+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-13789 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of the human CPLANE complex | |||||||||
マップデータ | Full map | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | ciliogenesis / ciliopathies / longin / lipid binding / PROTEIN TRANSPORT | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of neural crest formation / negative regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in neural plate anterior/posterior pattern formation / axonemal basal plate / respiratory system development / tongue morphogenesis / auditory receptor cell morphogenesis / regulation of embryonic cell shape / septin cytoskeleton organization / digestive system development / embryonic body morphogenesis ...negative regulation of neural crest formation / negative regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in neural plate anterior/posterior pattern formation / axonemal basal plate / respiratory system development / tongue morphogenesis / auditory receptor cell morphogenesis / regulation of embryonic cell shape / septin cytoskeleton organization / digestive system development / embryonic body morphogenesis / regulation of ruffle assembly / regulation of fibroblast migration / podocyte cell migration / establishment of planar polarity / spinal cord dorsal/ventral patterning / motile cilium assembly / embryonic skeletal system morphogenesis / circulatory system development / cilium organization / negative regulation of cell division / positive regulation of cilium assembly / non-motile cilium assembly / regulation of smoothened signaling pathway / camera-type eye development / positive regulation of smoothened signaling pathway / motile cilium / regulation of establishment of cell polarity / limb development / neural tube development / hair follicle development / regulation of focal adhesion assembly / embryonic digit morphogenesis / hair follicle morphogenesis / smoothened signaling pathway / roof of mouth development / axoneme / cilium assembly / regulation of ossification / negative regulation of keratinocyte proliferation / Hedgehog 'off' state / keratinocyte differentiation / vesicle-mediated transport / ciliary basal body / negative regulation of cell migration / kidney development / neural tube closure / cell projection / establishment of protein localization / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / cilium / regulation of protein localization / protein transport / nervous system development / cytoskeleton / negative regulation of cell population proliferation / cell surface / extracellular exosome / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.35 Å | |||||||||
データ登録者 | Langousis G / Cavadini S | |||||||||
資金援助 | 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022 タイトル: Structure of the ciliogenesis-associated CPLANE complex. 著者: Gerasimos Langousis / Simone Cavadini / Niels Boegholm / Esben Lorentzen / Georg Kempf / Patrick Matthias / 要旨: Dysfunctional cilia cause pleiotropic human diseases termed ciliopathies. These hereditary maladies are often caused by defects in cilia assembly, a complex event that is regulated by the ...Dysfunctional cilia cause pleiotropic human diseases termed ciliopathies. These hereditary maladies are often caused by defects in cilia assembly, a complex event that is regulated by the ciliogenesis and planar polarity effector (CPLANE) proteins Wdpcp, Inturned, and Fuzzy. CPLANE proteins are essential for building the cilium and are mutated in multiple ciliopathies, yet their structure and molecular functions remain elusive. Here, we show that mammalian CPLANE proteins comprise a bona fide complex and report the near-atomic resolution structures of the human Wdpcp-Inturned-Fuzzy complex and of the mouse Wdpcp-Inturned-Fuzzy complex bound to the small guanosine triphosphatase Rsg1. Notably, the crescent-shaped CPLANE complex binds phospholipids such as phosphatidylinositol 3-phosphate via multiple modules and a CPLANE ciliopathy mutant exhibits aberrant lipid binding. Our study provides critical structural and functional insights into an enigmatic ciliogenesis-associated complex as well as unexpected molecular rationales for ciliopathies. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_13789.map.gz | 99.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-13789-v30.xml emd-13789.xml | 19.1 KB 19.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_13789.png | 77.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-13789.cif.gz | 6.6 KB | ||
その他 | emd_13789_additional_1.map.gz emd_13789_half_map_1.map.gz emd_13789_half_map_2.map.gz | 103.5 MB 194.1 MB 194.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13789 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13789 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_13789_validation.pdf.gz | 847.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_13789_full_validation.pdf.gz | 847.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_13789_validation.xml.gz | 15.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_13789_validation.cif.gz | 17.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13789 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13789 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7q3dMC 7q3eC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_13789.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 209.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Full map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.66 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-追加マップ: Locally sharpened map
ファイル | emd_13789_additional_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Locally sharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map A
ファイル | emd_13789_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B
ファイル | emd_13789_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : CPLANE
全体 | 名称: CPLANE |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: CPLANE
超分子 | 名称: CPLANE / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: WD repeat-containing and planar cell polarity effector protein fr...
分子 | 名称: WD repeat-containing and planar cell polarity effector protein fritz homolog タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 89.64932 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MDSAWSHPQF EKGGGSGGGS GGSAWSHPQF EKSAVDLEVL FQGPGRREFC WDAYSKAAGS RASSPLPRQD RDSFCHQMSF CLTELHLWS LKNTLHIADR DIGIYQYYDK KDPPATEHGN LEKKQKLAES RDYPWTLKNR RPEKLRDSLK ELEELMQNSR C VLSKWKNK ...文字列: MDSAWSHPQF EKGGGSGGGS GGSAWSHPQF EKSAVDLEVL FQGPGRREFC WDAYSKAAGS RASSPLPRQD RDSFCHQMSF CLTELHLWS LKNTLHIADR DIGIYQYYDK KDPPATEHGN LEKKQKLAES RDYPWTLKNR RPEKLRDSLK ELEELMQNSR C VLSKWKNK YVCQLLFGSG VLVSLSLSGP QLEKVVIDRS LVGKLISDTI SDALLTDSFI ILSFLAQNKL CFIQFTKKME SS DVNKRLE KLSALDYKIF YYEIPGPINK TTERHLAINC VHDRVVCWWP LVNDDAWPWA PISSEKDRAN LLLLGYAQGR LEV LSSVRT EWDPLDVRFG TKQPYQVFTV EHSVSVDKEP MADSCIYECI RNKIQCVSVT RIPLKSKAIS CCRNVTEDKL ILGC EDSSL ILYETHRRVT LLAQTELLPS LISCHPSGAI LLVGSNQGEL QIFDMALSPI NIQLLAEDRL PRETLQFSKL FDASS SLVQ MQWIAPQVVS QKGEGSDIYD LLFLRFERGP LGVLLFKLGV FTRGQLGLID IIFQYIHCDE IYEAINILSS MNWDTL GHQ CFISMSAIVN HLLRQKLTPE REAQLETSLG TFYAPTRPLL DSTILEYRDQ ISKYARRFFH HLLRYQRFEK AFLLAVD VG ARDLFMDIHY LALDKGELAL AEVARKRASD IDAESITSGV ELLGPLDRGD MLNEAFIGLS LAPQGEDSFP DNLPPSCP T HRHILQQRIL NGSSNRQIID RRNELEKDIC SGFLMTNTCN AEDGELREDG REQEIRDGGS LKMIHFGLV UniProtKB: WD repeat-containing and planar cell polarity effector protein fritz homolog |
-分子 #2: Protein inturned
分子 | 名称: Protein inturned / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 108.150633 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MGSSHHHHHH SAVDLEVLFQ GPGASVASCD SRPSSDELPG DPSSQEEDED YDFEDRVSDS GSYSSASSDY DDLEPEWLDS VQKNGELFY LELSEDEEES LLPETPTVNH VRFSENEIII EDDYKERKKY EPKLKQFTKI LRRKRLLPKR CNKKNSNDNG P VSILKHQS ...文字列: MGSSHHHHHH SAVDLEVLFQ GPGASVASCD SRPSSDELPG DPSSQEEDED YDFEDRVSDS GSYSSASSDY DDLEPEWLDS VQKNGELFY LELSEDEEES LLPETPTVNH VRFSENEIII EDDYKERKKY EPKLKQFTKI LRRKRLLPKR CNKKNSNDNG P VSILKHQS NQKTGVIVQQ RYKDVNVYVN PKKLTVIKAK EQLKLLEVLV GIIHQTKWSW RRTGKQGDGE RLVVHGLLPG GS AMKSGQV LIGDVLVAVN DVDVTTENIE RVLSCIPGPM QVKLTFENAY DVKRETSHPR QKKTQSNTSD LVKLLWGEEV EGI QQSGLN TPHIIMYLTL QLDSETSKEE QEILYHYPMS EASQKLKSVR GIFLTLCDML ENVTGTQVTS SSLLLNGKQI HVAY WKESD KLLLIGLPAE EVPLPRLRNM IENVIQTLKF MYGSLDSAFC QIENVPRLDH FFNLFFQRAL QPAKLHSSAS PSAQQ YDAS SAVLLDNLPG VRWLTLPLEI KMELDMALSD LEAADFAELS EDYYDMRRLY TILGSSLFYK GYLICSHLPK DDLIDI AVY CRHYCLLPLA AKQRIGQLII WREVFPQHHL RPLADSSTEV FPEPEGRYFL LVVGLKHYML CVLLEAGGCA SKAIGSP GP DCVYVDQVKT TLHQLDGVDS RIDERLASSP VPCLSCADWF LTGSREKTDS LTTSPILSRL QGTSKVATSP TCRRTLFG D YSLKTRKPSP SCSSGGSDNG CEGGEDDGFS PHTTPDAVRK QRESQGSDGL EESGTLLKVT KKKSTLPNPF HLGNLKKDL PEKELEIYNT VKLTSGPENT LFHYVALETV QGIFITPTLE EVAQLSGSIH PQLIKNFHQC CLSIRAVFQQ TLVEEKKKGL NSGDHSDSA KSVSSLNPVK EHGVLFECSP GNWTDQKKAP PVMAYWVVGR LFLHPKPQEL YVCFHDSVTE IAIEIAFKLF F GLTL UniProtKB: Protein inturned |
-分子 #3: Protein fuzzy homolog
分子 | 名称: Protein fuzzy homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 45.721949 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MGEEGTGGTV HLLCLAASSG VPLFCRSSRG GAPARQQLPF SVIGSLNGVH MFGQNLEVQL SSARTENTTV VWKSFHDSIT LIVLSSEVG ISELRLERLL QMVFGAMVLL VGLEELTNIR NVERLKKDLR ASYCLIDSFL GDSELIGDLT QCVDCVIPPE G SLLQEALS ...文字列: MGEEGTGGTV HLLCLAASSG VPLFCRSSRG GAPARQQLPF SVIGSLNGVH MFGQNLEVQL SSARTENTTV VWKSFHDSIT LIVLSSEVG ISELRLERLL QMVFGAMVLL VGLEELTNIR NVERLKKDLR ASYCLIDSFL GDSELIGDLT QCVDCVIPPE G SLLQEALS GFAEAAGTTF VSLVVSGRVV AATEGWWRLG TPEAVLLPWL VGSLPPQTAR DYPVYLPHGS PTVPHRLLTL TL LPSLELC LLCGPSPPLS QLYPQLLERW WQPLLDPLRA CLPLGPRALP SGFPLHTDIL GLLLLHLELK RCLFTVEPLG DKE PSPEQR RRLLRNFYTL VTSTHFPPEP GPPEKTEDEV YQAQLPRACY LVLGTEEPGT GVRLVALQLG LRRLLLLLSP QSPT HGLRS LATHTLHALT PLL UniProtKB: Protein fuzzy homolog |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 1.04 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
---|---|
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.35 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 129902 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |
---|---|
得られたモデル | PDB-7q3d: |