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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-13790 | |||||||||
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タイトル | Structure of the mouse CPLANE-RSG1 complex | |||||||||
マップデータ | Full Map | |||||||||
試料 |
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キーワード | ciliogenesis / ciliopathies / longin / lipid binding / PROTEIN TRANSPORT | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 axonemal basal plate / respiratory system development / tongue morphogenesis / auditory receptor cell morphogenesis / regulation of embryonic cell shape / regulation of vesicle fusion / septin cytoskeleton organization / digestive system development / regulation of ruffle assembly / protein localization => GO:0008104 ...axonemal basal plate / respiratory system development / tongue morphogenesis / auditory receptor cell morphogenesis / regulation of embryonic cell shape / regulation of vesicle fusion / septin cytoskeleton organization / digestive system development / regulation of ruffle assembly / protein localization => GO:0008104 / regulation of fibroblast migration / podocyte cell migration / establishment of planar polarity / spinal cord dorsal/ventral patterning / motile cilium assembly / cilium organization / Hedgehog 'off' state / circulatory system development / negative regulation of cell division / regulation of exocytosis / positive regulation of cilium assembly / non-motile cilium assembly / regulation of smoothened signaling pathway / camera-type eye development / positive regulation of smoothened signaling pathway / motile cilium / limb development / neural tube development / regulation of establishment of cell polarity / regulation of focal adhesion assembly / embryonic digit morphogenesis / hair follicle morphogenesis / smoothened signaling pathway / roof of mouth development / exocytosis / axoneme / cilium assembly / regulation of ossification / negative regulation of keratinocyte proliferation / embryonic organ development / keratinocyte differentiation / vesicle-mediated transport / ciliary basal body / negative regulation of cell migration / kidney development / neural tube closure / establishment of protein localization / cilium / protein transport / regulation of protein localization / nervous system development / cytoskeleton / GTPase activity / GTP binding / cell surface / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.35 Å | |||||||||
データ登録者 | Langousis G / Cavadini S | |||||||||
資金援助 | 2件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022 タイトル: Structure of the ciliogenesis-associated CPLANE complex. 著者: Gerasimos Langousis / Simone Cavadini / Niels Boegholm / Esben Lorentzen / Georg Kempf / Patrick Matthias / 要旨: Dysfunctional cilia cause pleiotropic human diseases termed ciliopathies. These hereditary maladies are often caused by defects in cilia assembly, a complex event that is regulated by the ...Dysfunctional cilia cause pleiotropic human diseases termed ciliopathies. These hereditary maladies are often caused by defects in cilia assembly, a complex event that is regulated by the ciliogenesis and planar polarity effector (CPLANE) proteins Wdpcp, Inturned, and Fuzzy. CPLANE proteins are essential for building the cilium and are mutated in multiple ciliopathies, yet their structure and molecular functions remain elusive. Here, we show that mammalian CPLANE proteins comprise a bona fide complex and report the near-atomic resolution structures of the human Wdpcp-Inturned-Fuzzy complex and of the mouse Wdpcp-Inturned-Fuzzy complex bound to the small guanosine triphosphatase Rsg1. Notably, the crescent-shaped CPLANE complex binds phospholipids such as phosphatidylinositol 3-phosphate via multiple modules and a CPLANE ciliopathy mutant exhibits aberrant lipid binding. Our study provides critical structural and functional insights into an enigmatic ciliogenesis-associated complex as well as unexpected molecular rationales for ciliopathies. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_13790.map.gz | 50 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-13790-v30.xml emd-13790.xml | 20.7 KB 20.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_13790.png | 90.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-13790.cif.gz | 6.9 KB | ||
その他 | emd_13790_additional_1.map.gz emd_13790_half_map_1.map.gz emd_13790_half_map_2.map.gz | 51 MB 83.4 MB 83.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13790 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13790 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_13790_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_13790_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_13790_validation.xml.gz | 13.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_13790_validation.cif.gz | 15.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13790 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13790 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7q3eMC 7q3dC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_13790.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Full Map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.86 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: Sharpened with Locscale
ファイル | emd_13790_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Sharpened with Locscale | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map A
ファイル | emd_13790_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B
ファイル | emd_13790_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : CPLANE complex
全体 | 名称: CPLANE complex |
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要素 |
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-超分子 #1: CPLANE complex
超分子 | 名称: CPLANE complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
-分子 #1: WD repeat-containing and planar cell polarity effector protein fr...
分子 | 名称: WD repeat-containing and planar cell polarity effector protein fritz homolog タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 86.286477 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MDSAWSHPQF EKGGGSGGGS GGSAWSHPQF EKSAVDLEVL FQGPGSFCLT ELHLWSLKST LHIADRDIGV YQYYDKKDPS VSATEHGNL EEKQRLAESR DYPWTLKNRR PEKLRDSLKE LEELMQSSPC VLSKWKSKYI CQLLFGSGVL VSLSLSGPQL E KVVIDRSL ...文字列: MDSAWSHPQF EKGGGSGGGS GGSAWSHPQF EKSAVDLEVL FQGPGSFCLT ELHLWSLKST LHIADRDIGV YQYYDKKDPS VSATEHGNL EEKQRLAESR DYPWTLKNRR PEKLRDSLKE LEELMQSSPC VLSKWKSKYI CQLLFGSGVL VSLSLSGPQL E KVVIDRSL VGKLISDTIS DALLTDSFII LSFLAQNKLC FIQFTKKMDS LDGNKRLEKL SALDLKISYY DIPGPANRTI DR HLAVNST QDLVVCWWPL VSDDVWPWTP VSSEKDRANM LLLGFTQGGL EVLSFVRTEW SPLDVHFGTK QPYQVFTVEC SVS VDKEPM ADSCIYESVR NKLHCVSVTR IPLRSKAISC CRNSTEDKLI VGCEDSSVIL YEAHRGVTLL AQAELRPSLI SCHP SGAIL LVGSNQGELQ IFDIALSPIN IQLLAEDYSP KETLQFKKFF DVSSSLVQMQ WMAPPVVFQK PKRGEICDLL FLRFN KGPL GVLLFKLGIL TRGQLGLVDL ILQYIHYSEV YEAISILRSM DWDTLGQQCL IGMGTIVNHL LRQRLTPERE AQLEAS LGT FYAPTRPLLD TTILEYREPV SKYARRLFHH LLRYKRFEKA FLLAVDIGAR DLFMDIHYLA LDMGELALAE VARRRAH DI DVESVSSGVE LLGPLDRRDM LNEGFASSAL MPEGENKFPG LLPSIGSTHM QTLQQKIPNG PSSRWAIERR TEEEEEEE E EEEEELCTDS SGATTWNAEG ELKEDQRKQD IGDVGSLRMV HFGLV UniProtKB: WD repeat-containing and planar cell polarity effector protein fritz homolog |
-分子 #2: Protein inturned
分子 | 名称: Protein inturned / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 107.330539 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MGSSHHHHHH SAVDLEVLFQ GPGAGLARGD SRGRPPELPG DLSSQEEEEE EGDSDAGASS LGSYSSASSD TDVEPEWLDS VQKNGELFY LELSEDEEES LLPETQTANH VNHVRFSDKE VIIEEDDSRE RKKSEPKLRR FTKILKSKSL LPRRHHKKSS S NNGPVSIL ...文字列: MGSSHHHHHH SAVDLEVLFQ GPGAGLARGD SRGRPPELPG DLSSQEEEEE EGDSDAGASS LGSYSSASSD TDVEPEWLDS VQKNGELFY LELSEDEEES LLPETQTANH VNHVRFSDKE VIIEEDDSRE RKKSEPKLRR FTKILKSKSL LPRRHHKKSS S NNGPVSIL KHQSSQKTGV TVQQRYKDVT VYINPRKLTA IKAREQVKLL EVLVGIIHQT KRSWKRSAKQ ADGERLVVHG LL PGGSAMK SGQVLVGDVL VAVNDVDVTS ENIERVLSCI PGPMQVKLTF ENAYAVKRET AQPQKKKAQS STQDLVKLLC GSE ADAVQH STLSIPHISM YLTLQLQSEA AREEQEILYH YPVSEASQKL KSVRGIFLTL CDMLESVTGT QVTSSSLHLN GKQI HVAYL KESDKLLLIG LPAEEVPLPQ LRNMIEDVAQ TLKFMYGSLD SAFCQVENAP RLDHFFSLFF ERALRPGKLH LSGSP SAQQ YAAASAVLLD NLPGVRWLVL PQELKVELDT ALSDLEAADF EELSEDYYDM RRLYTILGSS LFYKGYMVCS HLPKDD VIE IAAYCRQHCL LPLAAKQRIG QLIIWREVFP RHHLQPPSDS DPEAFQEPEG RYFLLVVGLR HYLLCVLLEA GGCASKA TG NPGPDCIYVD QVRATLHQLE GVDSRIEEQL ATSPGPCLSC ADWFLAAPRE KADSLTTSPI LSRLQGPSKT AASPTCRR T FFSDYSFKAR KPSPSRIGGG REPTEGEESA GLSPHATPDA VRKQRESEGS DDNVALLKLA RKKSTLPNPF HLGTSKKEL SEKELEVYDI MKLTSGPENT LFHYVALETV QGIFITPTHE EVAQLGGSVH SQLIKNFHQC CLSIRAFFQQ TLKEEKKKAL SDGEHSEPT NSVSSLSPVK EHGVLFECSP ENWTDQKKTP PVMSYWVVGR LFLNPKPQEL YVCFHDSVSE IAIEMAFKLF F GLTL UniProtKB: Protein inturned |
-分子 #3: Protein fuzzy homolog
分子 | 名称: Protein fuzzy homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 45.542906 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MDEGPGSPVH LLCLAASSGV PLFCRSSSGG APSRQQLPFS VIGSLNGVHM FGQNLDVQLN SARTEDTTVV WKNFHDSITL IVLSSEEGT SELRLERMLH MVFGAMVLIV GLEELTNIRN VERLKKELRA SYCLIDSFLG NSELIGDLTQ CVDCVIPPEG S AMQETLSG ...文字列: MDEGPGSPVH LLCLAASSGV PLFCRSSSGG APSRQQLPFS VIGSLNGVHM FGQNLDVQLN SARTEDTTVV WKNFHDSITL IVLSSEEGT SELRLERMLH MVFGAMVLIV GLEELTNIRN VERLKKELRA SYCLIDSFLG NSELIGDLTQ CVDCVIPPEG S AMQETLSG FAEATGTAFV SLLVSGRVVA ATEGWWRLGM PEAVLLPWLV GSLPPQAARD YPVYLPHGSP TVPHRLLTLT LL RGLELCL LCGPRPPLGQ LDPQLMERWW QPLLEPLRAC LPLGPRALPE GFPLHSDILG LLLLHLELRR CLFTVEPSKD KEP SPEQRR RLLRNFYTLV ATTHFPPEPG PAEKQEDTVY PAQMPRACYL VLGPGMGWQL VAVQLGLRLL LLLLSPHTPT HGLR SLATR TLQALTPLL UniProtKB: Protein fuzzy homolog |
-分子 #4: Ciliogenesis and planar polarity effector 2
分子 | 名称: Ciliogenesis and planar polarity effector 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 28.459801 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MARPPMHGSV IVPDWHETVE GKEYLACILR KNRRREFGLL ERPVLPPSVV IDTASYKIFV SGKSGVGKTA LVAKLAGLEV PIVHHETTG IQTTVVFWPA KLKASDCVVM FRFEFWDCGE SALKKFDHML PACKENADAF LFLFSFTDRA SFEDLPGQLT R VAGEAPGL ...文字列: MARPPMHGSV IVPDWHETVE GKEYLACILR KNRRREFGLL ERPVLPPSVV IDTASYKIFV SGKSGVGKTA LVAKLAGLEV PIVHHETTG IQTTVVFWPA KLKASDCVVM FRFEFWDCGE SALKKFDHML PACKENADAF LFLFSFTDRA SFEDLPGQLT R VAGEAPGL VKIVIGSKFD QYMHTDVPAR DLTAFRQAWE LPLFRVKSVP GRRLADGRTL DGRAGLADTA HVLNGLAEQL WH QDQVAAG LLPSSPESAP G UniProtKB: Ciliogenesis and planar polarity effector 2 |
-分子 #5: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: GTP |
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分子量 | 理論値: 523.18 Da |
Chemical component information | ChemComp-GTP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 1.04 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.35 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 94157 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |