15127
タイトルStructure of mammalian Pol II-DSIF-SPT6-PAF1-TFIIS-hexasome elongation complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Mammalian Pol II-TFIIS elongation complex
    • タンパク質・ペプチド: x 23種
    • DNA: x 1種
    • RNA: x 1種
  • タンパク質・ペプチド: x 1種
  • DNA: x 1種
  • リガンド: x 2種
キーワードchromatin / rna polymerase II / nucleosome / TFIIS / transcription / elongation
機能・相同性
機能・相同性情報


blastocyst growth / inner cell mass cell differentiation / Ski complex / positive regulation of mRNA 3'-end processing / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / RNA polymerase II C-terminal domain phosphoserine binding / negative regulation of DNA-templated transcription, elongation / Cdc73/Paf1 complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, 3'-5' exonucleolytic nonsense-mediated decay / endodermal cell fate commitment ...blastocyst growth / inner cell mass cell differentiation / Ski complex / positive regulation of mRNA 3'-end processing / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / RNA polymerase II C-terminal domain phosphoserine binding / negative regulation of DNA-templated transcription, elongation / Cdc73/Paf1 complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, 3'-5' exonucleolytic nonsense-mediated decay / endodermal cell fate commitment / negative regulation of myeloid cell differentiation / blastocyst hatching / DSIF complex / positive regulation of cell cycle G1/S phase transition / trophectodermal cell differentiation / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / mRNA 3'-end processing / Formation of RNA Pol II elongation complex / Formation of the Early Elongation Complex / Transcriptional regulation by small RNAs / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / FGFR2 alternative splicing / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / mRNA Capping / mRNA Splicing - Major Pathway / mRNA Splicing - Minor Pathway / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Elongation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Estrogen-dependent gene expression / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / positive regulation of DNA-templated transcription, elongation / Abortive elongation of HIV-1 transcript in the absence of Tat / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / negative regulation of gene expression, epigenetic / stem cell population maintenance / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / interleukin-6-mediated signaling pathway / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / mRNA Capping / : / : / RNA polymerase II complex binding / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / RNA polymerase III activity / organelle membrane / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / positive regulation of macroautophagy / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / protein localization to nucleus / positive regulation of Wnt signaling pathway / transcription elongation by RNA polymerase I / RNA polymerase II activity / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / positive regulation of translational initiation / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / RNA polymerase I complex / RNA polymerase III complex / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / transcription-coupled nucleotide-excision repair / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase II, core complex / RNA polymerase I activity / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / negative regulation of fibroblast proliferation / translation initiation factor binding / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / rescue of stalled ribosome / SH2 domain binding / transcription elongation by RNA polymerase II / regulation of cell growth / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / Hedgehog 'on' state / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / P-body / protein destabilization / euchromatin / ribonucleoside binding / Wnt signaling pathway / fibrillar center / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase
類似検索 - 分子機能
Paf1 complex subunit Cdc73, N-terminal domain / Paf1 complex subunit CDC73 N-terminal / Leo1-like protein / Leo1-like protein / Plus-3 domain / Plus3-like superfamily / Plus-3 domain / Plus3 domain profile. / Short conserved domain in transcriptional regulators. / Cdc73/Parafibromin ...Paf1 complex subunit Cdc73, N-terminal domain / Paf1 complex subunit CDC73 N-terminal / Leo1-like protein / Leo1-like protein / Plus-3 domain / Plus3-like superfamily / Plus-3 domain / Plus3 domain profile. / Short conserved domain in transcriptional regulators. / Cdc73/Parafibromin / RNA polymerase-associated protein Ctr9 / Cell division control protein 73, C-terminal / Cell division control protein 73, C-terminal domain superfamily / RNA pol II accessory factor, Cdc73 family, C-terminal / RNA polymerase II associated factor Paf1 / Paf1 / Spt5, KOW domain repeat 6 / Transcription initiation Spt4 / Spt4 superfamily / Tetratricopeptide repeat / Spt4/RpoE2 zinc finger / Spt4/RpoE2 zinc finger / Spt4/RpoE2 zinc finger / Transcription elongation factor Spt5, eukaryote / Spt5 transcription elongation factor, N-terminal / Spt5, KOW domain repeat 2 / Spt5, KOW domain repeat 3 / Spt5, KOW domain repeat 5 / Spt5 transcription elongation factor, acidic N-terminal / NGN domain, eukaryotic / Spt5, KOW domain repeat 1 / Spt5, KOW domain repeat 4 / Spt5 C-terminal domain / Spt5 C-terminal nonapeptide repeat binding Spt4 / NGN domain / Transcription elongation factor SPT5 / Early transcription elongation factor of RNA pol II, NGN section / Tetratricopeptide repeat / NusG, N-terminal / In Spt5p, this domain may confer affinity for Spt4p. It possesses a RNP-like fold. / NusG, N-terminal domain superfamily / Tetratricopeptide repeat / DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4-like / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / Rpb4/RPC9 superfamily / Pol II subunit B9, C-terminal zinc ribbon / RNA polymerase RBP11 / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / Zinc finger TFIIS-type signature. / HRDC-like superfamily / RNA polymerase subunit Rpb7-like / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / RNA polymerase, Rpb8 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase subunit 8 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5/Rpb5 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / Zinc finger, TFIIS-type
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA polymerase II subunit D / DNA-directed RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerase subunit / RNA polymerase II subunit K / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / Histone H2B / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 ...RNA polymerase II subunit D / DNA-directed RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerase subunit / RNA polymerase II subunit K / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / Histone H2B / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase II subunit E / Transcription elongation factor SPT5 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / Histone H4 / Histone H3.2 / Transcription elongation factor SPT4 / Histone H2A / Parafibromin / RNA polymerase-associated protein CTR9 homolog / RNA polymerase II-associated factor 1 homolog / RNA polymerase-associated protein LEO1 / RNA polymerase-associated protein RTF1 homolog / Superkiller complex protein 8
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ) / Homo sapiens (ヒト) / Xenopus laevis (アフリカツメガエル) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Farnung L / Ochmann M / Garg G / Vos SM / Cramer P
資金援助European Union, ドイツ, 3件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)693023European Union
German Research Foundation (DFG)SFB860 ドイツ
German Research Foundation (DFG)EXC 2067/1-390729940 ドイツ
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2022
タイトル: Structure of a backtracked hexasomal intermediate of nucleosome transcription.
著者: Lucas Farnung / Moritz Ochmann / Gaurika Garg / Seychelle M Vos / Patrick Cramer /
要旨: During gene transcription, RNA polymerase II (RNA Pol II) passes nucleosomes with the help of various elongation factors. Here, we show that RNA Pol II achieves efficient nucleosome passage when the ...During gene transcription, RNA polymerase II (RNA Pol II) passes nucleosomes with the help of various elongation factors. Here, we show that RNA Pol II achieves efficient nucleosome passage when the human elongation factors DSIF, PAF1 complex (PAF), RTF1, SPT6, and TFIIS are present. The cryo-EM structure of an intermediate of the nucleosome passage shows a partially unraveled hexasome that lacks the proximal H2A-H2B dimer and interacts with the RNA Pol II jaw, DSIF, and the CTR9trestle helix. RNA Pol II adopts a backtracked state with the RNA 3' end dislodged from the active site and bound in the RNA Pol II pore. Additional structures and biochemical data show that human TFIIS enters the RNA Pol II pore and stimulates the cleavage of the backtracked RNA and nucleosome passage.
履歴
登録2022年6月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月31日-
マップ公開2024年7月31日-
更新2024年7月31日-
現状2024年7月31日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15127.png

