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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-13735 | |||||||||
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タイトル | Mitochondrial DNA dependent RNA polymerase homodimer. | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Mitochondria / DNA dependent RNA polymerase / 7S RNA / TRANSCRIPTION | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Mitochondrial transcription initiation / mitochondrial DNA-directed RNA polymerase complex / transcription initiation at mitochondrial promoter / mitochondrial promoter sequence-specific DNA binding / mitochondrial transcription / DNA primase activity / mitochondrial nucleoid / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase ...Mitochondrial transcription initiation / mitochondrial DNA-directed RNA polymerase complex / transcription initiation at mitochondrial promoter / mitochondrial promoter sequence-specific DNA binding / mitochondrial transcription / DNA primase activity / mitochondrial nucleoid / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / 3'-5'-RNA exonuclease activity / sequence-specific DNA binding / mitochondrial matrix / protein-containing complex / mitochondrion / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Das H / Hallberg BM | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2022 タイトル: Non-coding 7S RNA inhibits transcription via mitochondrial RNA polymerase dimerization. 著者: Xuefeng Zhu / Xie Xie / Hrishikesh Das / Benedict G Tan / Yonghong Shi / Ali Al-Behadili / Bradley Peter / Elisa Motori / Sebastian Valenzuela / Viktor Posse / Claes M Gustafsson / B Martin ...著者: Xuefeng Zhu / Xie Xie / Hrishikesh Das / Benedict G Tan / Yonghong Shi / Ali Al-Behadili / Bradley Peter / Elisa Motori / Sebastian Valenzuela / Viktor Posse / Claes M Gustafsson / B Martin Hällberg / Maria Falkenberg / 要旨: The mitochondrial genome encodes 13 components of the oxidative phosphorylation system, and altered mitochondrial transcription drives various human pathologies. A polyadenylated, non-coding RNA ...The mitochondrial genome encodes 13 components of the oxidative phosphorylation system, and altered mitochondrial transcription drives various human pathologies. A polyadenylated, non-coding RNA molecule known as 7S RNA is transcribed from a region immediately downstream of the light strand promoter in mammalian cells, and its levels change rapidly in response to physiological conditions. Here, we report that 7S RNA has a regulatory function, as it controls levels of mitochondrial transcription both in vitro and in cultured human cells. Using cryo-EM, we show that POLRMT dimerization is induced by interactions with 7S RNA. The resulting POLRMT dimer interface sequesters domains necessary for promoter recognition and unwinding, thereby preventing transcription initiation. We propose that the non-coding 7S RNA molecule is a component of a negative feedback loop that regulates mitochondrial transcription in mammalian cells. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_13735.map.gz | 97 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-13735-v30.xml emd-13735.xml | 18.4 KB 18.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_13735.png | 95.2 KB | ||
Filedesc metadata | emd-13735.cif.gz | 6.3 KB | ||
その他 | emd_13735_additional_1.map.gz emd_13735_additional_2.map.gz | 51.5 MB 51.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13735 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13735 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_13735_validation.pdf.gz | 524.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_13735_full_validation.pdf.gz | 524 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_13735_validation.xml.gz | 6.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_13735_validation.cif.gz | 7.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13735 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13735 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7pzpMC 7pzrC 7zc4C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_13735.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.01 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: localized reconstruction
ファイル | emd_13735_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | localized reconstruction | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: localized reconstruction
ファイル | emd_13735_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | localized reconstruction | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : POLRMT
全体 | 名称: POLRMT |
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要素 |
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-超分子 #1: POLRMT
超分子 | 名称: POLRMT / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: DNA-directed RNA polymerase, mitochondrial |
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分子量 | 理論値: 137 KDa |
-超分子 #2: Mitochondrial DNA-directed RNA polymerase dimer.
超分子 | 名称: Mitochondrial DNA-directed RNA polymerase dimer. / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: all / 詳細: DNA-directed RNA polymerase dimer, mitochondrial |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: DNA-directed RNA polymerase, mitochondrial
分子 | 名称: DNA-directed RNA polymerase, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 137.292125 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MHHHHHHTSG VDLGTENLYF QSSSASPQEQ DQDRRKDWGH VELLEVLQAR VRQLQAESVS EVVVNRVDVA RLPECGSGDG SLQPPRKVQ MGAKDATPVP CGRWAKILEK DKRTQQMRMQ RLKAKLQMPF QSGEFKALTR RLQVEPRLLS KQMAGCLEDC T RQAPESPW ...文字列: MHHHHHHTSG VDLGTENLYF QSSSASPQEQ DQDRRKDWGH VELLEVLQAR VRQLQAESVS EVVVNRVDVA RLPECGSGDG SLQPPRKVQ MGAKDATPVP CGRWAKILEK DKRTQQMRMQ RLKAKLQMPF QSGEFKALTR RLQVEPRLLS KQMAGCLEDC T RQAPESPW EEQLARLLQE APGKLSLDVE QAPSGQHSQA QLSGQQQRLL AFFKCCLLTD QLPLAHHLLV VHHGQRQKRK LL TLDMYNA VMLGWARQGA FKELVYVLFM VKDAGLTPDL LSYAAALQCM GRQDQDAGTI ERCLEQMSQE GLKLQALFTA VLL SEEDRA TVLKAVHKVK PTFSLPPQLP PPVNTSKLLR DVYAKDGRVS YPKLHLPLKT LQCLFEKQLH MELASRVCVV SVEK PTLPS KEVKHARKTL KTLRDQWEKA LCRALRETKN RLEREVYEGR FSLYPFLCLL DEREVVRMLL QVLQALPAQG ESFTT LARE LSARTFSRHV VQRQRVSGQV QALQNHYRKY LCLLASDAEV PEPCLPRQYW EELGAPEALR EQPWPLPVQM ELGKLL AEM LVQATQMPCS LDKPHRSSRL VPVLYHVYSF RNVQQIGILK PHPAYVQLLE KAAEPTLTFE AVDVPMLCPP LPWTSPH SG AFLLSPTKLM RTVEGATQHQ ELLETCPPTA LHGALDALTQ LGNCAWRVNG RVLDLVLQLF QAKGCPQLGV PAPPSEAP Q PPEAHLPHSA APARKAELRR ELAHCQKVAR EMHSLRAEAL YRLSLAQHLR DRVFWLPHNM DFRGRTYPCP PHFNHLGSD VARALLEFAQ GRPLGPHGLD WLKIHLVNLT GLKKREPLRK RLAFAEEVMD DILDSADQPL TGRKWWMGAE EPWQTLACCM EVANAVRAS DPAAYVSHLP VHQDGSCNGL QHYAALGRDS VGAASVNLEP SDVPQDVYSG VAAQVEVFRR QDAQRGMRVA Q VLEGFITR KVVKQTVMTV VYGVTRYGGR LQIEKRLREL SDFPQEFVWE ASHYLVRQVF KSLQEMFSGT RAIQHWLTES AR LISHMGS VVEWVTPLGV PVIQPYRLDS KVKQIGGGIQ SITYTHNGDI SRKPNTRKQK NGFPPNFIHS LDSSHMMLTA LHC YRKGLT FVSVHDCYWT HAADVSVMNQ VCREQFVRLH SEPILQDLSR FLVKRFCSEP QKILEASQLK ETLQAVPKPG AFDL EQVKR STYFFS UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase, mitochondrial |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2.1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 5 / 実像数: 42131 / 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 48.6 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 20.0 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.3 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.3 µm / 倍率(公称値): 165000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |