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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-14145 | |||||||||
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タイトル | Structure of Native, iodinated bovine thyroglobulin solved on strepavidin affinity grids. | |||||||||
マップデータ | Main map. This is a composit map build from a C2 map and two C1 map corresponding to both asymmetric units. | |||||||||
試料 |
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キーワード | Thyroglobulin / thyroid hormone / iodine / precursor / HORMONE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hormone biosynthetic process / thyroid hormone generation / hormone activity / histone binding / extracellular space 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Marechal N / Weitz JC / Serrano BP / Zhang X | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Formation of thyroid hormone revealed by a cryo-EM structure of native bovine thyroglobulin. 著者: Nils Marechal / Banyuhay P Serrano / Xinyan Zhang / Charles J Weitz / 要旨: Thyroid hormones are essential regulators of metabolism, development, and growth. They are formed from pairs of iodinated tyrosine residues within the precursor thyroglobulin (TG), a 660-kDa ...Thyroid hormones are essential regulators of metabolism, development, and growth. They are formed from pairs of iodinated tyrosine residues within the precursor thyroglobulin (TG), a 660-kDa homodimer of the thyroid gland, by an oxidative coupling reaction. Tyrosine pairs that give rise to thyroid hormones have been assigned within the structure of human TG, but the process of hormone formation is poorly understood. Here we report a ~3.3-Å cryo-EM structure of native bovine TG with nascent thyroid hormone formed at one of the predicted hormonogenic sites. Local structural rearrangements provide insight into mechanisms underlying thyroid hormone formation and stabilization. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_14145.map.gz | 423.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-14145-v30.xml emd-14145.xml | 18.3 KB 18.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_14145_fsc.xml emd_14145_fsc_2.xml emd_14145_fsc_3.xml | 23.4 KB 23.3 KB 23.4 KB | 表示 表示 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_14145.png | 69.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-14145.cif.gz | 7.7 KB | ||
その他 | emd_14145_additional_1.map.gz | 19.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-14145 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-14145 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_14145_validation.pdf.gz | 501.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_14145_full_validation.pdf.gz | 501.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_14145_validation.xml.gz | 16.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_14145_validation.cif.gz | 23 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-14145 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-14145 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7qtqMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_14145.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Main map. This is a composit map build from a C2 map and two C1 map corresponding to both asymmetric units. | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.825 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: Density modified map for the single asymmetric unit processing
ファイル | emd_14145_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Density modified map for the single asymmetric unit processing | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Native bovine thyroglobulin from thyroid gland, containing T3/T4 ...
全体 | 名称: Native bovine thyroglobulin from thyroid gland, containing T3/T4 hormone precursors in two homonogenic sites. |
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要素 |
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-超分子 #1: Native bovine thyroglobulin from thyroid gland, containing T3/T4 ...
超分子 | 名称: Native bovine thyroglobulin from thyroid gland, containing T3/T4 hormone precursors in two homonogenic sites. タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Bos taurus (ウシ) / 器官: thyroid gland |
分子量 | 理論値: 670 KDa |
-分子 #1: Thyroglobulin
分子 | 名称: Thyroglobulin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Bos taurus (ウシ) / 器官: thyroid gland |
分子量 | 理論値: 304.042562 KDa |
配列 | 文字列: MALALWVFGL LDLICLASAN IFEYQVDAQP LRPCELQRER AFLKREDYVP QCAEDGSFQT VQCGKDGASC WCVDADGREV PGSRQPGRP AACLSFCQLQ KQQILLSSYI NSTATSYLPQ CQDSGDYSPV QCDLRRRQCW CVDAEGMEVY GTRQQGRPAR C PRSCEIRN ...文字列: MALALWVFGL LDLICLASAN IFEYQVDAQP LRPCELQRER AFLKREDYVP QCAEDGSFQT VQCGKDGASC WCVDADGREV PGSRQPGRP AACLSFCQLQ KQQILLSSYI NSTATSYLPQ CQDSGDYSPV QCDLRRRQCW CVDAEGMEVY GTRQQGRPAR C PRSCEIRN RRLLHGVGDR SPPQCSPDGA FRPVQCKFVN TTDMMIFDLV HSYSRFPDAF VTFSSFRSRF PEVSGYCYCA DS QGRELAE TGLELLLDEI YDTIFAGLDL ASTFAETTLY RILQRRFLAV QLVISGRFRC PTKCEVERFA ATSFRHPYVP SCH PDGEYQ AAQCQQGGPC WCVDSRGQEI PGTRQRGEPP SCAEDQSCPS ERRRAFSRLR FGPSGYFSRR SLLLAPEEGP VSQR FARFT ASCPPSIKEL FLDSGIFQPM LQGRDTRFVA PESLKEAIRG LFPSRELARL ALQFTTNAKR LQQNLFGGRF LVKVG QFNL SGALGTRGTF NFSHFFQQLG LPGFQDGRAL ADLAKPLSVG LNSNPASEAP KASKIDVALR KPVVGSFGFE VNLQEN QNA LQFLSSFLEL PEFLLFLQHA ISVPEDIARD LGDVMEMVFS SQGCGQAPGS LFVPACTAEG SYEEVQCFAG DCWCVDA QG RELAGSRVRG GRPRCPTECE KQRARMQSLL GSQPAGSSLF VPACTSKGNF LPVQCFNSEC YCVDTEGQPI PGTRSALG E PKKCPSPCQL QAERAFLGTV RTLVSNPSTL PALSSIYIPQ CSASGQWSPV QCDGPPEQAF EWYERWEAQN SAGQALTPA ELLMKIMSYR EAASRNFRLF IQNLYEAGQQ GIFPGLARYS SFQDVPVSVL EGNQTQPGGN VFLEPYLFWQ ILNGQLDRYP GPYSDFSAP LAHFDLRSCW CVDEAGQKLE GTRNEPNKVP ACPGSCEEVK LRVLQFIREA EEIVTYSNSS RFPLGESFLA A KGIRLTDE ELAFPPLSPS RETFLEKFLS GSDYAIRLAA QSTFDFYQRR LVTLAESPRA PSPVWSSAYL PQCDAFGGWE PV QCHAATG HCWCVDGKGE YVPTSLTARS RQIPQCPTSC ERLRASGLLS SWKQAGVQAE PSPKDLFIPT CLETGEFARL QAS EAGTWC VDPASGEGVP PGTNSSAQCP SLCEVLQSGV PSRRTSPGYS PACRAEDGGF SPVQCDPAQG SCWCVLGSGE EVPG TRVAG SQPACESPQC PLPFSVADVA GGAILCERAS GLGAAAGQRC QLRCSQGYRS AFPPEPLLCS VQRRRWESRP PQPRA CQRP QFWQTLQTQA QFQLLLPLGK VCSADYSGLL LAFQVFLLDE LTARGFCQIQ VKTAGTPVSI PVCDDSSVKV ECLSRE RLG VNITWKLQLV DAPPASLPDL QDVEEALAGK YLAGRFADLI QSGTFQLHLD SKTFSADTSI RFLQGDRFGT SPRTQFG CL EGFGRVVAAS DASQDALGCV KCPEGSYFQD EQCIPCPAGF YQEQAGSLAC VPCPEGRTTV YAGAFSQTHC VTDCQKNE V GLQCDQDSQY RASQRDRTSG KAFCVDGEGR RLPWTEAEAP LVDAQCLVMR KFEKLPESKV IFSADVAVMV RSEVPGSES SLMQCLADCA LDEACGFLTV STAGSEVSCD FYAWASDSIA CTTSGRSEDA LGTSQATSFG SLQCQVKVRS REGDPLAVYL KKGQEFTIT GQKRFEQTGF QSALSGMYSP VTFSASGASL AEVHLFCLLA CDHDSCCDGF ILVQVQGGPL LCGLLSSPDV L LCHVRDWR DPAEAQANAS CPGVTYDQDS RQVTLRLGGQ EIRGLTPLEG TQDTLTSFQQ VYLWKDSDMG SRSESMGCRR DT EPRPASP SETDLTTGLF SPVDLIQVIV DGNVSLPSQQ HWLFKHLFSL QQANLWCLSR CAGEPSFCQL AEVTDSEPLY FTC TLYPEA QVCDDILESS PKGCRLILPR RPSALYRKKV VLQDRVKNFY NRLPFQKLTG ISIRNKVPMS DKSISSGFFE CERL CDMDP CCTGFGFLNV SQLKGGEVTC LTLNSLGLQT CSEEYGGVWR ILDCGSPDTE VRTYPFGWYQ KPVSPSDAPS FCPSV ALPA LTENVALDSW QSLALSSVIV DPSIRNFDVA HISTAAVGNF SAARDRCLWE CSRHQDCLVT TLQTQPGAVR CMFYAD TQS CTHSLQAQNC RLLLHEEATY IYRKPNIPLP GFGTSSPSVP IATHGQLLGR SQAIQVGTSW KPVDQFLGVP YAAPPLG EK RFRAPEHLNW TGSWEATKPR ARCWQPGIRT PTPPGVSEDC LYLNVFVPQN MAPNASVLVF FHNAAEGKGS GDRPAVDG S FLAAVGNLIV VTASYRTGIF GFLSSGSSEL SGNWGLLDQV VALTWVQTHI QAFGGDPRRV TLAADRGGAD IASIHLVTT RAANSRLFRR AVLMGGSALS PAAVIRPERA RQQAAALAKE VGCPSSSVQE MVSCLRQEPA RILNDAQTKL LAVSGPFHYW GPVVDGQYL RETPARVLQR APRVKVDLLI GSSQDDGLIN RAKAVKQFEE SQGRTSSKTA F(DHA)QALQNSLG GEAADAG VQ AAATWYYSLE HDSDD(T44)ASFS RALEQATRDY FIICPVIDMA SHWARTVRGN VFMYHAPESY SHSSLELLTD VLYA FGLPF YPAYEGQFTL EEKSLSLKIM QYFSNFIRSG NPNYPHEFSR RAPEFAAPWP DFVPRDGAES YKELSVLLPN RQGLK KADC SFWSKYIQSL KASADETKDG PSADSEEEDQ PAGSGLTEDL LGLPELASKT YSK UniProtKB: Thyroglobulin |
-分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 12 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
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グリッド | モデル: C-flat-2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 4 詳細: Streaptavidin 2D crystal supported by a biotinylated monolayer, stabilized by thin carbon evaporation on lipid tails | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 4 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 34597 / 平均電子線量: 54.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | PDB-7qtq: |