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万見
- EMDB-14438: VAR2 complex with PAM1.4 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14438
タイトルVAR2 complex with PAM1.4
マップデータ
試料
  • 複合体: VAR2CSA complex with PAM1.4
    • タンパク質・ペプチド: PAM1.4, Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: PAM1.4, light Chain
    • タンパク質・ペプチド: VAR2CSA
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane => GO:0016020 / host cell surface receptor binding
類似検索 - 分子機能
Plasmodium falciparum erythrocyte membrane protein 1, N-terminal / N-terminal segments of P. falciparum erythrocyte membrane protein / Plasmodium falciparum erythrocyte membrane protein 1, acidic terminal segment superfamily / Plasmodium falciparum erythrocyte membrane protein 1, acidic terminal segment / acidic terminal segments, variant surface antigen of PfEMP1 / Duffy-antigen binding / Duffy-antigen binding superfamily / Duffy binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Raghavan SSR / Wang KT
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM reveals the conformational epitope of human monoclonal antibody PAM1.4 broadly reacting with polymorphic malarial protein VAR2CSA.
著者: Sai Sundar Rajan Raghavan / Robert Dagil / Mary Lopez-Perez / Julian Conrad / Maria Rosaria Bassi / Maria Del Pilar Quintana / Swati Choudhary / Tobias Gustavsson / Yong Wang / Pontus Gourdon ...著者: Sai Sundar Rajan Raghavan / Robert Dagil / Mary Lopez-Perez / Julian Conrad / Maria Rosaria Bassi / Maria Del Pilar Quintana / Swati Choudhary / Tobias Gustavsson / Yong Wang / Pontus Gourdon / Michael Fokuo Ofori / Sebastian Boje Christensen / Daniel Thomas Remias Minja / Christentze Schmiegelow / Morten Agertoug Nielsen / Lea Barfod / Lars Hviid / Ali Salanti / Thomas Lavstsen / Kaituo Wang /
要旨: Malaria during pregnancy is a major global health problem caused by infection with Plasmodium falciparum parasites. Severe effects arise from the accumulation of infected erythrocytes in the placenta. ...Malaria during pregnancy is a major global health problem caused by infection with Plasmodium falciparum parasites. Severe effects arise from the accumulation of infected erythrocytes in the placenta. Here, erythrocytes infected by late blood-stage parasites adhere to placental chondroitin sulphate A (CS) via VAR2CSA-type P. falciparum erythrocyte membrane protein 1 (PfEMP1) adhesion proteins. Immunity to placental malaria is acquired through exposure and mediated through antibodies to VAR2CSA. Through evolution, the VAR2CSA proteins have diversified in sequence to escape immune recognition but retained their overall macromolecular structure to maintain CS binding affinity. This structural conservation may also have allowed development of broadly reactive antibodies to VAR2CSA in immune women. Here we show the negative stain and cryo-EM structure of the only known broadly reactive human monoclonal antibody, PAM1.4, in complex with VAR2CSA. The data shows how PAM1.4's broad VAR2CSA reactivity is achieved through interactions with multiple conserved residues of different sub-domains forming conformational epitope distant from the CS binding site on the VAR2CSA core structure. Thus, while PAM1.4 may represent a class of antibodies mediating placental malaria immunity by inducing phagocytosis or NK cell-mediated cytotoxicity, it is likely that broadly CS binding-inhibitory antibodies target other epitopes at the CS binding site. Insights on both types of broadly reactive monoclonal antibodies may aid the development of a vaccine against placental malaria.
履歴
登録2022年2月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月2日-
マップ公開2022年11月2日-
更新2022年11月30日-
現状2022年11月30日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14438.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14438.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 440 pix.
= 366.08 Å		0.83 Å/pix.
x 440 pix.
= 366.08 Å		0.83 Å/pix.
x 440 pix.
= 366.08 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.832 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.3
最小 - 最大-0.9058572 - 2.3522205
平均 (標準偏差)-0.00010363813 (±0.04266431)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 366.08002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_14438_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : VAR2CSA complex with PAM1.4

