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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Amyloid fibril (in vitro) from full-length hnRNPA1 protein | |||||||||
![]() | Final map | |||||||||
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![]() | Amyloidosis / Misfolding disease / Inflammation / Prion / Protein fibril / NUCLEAR PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() cellular response to sodium arsenite / SARS-CoV-1-host interactions / import into nucleus / telomeric repeat-containing RNA binding / G-rich strand telomeric DNA binding / pre-mRNA binding / nuclear export / RNA export from nucleus / miRNA binding / FGFR2 alternative splicing ...cellular response to sodium arsenite / SARS-CoV-1-host interactions / import into nucleus / telomeric repeat-containing RNA binding / G-rich strand telomeric DNA binding / pre-mRNA binding / nuclear export / RNA export from nucleus / miRNA binding / FGFR2 alternative splicing / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / SARS-CoV-1 modulates host translation machinery / regulation of RNA splicing / negative regulation of telomere maintenance via telomerase / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / mRNA transport / cellular response to glucose starvation / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / mRNA 3'-UTR binding / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / single-stranded DNA binding / single-stranded RNA binding / ribonucleoprotein complex / protein domain specific binding / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.32 Å | |||||||||
![]() | Sharma K / Banerjee S / Schmidt M / Faendrich M | |||||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM Structure of the Full-length hnRNPA1 Amyloid Fibril. 著者: Kartikay Sharma / Sambhasan Banerjee / Dilan Savran / Cedric Rajes / Sebastian Wiese / Amandeep Girdhar / Nadine Schwierz / Christopher Lee / James Shorter / Matthias Schmidt / Lin Guo / Marcus Fändrich / ![]() ![]() 要旨: Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1 (hnRNPA1) is a multifunctional RNA-binding protein that is associated with neurodegenerative diseases, such as amyotrophic lateral sclerosis and multisystem ...Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1 (hnRNPA1) is a multifunctional RNA-binding protein that is associated with neurodegenerative diseases, such as amyotrophic lateral sclerosis and multisystem proteinopathy. In this study, we have used cryo-electron microscopy to investigate the three-dimensional structure of amyloid fibrils from full-length hnRNPA1 protein. We find that the fibril core is formed by a 45-residue segment of the prion-like low-complexity domain of the protein, whereas the remaining parts of the protein (275 residues) form a fuzzy coat around the fibril core. The fibril consists of two fibril protein stacks that are arranged into a pseudo-2 screw symmetry. The ordered core harbors several of the positions that are known to be affected by disease-associated mutations, but does not encompass the most aggregation-prone segments of the protein. These data indicate that the structures of amyloid fibrils from full-length proteins may be more complex than anticipated by current theories on protein misfolding. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 3.1 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 16.3 KB 16.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 9.2 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 71.2 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.8 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 49.2 MB 49.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7zj2MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Final map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.04 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Relion half map-1
ファイル | emd_14739_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Relion half map-1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Relion half map-2
ファイル | emd_14739_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Relion half map-2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Amyloid fibril (in vitro) from full-length hnRNPA1 protein
全体 | 名称: Amyloid fibril (in vitro) from full-length hnRNPA1 protein |
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要素 |
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-超分子 #1: Amyloid fibril (in vitro) from full-length hnRNPA1 protein
超分子 | 名称: Amyloid fibril (in vitro) from full-length hnRNPA1 protein タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: In vitro full-length hnRNPA1 amyloid fibril |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Isoform A1-A of Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1
分子 | 名称: Isoform A1-A of Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 34.246227 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MSKSESPKEP EQLRKLFIGG LSFETTDESL RSHFEQWGTL TDCVVMRDPN TKRSRGFGFV TYATVEEVDA AMNARPHKVD GRVVEPKRA VSREDSQRPG AHLTVKKIFV GGIKEDTEEH HLRDYFEQYG KIEVIEIMTD RGSGKKRGFA FVTFDDHDSV D KIVIQKYH ...文字列: MSKSESPKEP EQLRKLFIGG LSFETTDESL RSHFEQWGTL TDCVVMRDPN TKRSRGFGFV TYATVEEVDA AMNARPHKVD GRVVEPKRA VSREDSQRPG AHLTVKKIFV GGIKEDTEEH HLRDYFEQYG KIEVIEIMTD RGSGKKRGFA FVTFDDHDSV D KIVIQKYH TVNGHNCEVR KALSKQEMAS ASSSQRGRSG SGNFGGGRGG GFGGNDNFGR GGNFSGRGGF GGSRGGGGYG GS GDGYNGF GNDGSNFGGG GSYNDFGNYN NQSSNFGPMK GGNFGGRSSG PYGGGGQYFA KPRNQGGYGG SSSSSSYGSG RRF UniProtKB: Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | helical array |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / 装置: FEI VITROBOT MARK III |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 実像数: 2624 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 42.64 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |