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万見
- EMDB-13703: Emodepside-bound Drosophila Slo channel -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13703
タイトルEmodepside-bound Drosophila Slo channel
マップデータSharpened by Phenix.Autosharpen
試料
  • 複合体: Slo tetramer
    • タンパク質・ペプチド: Isoform J of Calcium-activated potassium channel slowpoke
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: (4S,7R)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: POTASSIUM ION
  • リガンド: (3~{S},6~{R},9~{S},12~{R},15~{S},18~{R},21~{S},24~{R})-4,6,10,16,18,22-hexamethyl-3,9,15,21-tetrakis(2-methylpropyl)-12,24-bis[(4-morpholin-4-ylphenyl)methyl]-1,7,13,19-tetraoxa-4,10,16,22-tetrazacyclotetracosane-2,5,8,11,14,17,20,23-octone
機能・相同性
機能・相同性情報


Sperm Motility And Taxes / negative regulation of neuromuscular synaptic transmission / male courtship behavior, veined wing generated song production / regulation of synaptic assembly at neuromuscular junction / large conductance calcium-activated potassium channel activity / calcium-activated potassium channel activity / circadian behavior / monoatomic ion channel complex / potassium ion transmembrane transport / potassium ion transport ...Sperm Motility And Taxes / negative regulation of neuromuscular synaptic transmission / male courtship behavior, veined wing generated song production / regulation of synaptic assembly at neuromuscular junction / large conductance calcium-activated potassium channel activity / calcium-activated potassium channel activity / circadian behavior / monoatomic ion channel complex / potassium ion transmembrane transport / potassium ion transport / circadian rhythm / postsynaptic membrane / neuron projection / response to xenobiotic stimulus / neuronal cell body / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Ca2+-activated K+ channel Slowpoke, TrkA_C like domain / Calcium-activated potassium channel BK, alpha subunit / : / Calcium-activated BK potassium channel alpha subunit / Calcium-activated potassium channel slowpoke-like RCK domain / RCK N-terminal domain profile. / Ion transport domain / Ion transport protein / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Calcium-activated potassium channel slowpoke
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Raisch T / Brockmann A / Ebbinghaus-Kintscher U / Freigang J / Gutbrod O / Kubicek J / Maertens B / Hofnagel O / Raunser S
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Small molecule modulation of the Drosophila Slo channel elucidated by cryo-EM.
著者: Tobias Raisch / Andreas Brockmann / Ulrich Ebbinghaus-Kintscher / Jörg Freigang / Oliver Gutbrod / Jan Kubicek / Barbara Maertens / Oliver Hofnagel / Stefan Raunser /
要旨: Slowpoke (Slo) potassium channels display extraordinarily high conductance, are synergistically activated by a positive transmembrane potential and high intracellular Ca concentrations and are ...Slowpoke (Slo) potassium channels display extraordinarily high conductance, are synergistically activated by a positive transmembrane potential and high intracellular Ca concentrations and are important targets for insecticides and antiparasitic drugs. However, it is unknown how these compounds modulate ion translocation and whether there are insect-specific binding pockets. Here, we report structures of Drosophila Slo in the Ca-bound and Ca-free form and in complex with the fungal neurotoxin verruculogen and the anthelmintic drug emodepside. Whereas the architecture and gating mechanism of Slo channels are conserved, potential insect-specific binding pockets exist. Verruculogen inhibits K transport by blocking the Ca-induced activation signal and precludes K from entering the selectivity filter. Emodepside decreases the conductance by suboptimal K coordination and uncouples ion gating from Ca and voltage sensing. Our results expand the mechanistic understanding of Slo regulation and lay the foundation for the rational design of regulators of Slo and other voltage-gated ion channels.
履歴
登録2021年10月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年12月15日-
マップ公開2021年12月15日-
更新2021年12月22日-
現状2021年12月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7pxh
  • 表面レベル: 5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_13703.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13703.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened by Phenix.Autosharpen
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
0.7 Å/pix.
x 448 pix.
= 313.6 Å		0.7 Å/pix.
x 448 pix.
= 313.6 Å		0.7 Å/pix.
x 448 pix.
= 313.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.7 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 5.0 / ムービー #1: 5
最小 - 最大-19.145393 - 36.510284
平均 (標準偏差)-1.8869494e-12 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ448448448
Spacing448448448
セルA=B=C: 313.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.70.70.7
M x/y/z448448448
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z313.600313.600313.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ448448448
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS448448448
D min/max/mean-19.14536.510-0.000

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添付データ

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追加マップ: Density modified using Phenix.Resolve

ファイルemd_13703_additional_1.map
注釈Density modified using Phenix.Resolve
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Sharpened using SPHIRE

ファイルemd_13703_additional_2.map
注釈Sharpened using SPHIRE
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_13703_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_13703_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Slo tetramer

全体名称: Slo tetramer
要素
  • 複合体: Slo tetramer
    • タンパク質・ペプチド: Isoform J of Calcium-activated potassium channel slowpoke
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: (4S,7R)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: POTASSIUM ION
  • リガンド: (3~{S},6~{R},9~{S},12~{R},15~{S},18~{R},21~{S},24~{R})-4,6,10,16,18,22-hexamethyl-3,9,15,21-tetrakis(2-methylpropyl)-12,24-bis[(4-morpholin-4-ylphenyl)methyl]-1,7,13,19-tetraoxa-4,10,16,22-tetrazacyclotetracosane-2,5,8,11,14,17,20,23-octone

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超分子 #1: Slo tetramer

超分子名称: Slo tetramer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

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分子 #1: Isoform J of Calcium-activated potassium channel slowpoke

分子名称: Isoform J of Calcium-activated potassium channel slowpoke
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 130.919094 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MASGLIDTNF SSTLANGMSG CDQSTVESLA DDPTDSPFDA DDCLKVRKYW CFLLSSIFTF LAGLLVVLLW RAFAFVCCRK EPDLGPNDP KQKEQKASRN KQEFEGTFMT EAKDWAGELI SGQTTTGRIL VVLVFILSIA SLIIYFVDAS SEEVERCQKW S NNITQQID ...文字列:
MASGLIDTNF SSTLANGMSG CDQSTVESLA DDPTDSPFDA DDCLKVRKYW CFLLSSIFTF LAGLLVVLLW RAFAFVCCRK EPDLGPNDP KQKEQKASRN KQEFEGTFMT EAKDWAGELI SGQTTTGRIL VVLVFILSIA SLIIYFVDAS SEEVERCQKW S NNITQQID LAFNIFFMVY FFIRFIAASD KLWFMLEMYS FVDYFTIPPS FVSIYLDRTW IGLRFLRALR LMTVPDILQY LN VLKTSSS IRLAQLVSIF ISVWLTAAGI IHLLENSGDP LDFDNAHRLS YWTCVYFLIV TMSTVGYGDV YCETVLGRTF LVF FLLVGL AIFASCIPEI IDLIGTRAKY GGTLKNEKGR RHIVVCGHIT YESVSHFLKD FLHEDREDVD VEVVFLHRKP PDLE LEGLF KRHFTTVEFF QGTIMNPIDL QRVKVHEADA CLVLANKYCQ DPDAEDAANI MRVISIKNYS DDIRVIIQLM QYHNK AYLL NIPSWDWKQG DDVICLAELK LGFIAQSCLA PGFSTMMANL FAMRSFKTSP DMQSWTNDYL RGTGMEMYTE TLSPTF IGI PFAQATELCF SKLKLLLLAI EIKGAEEGAD SKISINPRGA KIQANTQGFF IAQSADEVKR AWFYCKACHE DIKDETL IK KCKCKNLATF RKGVRAVQMV GRASDITRDR EDTNLLNRNV RRPNGTGNGT GGMHHMNNTA AAAAAAAAAG KQVNKVKP T VNVSRQVEGQ VISPSQYNRP TSRSSGTGTQ NQNGGVSLPA GIADDQSKDF DFEKTEMKYD STGMFHWSPA KSLEDCILD RNQAAMTVLN GHVVVCLFAD PDSPLIGLRN LVMPLRASNF HYHELKHVVI VGSVDYIRRE WKMLQNLPKI SVLNGSPLSR ADLRAVNVN LCDMCCILSA KVPSNDDPTL ADKEAILASL NIKAMTFDDT IGVLSQRGPE FDNLSATAGS PIVLQRRGSV Y GANVPMIT ELVNDGNVQF LDQDDDDDPD TELYLTQPFA CGTAFAVSVL DSLMSTTYFN QNALTLIRSL ITGGATPELE LI LAEGAGL RGGYSTVESL SNRDRCRVGQ ISLYDGPLAQ FGECGKYGDL FVAALKSYGM LCIGLYRFRD TSSSCDASSK RYV ITNPPD DFSLLPTDQV FVLMQFDPGL EYKPPAVRAP AGGRGTNTQG SGVGGGGSNK DDNS

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分子 #2: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 8 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #3: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #4: (4S,7R)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-...

分子名称: (4S,7R)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE
タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 16 / 式: 6PL
分子量理論値: 763.1 Da
Chemical component information

ChemComp-6PL:
(4S,7R)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE / O-(1-O-パルミトイル-2-O-ステアロイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン / リン脂質*YM

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分子 #5: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 4 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

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分子 #6: POTASSIUM ION

分子名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 6 / 式: K
分子量理論値: 39.098 Da

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分子 #7: (3~{S},6~{R},9~{S},12~{R},15~{S},18~{R},21~{S},24~{R})-4,6,10,16,...

分子名称: (3~{S},6~{R},9~{S},12~{R},15~{S},18~{R},21~{S},24~{R})-4,6,10,16,18,22-hexamethyl-3,9,15,21-tetrakis(2-methylpropyl)-12,24-bis[(4-morpholin-4-ylphenyl)methyl]-1,7,13,19-tetraoxa-4,10,16,22- ...名称: (3~{S},6~{R},9~{S},12~{R},15~{S},18~{R},21~{S},24~{R})-4,6,10,16,18,22-hexamethyl-3,9,15,21-tetrakis(2-methylpropyl)-12,24-bis[(4-morpholin-4-ylphenyl)methyl]-1,7,13,19-tetraoxa-4,10,16,22-tetrazacyclotetracosane-2,5,8,11,14,17,20,23-octone
タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: 8I2
分子量理論値: 1.119388 KDa
Chemical component information

ChemComp-8I2:
(3~{S},6~{R},9~{S},12~{R},15~{S},18~{R},21~{S},24~{R})-4,6,10,16,18,22-hexamethyl-3,9,15,21-tetrakis(2-methylpropyl)-12,24-bis[(4-morpholin-4-ylphenyl)methyl]-1,7,13,19-tetraoxa-4,10,16,22-tetrazacyclotetracosane-2,5,8,11,14,17,20,23-octone / エモデプシド / antiparasitic*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 75.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1861584
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.59 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPHIRE (ver. 1.3) / 使用した粒子像数: 261505
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: SPHIRE (ver. 1.3)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
ソフトウェア: (名称: SPHIRE (ver. 1.3), RELION (ver. 3.1))
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: SPHIRE (ver. 1.3)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5tj6

得られたモデル

PDB-7pxh:
Emodepside-bound Drosophila Slo channel

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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