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- EMDB-14049: Cryo-EM structure of ABC transporter STE6-2p from Pichia pastoris... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14049
タイトルCryo-EM structure of ABC transporter STE6-2p from Pichia pastoris with Verapamil at 3.2 A resolution
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: STE6-2p
    • タンパク質・ペプチド: Plasma membrane ATP-binding cassette transporter required for the export of a-factor
  • リガンド: Dexverapamil
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en
機能・相同性
機能・相同性情報


ABC-type transporter activity / membrane => GO:0016020 / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. ...Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Plasma membrane ATP-binding cassette transporter required for the export of a-factor
類似検索 - 構成要素
生物種Komagataella phaffii CBS 7435 (菌類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Schleker ESM / Reinhart C
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022
タイトル: Structural and functional investigation of ABC transporter STE6-2p from reveals unexpected interaction with sterol molecules.
著者: E Sabine M Schleker / Sabine Buschmann / Hao Xie / Sonja Welsch / Hartmut Michel / Christoph Reinhart /
要旨: Adenosine triphosphate (ATP)-binding cassette (ABC) transporters are multidomain transmembrane proteins, which facilitate the transport of various substances across cell membranes using energy ...Adenosine triphosphate (ATP)-binding cassette (ABC) transporters are multidomain transmembrane proteins, which facilitate the transport of various substances across cell membranes using energy derived from ATP hydrolysis. They are important drug targets since they mediate decreased drug susceptibility during pharmacological treatments. For the methylotrophic yeast , a model organism that is a widely used host for protein expression, the role and function of its ABC transporters is unexplored. In this work, we investigated the ABC-B transporter STE6-2p. Functional investigations revealed that STE6-2p is capable of transporting rhodamines in vivo and is active in the presence of verapamil and triazoles in vitro. A phylogenetic analysis displays homology among multidrug resistance (MDR) transporters from pathogenic fungi to human ABC-B transporters. Further, we present high-resolution single-particle electron cryomicroscopy structures of an ABC transporter from in the apo conformation (3.1 Å) and in complex with verapamil and adenylyl imidodiphosphate (AMP-PNP) (3.2 Å). An unknown density between transmembrane helices 4, 5, and 6 in both structures suggests the presence of a sterol-binding site of unknown function.
履歴
登録2021年12月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年10月26日-
マップ公開2022年10月26日-
更新2022年10月26日-
現状2022年10月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14049.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14049.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 288 pix.
= 241.056 Å		0.84 Å/pix.
x 288 pix.
= 241.056 Å		0.84 Å/pix.
x 288 pix.
= 241.056 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.837 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.038
最小 - 最大-0.1428205 - 0.25909212
平均 (標準偏差)-6.024598e-05 (±0.005785085)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 241.056 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_14049_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_14049_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_14049_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : STE6-2p

全体名称: STE6-2p
要素
  • 細胞器官・細胞要素: STE6-2p
    • タンパク質・ペプチド: Plasma membrane ATP-binding cassette transporter required for the export of a-factor
  • リガンド: Dexverapamil
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en

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超分子 #1: STE6-2p

超分子名称: STE6-2p / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii CBS 7435 (菌類) / 株: X-33
組換発現生物種: Komagataella phaffii CBS 7435 (菌類) / 組換株: X-33

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分子 #1: Plasma membrane ATP-binding cassette transporter required for the...

分子名称: Plasma membrane ATP-binding cassette transporter required for the export of a-factor
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii CBS 7435 (菌類)
株: ATCC 76273 / CBS 7435 / CECT 11047 / NRRL Y-11430 / Wegner 21-1
分子量理論値: 144.974266 KDa
組換発現生物種: Komagataella phaffii CBS 7435 (菌類)
配列文字列: MVKNYDYKDD DDKGLSFFKR KKYSDKESLS SPETLEEKPN DELDPRVTEI LERQIKADSY GASLVDLYGM LQGWEYCLAV AAYICSIVA GAALPLMTLI FGDMAQQFTD YSSGLHSNNQ FVDKIDENAL YFVYLGVGLL VFNYFATLLH IVVSEIIASR V REKFIWSI ...文字列:
MVKNYDYKDD DDKGLSFFKR KKYSDKESLS SPETLEEKPN DELDPRVTEI LERQIKADSY GASLVDLYGM LQGWEYCLAV AAYICSIVA GAALPLMTLI FGDMAQQFTD YSSGLHSNNQ FVDKIDENAL YFVYLGVGLL VFNYFATLLH IVVSEIIASR V REKFIWSI LHQNMAYLDS LGSGEITSSI TSDSQLIQQG VSEKIGLAAQ SIATVVSALT VAFVIYWKLA LVLLSVMVAL IL SSTPTIL MLMQAYTDSI ASYGKASSVA EEAFAAIKTA TAFGAHEFQL QKYDEFILES KGYGKKKAIS LALMMGSIWF IVF ATYALA FWQGSRFMVS DNSGIGKILT ACMAMLFGSL IIGNATISLK FVMVGLSAAS KLFAMINREP YFDSASDAGE KINE FDGSI SFRNVTTRYP SRPDITVLSD FTLDIKPGQT IALVGESGSG KSTVIALLER FYEYLDGEIL LDGVDLKSLN IKWVR QQMA LVQQEPVLFA ASIYENVCYG LVGSKYENVT EKVKRELVEK ACKDANAWEF ISQMSNGLDT EVGERGLSLS GGQKQR IAI ARAVISEPKI LLLDEATSAL DTRSEGIVQD ALNRLSETRT TIVIAHRLST IQNADLIVVL SKGKIVETGS HKELLKK KG KYHQLVQIQN IRTKINNSGP QAPISLSNSS DLDSVSHKID RVESLIYERA AADTIDESPV KKQSIPQLFL MLLQINKG D YYLLIPCLFL ALIAGMGFPS FALLAGRVIE AFQVTGPQDF PHMRSLINKY TGFLFMIGCV LLIVYLFLTS FMVLSSESL VYKMRYRCFK QYLRQDMSFF DRPENKVGTL VTTLAKDPQD IEGLSGGTAA QLAVSVVIVV AGIILAVAVN WRLGLVCTAT VPILLGCGF FSVYLLMVFE ERILKDYQES ASYACEQVSA LKTVVSLTRE VGIYEKYSNS IKDQVKRSAR SVSRTTLLYA L IQGMNPWV FALGFWYGSR LLLEGRATNR EFFTVLMAIL FGCQSAGEFF SYAPGMGKAK QAAINIRQVL DTRPKSIDIE SE DGLKIDR LNLKGGIELR DVTFRYPTRP EVPVLTDLNL IIKPGQYVGL VGASGCGKST TVGLIERFYD PESGQVLLDG VDI RDLHLR TYREVLALVQ QEPVLFSGSI RDNIMVGSIS DGADDGSEED MIKACKDANI YDFISSLPEG FDTLCGNKGT MLSG GQKQR VAIARALIRN PRVLLLDEAT SALDSESEMV VQDAIDKASK GRTTITIAHR LSTVQNCDVI YVFDAGRIVE SGKHD ELLQ LRGKYYDLVQ LQGLNAHHHH HHHHHH

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分子 #2: Dexverapamil

分子名称: Dexverapamil / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: I6H
分子量理論値: 454.602 Da
Chemical component information

ChemComp-I6H:
Dexverapamil / (+)-ベラパミル / 薬剤, チャネルブロッカー*YM / ベラパミル

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分子 #3: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: ANP
分子量理論値: 506.196 Da
Chemical component information

ChemComp-ANP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP / AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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分子 #4: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #5: (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]sp...

分子名称: (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en
タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: 9Z9
分子量理論値: 544.805 Da
Chemical component information

ChemComp-9Z9:
(3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en / 可溶化剤*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.5 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
最大 デフォーカス（公称値）: 0.0021000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.0011 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 128231
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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