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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-13897 | |||||||||
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タイトル | Structure of the MUCIN-2 Cterminal domains: vWCN to TIL domains with a C2 symmetry | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Mucus / extracellular / net assemble / STRUCTURAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 inner mucus layer / outer mucus layer / host-mediated regulation of intestinal microbiota composition / Defective GALNT3 causes HFTC / Defective C1GALT1C1 causes TNPS / Defective GALNT12 causes CRCS1 / Termination of O-glycan biosynthesis / O-linked glycosylation of mucins / maintenance of gastrointestinal epithelium / mucus secretion ...inner mucus layer / outer mucus layer / host-mediated regulation of intestinal microbiota composition / Defective GALNT3 causes HFTC / Defective C1GALT1C1 causes TNPS / Defective GALNT12 causes CRCS1 / Termination of O-glycan biosynthesis / O-linked glycosylation of mucins / maintenance of gastrointestinal epithelium / mucus secretion / detoxification of copper ion / cupric ion binding / Dectin-2 family / cuprous ion binding / extracellular matrix / Golgi lumen / collagen-containing extracellular matrix / extracellular space / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Gallego P / Hansson GC | |||||||||
資金援助 | スウェーデン, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: The intestinal MUC2 mucin C-terminus is stabilized by an extra disulfide bond in comparison to von Willebrand factor and other gel-forming mucins. 著者: Pablo Gallego / Maria-Jose Garcia-Bonete / Sergio Trillo-Muyo / Christian V Recktenwald / Malin E V Johansson / Gunnar C Hansson / 要旨: The MUC2 mucin polymer is the main building unit of the intestinal mucus layers separating intestinal microbiota from the host epithelium. The MUC2 mucin is a large glycoprotein with a C-terminal ...The MUC2 mucin polymer is the main building unit of the intestinal mucus layers separating intestinal microbiota from the host epithelium. The MUC2 mucin is a large glycoprotein with a C-terminal domain similar to the MUC5AC and MUC5B mucins and the von Willebrand factor (VWF). A structural model of the C-terminal part of MUC2, MUC2-C, was generated by combining Cryo-electron microscopy, AlphaFold prediction, information of its glycosylation, and small angle X-ray scattering information. The globular VWD4 assembly in the N-terminal of MUC2-C is followed by 3.5 linear VWC domains that form an extended flexible structure before the C-terminal cystine-knot. All gel-forming mucins and VWF form tail-tail disulfide-bonded dimers in their C-terminal cystine-knot domain, but interestingly the MUC2 mucin has an extra stabilizing disulfide bond on the N-terminal side of the VWD4 domain, likely essential for a stable intestinal mucus barrier. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_13897.map.gz | 152.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-13897-v30.xml emd-13897.xml | 11.9 KB 11.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_13897.png | 40.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-13897.cif.gz | 5.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13897 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13897 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_13897_validation.pdf.gz | 425.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_13897_full_validation.pdf.gz | 425.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_13897_validation.xml.gz | 7.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_13897_validation.cif.gz | 8.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13897 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13897 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_13897.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 307.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.86 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Muc2 dimer, Mucus assemble
全体 | 名称: Muc2 dimer, Mucus assemble |
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要素 |
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-超分子 #1: Muc2 dimer, Mucus assemble
超分子 | 名称: Muc2 dimer, Mucus assemble / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Mucin-2
分子 | 名称: Mucin-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 45.157816 KDa |
組換発現 | 生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
配列 | 文字列: PPECPDTWWL CDCFMATCKY NNTVEIVKVE CEPPPMPTCS NGLQPVRVED PDGCCWHWEC DCYCTGWGDP HYVTFDGLYY SYQGNCTYV LVEEISPSVD NFGVYIDNYH CDPNDKVSCP RTLIVRHETQ EVLIKTVHMM PMQVQVQAVA LPYKKYGLEV Y QSGINYVV ...文字列: PPECPDTWWL CDCFMATCKY NNTVEIVKVE CEPPPMPTCS NGLQPVRVED PDGCCWHWEC DCYCTGWGDP HYVTFDGLYY SYQGNCTYV LVEEISPSVD NFGVYIDNYH CDPNDKVSCP RTLIVRHETQ EVLIKTVHMM PMQVQVQAVA LPYKKYGLEV Y QSGINYVV DIPELGVLVS YNGLSFSVRL PYHRFGNNTK GQCGTCTNTT SDDCILPSGE IVSNCEAAAD QWLVNDPSKP HC PDCTPSP LCQLIKDSLF AQCHALVPPQ HYYDACVFDS CFMPGSSLEC ASLQAYAALC AQQNICLDWR NHTHGACLVE CPS HREYQA CGPAEEPTCK SSSSQQNNTV LVEGCFCPEG TMNYAPGFDV CVKTCGCVGP DNVPREFGEH FEFDCKNCVC LEGG SGIIC QP UniProtKB: Mucin-2 |
-分子 #3: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: CA |
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分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 6 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 79.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3) / 使用した粒子像数: 414056 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3) |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
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得られたモデル | PDB-7qcn: |