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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-14244 | ||||||||||||
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タイトル | elongated Cascade complex from type I-A CRISPR-Cas system | ||||||||||||
マップデータ | pao-elongate | ||||||||||||
試料 |
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キーワード | elongated Cascade complex / cascade / type I-A / genome editing / ANTIVIRAL PROTEIN | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Pyrococcus furiosus DSM 3638 (古細菌) / Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Hu C / Ni D | ||||||||||||
資金援助 | 米国, スイス, 3件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural snapshots for an atypic type I CRISPR-Cas system 著者: Ni D / Hu C / Nam KH / Terns M / Stahlberg H / Ke A | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_14244.map.gz | 97.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-14244-v30.xml emd-14244.xml | 17 KB 17 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_14244_fsc.xml | 11.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_14244.png | 120.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-14244 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-14244 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_14244_validation.pdf.gz | 594.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_14244_full_validation.pdf.gz | 594.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_14244_validation.xml.gz | 12.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_14244_validation.cif.gz | 17.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-14244 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-14244 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7r21MC 7r2kC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_14244.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | pao-elongate | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.3667 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : elongated Cascade complex from Pyrococcus furiosus type I-A CRISP...
全体 | 名称: elongated Cascade complex from Pyrococcus furiosus type I-A CRISPR/Cas system |
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要素 |
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-超分子 #1: elongated Cascade complex from Pyrococcus furiosus type I-A CRISP...
超分子 | 名称: elongated Cascade complex from Pyrococcus furiosus type I-A CRISPR/Cas system タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Cascade alone |
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分子量 | 理論値: 550 KDa |
-超分子 #2: Cas11a, Cas7a and Type I-A CRISPR-associated protein Cas5
超分子 | 名称: Cas11a, Cas7a and Type I-A CRISPR-associated protein Cas5 タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Pyrococcus furiosus DSM 3638 (古細菌) |
-超分子 #3: CrRNA (62-MER)
超分子 | 名称: CrRNA (62-MER) / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4 |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #1: Cas11a
分子 | 名称: Cas11a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Pyrococcus furiosus DSM 3638 (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 |
分子量 | 理論値: 12.208933 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: GGWIRNIGRY LSYLVDDTFE EYAYDVVDGI AKARTQEELL EGVYKALRLA PKLKKKAESK GCPPPRIPSP EDIEALEEKV EQLSNPKDL RKLAVSLALW AFASWNNCP UniProtKB: Uncharacterized protein |
-分子 #2: Cas7a
分子 | 名称: Cas7a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Pyrococcus furiosus DSM 3638 (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 |
分子量 | 理論値: 36.989148 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MYVRISGRIR LNAHSLNAQG GGGTNYIEIT KTKVTVRTEN GWTVVEVPAI TGNMLKHWHF VGFVDYFKTT PYGVNLTERA LRYNGTRFG QGETTATKAN GATVQLNDEA TIIKELADAD VHGFLAPKTG RRRVSLVKAS FILPTEDFIK EVEGERLITA I KHNRVDVD ...文字列: MYVRISGRIR LNAHSLNAQG GGGTNYIEIT KTKVTVRTEN GWTVVEVPAI TGNMLKHWHF VGFVDYFKTT PYGVNLTERA LRYNGTRFG QGETTATKAN GATVQLNDEA TIIKELADAD VHGFLAPKTG RRRVSLVKAS FILPTEDFIK EVEGERLITA I KHNRVDVD EKGAIGSSKE GTAQMLFSRE YATGLYGFSI VLDLGLVGIP QGLPVKFEEN QPRPNIVIDP NERKARIESA LK ALIPMLS GYIGANLARS FPVFKVEELV AIASEGPIPA LVHGFYEDYI EANRSIIKNA RALGFNIEVF TYNVDLGEDI EAT KVSSVE ELVANLVKMV UniProtKB: Type I-A CRISPR-associated protein Cas7/Csa2 |
-分子 #3: Type I-A CRISPR-associated protein Cas5
分子 | 名称: Type I-A CRISPR-associated protein Cas5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Pyrococcus furiosus DSM 3638 (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 |
分子量 | 理論値: 29.147219 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MDILLVCLRF PFFSVAKRSY QVRTSFLLPP PSALKGALAK GLILLKPEKY ASSSLDEAAL KAIKEIESKL VDIKAVSVAP LSPLIRNAF LLKRLRNLES GSNAEKSDAM RREYTFTREL LVAYIFKNLT QEEKNLYLKA AMLIDVIGDT ESLATPVWAS F VKPEDKKA ...文字列: MDILLVCLRF PFFSVAKRSY QVRTSFLLPP PSALKGALAK GLILLKPEKY ASSSLDEAAL KAIKEIESKL VDIKAVSVAP LSPLIRNAF LLKRLRNLES GSNAEKSDAM RREYTFTREL LVAYIFKNLT QEEKNLYLKA AMLIDVIGDT ESLATPVWAS F VKPEDKKA PLAFSAPYTE IYSLLSSKIQ AKGKIRMYIE KMRVSPEYSK TKGPQEEIFY LPIEERRYKR IVYYARIYPP EV EKALTVD GEVLGIWIP UniProtKB: Type I-A CRISPR-associated protein Cas5 |
-分子 #4: CrRNA (62-MER)
分子 | 名称: CrRNA (62-MER) / タイプ: rna / ID: 4 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 19.97984 KDa |
配列 | 文字列: AUUGAAAGUU GUAGUAUGCG GUCCUUGCGG CUGAGAGCAC UUCAGGAGUU GCCCGCGCCA GC |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.8 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 / 構成要素 - 濃度: 150.0 mM / 構成要素 - 式: NaCl / 構成要素 - 名称: sodium chloride |
グリッド | モデル: Quantifoil / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 4s force 0. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 実像数: 8500 / 平均電子線量: 70.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.8 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | PDB-7r21: |