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15127.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
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軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
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x 360 pix.
= 378. Å		1.05 Å/pix.
x 360 pix.
= 378. Å

表面

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
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ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.004
最小 - 最大-0.03599395 - 0.082023665
平均 (標準偏差)-0.00004320549 (±0.0021754515)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 377.99997 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Overall

ファイルemd_15127_half_map_1.map
注釈Overall
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Overall

ファイルemd_15127_half_map_2.map
注釈Overall
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Mammalian Pol II-TFIIS elongation complex

全体名称: Mammalian Pol II-TFIIS elongation complex
要素
  • 複合体: Mammalian Pol II-TFIIS elongation complex
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase II subunit D
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit E
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase II subunit K
    • タンパク質・ペプチド: SPT6
    • DNA: Non-template DNA
    • RNA: RNA, Template DNA
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase-associated protein CTR9 homolog,RNA polymerase-associated protein LEO1
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase-associated protein RTF1 homolog
    • タンパク質・ペプチド: WD repeat-containing protein 61
    • タンパク質・ペプチド: Parafibromin
    • タンパク質・ペプチド: Transcription elongation factor SPT4
    • タンパク質・ペプチド: Transcription elongation factor SPT5
    • タンパク質・ペプチド: Histone H3.2
    • タンパク質・ペプチド: Histone H4
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2A
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2B
  • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase II-associated factor 1 homolog
  • DNA: RNA, Template DNA
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION

+
超分子 #1: Mammalian Pol II-TFIIS elongation complex

超分子名称: Mammalian Pol II-TFIIS elongation complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#17, #20-#27
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)

+
分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 219.0495 KDa
配列文字列: MHGGGPPSGD SACPLRTIKR VQFGVLSPDE LKRMSVTEGG IKYPETTEGG RPKLGGLMDP RQGVIERTGR CQTCAGNMTE CPGHFGHIE LAKPVFHVGF LVKTMKVLRC VCFFCSKLLV DSNNPKIKDI LAKSKGQPKK RLTHVYDLCK GKNICEGGEE M DNKFGVEQ ...文字列:
MHGGGPPSGD SACPLRTIKR VQFGVLSPDE LKRMSVTEGG IKYPETTEGG RPKLGGLMDP RQGVIERTGR CQTCAGNMTE CPGHFGHIE LAKPVFHVGF LVKTMKVLRC VCFFCSKLLV DSNNPKIKDI LAKSKGQPKK RLTHVYDLCK GKNICEGGEE M DNKFGVEQ PEGDEDLTKE KGHGGCGRYQ PRIRRSGLEL YAEWKHVNED SQEKKILLSP ERVHEIFKRI SDEECFVLGM EP RYARPEW MIVTVLPVPP LSVRPAVVMQ GSARNQDDLT HKLADIVKIN NQLRRNEQNG AAAHVIAEDV KLLQFHVATM VDN ELPGLP RAMQKSGRPL KSLKQRLKGK EGRVRGNLMG KRVDFSARTV ITPDPNLSID QVGVPRSIAA NMTFAEIVTP FNID RLQEL VRRGNSQYPG AKYIIRDNGD RIDLRFHPKP SDLHLQTGYK VERHMCDGDI VIFNRQPTLH KMSMMGHRVR ILPWS TFRL NLSVTTPYNA DFDGDEMNLH LPQSLETRAE IQELAMVPRM IVTPQSNRPV MGIVQDTLTA VRKFTKRDVF LERGEV MNL LMFLSTWDGK VPQPAILKPR PLWTGKQIFS LIIPGHINCI RTHSTHPDDE DSGPYKHISP GDTKVVVENG ELIMGIL CK KSLGTSAGSL VHISYLEMGH DITRLFYSNI QTVINNWLLI EGHTIGIGDS IADSKTYQDI QNTIKKAKQD VIEVIEKA H NNELEPTPGN TLRQTFENQV NRILNDARDK TGSSAQKSLS EYNNFKSMVV SGAKGSKINI SQVIAVVGQQ NVEGKRIPF GFKHRTLPHF IKDDYGPESR GFVENSYLAG LTPTEFFFHA MGGREGLIDT AVKTAETGYI QRRLIKSMES VMVKYDATVR NSINQVVQL RYGEDGLAGE SVEFQNLATL KPSNKAFEKK FRFDYTNERA LRRTLQEDLV KDVLSNAHIQ NELEREFERM R EDREVLRV IFPTGDSKVV LPCNLLRMIW NAQKIFHINP RLPSDLHPIK VVEGVKELSK KLVIVNGDDP LSRQAQENAT LL FNIHLRS TLCSRRMAEE FRLSGEAFDW LLGEIESKFN QAIAHPGEMV GALAAQSLGE PATQMTLNTF HYAGVSAKNV TLG VPRLKE LINISKKPKT PSLTVFLLGQ SARDAERAKD ILCRLEHTTL RKVTANTAIY YDPNPQSTVV AEDQEWVNVY YEMP DFDVA RISPWLLRVE LDRKHMTDRK LTMEQIAEKI NAGFGDDLNC IFNDDNAEKL VLRIRIMNSD ENKMQEEEEV VDKMD DDVF LRCIESNMLT DMTLQGIEQI SKVYMHLPQT DNKKKIIITE DGEFKALQEW ILETDGVSLM RVLSEKDVDP VRTTSN DIV EIFTVLGIEA VRKALERELY HVISFDGSYV NYRHLALLCD TMTCRGHLMA ITRHGVNRQD TGPLMKCSFE ETVDVLM EA AAHGESDPMK GVSENIMLGQ LAPAGTGCFD LLLDAEKCKY GMEIPTNIPG LGAAGPTGMF FGSAPSPMGG ISPAMTPW N QGA(TPO)PAYGAW SPSVGSGMTP GAAGF(SEP)PSAA SDASGFSPGY SPAWSPTPGS PGSPGPSSPY IPSPGGAMSP S YSPTSPAY EPRSPGGYTP QSPSYSPTSP SYSPTSPSYS PTSPNYSPTS PSYSPTSPSY SPTSPSYSPT SPSYSPTSPS YS PTSPSYS PTSPSYSPTS PSYSPTSPSY SPTSPSYSPT SPSYSPTSPS YSPTSPSYSP TSPSYSPTSP SYSPTSPSYS PTS PSYSPT SPNYSPTSPN YTPTSPSYSP TSPSYSPTSP NYTPTSPNYS PTSPSYSPTS PSYSPTSPSY SPSSPRYTPQ SPTY TPSSP SYSPSSPSYS PTSPKYTPTS PSYSPSSPEY TPTSPKYSPT SPKYSPTSPK YSPTSPTYSP TTPKYSPTSP TYSPT SPVY TPTSPKYSPT SPTYSPTSPK YSPTSPTYSP TSPKGSTYSP TSPGYSPTSP TYSLTSPAIS PDDSDEEN

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit

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分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 142.426125 KDa
配列文字列: MCSTNLSQAL AYFRAGANLT AASLWAGFRG SRRIFWERRK RKSLCLALRP GGACWRWLLA VSCVSLRGLG APGSCANMYD ADEDMQYDE DDDEITPDLW QEACWIVISS YFDEKGLVRQ QLDSFDEFIQ MSVQRIVEDA PPIDLQAEAQ HASGEVEEPP R YLLKFEQI ...文字列:
MCSTNLSQAL AYFRAGANLT AASLWAGFRG SRRIFWERRK RKSLCLALRP GGACWRWLLA VSCVSLRGLG APGSCANMYD ADEDMQYDE DDDEITPDLW QEACWIVISS YFDEKGLVRQ QLDSFDEFIQ MSVQRIVEDA PPIDLQAEAQ HASGEVEEPP R YLLKFEQI YLSKPTHWER DGAPSPMMPN EARLRNLTYS APLYVDITKT VIKEGEEQLQ TQHQKTFIGK IPIMLRSTYC LL NGLTDRD LCELNECPLD PGGYFIINGS EKVLIAQEKM ATNTVYVFAK KDSKYAYTGE CRSCLENSSR PTSTIWVSML ARG GQGAKK SAIGQRIVAT LPYIKQEVPI IIVFRALGFV SDRDILEHII YDFEDPEMME MVKPSLDEAF VIQEQNVALN FIGS RGAKP GVTKEKRIKY AKEVLQKEML PHVGVSDFCE TKKAYFLGYM VHRLLLAALG RRELDDRDHY GNKRLDLAGP LLAFL FRGM FKNLLKEVRI YAQKFIDRGK DFNLELAIKT RIISDGLKYS LATGNWGDQK KAHQARAGVS QVLNRLTFAS TLSHLR RLN SPIGRDGKLA KPRQLHNTLW GMVCPAETPE GHAVGLVKNL ALMAYISVGS QPSPILEFLE EWSMENLEEI SPAAIAD AT KIFVNGCWVG IHKDPEQLMN TLRKLRRQMD IIVSEVSMIR DIREREIRIY TDAGRICRPL LIVEKQKLLL KKRHIDQL K EREYNNYSWQ DLVASGVVEY IDTLEEETVM LAMTPDDLQE KEVAYCSTYT HCEIHPSMIL GVCASIIPFP DHNQSPRNT YQSAMGKQAM GVYITNFHVR MDTLAHVLYY PQKPLVTTRS MEYLRFRELP AGINSIVAIA SYTGYNQEDS VIMNRSAVDR GFFRSVFYR SYKEQESKKG FDQEEVFEKP TRETCQGMRH AIYDKLDDDG LIAPGVRVSG DDVIIGKTVT LPENEDELEG T NRRYTKRD CSTFLRTSET GIVDQVMVTL NQEGYKFCKI RVRSVRIPQI GDKFASRHGQ KGTCGIQYRQ EDMPFTCEGI TP DIIINPH AIPSRMTIGH LIECLQGKVS ANKGEIGDAT PFNDAVNVQK ISNLLSDYGY HLRGNEVLYN GFTGRKITSQ IFI GPTYYQ RLKHMVDDKI HSRARGPIQI LNRQPMEGRS RDGGLRFGEM ERDCQIAHGA AQFLRERLFE ASDPYQVHVC NLCG IMAIA NTRTHTYECR GCRNKTQISL VRMPYACKLL FQELMSMSIA PRMMSV

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

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分子 #3: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 30.898428 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MPYANQPTVR ITELTDENVK FIIENTDLAV ANSIRRVFIA EVPIIAIDWV QIDANSSVLH DEFIAHRLGL IPLTSDDIVD KLQYSRDCT CEEFCPECSV EFTLDVRCNE DQTRHVTSRD LISNSPRVIP VTSRNRDNDP SDYVEQDDIL IVKLRKGQEL R LRAYAKKG ...文字列:
MPYANQPTVR ITELTDENVK FIIENTDLAV ANSIRRVFIA EVPIIAIDWV QIDANSSVLH DEFIAHRLGL IPLTSDDIVD KLQYSRDCT CEEFCPECSV EFTLDVRCNE DQTRHVTSRD LISNSPRVIP VTSRNRDNDP SDYVEQDDIL IVKLRKGQEL R LRAYAKKG FGKEHAKWNP TAGVAFEYDP DNALRHTVYP KPEEWPKSEY SELDEDESQA PYDPNGKPER FYYNVESCGS LR PETIVLS ALSGLKKKLS DLQTQLSHEI QSD

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3

+
分子 #4: RNA polymerase II subunit D

分子名称: RNA polymerase II subunit D / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 16.331255 KDa
配列文字列:
MAAGGSDPRA GDVEEDASQL IFPKEFETAE TLLNSEVHML LEHRKQQNES AEDEQELSEV FMKTLNYTAR FSRFKNRETI ASVRSLLLQ KKLHKFELAC LANLCPETAE ESKALIPSLE GRFEDEELQQ ILDDIQTKRS FQY

UniProtKB: RNA polymerase II subunit D

+
分子 #5: DNA-directed RNA polymerase II subunit E

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 24.644318 KDa
配列文字列: MDDEEETYRL WKIRKTIMQL CHDRGYLVTQ DELDQTLEEF KAQFGDKPSE GRPRRTDLTV LVAHNDDPTD QMFVFFPEEP KVGIKTIKV YCQRMQEENI TRALIVVQQG MTPSAKQSLV DMAPKYILEQ FLQQELLINI TEHELVPEHV VMTKEEVTEL L ARYKLREN ...文字列:
MDDEEETYRL WKIRKTIMQL CHDRGYLVTQ DELDQTLEEF KAQFGDKPSE GRPRRTDLTV LVAHNDDPTD QMFVFFPEEP KVGIKTIKV YCQRMQEENI TRALIVVQQG MTPSAKQSLV DMAPKYILEQ FLQQELLINI TEHELVPEHV VMTKEEVTEL L ARYKLREN QLPRIQAGDP VARYFGIKRG QVVKIIRPSE TAGRYITYRL VQ

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit E

+
分子 #6: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 14.477001 KDa
配列文字列:
MSDNEDNFDG DDFDDVEEDE GLDDLENAEE EGQENVEILP SGERPQANQK RITTPYMTKY ERARVLGTRA LQIAMCAPVM VELEGETDP LLIAMKELKA RKIPIIIRRY LPDGSYEDWG VDELIISD

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2

+
分子 #7: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 19.314283 KDa
配列文字列:
MFYHISLEHE ILLHPRYFGP NLLNTVKQKL FTEVEGTCTG KYGFVIAVTT IDNIGAGVIQ PGRGFVLYPV KYKAIVFRPF KGEVVDAVV TQVNKVGLFT EIGPMSCFIS RHSIPSEMEF DPNSNPPCYK TMDEDIVIQQ DDEIRLKIVG TRVDKNDIFA I GSLMDDYL GLVS

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit

+
分子 #8: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 17.162273 KDa
配列文字列:
MAGILFEDIF DVKDIDPEGK KFDRVSRLHC ESESFKMDLI LDVNIQIYPV DLGDKFRLVI ASTLYEDGTL DDGEYNPTDD RPSRADQFE YVMYGKVYRI EGDETSTEAA TRLSAYVSYG GLLMRLQGDA NNLHGFEVDS RVYLLMKKLA F

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

+
分子 #9: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 14.541221 KDa
配列文字列:
MEPDGTYEPG FVGIRFCQEC NNMLYPKEDK ENRILLYACR NCDYQQEADN SCIYVNKITH EVDELTQIIA DVSQDPTLPR TEDHPCQKC GHKEAVFFQS HSARAEDAMR LYYVCTAPHC GHRWTE

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9

+
分子 #10: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 7.655123 KDa
配列文字列:
MIIPVRCFTC GKIVGNKWEA YLGLLQAEYT EGDALDALGL KRYCCRRMLL AHVDLIEKLL NYAPLEK

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5

+
分子 #11: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 13.310284 KDa
配列文字列:
MNAPPAFESF LLFEGEKKIT INKDTKVPNA CLFTINKEDH TLGNIIKSQL LKDPQVLFAG YKVPHPLEHK IIIRVQTTPD YSPQEAFTN AITDLISELS LLEERFRVAI KDKQEGIE

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a

+
分子 #12: RNA polymerase II subunit K

分子名称: RNA polymerase II subunit K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 7.018244 KDa
配列文字列:
MDTQKDVQPP KQQPMIYICG ECHTENEIKS RDPIRCRECG YRIMYKKRTK RLVVFDAR

UniProtKB: RNA polymerase II subunit K

+
分子 #13: SPT6

分子名称: SPT6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 117.027672 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: DQDNEIRATD LPERFQLRSI PVKGAEDDEL EEEADWIYRN AFATPTISLS RKGPSTIQKI KEALGFMRNQ HFEVPFIAFY RKEYVEPEL HINDLWRVWQ WDEKWTQLRI RKENLTRLFE KMQAYQYEQI SAIRALDTTD MERLKDVQSM DELKDVYNHF L LYYGRDIP ...文字列:
DQDNEIRATD LPERFQLRSI PVKGAEDDEL EEEADWIYRN AFATPTISLS RKGPSTIQKI KEALGFMRNQ HFEVPFIAFY RKEYVEPEL HINDLWRVWQ WDEKWTQLRI RKENLTRLFE KMQAYQYEQI SAIRALDTTD MERLKDVQSM DELKDVYNHF L LYYGRDIP KKFGLTPEQF GENLRDSYQR HETEQFPAEP LELAKDTPEA VLEGARYMVA LQIAREPLVR QVLRQTFQER AK LNITPTK KGRKDVDEAH YAYSFKYLKN KPVKELRDDQ FLKICLAEDE GLLTTDISID LKGTYFEEIK QFYYRDEFSH QVQ EWNRQR TMAIERALQQ FLYVQMAKEL KNKLLAEAKE YVIKACSRKL YNWLRVAPYR PDQQQGKGIR VLGIAFSSAR DHPV FCALV NGEGEVTDFL RLPHFTEERE KKAQDIETLK KFLLNKKPHV VTVAGENRDA QMLIEDVKRI VHELDQGQQL SSIGV ELVD NELAILYMNS KKSEAEFRDY PPVLRQAVSL ARRIQDPLIE FAQVCSEDIL CLKFHPLQEH VVKEELLNAL YCEFIN RVN EVGVDVNRAI AHPYSQALIQ YVCGLGPRKG THLLKILKQN NTRLESRTQL VTMCHMGPKV FMNCAGFLKI DTEVLDG SR VHPETYEWAR KMAVDALEYD ESAEDANPAG ALEEILENPE RLKDLDLDAF AEELERQGYG DKHITLYDIR AELSCRYK D LRTAYRSPNT EEIFNMLTKE TPETFYIGKL IICNVTGIAH IGVKTRLDNG VTGFIPTKFL SDKVVKRPEE RVKVGMTVH CRIMKIDIEK FSADLTCRTS DLMIAHPSFH NINFKQAEKM METMDQGDVI IRPSSKGENH LTVTWKVSDG IYQHVDVRAT LWINSEEFE DLDEIVARYV QPMASFARDL LNHKYYQDCS GGDRKKLEEL LIKTKKEKPT FIPYFICACK ELPGKFLLGY Q PRGKPRIE YVTVTPEGFR YRGQIFPTVN GLFRWFKDHY QDPV

+
分子 #16: RNA polymerase-associated protein CTR9 homolog,RNA polymerase-ass...

分子名称: RNA polymerase-associated protein CTR9 homolog,RNA polymerase-associated protein LEO1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 210.005672 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSRGSIEIPL RDTDEVIELD FDQLPEGDEV ISILKQEHTQ LHIWIALALE YYKQGKTEEF VKLLEAARID GNLDYRDHEK DQMTCLDTL AAYYVQQARK EKNKDNKKDL ITQATLLYTM ADKIIMYDQN HLLGRACFCL LEGDKMDQAD AQFHFVLNQS P NNIPALLG ...文字列:
MSRGSIEIPL RDTDEVIELD FDQLPEGDEV ISILKQEHTQ LHIWIALALE YYKQGKTEEF VKLLEAARID GNLDYRDHEK DQMTCLDTL AAYYVQQARK EKNKDNKKDL ITQATLLYTM ADKIIMYDQN HLLGRACFCL LEGDKMDQAD AQFHFVLNQS P NNIPALLG KACISFNKKD YRGALAYYKK ALRTNPGCPA EVRLGMGHCF VKLNKLEKAR LAFSRALELN SKCVGALVGL AV LELNNKE ADSIKNGVQL LSRAYTIDPS NPMVLNHLAN HFFFKKDYSK VQHLALHAFH NTEVEAMQAE SCYQLARSFH VQE DYDQAF QYYYQATQFA SSSFVLPFFG LGQMYIYRGD KENASQCFEK VLKAYPNNYE TMKILGSLYA ASEDQEKRDI AKGH LKKVT EQYPDDVEAW IELAQILEQT DIQGALSAYG TATRILQEKV QADVPPEILN NVGALHFRLG NLGEAKKYFL ASLDR AKAE AEHDEHYYNA ISVTTSYNLA RLYEAMCEFH EAEKLYKNIL REHPNYVDCY LRLGAMARDK GNFYEASDWF KEALQI NQD HPDAWSLIGN LHLAKQEWGP GQKKFERILK QPSTQSDTYS MLALGNVWLQ TLHQPTRDRE KEKRHQDRAL AIYKQVL RN DAKNLYAANG IGAVLAHKGY FREARDVFAQ VREATADISD VWLNLAHIYV EQKQYISAVQ MYENCLRKFY KHQNTEVV L YLARALFKCG KLQECKQTLL KARHVAPSDT VLMFNVALVL QRLATSVLKD EKSNLKEVLN AVKELELAHR YFSYLSKVG DKMRFDLALA ATEARQCSDL LSQAQYHVAR ARKQDEEERE LRAKQEQEKE LLRQKLLKEQ EEKRLREKEE QKKLLEQRAQ YVEKTKNIL MFTGETEATK EKKRGGGGGR RSKKGGEFDE FVNDDTDDDL PISKKKKRRK GSGSEQEGED EEGGERKKKK R RRHPKGEE GSDDDETENG PKPKKRRPPK AEKKKAPKPE RLPPSMKGKI KSKAIISSSD DSSDEDKLKI ADEGHPRNSN SN SDSDEDE QRKKCASSES DSDENQNKSG SEAGSPRRPR RQRSDQDSDS DQPSRKRRPS GSEQSDNESV QSGRSHSGVS END SRPASP SAESDHESER GSDNEGSGQG SGNESEPEGS NNEASDRGSE HGSDDSDENL YFQMADMEDL FGSDADSEAE RKDS DSGSD SDSDQENAAS GSNASGSESD QDERGDSGQP SNKELFGDDS EDEGASHHSG SDNHSERSDN RSEASERSDH EDNDP SDVD QHSGSEAPND DEDEGHRSDG GSHHSEAEGS EKAHSDDEKW GREDKSDQSD DEKIQNSDDE ERAQGSDEDK LQNSDD DEK MQNTDDEERP QLSDDERQQL SEEEKANSDD ERPVASDNDD EKQNSDDEEQ PQLSDEEKMQ NSDDERPQAS DEEHRHS DD EEEQDHKSES ARGSDSEDEV LRMKRKNAIA SDSEADSDTE VPKDNSGTMD LFGGADDISS GSDGEDKPPT PGQPVDEN G LPQDQQEEEP IPETRIEVEI PKVNTDLGND LYFVKLPNFL SVEPRPFDPQ YYEDEFEDEE MLDEEGRTRL KLKVENTIR WRIRRDEEGN EIKESNARIV KWSDGSMSLH LGNEVFDVYK APLQGDHNHL FIRQGTGLQG QAVFKTKLTF RPHSTDSATH RKMTLSLAD RCSKTQKIRI LPMAGRDPEC QRTEMIKKEE ERLRASIRRE SQQRRMREKQ HQRGLSASYL EPDRYDEEEE G EESISLAA IKNRYKGGIR EERARIYSSD SDEGSEEDKA QRLLKAKKLT SDEEGEPSGK RKAEDDDKAN KKHKKYVISD EE EEDDD

UniProtKB: RNA polymerase-associated protein CTR9 homolog, RNA polymerase-associated protein LEO1

+
分子 #17: RNA polymerase-associated protein RTF1 homolog

分子名称: RNA polymerase-associated protein RTF1 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 29.128234 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: VSLPEELNRV RLSRHKLERW CHMPFFAKTV TGCFVRIGIG NHNSKPVYRV AEITGVVETA KVYQLGGTRT NKGLQLRHGN DQRVFRLEF VSNQEFTESE FMKWKEAMFS AGMQLPTLDE INKKELSIKE ALNYKFNDQD IEEIVKEKER FRKAPPNYAM K KTQLLKEK ...文字列:
VSLPEELNRV RLSRHKLERW CHMPFFAKTV TGCFVRIGIG NHNSKPVYRV AEITGVVETA KVYQLGGTRT NKGLQLRHGN DQRVFRLEF VSNQEFTESE FMKWKEAMFS AGMQLPTLDE INKKELSIKE ALNYKFNDQD IEEIVKEKER FRKAPPNYAM K KTQLLKEK AMAEDLGDQD KAKQIQDQLN ELEERAEALD RQRTKNISAI SYINQRNREW NIVESEKALV AESHNMKNQQ MD PFTRRQC K

UniProtKB: RNA polymerase-associated protein RTF1 homolog

+
分子 #19: RNA polymerase II-associated factor 1 homolog

分子名称: RNA polymerase II-associated factor 1 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 36.450977 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: ERSGVVCRVK YCNSLPDIPF DPKFITYPFD QNRFVQYKAT SLEKQHKHDL LTEPDLGVTI DLINPDTYRI DPNVLLDPAD EKLLEEEIQ APTSSKRSQQ HAKVVPWMRK TEYISTEFNR YGISNEKPEV KIGVSVKQQF TEEEIYKDRD SQITAIEKTF E DAQKSISQ ...文字列:
ERSGVVCRVK YCNSLPDIPF DPKFITYPFD QNRFVQYKAT SLEKQHKHDL LTEPDLGVTI DLINPDTYRI DPNVLLDPAD EKLLEEEIQ APTSSKRSQQ HAKVVPWMRK TEYISTEFNR YGISNEKPEV KIGVSVKQQF TEEEIYKDRD SQITAIEKTF E DAQKSISQ HYSKPRVTPV EVMPVFPDFK MWINPCAQVI FDSDPAPKDT SGAAALEMMS QAMIRGMMDE EGNQFVAYFL PV EETLKKR KRDQEEEMDY APDDVYDYKI AREYNWNVKN KASKGYEENY FFIFREGDGV YYNELETRVR LSKR

UniProtKB: RNA polymerase II-associated factor 1 homolog

+
分子 #20: WD repeat-containing protein 61

分子名称: WD repeat-containing protein 61 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 33.617465 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MTNQYGILFK QEQAHDDAIW SVAWGTNKKE NSETVVTGSL DDLVKVWKWR DERLDLQWSL EGHQLGVVSV DISHTLPIAA SSSLDAHIR LWDLENGKQI KSIDAGPVDA WTLAFSPDSQ YLATGTHVGK VNIFGVESGK KEYSLDTRGK FILSIAYSPD G KYLASGAI ...文字列:
MTNQYGILFK QEQAHDDAIW SVAWGTNKKE NSETVVTGSL DDLVKVWKWR DERLDLQWSL EGHQLGVVSV DISHTLPIAA SSSLDAHIR LWDLENGKQI KSIDAGPVDA WTLAFSPDSQ YLATGTHVGK VNIFGVESGK KEYSLDTRGK FILSIAYSPD G KYLASGAI DGIINIFDIA TGKLLHTLEG HAMPIRSLTF SPDSQLLVTA SDDGYIKIYD VQHANLAGTL SGHASWVLNV AF CPDDTHF VSSSSDKSVK VWDVGTRTCV HTFFDHQDQV WGVKYNGNGS KIVSVGDDQE IHIYDCPI

UniProtKB: Superkiller complex protein 8

+
分子 #21: Parafibromin

分子名称: Parafibromin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 60.673539 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MADVLSVLRQ YNIQKKEIVV KGDEVIFGEF SWPKNVKTNY VVWGTGKEGQ PREYYTLDSI LFLLNNVHLS HPVYVRRAAT ENIPVVRRP DRKDLLGYLN GEASTSASID RSAPLEIGLQ RSTQVKRAAD EVLAEAKKPR IEDEECVRLD KERLAARLEG H KEGIVQTE ...文字列:
MADVLSVLRQ YNIQKKEIVV KGDEVIFGEF SWPKNVKTNY VVWGTGKEGQ PREYYTLDSI LFLLNNVHLS HPVYVRRAAT ENIPVVRRP DRKDLLGYLN GEASTSASID RSAPLEIGLQ RSTQVKRAAD EVLAEAKKPR IEDEECVRLD KERLAARLEG H KEGIVQTE QIRSLSEAMS VEKIAAIKAK IMAKKRSTIK TDLDDDITAL KQRSFVDAEV DVTRDIVSRE RVWRTRTTIL QS TGKNFSK NIFAILQSVK AREEGRAPEQ RPAPNAAPVD PTLRTKQPIP AAYNRYDQER FKGKEETEGF KIDTMGTYHG MTL KSVTEG ASARKTQTPA AQPVPRPVSQ ARPPPNQKKG SRTPIIIIPA ATTSLITMLN AKDLLQDLKF VPSDEKKKQG CQRE NETLI QRRKDQMQPG GTAISVTVPY RVVDQPLKLM PQDWDRVVAV FVQGPAWQFK GWPWLLPDGS PVDIFAKIKA FHLKY DEVR LDPNVQKWDV TVLELSYHKR HLDRPVFLRF WETLDRYMVK HKSHLRF

UniProtKB: Parafibromin

+
分子 #22: Transcription elongation factor SPT4

分子名称: Transcription elongation factor SPT4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.508496 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
GPGSMALETV PKDLRHLRAC LLCSLVKTID QFEYDGCDNC DAYLQMKGNR EMVYDCTSSS FDGIIAMMSP EDSWVSKWQR VSNFKPGVY AVSVTGRLPQ GIVRELKSRG VAYKSRDTAI KT

UniProtKB: Transcription elongation factor SPT4

+
分子 #23: Transcription elongation factor SPT5

分子名称: Transcription elongation factor SPT5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 121.225477 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSDSEDSNFS EEEDSERSSD GEEAEVDEER RSAAGSEKEE EPEDEEEEEE EEEYDEEEEE EDDDRPPKKP RHGGFILDEA DVDDEYEDE DQWEDGAEDI LEKEEIEASN IDNVVLDEDR SGARRLQNLW RDQREEELGE YYMKKYAKSS VGETVYGGSD E LSDDITQQ ...文字列:
MSDSEDSNFS EEEDSERSSD GEEAEVDEER RSAAGSEKEE EPEDEEEEEE EEEYDEEEEE EDDDRPPKKP RHGGFILDEA DVDDEYEDE DQWEDGAEDI LEKEEIEASN IDNVVLDEDR SGARRLQNLW RDQREEELGE YYMKKYAKSS VGETVYGGSD E LSDDITQQ QLLPGVKDPN LWTVKCKIGE ERATAISLMR KFIAYQFTDT PLQIKSVVAP EHVKGYIYVE AYKQTHVKQA IE GVGNLRL GYWNQQMVPI KEMTDVLKVV KEVANLKPKS WVRLKRGIYK DDIAQVDYVE PSQNTISLKM IPRIDYDRIK ARM SLKDWF AKRKKFKRPP QRLFDAEKIR SLGGDVASDG DFLIFEGNRY SRKGFLFKSF AMSAVITEGV KPTLSELEKF EDQP EGIDL EVVTESTGKE REHNFQPGDN VEVCEGELIN LQGKILSVDG NKITIMPKHE DLKDMLEFPA QELRKYFKMG DHVKV IAGR FEGDTGLIVR VEENFVILFS DLTMHELKVL PRDLQLCSET ASGVDVGGQH EWGELVQLDP QTVGVIVRLE RETFQV LNM YGKVVTVRHQ AVTRKKDNRF AVALDSEQNN IHVKDIVKVI DGPHSGREGE IRHLFRSFAF LHCKKLVENG GMFVCKT RH LVLAGGSKPR DVTNFTVGGF APMSPRISSP MHPSAGGQRG GFGSPGGGSG GMSRGRGRRD NELIGQTVRI SQGPYKGY I GVVKDATEST ARVELHSTCQ TISVDRQRLT TVGSRRPGGM TSTYGRTPMY GSQ(TPO)PMYGSG SRTPMYGSQT PLQDG SRTP HYGSQTPLHD GSRTPAQSGA WDPNNPNTPS RAEEEYEYAF DDEPTPSPQA YGGTPNPQTP GYPDPSSPQV NPQYNP QTP GTPAMYNTDQ FSPYAAPSPQ GSYQPSPSPQ SYHQVAPSPA GYQNTHSPAS YHPTPSPMAY QASPSPSPVG YSPMTPG AP SPGGYNPHTP GSGIEQNSSD WVTTDIQVKV RDTYLDTQVV GQTGVIRSVT GGMCSVYLKD SEKVVSISSE HLEPITPT K NNKVKVILGE DREATGVLLS IDGEDGIVRM DLDEQLKILN LRFLGKLLEA

UniProtKB: Transcription elongation factor SPT5

+
分子 #24: Histone H3.2

分子名称: Histone H3.2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 15.435126 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MARTKQTARK STGGKAPRKQ LATKAARKSA PATGGVKKPH RYRPGTVALR EIRRYQKSTE LLIRKLPFQR LVREIAQDFK TDLRFQSSA VMALQEASEA YLVALFEDTN LCAIHAKRVT IMPKDIQLAR RIRGERA

UniProtKB: Histone H3.2

+
分子 #25: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 11.394426 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSGRGKGGKG LGKGGAKRHR KVLRDNIQGI TKPAIRRLAR RGGVKRISGL IYEETRGVLK VFLENVIRDA VTYTEHAKRK TVTAMDVVY ALKRQGRTLY GFGG

UniProtKB: Histone H4

+
分子 #26: Histone H2A

分子名称: Histone H2A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 11.294136 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
TRSSRAGLQF PVGRVHRLLR KGNYAERVGA GAPVYLAAVL EYLTAEILEL AGNAARDNKK TRIIPRHLQL AVRNDEELNK LLGRVTIAQ GGVLPNIQSV LLPK

UniProtKB: Histone H2A

+
分子 #27: Histone H2B

分子名称: Histone H2B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 10.607212 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
KTRKESYAIY VYKVLKQVHP DTGISSKAMS IMNSFVNDVF ERIAGEASRL AHYNKRSTIT SREIQTAVRL LLPGELAKHA VSEGTKAVT KYTSAK

UniProtKB: Histone H2B

+
分子 #14: Non-template DNA

分子名称: Non-template DNA / タイプ: dna / ID: 14 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 39.557168 KDa
配列文字列: (DC)(DC)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DG)(DA)(DG) (DC)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DA)(DG)(DC)(DC) (DA)(DG)(DC)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG) (DC)(DT)(DG)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT) (DA) (DA)(DA)(DA)(DC)(DG) ...文字列:
(DC)(DC)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DG)(DA)(DG) (DC)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DA)(DG)(DC)(DC) (DA)(DG)(DC)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG) (DC)(DT)(DG)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT) (DA) (DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG) (DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC) (DG)(DT) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG) (DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT) (DG)(DC)(DT) (DA)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT) (DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC) (DA)(DA)(DT)(DT) (DG)(DA)(DG)(DC)(DG) (DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC) (DC)(DG)(DG)(DG)(DA) (DT)(DT)(DC)(DT) (DG)(DA)(DT)

+
分子 #18: RNA, Template DNA

分子名称: RNA, Template DNA / タイプ: dna / ID: 18 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 42.305887 KDa
配列文字列: (DA)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC) (DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG) (DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA) (DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG) (DA) (DC)(DA)(DG)(DC)(DT) ...文字列:
(DA)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC) (DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG) (DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA) (DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG) (DA) (DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA) (DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA) (DA)(DA) (DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT) (DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC) (DC)(DC)(DC) (DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT) (DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DC) (DA)(DG)(DC)(DT) (DC)(DC)(DC)(DT)(DG) (DC)(DT)(DG)(DG)(DC)(DT)(DC)(DC)(DG)(DA) (DG)(DT)(DG)(DG)(DG) (DT)(DT)(DC)(DT) (DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DC)(DA) (DA)(DT)(DG)(DG)

+
分子 #15: RNA, Template DNA

分子名称: RNA, Template DNA / タイプ: rna / ID: 15 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 9.054556 KDa
配列文字列:
UAACCGGAGA GGGAACCCAC UCAAAAAA

+
分子 #28: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 9 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #29: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 30000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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