+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | ![]() | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | AMC009 SOSIPv5.2 in complex with Fabs ACS101 and ACS124 | ||||||||||||
![]() | AMC009 SOSIPv5.2 ACS114 Fab ACS122 Fab | ||||||||||||
![]() |
| ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.99 Å | ||||||||||||
![]() | van Schooten J / Ozorowski G / Ward A | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: Complementary antibody lineages achieve neutralization breadth in an HIV-1 infected elite neutralizer. 著者: Jelle van Schooten / Anna Schorcht / Elinaz Farokhi / Jeffrey C Umotoy / Hongmei Gao / Tom L G M van den Kerkhof / Jessica Dorning / Tim G Rijkhold Meesters / Patricia van der Woude / Judith ...著者: Jelle van Schooten / Anna Schorcht / Elinaz Farokhi / Jeffrey C Umotoy / Hongmei Gao / Tom L G M van den Kerkhof / Jessica Dorning / Tim G Rijkhold Meesters / Patricia van der Woude / Judith A Burger / Tom Bijl / Riham Ghalaiyini / Alba Torrents de la Peña / Hannah L Turner / Celia C Labranche / Robyn L Stanfield / Devin Sok / Hanneke Schuitemaker / David C Montefiori / Dennis R Burton / Gabriel Ozorowski / Michael S Seaman / Ian A Wilson / Rogier W Sanders / Andrew B Ward / Marit J van Gils / ![]() ![]() 要旨: Broadly neutralizing antibodies (bNAbs) have remarkable breadth and potency against most HIV-1 subtypes and are able to prevent HIV-1 infection in animal models. However, bNAbs are extremely ...Broadly neutralizing antibodies (bNAbs) have remarkable breadth and potency against most HIV-1 subtypes and are able to prevent HIV-1 infection in animal models. However, bNAbs are extremely difficult to induce by vaccination. Defining the developmental pathways towards neutralization breadth can assist in the design of strategies to elicit protective bNAb responses by vaccination. Here, HIV-1 envelope glycoproteins (Env)-specific IgG+ B cells were isolated at various time points post infection from an HIV-1 infected elite neutralizer to obtain monoclonal antibodies (mAbs). Multiple antibody lineages were isolated targeting distinct epitopes on Env, including the gp120-gp41 interface, CD4-binding site, silent face and V3 region. The mAbs each neutralized a diverse set of HIV-1 strains from different clades indicating that the patient's remarkable serum breadth and potency might have been the result of a polyclonal mixture rather than a single bNAb lineage. High-resolution cryo-electron microscopy structures of the neutralizing mAbs (NAbs) in complex with an Env trimer generated from the same individual revealed that the NAbs used multiple strategies to neutralize the virus; blocking the receptor binding site, binding to HIV-1 Env N-linked glycans, and disassembly of the trimer. These results show that diverse NAbs can complement each other to achieve a broad and potent neutralizing serum response in HIV-1 infected individuals. Hence, the induction of combinations of moderately broad NAbs might be a viable vaccine strategy to protect against a wide range of circulating HIV-1 viruses. | ||||||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
添付画像 |
---|
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 97.3 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 22.3 KB 22.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 10.4 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 84.6 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 103 MB | ![]() | |
その他 | ![]() ![]() | 95.7 MB 95.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 187.9 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 187.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 502 B | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 374 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | AMC009 SOSIPv5.2 ACS114 Fab ACS122 Fab | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.15 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: AMC009 SOSIPv5.2 ACS114 Fab ACS122 Fab half map A
ファイル | emd_14783_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | AMC009 SOSIPv5.2 ACS114 Fab ACS122 Fab half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: AMC009 SOSIPv5.2 ACS114 Fab ACS122 Fab half map B
ファイル | emd_14783_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | AMC009 SOSIPv5.2 ACS114 Fab ACS122 Fab half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-
試料の構成要素
-全体 : AMC009 SOSIPv5.2 in complex with Fabs ACS114 and ACS122
全体 | 名称: AMC009 SOSIPv5.2 in complex with Fabs ACS114 and ACS122 |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: AMC009 SOSIPv5.2 in complex with Fabs ACS114 and ACS122
超分子 | 名称: AMC009 SOSIPv5.2 in complex with Fabs ACS114 and ACS122 タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 17 kDa/nm |
-分子 #1: AMC009 SOSIPv5.2 envelope glycoprotein gp120
分子 | 名称: AMC009 SOSIPv5.2 envelope glycoprotein gp120 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 54.145488 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: ARADKLWVTV YYGVPVWKEA TTTLFCASDA KAYDTEVRNV WATHCCVPTD PNPQEVVLEN VTENFNMWKN DMVEQMHEDI ISLWDQSLK PCVKLTPLCV TLNCTDYVGN ATNASTTNAT GGIGGTVERG EIKNCSFNIT TSIRDKVQKE YALFYKLDIV P IDNDNTNN ...文字列: ARADKLWVTV YYGVPVWKEA TTTLFCASDA KAYDTEVRNV WATHCCVPTD PNPQEVVLEN VTENFNMWKN DMVEQMHEDI ISLWDQSLK PCVKLTPLCV TLNCTDYVGN ATNASTTNAT GGIGGTVERG EIKNCSFNIT TSIRDKVQKE YALFYKLDIV P IDNDNTNN SYRLINCNTS VIKQACPKVS FEPIPIHYCA PAGFAILKCN DKKFNGTGPC TNVSTVQCTH GIRPVVSTQL LL NGSLAEK EVVIRSQNFT NNAKVIIVQL NESVVINCTR PNNNTRKSIH IAPGRWFYTT GAIIGDIRQA HCNISRVKWN NTL KQIATK LREQFKNKTI AFNQSSGGDP EIVMHSFNCG GEFFYCNTTQ LFNSTWNDTE VSNYNDITHI TLPCRIKQII NMWQ KVGKA MYAPPIRGQI RCSSNITGLL LTRDGGSNEN KTSETETFRP AGGDMRDNWR SELYKYKVVK IEPLGVAPTK CKRRV VQ |
-分子 #2: AMC009 SOSIPv5.2 envelope glycoprotein gp41
分子 | 名称: AMC009 SOSIPv5.2 envelope glycoprotein gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 17.423865 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: AVGAIGAVFL GFLGAAGSTM GAASMTLTVQ ARQLLSGIVQ QQNNLLRAPE CQQHMLKLTV WGIKQLQARV LAVERYLRDQ QLLGIWGCS GKLICCTAVP WNNSWSNRSL DMIWNNMTWI EWEREIDNYT GLIYNLLEES QNQQEKNEQE LLELD |
-分子 #3: ACS114 heavy chain
分子 | 名称: ACS114 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 13.280985 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: QVQLQQWGGG LLKPSQTLSL TCAVYRWTFN DHYWSWVRQS PGKGLEWIGE ISWGGATNYN PSLKSRVTMS VDTSMSHVSL KMTSVTAAD TGVYYCVRVG PGPHMAALDY WGHGSRVLVS S |
-分子 #4: ACS114 light chain
分子 | 名称: ACS114 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 12.186664 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: DIVMTQTPLS SPVTLGQPAS ISCGSSQSLV HSDGNTYLSW LQQRPGQPPR LLIYKISNRI SGLPDRFSGS GAETNFTLKI SRVEAEDVG LYYCVQGTQF PWTSGQGTKV EIK |
-分子 #5: ACS122 heavy chain
分子 | 名称: ACS122 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 13.774439 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: QVQLQESGPG LVKPSEALSL TCSVSGVAIS RHYWNWIRQP PGKGLEWIGY IFFNGNTNYS PSLKSRVTIS VDTSKNEFSL TLRSVTAAD TAVYYCAREK SVVEPDNMVR WFDPWGQGTL VTVSS |
-分子 #6: ACS122 light chain
分子 | 名称: ACS122 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 11.668917 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: SYELTQPPSV SVAPGKTARI TCGGNNIGSK SVHWYQQKPG QAPVLVIYYD SDRPSGIPER FSGSKSGNTA TLTISRVEAG DEADYYCQV WDSSRDHCVF GIGTKVTVL |
-分子 #13: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 21 / 式: NAG |
---|---|
分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 49.3 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.7 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |