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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-14050 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of ABC transporter STE6-2p from Pichia pastoris in apo conformation at 3.1 A resolution | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | ABC transporter / ABCB / MDR / membrane protein / Pichia pastoris / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Komagataella phaffii CBS 7435 (菌類) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Schleker ESM / Reinhart C | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022 タイトル: Structural and functional investigation of ABC transporter STE6-2p from reveals unexpected interaction with sterol molecules. 著者: E Sabine M Schleker / Sabine Buschmann / Hao Xie / Sonja Welsch / Hartmut Michel / Christoph Reinhart / 要旨: Adenosine triphosphate (ATP)-binding cassette (ABC) transporters are multidomain transmembrane proteins, which facilitate the transport of various substances across cell membranes using energy ...Adenosine triphosphate (ATP)-binding cassette (ABC) transporters are multidomain transmembrane proteins, which facilitate the transport of various substances across cell membranes using energy derived from ATP hydrolysis. They are important drug targets since they mediate decreased drug susceptibility during pharmacological treatments. For the methylotrophic yeast , a model organism that is a widely used host for protein expression, the role and function of its ABC transporters is unexplored. In this work, we investigated the ABC-B transporter STE6-2p. Functional investigations revealed that STE6-2p is capable of transporting rhodamines in vivo and is active in the presence of verapamil and triazoles in vitro. A phylogenetic analysis displays homology among multidrug resistance (MDR) transporters from pathogenic fungi to human ABC-B transporters. Further, we present high-resolution single-particle electron cryomicroscopy structures of an ABC transporter from in the apo conformation (3.1 Å) and in complex with verapamil and adenylyl imidodiphosphate (AMP-PNP) (3.2 Å). An unknown density between transmembrane helices 4, 5, and 6 in both structures suggests the presence of a sterol-binding site of unknown function. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_14050.map.gz | 57.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-14050-v30.xml emd-14050.xml | 15.3 KB 15.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_14050_fsc.xml | 11.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_14050.png | 101.1 KB | ||
マスクデータ | emd_14050_msk_1.map | 91.1 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-14050.cif.gz | 6.3 KB | ||
その他 | emd_14050_half_map_1.map.gz emd_14050_half_map_2.map.gz | 79 MB 79 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-14050 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-14050 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_14050_validation.pdf.gz | 829.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_14050_full_validation.pdf.gz | 829.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_14050_validation.xml.gz | 17.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_14050_validation.cif.gz | 23.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-14050 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-14050 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7qksMC 7qkrC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_14050.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.837 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_14050_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_14050_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_14050_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : STE6-2p
全体 | 名称: STE6-2p |
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要素 |
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-超分子 #1: STE6-2p
超分子 | 名称: STE6-2p / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Komagataella phaffii CBS 7435 (菌類) / 株: X33 |
-分子 #1: Plasma membrane ATP-binding cassette transporter required for the...
分子 | 名称: Plasma membrane ATP-binding cassette transporter required for the export of a-factor タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Komagataella phaffii CBS 7435 (菌類) 株: ATCC 76273 / CBS 7435 / CECT 11047 / NRRL Y-11430 / Wegner 21-1 |
分子量 | 理論値: 144.974266 KDa |
組換発現 | 生物種: Komagataella phaffii CBS 7435 (菌類) |
配列 | 文字列: MVKNYDYKDD DDKGLSFFKR KKYSDKESLS SPETLEEKPN DELDPRVTEI LERQIKADSY GASLVDLYGM LQGWEYCLAV AAYICSIVA GAALPLMTLI FGDMAQQFTD YSSGLHSNNQ FVDKIDENAL YFVYLGVGLL VFNYFATLLH IVVSEIIASR V REKFIWSI ...文字列: MVKNYDYKDD DDKGLSFFKR KKYSDKESLS SPETLEEKPN DELDPRVTEI LERQIKADSY GASLVDLYGM LQGWEYCLAV AAYICSIVA GAALPLMTLI FGDMAQQFTD YSSGLHSNNQ FVDKIDENAL YFVYLGVGLL VFNYFATLLH IVVSEIIASR V REKFIWSI LHQNMAYLDS LGSGEITSSI TSDSQLIQQG VSEKIGLAAQ SIATVVSALT VAFVIYWKLA LVLLSVMVAL IL SSTPTIL MLMQAYTDSI ASYGKASSVA EEAFAAIKTA TAFGAHEFQL QKYDEFILES KGYGKKKAIS LALMMGSIWF IVF ATYALA FWQGSRFMVS DNSGIGKILT ACMAMLFGSL IIGNATISLK FVMVGLSAAS KLFAMINREP YFDSASDAGE KINE FDGSI SFRNVTTRYP SRPDITVLSD FTLDIKPGQT IALVGESGSG KSTVIALLER FYEYLDGEIL LDGVDLKSLN IKWVR QQMA LVQQEPVLFA ASIYENVCYG LVGSKYENVT EKVKRELVEK ACKDANAWEF ISQMSNGLDT EVGERGLSLS GGQKQR IAI ARAVISEPKI LLLDEATSAL DTRSEGIVQD ALNRLSETRT TIVIAHRLST IQNADLIVVL SKGKIVETGS HKELLKK KG KYHQLVQIQN IRTKINNSGP QAPISLSNSS DLDSVSHKID RVESLIYERA AADTIDESPV KKQSIPQLFL MLLQINKG D YYLLIPCLFL ALIAGMGFPS FALLAGRVIE AFQVTGPQDF PHMRSLINKY TGFLFMIGCV LLIVYLFLTS FMVLSSESL VYKMRYRCFK QYLRQDMSFF DRPENKVGTL VTTLAKDPQD IEGLSGGTAA QLAVSVVIVV AGIILAVAVN WRLGLVCTAT VPILLGCGF FSVYLLMVFE ERILKDYQES ASYACEQVSA LKTVVSLTRE VGIYEKYSNS IKDQVKRSAR SVSRTTLLYA L IQGMNPWV FALGFWYGSR LLLEGRATNR EFFTVLMAIL FGCQSAGEFF SYAPGMGKAK QAAINIRQVL DTRPKSIDIE SE DGLKIDR LNLKGGIELR DVTFRYPTRP EVPVLTDLNL IIKPGQYVGL VGASGCGKST TVGLIERFYD PESGQVLLDG VDI RDLHLR TYREVLALVQ QEPVLFSGSI RDNIMVGSIS DGADDGSEED MIKACKDANI YDFISSLPEG FDTLCGNKGT MLSG GQKQR VAIARALIRN PRVLLLDEAT SALDSESEMV VQDAIDKASK GRTTITIAHR LSTVQNCDVI YVFDAGRIVE SGKHD ELLQ LRGKYYDLVQ LQGLNAHHHH HHHHHH UniProtKB: Plasma membrane ATP-binding cassette transporter required for the export of a-factor |
-分子 #2: (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]sp...
分子 | 名称: (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: 9Z9 |
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分子量 | 理論値: 544.805 Da |
Chemical component information | ChemComp-9Z9: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD 最大 デフォーカス(公称値): 0.0021000000000000003 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.0011 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |