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万見
- EMDB-14717: SARS CoV Spike protein, Closed C3 conformation -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14717
タイトルSARS CoV Spike protein, Closed C3 conformation
マップデータ
試料
  • 複合体: SARS CoV Spike protein, Closed conformation, C3 symmetry
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein,Fibritin
  • リガンド: LINOLEIC ACID
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードSARS-CoV / VIRAL PROTEIN / Spike
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / Attachment and Entry / virion component / endocytosis involved in viral entry into host cell / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion ...Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / Attachment and Entry / virion component / endocytosis involved in viral entry into host cell / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV / Fibritin C-terminal / Fibritin C-terminal region / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV / Fibritin C-terminal / Fibritin C-terminal region / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Fibritin / Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス) / Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.48 Å
データ登録者Toelzer C / Gupta K / Yadav SKN / Buzas D / Borucu U / Schaffitzel C / Berger I
資金援助 英国, 7件
OrganizationGrant number国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/P000940/1 英国
Wellcome Trust202904/Z/16/Z 英国
Wellcome Trust206181/Z/17/Z 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/L01386X/1 英国
Wellcome Trust210701/Z/18/Z 英国
Wellcome Trust106115/Z/14/Z 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/R000484/1 英国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: The free fatty acid-binding pocket is a conserved hallmark in pathogenic β-coronavirus spike proteins from SARS-CoV to Omicron.
著者: Christine Toelzer / Kapil Gupta / Sathish K N Yadav / Lorna Hodgson / Maia Kavanagh Williamson / Dora Buzas / Ufuk Borucu / Kyle Powers / Richard Stenner / Kate Vasileiou / Frederic Garzoni / ...著者: Christine Toelzer / Kapil Gupta / Sathish K N Yadav / Lorna Hodgson / Maia Kavanagh Williamson / Dora Buzas / Ufuk Borucu / Kyle Powers / Richard Stenner / Kate Vasileiou / Frederic Garzoni / Daniel Fitzgerald / Christine Payré / Gunjan Gautam / Gérard Lambeau / Andrew D Davidson / Paul Verkade / Martin Frank / Imre Berger / Christiane Schaffitzel /
要旨: As coronavirus disease 2019 (COVID-19) persists, severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) variants of concern (VOCs) emerge, accumulating spike (S) glycoprotein mutations. S ...As coronavirus disease 2019 (COVID-19) persists, severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) variants of concern (VOCs) emerge, accumulating spike (S) glycoprotein mutations. S receptor binding domain (RBD) comprises a free fatty acid (FFA)-binding pocket. FFA binding stabilizes a locked S conformation, interfering with virus infectivity. We provide evidence that the pocket is conserved in pathogenic β-coronaviruses (β-CoVs) infecting humans. SARS-CoV, MERS-CoV, SARS-CoV-2, and VOCs bind the essential FFA linoleic acid (LA), while binding is abolished by one mutation in common cold-causing HCoV-HKU1. In the SARS-CoV S structure, LA stabilizes the locked conformation, while the open, infectious conformation is devoid of LA. Electron tomography of SARS-CoV-2-infected cells reveals that LA treatment inhibits viral replication, resulting in fewer deformed virions. Our results establish FFA binding as a hallmark of pathogenic β-CoV infection and replication, setting the stage for FFA-based antiviral strategies to overcome COVID-19.
履歴
登録2022年4月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月15日-
マップ公開2023年2月15日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14717.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14717.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 220 pix.
= 231. Å		1.05 Å/pix.
x 220 pix.
= 231. Å		1.05 Å/pix.
x 220 pix.
= 231. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.023
最小 - 最大-0.18653621 - 0.3727567
平均 (標準偏差)0.0010478463 (±0.0130052185)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ220220220
Spacing220220220
セルA=B=C: 230.99998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_14717_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_14717_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_14717_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : SARS CoV Spike protein, Closed conformation, C3 symmetry

全体名称: SARS CoV Spike protein, Closed conformation, C3 symmetry
要素
  • 複合体: SARS CoV Spike protein, Closed conformation, C3 symmetry
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein,Fibritin
  • リガンド: LINOLEIC ACID
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: SARS CoV Spike protein, Closed conformation, C3 symmetry

超分子名称: SARS CoV Spike protein, Closed conformation, C3 symmetry
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス)
分子量理論値: 414 KDa

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分子 #1: Spike glycoprotein,Fibritin

分子名称: Spike glycoprotein,Fibritin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage T4 (ファージ)
分子量理論値: 138.203188 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MVSAIVLYVL LAAAAHSAFA SDLDRCTTFD DVQAPNYTQH TSSMRGVYYP DEIFRSDTLY LTQDLFLPFY SNVTGFHTIN HTFDNPVIP FKDGIYFAAT EKSNVVRGWV FGSTMNNKSQ SVIIINNSTN VVIRACNFEL CDNPFFAVSK PMGTQTHTMI F DNAFNCTF ...文字列:
MVSAIVLYVL LAAAAHSAFA SDLDRCTTFD DVQAPNYTQH TSSMRGVYYP DEIFRSDTLY LTQDLFLPFY SNVTGFHTIN HTFDNPVIP FKDGIYFAAT EKSNVVRGWV FGSTMNNKSQ SVIIINNSTN VVIRACNFEL CDNPFFAVSK PMGTQTHTMI F DNAFNCTF EYISDAFSLD VSEKSGNFKH LREFVFKNKD GFLYVYKGYQ PIDVVRDLPS GFNTLKPIFK LPLGINITNF RA ILTAFSP AQDTWGTSAA AYFVGYLKPT TFMLKYDENG TITDAVDCSQ NPLAELKCSV KSFEIDKGIY QTSNFRVVPS GDV VRFPNI TNLCPFGEVF NATKFPSVYA WERKKISNCV ADYSVLYNST FFSTFKCYGV SATKLNDLCF SNVYADSFVV KGDD VRQIA PGQTGVIADY NYKLPDDFMG CVLAWNTRNI DATSTGNYNY KYRYLRHGKL RPFERDISNV PFSPDGKPCT PPALN CYWP LNDYGFYTTT GIGYQPYRVV VLSFELLNAP ATVCGPKLST DLIKNQCVNF NFNGLTGTGV LTPSSKRFQP FQQFGR DVS DFTDSVRDPK TSEILDISPC SFGGVSVITP GTNASSEVAV LYQDVNCTDV STAIHADQLT PAWRIYSTGN NVFQTQA GC LIGAEHVDTS YECDIPIGAG ICASYHTVSL LRSTSQKSIV AYTMSLGADS SIAYSNNTIA IPTNFSISIT TEVMPVSM A KTSVDCNMYI CGDSTECANL LLQYGSFCTQ LNRALSGIAA EQDRNTREVF AQVKQMYKTP TLKYFGGFNF SQILPDPLK PTKRSFIEDL LFNKVTLADA GFMKQYGECL GDINARDLIC AQKFNGLTVL PPLLTDDMIA AYTAALVSGT ATAGWTFGAG AALQIPFAM QMAYRFNGIG VTQNVLYENQ KQIANQFNKA ISQIQESLTT TSTALGKLQD VVNQNAQALN TLVKQLSSNF G AISSVLND ILSRLDKVEA EVQIDRLITG RLQSLQTYVT QQLIRAAEIR ASANLAATKM SECVLGQSKR VDFCGKGYHL MS FPQAAPH GVVFLHVTYV PSQERNFTTA PAICHEGKAY FPREGVFVFN GTSWFITQRN FFSPQIITTD NTFVSGNCDV VIG IINNTV YDPLQPELDS FKEELDKYFK NHTSPDVDLG DISGINASVV NIQKEIDRLN EVAKNLNESL IDLQELGKYE QYIK PSGRL VPRGSPGSGY IPEAPRDGQA YVRKDGEWVL LSTFLGHHHH HH

UniProtKB: Spike glycoprotein, Fibritin

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分子 #3: LINOLEIC ACID

分子名称: LINOLEIC ACID / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 3 / 式: EIC
分子量理論値: 280.445 Da
Chemical component information

ChemComp-EIC:
LINOLEIC ACID / リノ-ル酸

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 30 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS TALOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6600 / 平均露光時間: 12.0 sec. / 平均電子線量: 62.65 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1724689
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

11146

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.48 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 534609
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6acc


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
得られたモデル

PDB-7zh1:
SARS CoV Spike protein, Closed C3 conformation

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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