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- EMDB-14622: Na+ - translocating ferredoxin: NAD+ reductase (Rnf) of C. tetano... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14622
タイトルNa+ - translocating ferredoxin: NAD+ reductase (Rnf) of C. tetanomorphum
マップデータ
試料
  • 複合体: Na+ -translocating ferredoxin: NAD+ reductase (Rnf)
    • タンパク質・ペプチド: RnfA
    • タンパク質・ペプチド: RnfB
    • タンパク質・ペプチド: RnfC
    • タンパク質・ペプチド: RnfD
    • タンパク質・ペプチド: RnfE
    • タンパク質・ペプチド: RnfG
  • リガンド: FE (III) ION
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: FLAVIN MONONUCLEOTIDE
  • リガンド: RIBOFLAVIN
生物種Clostridium tetanomorphum (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.27 Å
データ登録者Ermler U / Vitt S / Buckel W
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)VI 778/2-1 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Purification and structural characterization of the Na-translocating ferredoxin: NAD reductase (Rnf) complex of Clostridium tetanomorphum.
著者: Stella Vitt / Simone Prinz / Martin Eisinger / Ulrich Ermler / Wolfgang Buckel /
要旨: Various microbial metabolisms use H/Na-translocating ferredoxin:NAD reductase (Rnf) either to exergonically oxidize reduced ferredoxin by NAD for generating a transmembrane electrochemical potential ...Various microbial metabolisms use H/Na-translocating ferredoxin:NAD reductase (Rnf) either to exergonically oxidize reduced ferredoxin by NAD for generating a transmembrane electrochemical potential or reversely to exploit the latter for producing reduced ferredoxin. For cryo-EM structural analysis, we elaborated a quick four-step purification protocol for the Rnf complex from Clostridium tetanomorphum and integrated the homogeneous and active enzyme into a nanodisc. The obtained 4.27 Å density map largely allows chain tracing and redox cofactor identification complemented by biochemical data from entire Rnf and single subunits RnfB, RnfC and RnfG. On this basis, we postulated an electron transfer route between ferredoxin and NAD via eight [4Fe-4S] clusters, one Fe ion and four flavins crossing the cell membrane twice related to the pathway of NADH:ubiquinone reductase. Redox-coupled Na translocation is provided by orchestrating Na uptake/release, electrostatic effects of the assumed membrane-integrated FMN semiquinone anion and accompanied polypeptide rearrangements mediated by different redox steps.
履歴
登録2022年3月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年9月28日-
マップ公開2022年9月28日-
更新2022年11月23日-
現状2022年11月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14622.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14622.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.837 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0115
最小 - 最大-0.049992055 - 0.14030054
平均 (標準偏差)2.7384343e-05 (±0.0027154044)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 200.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_14622_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_14622_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_14622_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Na+ -translocating ferredoxin: NAD+ reductase (Rnf)

全体名称: Na+ -translocating ferredoxin: NAD+ reductase (Rnf)
要素
  • 複合体: Na+ -translocating ferredoxin: NAD+ reductase (Rnf)
    • タンパク質・ペプチド: RnfA
    • タンパク質・ペプチド: RnfB
    • タンパク質・ペプチド: RnfC
    • タンパク質・ペプチド: RnfD
    • タンパク質・ペプチド: RnfE
    • タンパク質・ペプチド: RnfG
  • リガンド: FE (III) ION
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: FLAVIN MONONUCLEOTIDE
  • リガンド: RIBOFLAVIN

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超分子 #1: Na+ -translocating ferredoxin: NAD+ reductase (Rnf)

超分子名称: Na+ -translocating ferredoxin: NAD+ reductase (Rnf) / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Clostridium tetanomorphum (バクテリア)
分子量理論値: 165 KDa

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分子 #1: RnfA

分子名称: RnfA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Clostridium tetanomorphum (バクテリア)
分子量理論値: 20.59485 KDa
組換発現生物種: Clostridium tetanomorphum (バクテリア)
配列文字列: MSIFTIFISA LLVNNFVLSR FLGICPFLGV SKKVETATGM GAAVTFVMAL AAIMTFLVER FILIPLNIQY LSTLAFILVI ASLVQFVEM VIKKVSPDLY KALGIYLPLI TTNCAVLGMA VINSNEKYNL IQSIINSVGA ALGFTLALVL LAGIREKMET N EYIPEALK ...文字列:
MSIFTIFISA LLVNNFVLSR FLGICPFLGV SKKVETATGM GAAVTFVMAL AAIMTFLVER FILIPLNIQY LSTLAFILVI ASLVQFVEM VIKKVSPDLY KALGIYLPLI TTNCAVLGMA VINSNEKYNL IQSIINSVGA ALGFTLALVL LAGIREKMET N EYIPEALK GLPITLVTAG LMAIAFLGFQ GLI

+
分子 #2: RnfB

分子名称: RnfB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Clostridium tetanomorphum (バクテリア)
分子量理論値: 28.008584 KDa
組換発現生物種: Clostridium tetanomorphum (バクテリア)
配列文字列: MEGLLFPVLS LGGLGVVFGL LLGYASKKFA VEVDERVPMV RAALPGANCG GCGFAGCDAY ADAVVNAGAK PNGCPVGGAA CAAKIAEIM GVVVDSSEPK KAYVKCQGTC DKAKEKYEYY GAMTCVDAAN IPGAGSKTCG FGCLGLGSCV QVCAFDAIHV E NGIAVVDE ...文字列:
MEGLLFPVLS LGGLGVVFGL LLGYASKKFA VEVDERVPMV RAALPGANCG GCGFAGCDAY ADAVVNAGAK PNGCPVGGAA CAAKIAEIM GVVVDSSEPK KAYVKCQGTC DKAKEKYEYY GAMTCVDAAN IPGAGSKTCG FGCLGLGSCV QVCAFDAIHV E NGIAVVDE EACTGCGACV SICPKSVIEL TPMSKKVRIS CNSHDKGIEV KNACSVGCLS CGLCVRNCPS EAITMVNNLP VI DYDKCTQ CGVCVGKCPT KAIVNLNTNV SKEASNN

+
分子 #3: RnfC

分子名称: RnfC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Clostridium tetanomorphum (バクテリア)
分子量理論値: 47.164734 KDa
組換発現生物種: Clostridium tetanomorphum (バクテリア)
配列文字列: MELLTFKNGV HPPHGKHYTE NKPIEEYLPK GDIVIPMSQH IGAPAEPIVK KGDRVLVGQK IGEAKGFVSA NIHASVSGTV KNVAPVTLF NGVKSTAVII ENDGQYEEIE TEKRDYTKLS NEEIINIIKE AGIVGMGGAT FPTHVKLAPP PDKNIDSIVV N AAECEPYL ...文字列:
MELLTFKNGV HPPHGKHYTE NKPIEEYLPK GDIVIPMSQH IGAPAEPIVK KGDRVLVGQK IGEAKGFVSA NIHASVSGTV KNVAPVTLF NGVKSTAVII ENDGQYEEIE TEKRDYTKLS NEEIINIIKE AGIVGMGGAT FPTHVKLAPP PDKNIDSIVV N AAECEPYL TCDHRMMLEK TNEIVEGLKI VLKLFPKATG YIGIEDNKMN AIKAMQEAVK NIANIEVKAV KTKYPQGAEK QL IYAITKR EVPSGGLPAD AGCIVQNVDT IYEIYNAVVN GKPLTSRVVT VTGDAIKEPK NLRFKIGTSV RELVEAAGGF AEE PLKVIS GGPMMGMAMY SLDVPSTKGT SGVLCLTKKV AEIEEESNCI NCGKCVQVCP MNLMPTKLAT ASAVSNLDMF NEFS GRDCI ECGCCSFVCP ARRHLLQRIR SGKKAVSKKK

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分子 #4: RnfD

分子名称: RnfD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Clostridium tetanomorphum (バクテリア)
分子量理論値: 32.990891 KDa
組換発現生物種: Clostridium tetanomorphum (バクテリア)
配列文字列: MSETTMYTVS SSPHIRAKDT TQSIMRDVVI ALLPATIAGV YFFKLQGLLV ILASVLSCVV AEYIWQKASK KKVTVGDYSA VVTGLLLAF NVPASIPLWI PVVGGFFAII VVKQFFGGLG QNIVNPALAA RAFLLASWPV QMTSWTLDGV TTATPLAILK G NEATGAAA ...文字列:
MSETTMYTVS SSPHIRAKDT TQSIMRDVVI ALLPATIAGV YFFKLQGLLV ILASVLSCVV AEYIWQKASK KKVTVGDYSA VVTGLLLAF NVPASIPLWI PVVGGFFAII VVKQFFGGLG QNIVNPALAA RAFLLASWPV QMTSWTLDGV TTATPLAILK G NEATGAAA PDLMSVFIGH VGGCIGETSA LALLIGGAYL FYKHIIDWRI PVSFIGTTFI FTAIAGRGSS PVYELFAGGL ML GAIFMAT DYATSPITPL GRIIFGVGCG VITSLIRIFG GYPEGVSYSI LVMNLFVPLI ERWTAPKIFG KVK

+
分子 #5: RnfE

分子名称: RnfE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Clostridium tetanomorphum (バクテリア)
分子量理論値: 21.213398 KDa
組換発現生物種: Clostridium tetanomorphum (バクテリア)
配列文字列: MGVVSERLYN GIVKENATFV QVLGMCPTLA VTTSAINGIG MGLSATVVLI GSNVVISLLK KVIPDEIRIP AYITVIATLV TVLQFLLQA YLPDLNKSLG IFIPLIVVNC IILGRAEAYA NKNSVGASFF DGLGMGLGFT VSLAALGIIR EFLGTGKVFG A QITPDAFQ ...文字列:
MGVVSERLYN GIVKENATFV QVLGMCPTLA VTTSAINGIG MGLSATVVLI GSNVVISLLK KVIPDEIRIP AYITVIATLV TVLQFLLQA YLPDLNKSLG IFIPLIVVNC IILGRAEAYA NKNSVGASFF DGLGMGLGFT VSLAALGIIR EFLGTGKVFG A QITPDAFQ PALIMILAPG GFFTLGILMA ILNQRKLKKA KAK

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分子 #6: RnfG

分子名称: RnfG / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Clostridium tetanomorphum (バクテリア)
分子量理論値: 19.502664 KDa
組換発現生物種: Clostridium tetanomorphum (バクテリア)
配列文字列: MKKVSSFKLG MVLLLIAAVC GLILGGVNQV TAEPIAIQNK KTLDEANKAI LPEASEFAEK TDIKGEGIVL GVTEGKSGSD LKGYTIKVA PKGYAGAIEM MVGVSTEGKV TGIKILNHAE TPGLGANATD PKFSGQYANK PAKELKVVKG AASGEDEIVA I TGATITSK ...文字列:
MKKVSSFKLG MVLLLIAAVC GLILGGVNQV TAEPIAIQNK KTLDEANKAI LPEASEFAEK TDIKGEGIVL GVTEGKSGSD LKGYTIKVA PKGYAGAIEM MVGVSTEGKV TGIKILNHAE TPGLGANATD PKFSGQYANK PAKELKVVKG AASGEDEIVA I TGATITSK AVTLGVNEAI KFYDTKLKGG K

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分子 #7: FE (III) ION

分子名称: FE (III) ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: FE
分子量理論値: 55.845 Da

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分子 #8: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 7 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

+
分子 #9: FLAVIN MONONUCLEOTIDE

分子名称: FLAVIN MONONUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 3 / 式: FMN
分子量理論値: 456.344 Da
Chemical component information

ChemComp-FMN:
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / FMN

+
分子 #10: RIBOFLAVIN

分子名称: RIBOFLAVIN / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 1 / 式: RBF
分子量理論値: 376.364 Da
Chemical component information

ChemComp-RBF:
RIBOFLAVIN / リボフラビン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: C-flat-2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.1 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 105000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.27 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 88423
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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