全体名称: VAR2CSA complex with PAM1.4
要素
  • 複合体: VAR2CSA complex with PAM1.4
    • タンパク質・ペプチド: PAM1.4, Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: PAM1.4, light Chain
    • タンパク質・ペプチド: VAR2CSA

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超分子 #1: VAR2CSA complex with PAM1.4

超分子名称: VAR2CSA complex with PAM1.4 / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
分子量理論値: 350 KDa

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分子 #1: PAM1.4, Heavy Chain

分子名称: PAM1.4, Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 51.554219 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGWSCIILFL VATATGVHSE VRLVEYGGRV VRPGGSLRLS CAAGGFDFDD YGMSWVRQAP GKGLEWVAGI NWNALDKKYA DSVKGRFTI SRDNPKSSVY LQMTSLTAED TALYYCARDL RNSIFATGAL GNWGQGTLVI VSSASTKGPS VFPLAPSSKS T SGGTAALG ...文字列:
MGWSCIILFL VATATGVHSE VRLVEYGGRV VRPGGSLRLS CAAGGFDFDD YGMSWVRQAP GKGLEWVAGI NWNALDKKYA DSVKGRFTI SRDNPKSSVY LQMTSLTAED TALYYCARDL RNSIFATGAL GNWGQGTLVI VSSASTKGPS VFPLAPSSKS T SGGTAALG CLVKDYFPEP VTVSWNSGAL TSGVHTFPAV LQSSGLYSLS SVVTVPSSSL GTQTYICNVN HKPSNTKVDK KV EPKSCDK THTCPPCPAP ELLGGPSVFL FPPKPKDTLM ISRTPEVTCV VVDVSHEDPE VKFNWYVDGV EVHNAKTKPR EEQ YNSTYR VVSVLTVLHQ DWLNGKEYKC KVSNKALPAP IEKTISKAKG QPREPQVYTL PPSRDELTKN QVSLTCLVKG FYPS DIAVE WESNGQPENN YKTTPPVLDS DGSFFLYSKL TVDKSRWQQG NVFSCSVMHE ALHNHYTQKS LSLSPGK

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分子 #2: PAM1.4, light Chain

分子名称: PAM1.4, light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.425562 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGWSCIILFL VATATGVHCD IQMTQSPSSL SASIGDRVTI TCRASQDIAN YLAWYQQKPG TVPKLLIYAA STLLSGVPSR FSGRQSGTH FTLTISSLQP EDVATYYCQK YNNAPAAFGQ GTRLEIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY P REAKVQWK ...文字列:
MGWSCIILFL VATATGVHCD IQMTQSPSSL SASIGDRVTI TCRASQDIAN YLAWYQQKPG TVPKLLIYAA STLLSGVPSR FSGRQSGTH FTLTISSLQP EDVATYYCQK YNNAPAAFGQ GTRLEIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY P REAKVQWK VDNALQSGNS QESVTEQDSK DSTYSLSSTL TLSKADYEKH KVYACEVTHQ GLSSPVTKSF NRGEC

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分子 #3: VAR2CSA

分子名称: VAR2CSA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) / 株: FVO
分子量理論値: 235.359453 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MDSTSTIANK IEEYLGAKSD DSKIDELLKA DPSEVEYYRS GGDGDYLKNN ICKITVNHSD SGKYDPCEKK LPPYDDNDQW KCQQNSSDG SGKPENICVP PRRERLCTYN LENLKFDKIR DNNAFLADVL LTARNEGEKI VQNHPDTNSS NVCNALERSF A DLADIIRG ...文字列:
MDSTSTIANK IEEYLGAKSD DSKIDELLKA DPSEVEYYRS GGDGDYLKNN ICKITVNHSD SGKYDPCEKK LPPYDDNDQW KCQQNSSDG SGKPENICVP PRRERLCTYN LENLKFDKIR DNNAFLADVL LTARNEGEKI VQNHPDTNSS NVCNALERSF A DLADIIRG TDQWKGTNSN LEKNLKQMFA KIRENDKVLQ DKYPKDQKYT KLREAWWNAN RQKVWEVITC GARSNDLLIK RG WRTSGKS DRKKNFELCR KCGHYEKEVP TKLDYVPQFL RWLTEWIEDF YREKQNLIDD MERHREECTR EDHKSKEGTS YCS TCKDKC KKYCECVKKW KTEWENQENK YKDLYEQNKN KTSQKNTSRY DDYVKDFFEK LEANYSSLEN YIKGDPYFAE YATK LSFIL NPSDANNPSG ETANHNDEAC NCNESGISSV GQAQTSGPSS NKTCITHSSI KTNKKKECKD VKLGVRENDK DLKIC VIED TSLSGVDNCC CQDLLGILQE NCSDNKRGSS SNDSCDNKNQ DECQKKLEKV FASLTNGYKC DKCKSGTSRS KKKWIW KKS SGNEEGLQEE YANTIGLPPR TQSLYLGNLP KLENVCEDVK DINFDTKEKF LAGCLIVSFH EGKNLKKRYP QNKNSGN KE NLCKALEYSF ADYGDLIKGT SIWDNEYTKD LELNLQNNFG KLFGKYIKKN NTAEQDTSYS SLDELRESWW NTNKKYIW T AMKHGAEMNI TTCNADGSVT GSGSSCDDIP TIDLIPQYLR FLQEWVENFC EQRQAKVKDV ITNCKSCKES GNKCKTECK TKCKDECEKY KKFIEACGTA GGGIGTAGSP WSKRWDQIYK RYSKHIEDAK RNRKAGTKNC GTSSTTNAAA STDENKCVQS DIDSFFKHL IDIGLTTPSS YLSNVLDDNI CGADKAPWTT YTTYTTTEKC NKERDKSKSQ SSDTLVVVNV PSPLGNTPYR Y KYACQCKI PTNEETCDDR KEYMNQWSCG SARTMKRGYK NDNYELCKYN GVDVKPTTVR SNSSKLDGND VTFFNLFEQW NK EIQYQIE QYMTNANISC IDEKEVLDSV SDEGTPKVRG GYEDGRNNNT DQGTNCKEKC KCYKLWIEKI NDQWGKQKDN YNK FRSKQI YDANKGSQNK KVVSLSNFLF FSCWEEYIQK YFNGDWSKIK NIGSDTFEFL IKKCGNNSAH GEEIFSEKLK NAEK KCKEN ESTDTNINKS ETSCDLNATN YIRGCQSKTY DGKIFPGKGG EKQWICKDTI IHGDTNGACI PPRTQNLCVG ELWDK SYGG RSNIKNDTKE LLKEKIKNAI HKETELLYEY HDTGTAIISK NDKKGQKGKN DPNGLPKGFC HAVQRSFIDY KNMILG TSV NIYEHIGKLQ EDIKKIIEKG TPQQKDKIGG VGSSTENVNA WWKGIEREMW DAVRCAITKI NKKNNNSIFN GDECGVS PP TGNDEDQSVS WFKEWGEQFC IERLRYEQNI REACTINGKN EKKCINSKSG QGDKIQGACK RKCEKYKKYI SEKKQEWD K QKTKYENKYV GKSASDLLKE NYPECISANF DFIFNDNIEY KTYYPYGDYS SICSCEQVKY YKYNNAEKKN NKSLCYEKD NDMTWSKKYI KKLENGRSLE GVYVPPRRQQ LCLYELFPII IKNEEGMEKA KEELLETLQI VAEREAYYLW KQYNPTGKGI DDANKKACC AIRGSFYDLE DIIKGNDLVH DEYTKYIDSK LNEIFGSSNT NDIDTKRART DWWENETITN GTDRKTIRQL V WDAMQSGV RYAVEEKNEN FPLCMGVEHI GIAKPQFIRW LEEWTNEFCE KYTKYFEDMK SKCDPPKRAD TCGDNSNIEC KK ACANYTN WLNPKRIEWN GMSNYYNKIY RKSNKESEDG KDYSMIMAPT VIDYLNKRCH GEINGNYICC SCKNIGAYNT TSG TVNKKL QKKETECEEE KGPLDLMNEV LNKMDKKYSA HKMKCTEVYL EHVEEQLNEI DNAIKDYKLY PLDRCFDDQT KMKV CDLIA DAIGCKDKTK LDELDEWNDM DLRGTYNKHK GVLIP

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッド材質: COPPER
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 50000
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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